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文檔簡介
第四章核酸化學(xué)
主要內(nèi)容:介紹核酸的分類和化學(xué)組成,重點(diǎn)討論DNA和RNA的結(jié)構(gòu)特征,初步認(rèn)識核酸的結(jié)構(gòu)特征與其功能的相關(guān)性;介紹核酸的主要理化性質(zhì)和核酸研究的一般方法。核酸(nucleicacid)以核苷酸為基本組成單位的生物大分子,攜帶和傳遞遺傳信息。DNA(Deoxyribonucleicacid)脫氧核糖核酸RNA(Ribonucleicacid)核糖核酸第一節(jié)核酸通論一、核酸的研究歷史和重要性二、核酸的種類和分布三、核酸的生物功能一.核酸的研究歷史和重要性
1869
Miescher從膿細(xì)胞的細(xì)胞核中分離出了一種含磷酸的有機(jī)物,當(dāng)時稱為核素(nuclein),后稱為核酸(nucleicacid);此后幾十年內(nèi),弄清了核酸的組成及在細(xì)胞中的分布。1944Avery等成功進(jìn)行肺炎球菌轉(zhuǎn)化試驗(yàn);1952年Hershey等的實(shí)驗(yàn)表明32P-DNA可進(jìn)入噬菌體內(nèi),證明DNA是遺傳物質(zhì)。1953Watson和Crick建立了DNA結(jié)構(gòu)的雙螺旋模型,說明了基因的結(jié)構(gòu)、信息和功能三者間的關(guān)系,推動了分子生物學(xué)的迅猛發(fā)展。1958Crick提出遺傳信息傳遞的中心法則,60年代RNA研究取得大發(fā)展(操縱子學(xué)說,遺傳密碼,逆轉(zhuǎn)錄酶)。70年代建立DNA重組技術(shù),改變了分子生物學(xué)的面貌,并導(dǎo)致生物技術(shù)的興起。80年代RNA研究出現(xiàn)第二次高潮:ribozyme、反義RNA、“RNA世界”假說等等。90年代以后實(shí)施人類基因組計(jì)劃(HGP),開辟了生命科學(xué)新紀(jì)元。生命科學(xué)進(jìn)入后基因時代:功能基因組學(xué)(functionalgenomics)蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics)結(jié)構(gòu)基因組學(xué)(structuralgenomics)RNA組學(xué)(Rnomics)或核糖核酸組學(xué)(ribonomics二、核酸的分類及分布、功能(deoxyribonucleicacid,DNA)(ribonucleicacid,RNA)脫氧核糖核酸
核糖核酸
90%以上分布于細(xì)胞核,其余分布于核外如線粒體,葉綠體,質(zhì)粒等。分布于胞核、胞液。攜帶遺傳信息,決定細(xì)胞和個體的基因型(genotype)。參與細(xì)胞內(nèi)DNA遺傳信息的表達(dá)。某些病毒RNA也可作為遺傳信息的載體。三、核酸的生物功能
(一)DNA是主要的遺傳物質(zhì)
1928年Griffith的細(xì)菌轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)
1944年Avery重做1928年Griffith的細(xì)菌轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn),證明DNA是遺傳物質(zhì)。但人們對此持懷疑態(tài)度,理由是:(1)因認(rèn)為蛋白相對分子質(zhì)量大,結(jié)構(gòu)復(fù)雜,二十種氨基酸的排列組合將是個天文數(shù)字,可作為一種遺傳信息。而DNA相對分子質(zhì)量小,只含4種不同的堿基,人們一度認(rèn)為不同種的有機(jī)體的核酸只有微小的差異。