NCBI數(shù)據(jù)庫的使用與功能介紹（教學(xué)課件）

NCBI數(shù)據(jù)庫2021/8/231精品PPT模板NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫

/美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)于1988年11月4日建立國家生物技術(shù)信息中心(NationalCenterofBiotechnologyInformation，簡稱NCBI)2021/8/232精品PPT模板NationalCenterofBiotechnologyInformationNCBI的任務(wù)：建立關(guān)于分子生物學(xué)，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)知識的存儲和分析的自動系統(tǒng)實行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和功能的基于計算機的信息處理的先進方法的研究加速生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟件的使用全世界范圍內(nèi)的生物技術(shù)信息收集的合作努力2021/8/233精品PPT模板NCBI首先創(chuàng)建GenBank數(shù)據(jù)庫，在重點開發(fā)GenBank的同時，又于1991年開發(fā)了Entrez數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)。該系統(tǒng)整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等數(shù)據(jù)庫的序列信息以及MEDLINE有關(guān)序列的文獻信息，并通過相關(guān)鏈接，將他們有機地結(jié)合在一起。NationalCenterofBiotechnologyInformation2021/8/234精品PPT模板2021/8/235精品PPT模板以IL6基因為例：如何查找基因序列、mRNA、Promoter如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列2021/8/236精品PPT模板Mapviewer是NCBI網(wǎng)站上提供的一個非常有用的尋找基因的工具，通過Mapviewer你可以了解你感興趣基因在基因組中所處的位置、基因序列、內(nèi)含子及外顯子的排列、基因的細胞遺傳學(xué)圖、EST、SNP等等許多有用的信息。利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動子Promoter2021/8/237精品PPT模板利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動子Promoter2021/8/238精品PPT模板2021/8/239精品PPT模板2021/8/2310精品PPT模板2021/8/2311精品PPT模板2021/8/2312精品PPT模板2021/8/2313精品PPT模板2021/8/2314精品PPT模板如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列2021/8/2315精品PPT模板2021/8/2316精品PPT模板蛋白序列：mRNA序列：2021/8/2317精品PPT模板已知一基因序列：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC1、這是哪個基因？2、編碼的蛋白質(zhì)序列是怎么樣的?3、有沒有保守的功能結(jié)構(gòu)域？4、它的功能是怎樣的？5、有沒有三級結(jié)構(gòu)？2021/8/2318精品PPT模板2021/8/2319精品PPT模板BLAST可以對核酸和蛋白的多種數(shù)據(jù)庫操作。有幾種比較方法可選擇：Blastp：一個氨基酸序列與一個蛋白數(shù)據(jù)庫比較Blastn：一個核酸序列與一個核酸數(shù)據(jù)庫比較。Blastx：一個核酸的所有讀框與一個蛋白數(shù)據(jù)庫比較，可以用來發(fā)現(xiàn)未知核酸可能的蛋白產(chǎn)物。Tblastn：一個蛋白序列與翻譯成所有讀框的核酸數(shù)據(jù)庫比較。Tblastx：一個核酸的六種讀框與一個核酸據(jù)庫的六種讀框比較，但由于計算太復(fù)雜在網(wǎng)頁中不能應(yīng)用。2021/8/2320精品PPT模板2021/8/2321精品PPT模板2021/8/2322精品PPT模板2021/8/2323精品PPT模板2021/8/2324精品PPT模板Geneinfo：17號染色體2021/8/2325精品PPT模板功能注釋：GeneOntology該基因定位于人體第17條染色體，基因表示符為：NM-001168.2初步的功能分析：細胞周期，caspase酶的抑制因子等2021/8/2326精品PPT模板獲取蛋白質(zhì)的序列信息該蛋白質(zhì)中包含142個氨基酸，序列標(biāo)識符為：NP-001159.22021/8/2327精品PPT模板獲取FASTA序列2021/8/2328精品PPT模板Finddomain2021/8/2329精品PPT模板填入蛋白質(zhì)的FASTA序列并提交2021/8/2330精品PPT模板BIRdomain具有保守的功能結(jié)構(gòu)域BIR2021/8/2331精品PPT模板2021/8/2332精品PPT模板2021/8/2333精品PPT模板2021/8/2334精品PPT模板三級結(jié)構(gòu)顯示2021/8/2335精品PPT模板Thanks2021/8/2336精品PPT模板9、人的價值，在招收誘惑的一瞬間被決定。03-2月-2303-2月-23Friday,February3,202310、低頭要有勇氣，抬頭要有低氣。***2/3/20234:38:35PM11、人總是珍惜為得到。03-2月-23**Feb-2303-Feb-2312、人亂于心，不寬余請。***Friday,February3,202313、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。03-2月-2303-2月-23**03February202314、抱最大的希望，作最大的努力。03二月2023**03-2月-2315、一個人炫耀什么，說明他內(nèi)心缺少什么。。二月23*03-2月-23*03February202316、業(yè)余生活要有意義，不要越軌。**2/3/202317、一個人即使已登上頂峰，也仍要自強不息。***03-2月-23謝謝大家2021/8/2337精品PPT模板9、人的價值，在招收誘惑的一瞬間被決定。03-2月-2303-2月-23Friday,February3,202310、低頭要有勇氣，抬頭要有低氣。***2/3/20234:38:35PM11、人總是珍惜為得到。03-2月-23**Feb-2303-Feb-2312、人亂于心，不寬余請。***Friday,February3,202313、生氣是拿別人做錯的事來懲罰自己。03-2月-2303-2月-23**03February202314、抱最大的希望