(2)認(rèn)為轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)中DNA并未能提得很純,還附有其它物質(zhì)。(3)即使轉(zhuǎn)化因子確實(shí)是DNA,但也可能DNA只是對莢膜形成起著直接的化學(xué)效應(yīng),而不是充當(dāng)遺傳信息的載體。1952年HersheyandChase的實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證明DNA是遺傳物質(zhì)(二)RNA功能的多樣性1.某些病毒的遺傳物質(zhì);2.控制蛋白質(zhì)的合成(最主要的功能);3.遺傳信息的加工;4.基因表達(dá)和細(xì)胞功能的調(diào)控;5.催化功能;6.在細(xì)胞分化和個體發(fā)育中發(fā)揮重要作用;7.在生命起源中可能有重要作用。第二節(jié)核酸的分子組成一、元素組成二、構(gòu)件單位:核苷酸三、核苷酸的生物學(xué)功能一、元素組成主要元素組成:C、H、O、N、P(9~11%)與蛋白質(zhì)比較,核酸一般不含S,而P的含量較為穩(wěn)定,占9.5%。核酸含量=磷含量X10.5
二、核糖和脫氧核糖OHOH2COHOHOH12OHOH2COHOH12β-D-2-核糖β-D-2-脫氧核糖O三、嘌呤堿和嘧啶堿NNNNHHHHNNNNHHHH123456789嘌呤NH2腺嘌呤adenine(A)NNNNHHHHOH2N鳥嘌呤guanine(G)NNHHHH嘧啶123456NNHHHHNH2OH胞嘧啶Cytosine(C)NNHHHHOOHH尿嘧啶uracil(U)NNHHHHOOHHCH3胸腺嘧啶thymine(T)NNOOHHH酮式HNNOOHHH酮式HHH烯醇式
四、核苷OHOH2COHOHOH1′2′3′4′5′核糖OHOH2COHOH1′2′3′4′5′核糖NNOOHHH尿嘧啶H1尿苷NCOONHHH51OH假尿苷(ψ)五、核苷酸
5′-NMP5′-NDP5′-NTPN=A、G、C、U
5′-dNMP5′-dNDP5′-dNTPN=A、G、C、T腺苷酸及其多磷酸化合物AMPAdenosinemonophosphateADPAdenosinediphosphateATPAdenosinetriphosphate
各種核苷三磷酸和脫氧核苷三磷酸是體內(nèi)合成RNA和DNA合成的直接原料。在體內(nèi)能量代謝中的作用:ATP——能量“貨幣”UTP——參加糖的互相轉(zhuǎn)化與合成CTP——參加磷脂的合成GTP——參加蛋白質(zhì)和嘌呤的合成第二信使——cAMP六、核苷酸的生物學(xué)功能作為核酸的單體細(xì)胞中的攜能物質(zhì)(如ATP、GTP、CTP、GTP)酶的輔助因子的結(jié)構(gòu)成分(如NAD)細(xì)胞通訊的媒介(如cAMP、cGMP)第三節(jié)RNA的結(jié)構(gòu)一、
RNA的結(jié)構(gòu)RNA是AMP、GMP、CMP、UMP通過3’,5’磷酸二酯鍵形成的線形多聚體。(1)
組成RNA的戊糖是核糖(2)堿基中RNA的U替代DNA中的T,此外,RNA中還有一些稀有堿基。(3)天然RNA分子都是單鏈線形分子,只有部分區(qū)域是雙螺旋結(jié)構(gòu)。
雙螺旋區(qū)一般占RNA分子的50%左右。二、
RNA的類型細(xì)胞中的RNA,按其在蛋白質(zhì)合成中所起的作用,主要可分為三種類型。核糖體RNArRNA
轉(zhuǎn)運(yùn)RNAtRNA信使RNAmRNA
此外,真核生物細(xì)胞中有少量核內(nèi)小RNA(smallnuclearRNAsnRNA)
OHO-OO—CH2TO=P—O-3′5′OHOHO-OO—CH2GO=P—O-3′5′OHOO—CH2OHOHAO=P—OO-3′5′3′5′1′PPPOHATGpGpTpAOHpG-T-ApGTA(一)、
tRNAtRNA約占全部RNA的15%主要功能:在蛋白質(zhì)生物合成過程中轉(zhuǎn)運(yùn)氨基酸。已知一級結(jié)構(gòu)的tRNA有多種,每種tRNA可運(yùn)載一種特定的aa,一種aa可由一種或多種tRNA運(yùn)載。結(jié)構(gòu)特點(diǎn):①分子量在25kd左右,70-90b,沉降系數(shù)4S左右。②堿基組成中有較多稀有堿基。③3’末端為…CpCpA-OH,用來接受活化的氨基酸,此末端稱接受末端。④5’末端大多為pG…或pC…⑤二級結(jié)構(gòu)是三葉草形a.配對堿基形成局部雙螺旋而構(gòu)成臂,不配對的單鏈部分則形成環(huán)。三葉草型結(jié)構(gòu)由4臂4環(huán)組成。b.氨基酸臂由7對堿基組成,雙螺旋區(qū)的3’末端為一個4個堿基的單鏈區(qū)-NCCA-OH3’,腺苷酸殘基的羥基可與氨基酸α羧基結(jié)合而攜帶氨基酸。c.二氫尿嘧啶環(huán)以含有2個稀有堿基二氫尿嘧啶而得名,不同tRNA其大小并不恒定,在8-12個核苷酸之間變動,二氫尿嘧啶臂一般由3~4對堿基組成。d.反密碼環(huán)由7個核苷酸組成,大小相對恒定,其中3個核苷酸組成反密碼子,在蛋白質(zhì)生物合成時,可與mRNA上相應(yīng)的密碼子配對。
次黃嘌呤核苷酸(也稱肌苷酸,縮寫為I)常出現(xiàn)于反密碼子中。反密碼臂由5對堿基組成。1966年Crick對于tRNA能識別幾種密碼子的現(xiàn)象,提出堿基配對的“擺動學(xué)說”:認(rèn)為除A-U、G-C配對外,還有非標(biāo)準(zhǔn)配對,I-A、I-C、I-U,并強(qiáng)調(diào)密碼子的5’端第1、2個堿基嚴(yán)格遵循標(biāo)準(zhǔn)配對,而第3個堿基可以非標(biāo)準(zhǔn)配對,具有一定程度的擺動靈活性。e.額外環(huán)在不同tRNA分子中變化較大可在3~18個核苷酸之間變動,又稱為可變環(huán)。其大小往往是tRNA分類的重要指標(biāo)。f.TψC環(huán)(假尿嘧啶核苷-胸腺嘧啶核糖核苷環(huán))含有7個核苷酸,大小相對恒定。幾乎所有的tRNA在此環(huán)中都含TψC序列。
TψC臂由5對堿基組成。
⑥tRNA的三級結(jié)構(gòu):二十世紀(jì)七十年代初科學(xué)家用X線射衍技術(shù)分析發(fā)現(xiàn)tRNA的三級結(jié)構(gòu)為倒L形。
tRNA三級結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)是氨基酸臂與TψC臂構(gòu)成L的一橫,-CCAOH3’末端就在這一橫的端點(diǎn)上,是結(jié)合氨基酸的部位。而二氫尿嘧啶臂與反密碼臂及反密碼環(huán)共同構(gòu)成L的一豎,反密碼環(huán)在一豎的端點(diǎn)上,能與mRNA上對應(yīng)的密碼子識別,二氫尿嘧啶環(huán)與TψC環(huán)在L的拐角上。在tRNA中堿基堆積力是穩(wěn)定tRNA構(gòu)型的主要因素。
(二)、mRNAmRNA是從DNA上轉(zhuǎn)錄而來的,其功能是依據(jù)DNA的遺傳信息,指導(dǎo)各種蛋白質(zhì)的生物合成,每一種蛋白質(zhì)都由一種相應(yīng)的mRNA編碼。細(xì)胞內(nèi)
mRNA種類很多,大小不一,但每種含量極低。從功能上講,一個基因就是一個順反子,原核生物的mRNA是多順反子,真核mRNA是單順反子。順反子:是由順反試驗(yàn)所規(guī)定的遺傳單位,相當(dāng)于一種蛋白質(zhì)的基因。
1、真核mRNA(1)、3’-端有一段約30-300核苷酸的polyA
PolyA是轉(zhuǎn)錄后,經(jīng)polyA聚合酶添加上,polyA聚合酶對mRNA專一,不作用于rRNA和tRNA。原核mRNA一般無polyA。polyA與mRNA半壽期有關(guān),新合成的mRNA,其polyA較長;而衰老的mRNA,其polyA較短。polyA功能:a.PolyA是mRNA由核進(jìn)入胞質(zhì)所必需的形式。b.PolyA大大提高mRNA在胞質(zhì)中的穩(wěn)定性。(2)、5’-帽子5’末端的鳥嘌呤N7被甲基化,鳥嘌呤核苷酸經(jīng)焦磷酸與相鄰的一個核苷酸相連,形成5’-5’-磷酸二酯鍵。帽子結(jié)構(gòu)有三種類型:O型(m7G5’ppp5’Np)I型(m7G5’ppp5’Nmp-Np)II型(m7G5’ppp5’NmpNmpNp)帽子的功能:a.可抵抗5’核酸外切酶降解mRNA。b.可為核糖體提供識別位點(diǎn),使mRNA很快與核糖體結(jié)合,促進(jìn)蛋白質(zhì)合成起始復(fù)合物的形成。
hnRNA內(nèi)含子(intron)mRNA
外顯子(exon)*真核生物mRNA成熟過程2、原核mRNA(多順反子)原核mRNA由先導(dǎo)區(qū)、插入序列、翻譯區(qū)和末端序列組成。沒有5’帽子和3’polyA。舉列:MS2病毒mRNA,3569b,有三個順反子,分別編碼A蛋白、外殼蛋白和復(fù)制酶三種蛋白質(zhì)。5’端先導(dǎo)區(qū)中,有一段富含嘌呤的堿基序列,典型的為5’-AGGAGGU-3’,位于起始密碼子AUG前約10核苷酸處,此序列由Shine和Dalgarno發(fā)現(xiàn),稱SD序列。SD序列和核糖體16S的rRNA的3’末端富含嘧啶堿基的序列互補(bǔ),這種互補(bǔ)序列與mRNA對核糖體的識別有關(guān)。原核mRNA代謝很快,半壽期幾秒至十幾分鐘。
(三)、rRNArRNA占總RNA的80%左右。功能:rRNA是構(gòu)成核糖體的骨架,與核糖體結(jié)合蛋白一起構(gòu)成核糖體,為蛋白質(zhì)的合成提供場所。大腸桿菌中有三類rRNA(原核)5SrRNA、16SrRNA、23SrRNA真核細(xì)胞有四類rRNA5SrRNA、5.8SrRNA、18SrRNA、28SrRNA原核生物
真核生物核糖體rRNA核糖體rRNA70S(30S、50S)16S、5S、23S80S(40S、60S)18S、5S、5.8S、28S
三、RNA組
人們逐漸認(rèn)識到DNA是攜帶遺傳信息分子,蛋白質(zhì)是執(zhí)行生物學(xué)功能分子,而RNA即是信息分子,又是功能分子。為此20世紀(jì)末科學(xué)家在提出蛋白質(zhì)組學(xué)后,又提出RNA組學(xué)。
目前RNA組的研究尚處在初級階段,RNA組的研究將在探索生命奧秘中做出巨大貢獻(xiàn)。
第二節(jié)脫氧核糖核酸(DNA)一、DNA的堿基組成組成DNA的四種堿基:A、G、C、T50年代,Chargaff,Markham等應(yīng)用紙層析及分光光度計(jì)大量測定了各種生物的DNA堿基組成后,發(fā)現(xiàn)如下規(guī)律:1、A=T,G=C。即A+G=C+T。嘌呤與嘧啶的總含量相等。2、DNA堿基組成有嚴(yán)格的種的特異性,即不同的生物具有自己獨(dú)特的堿基組成。3、堿基組成沒有組織和器官的特異性。4、生長發(fā)育階段、營養(yǎng)狀態(tài)和環(huán)境的改變都不影響DNA的堿基組成。二、DNA的一級結(jié)構(gòu)DNA的一級結(jié)構(gòu)是4種脫氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMP、dTMP)通過3’,5’磷酸二酯鍵連接起來的線形或環(huán)狀多聚體。核酸中的核苷酸以3’,5’磷酸二酯鍵構(gòu)成無分支結(jié)構(gòu)的線性分子。
書寫方法:5’→3’5’-pApCpTpG-3’,或5’…ACTG…3’(在DNA中,3/-OH一般是游離的)在DNA分子中,不變的骨架成分磷酸二酯鍵被逐漸省略,真正代表DNA生物學(xué)意義的是堿基的排列順序。遺傳信息貯存在DNA的堿基排列順序中,生物界生物的多樣性即寓于DNA分子4種核苷酸千變?nèi)f化的精確的排列順序中。三、DNA的空間結(jié)構(gòu)1953年,Watson和Crick根據(jù)Chargaff規(guī)律和DNANa鹽纖維的X光衍射數(shù)據(jù)提出了DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)模型。DNA的Na鹽纖維和DNA晶體的X光衍射分析。相對濕度92%,DNA鈉鹽結(jié)晶,B—DNA。相對濕度75%,DNA鈉鹽結(jié)晶,A—DNA。Z—DNA。生物體內(nèi)DNA絕大部分為B—DNA。(一)、B—DNA的結(jié)構(gòu)1、兩條反平行的多核苷酸鏈繞同一中心軸相纏繞,形成右手雙股螺旋,一條5’→3’,另一條3’→5’2、嘌呤與嘧啶堿位于雙螺旋的內(nèi)側(cè),磷酸與脫氧核糖在外側(cè)。磷酸與脫氧核糖彼此通過3’,5’-磷酸二酯鍵相連接,構(gòu)成DNA分子的骨架。
寬1.2nm寬0.6nm大溝小溝深0.85nm深0.75nm
3、螺旋平均直徑2nm,每圈螺旋含10個核苷酸堿基堆積距離:0.34nm螺距:3.4nm4、兩條核苷酸鏈,依靠彼此堿基間形成的氫鏈結(jié)合在一起。堿基平面垂直于螺旋軸。A=T(兩個氫鍵)、G=C(三個氫鍵)。堿基互補(bǔ)原則具有極重要的生物學(xué)意義,DNA的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、反轉(zhuǎn)錄等的分子基礎(chǔ)都是堿基互補(bǔ)。重要特性:1、DNA分子的長度往往很長,如:E.coli的DNA分子量為2.6x109或由4x106堿基組成,長度為1.4x106nm。長度和直徑不對稱,如此細(xì)長的分子對任何機(jī)械力作用都十分敏感。往往制備的DNA樣品是降解了片段。2、DNA分子結(jié)構(gòu)中的堿基互變異構(gòu)體:A和C上氮原子常處于氨基的狀態(tài),G和T氧原子常為酮式。很少有亞胺和烯醇式。否則堿基互補(bǔ)配對就不復(fù)存在。A就很易和C配對,G就很易和T配對。另一方面,偶而也可形成亞胺和烯醇式,可能這就是DNA復(fù)制引起突變的原因之一,這種突變是生物進(jìn)化的動力。3、DNA分子的穩(wěn)定性:①堿基堆積力(主要因素)形成疏水環(huán)境。②堿基處于雙螺旋內(nèi)部的疏水環(huán)境中,可免受水溶性活性小分子的攻擊。③磷酸基上的負(fù)電荷與介質(zhì)中的陽離子或組蛋白的正離子之間形成離子鍵,中和了磷酸基上的負(fù)電荷間的斥力,有助于DNA穩(wěn)定。④堿基配對的氫鍵。GC含量越多,越穩(wěn)定。4、DNA分子的可塑性:在溶液中DNA分子具有較大的可塑性。由于分子上局部區(qū)域受熱力學(xué)的作用,往往使DNA分子發(fā)生彎曲,纏繞或伸展。這種分子變形并不是由于互補(bǔ)堿基對之間的氫鍵瞬間斷裂的結(jié)果,而是由于DNA分子多核苷酸鏈的骨架上的共價鍵的轉(zhuǎn)角改變所引起的。
(二)、A-DNA的結(jié)構(gòu)在相對濕度75%以下所獲得的DNA纖維。A-DNA也是右手雙螺旋,外形粗短。RNA-RNA、RNA-DNA雜交分子具有這種結(jié)構(gòu)。(三)、Z-DNA的結(jié)構(gòu)左手螺旋的DNA。天然B-DNA的局部區(qū)域可以形成Z-DNA。說明B-DNA與Z-DNA之間是可以互相轉(zhuǎn)變的。Z-DNA只有一條小溝。
四、環(huán)形DNA生物體內(nèi)有些DNA是以雙鏈環(huán)狀DNA的形式存在,包括:某些病毒DNA、某些噬菌體DNA、某些細(xì)菌染色體DNA、細(xì)菌質(zhì)粒DNA、真核細(xì)胞中的線粒體DNA、葉綠體DNA1、環(huán)形DNA的不同構(gòu)象松馳環(huán)、解鏈環(huán)、負(fù)超螺旋(1)、松弛環(huán)形DNA線形DNA直接環(huán)化(2)、解鏈環(huán)形DNA線形DNA擰松后再環(huán)化(3)、正超螺旋與負(fù)超螺旋DNA線形DNA擰緊或擰松后再環(huán)化,成為超螺旋結(jié)構(gòu)。繩子的兩股以右旋方向纏繞,如果在一端使繩子向纏緊的方向旋轉(zhuǎn),再將繩子兩端連接起來,會產(chǎn)生一個左旋的超螺旋,以解除外加的旋轉(zhuǎn)造成的脅變,這樣的超螺旋叫正超螺旋。如果在繩子一端向松纏方向旋轉(zhuǎn),再將繩子兩端連接起來,會產(chǎn)生一個右旋的超螺旋,以解除外加的旋轉(zhuǎn)所造成的脅變,這樣的超螺旋稱負(fù)超螺旋。對于右手螺旋的DNA分子,如果每圈初級螺旋的堿基對數(shù)小于10.4,則其二級結(jié)構(gòu)處于緊纏狀態(tài),是正超螺旋。如果每圈初級螺旋的堿基對數(shù)大于10.4,則其二級結(jié)構(gòu)處于松纏狀態(tài),是負(fù)超螺旋。
2、拓?fù)洚悩?gòu)酶此酶能改變DNA拓?fù)洚悩?gòu)體的L值。①拓?fù)洚悩?gòu)酶酶I(擰緊)能使雙鏈負(fù)超螺旋DNA轉(zhuǎn)變成松馳形環(huán)狀DNA,每一次作用可使L值增加1,同時,使松馳環(huán)狀DNA轉(zhuǎn)變成正超螺旋。②拓?fù)洚悩?gòu)酶酶II(擰松)能使松馳環(huán)狀DNA轉(zhuǎn)變成負(fù)超螺旋形DNA,每次催化使L減少2,同時能使正超螺旋轉(zhuǎn)變成松馳DNA。
五、
DNA的生物學(xué)功能直接證明DNA的遺傳功能的是Avery的肺炎雙球菌轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)。間接的證據(jù):1、DNA分布在染色體內(nèi),是染色體的主要成分,而染色體是直接與遺傳有關(guān)的。2、細(xì)胞核內(nèi)DNA含量十分穩(wěn)定,而且與染色體數(shù)目的多少有平行關(guān)系,體細(xì)胞(雙倍體)DNA含量為生殖細(xì)胞(單倍體)DNA含量的兩倍。3、DNA在代謝上較穩(wěn)定,不受營養(yǎng)條件,年齡等因素影響。4、可作用于DNA的一些物理和化學(xué)因素,如:紫外線、X-射線、氮芥等都可以引起遺傳特性的改變。第四節(jié)核酸的某些理化性質(zhì)與常用的研究方法一、酸性化合物
兩性解離,但酸性強(qiáng)電泳行為——泳向正極(pH7-8)等電點(diǎn):RNApH2.0—2.5DNApH4.0—4.5二、核酸的水解DNA和RNA中的糖苷鍵與磷酸酯鍵都能用化學(xué)法和酶法水解。1、
酸水解:在酸性條件下DNA和RNA都會發(fā)生磷酸二酯鍵水解。并且堿基和核糖之間的糖苷鍵更易被水解,其中嘌呤堿的糖苷鍵比嘧啶堿的糖苷鍵對酸更不穩(wěn)定。2堿水解:RNA的磷酸酯鍵易被水解,而DNA的磷酸酯鍵不易被水解。室溫,0.3--1mol/LNaOH可將RNA完全水解,得到2’-或3’-磷酸核苷的混合物。在相同條件下,DNA不被水解。這是因?yàn)镽NA中C’2-OH的存在,促進(jìn)了磷酸酯鍵的水解。DNA、RNA水解難易程度的不同具有極為重要的生理意義。DNA穩(wěn)定,遺傳信息。RNA是DNA的信使,完成任務(wù)后降解。3、酶水解:水解核酸的酶有很多種,若按底物專一性分類:作用于RNA的稱為核糖核酸酶(ribonuclease,RNase)作用于DNA的則稱為脫氧核糖核酸酶(deoxyribonuclease,DNase)。按對底物作用方式分類:核酸內(nèi)切酶(endonuclease)、核酸外切酶(exonuclease)核酸內(nèi)切酶是非常重要的工具酶,在基因工程中有廣泛用途。而核酸外切酶只對核酸末端的3’,5’磷酸二酯鍵有作用,將核苷酸一個一個切下,可分為5’→3’外切酶,與3’→5’外切酶。
三、核酸的紫外吸收堿基具有共軛雙鍵,使堿基、核苷、核苷酸和核酸在240~290nm的紫外波段有強(qiáng)烈的光吸收,λmax=260nm1、鑒定純度純DNA的A260/A280應(yīng)為1.8,若大于1.8,表示污染了RNA。純RNA的A260/A280應(yīng)為2.0。若溶液中含有雜蛋白或苯酚,則A260/A280比值明顯降低。
2、含量計(jì)算1個吸光度值相當(dāng)于:50ug/mL雙螺旋DNA或:40ug/mL單螺旋DNA(或RNA)或:20ug/mL寡核苷酸3、增色效應(yīng)與減色效應(yīng)增色效應(yīng):在DNA的變性過程中,吸光系數(shù)增大。減色效應(yīng):在DNA的復(fù)性過程中,吸光系數(shù)減小。
四、核酸的分離純化要求:盡可能保持其天然狀態(tài)。條件溫和,防止過酸、過堿。避免劇烈攪拌,抑制核酸酶。1、DNA分離純化真核DNA以核蛋白(DNP)形式存在,DNP溶于水或鹽(1mol/L),但不溶于0.14mol/LNacl中,利用此性質(zhì),提取出DNP。DNA核蛋白可用水飽和的酚抽提,去除蛋白質(zhì)。還可用氯仿異戊醇去除蛋白質(zhì)。2、RNA的制備(重點(diǎn)介紹mRNA的分離、純化)用0.14mol/LNacl使DNP沉淀,上清中即為RNA核蛋白(RNP)。去蛋白:鹽酸胍、苯酚等必須防止RNA酶對RNA的破壞。五、核酸的沉降特性不同構(gòu)象的核酸(線形、環(huán)形、超螺旋),密度和沉降速率不同,用密度梯度離心就可以將它們區(qū)分開來。應(yīng)用溴化乙錠-氯化銫密度梯度離心,很容易將不同構(gòu)象的DNA、RNA及蛋白質(zhì)分開,這一方法常用于質(zhì)粒DNA的純化。六、凝膠電泳1、瓊脂糖電泳①
核酸分子的大小,遷移率與分子量的對數(shù)成反比②
凝膠濃度③
DNA的構(gòu)象,超螺旋最快,線形其次,環(huán)形最慢。④
電流,不大于5V/cm電泳完以后,用熒光染料溴化乙錠染色。經(jīng)紫外光照射,可發(fā)出紅-橙色可見熒光。此方法十分靈敏,0.1ugDNA即可用此法檢出。凝膠上的樣品還可回收,供進(jìn)一步研究之用。
2、
PAGE電泳聚丙烯酰胺凝膠孔徑比瓊脂糖凝膠要小,所以可用分析小于1000bp的DNA和RNA片段。也用溴化乙錠染色,但發(fā)出熒光很弱,濃度很低的樣品不能用此法檢測出來,需要用亞甲藍(lán)或銀染來顯示。七、核酸的變性、復(fù)性和雜交變性、復(fù)性是核酸的重要的物化性質(zhì),相對蛋白質(zhì)來說,核酸可以耐受反反復(fù)復(fù)的變性、復(fù)性。這也是核酸研究技術(shù)的基礎(chǔ)。(一)、變性在一定理化因素作用下,核酸雙螺旋等空間結(jié)構(gòu)中堿基之間的氫鍵斷裂,變成單鏈的現(xiàn)象稱為變性。不涉及共價鍵斷裂。多核苷酸骨架上共價鍵的斷裂稱核酸的降解。DNA的變性是爆發(fā)式的,變性作用發(fā)生在一個很窄的溫度范圍內(nèi)。熱變性因素酸堿變性(pH小于4或大于11,堿基間氫鍵全部斷裂)變性劑(尿素、鹽酸胍、甲醛)
260nm吸收值升高。變性后粘度降低,浮力密度升高。二級結(jié)構(gòu)改變,部分失活。熔解溫度(Tm)或稱熔點(diǎn):DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)失去一半時對應(yīng)的溫度。DNA的Tm一般在85—95℃之間。(濃度50ug/mL時,雙鏈DNAA260=1.00,完全變性(單鏈)A260=1.37.當(dāng)A260增加到最大增大值一半時,即1.185時,對應(yīng)的溫度即為Tm。)8090100100%50%OD260
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