放線菌伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)

第十章

微生物的分類和鑒定

●分類:在研究微生物相似性的基礎(chǔ)上，把每一微生物編排在一定的分類單元中，制定出檢索表?！耔b定：運(yùn)用現(xiàn)代分類系統(tǒng)，通過具體菌株描述，給未知物一個(gè)具體的分類位置?！衩喊凑諊H命名法規(guī)，給每個(gè)新的分類群一個(gè)新的學(xué)名。分類學(xué)的具體任務(wù):一、種以上的系統(tǒng)分類單元（一）7級(jí)分類單元界

（Kingdom）(Regnum)門

（Phylum）(Phylum)綱（Class）(Classis)目（Order）(Ordo)科（Family）(Familia)屬（Genus）(Genus)種（Species）(Species)第一節(jié)通用分類單元（二）種的概念●種：微生物的基本分類單位，具有許多共同特征的菌株的集合?！竦湫途辏╰ypestrain）:最具種特征的代表菌株。

模式種（typespecies）：典型菌株的實(shí)體，常保藏于標(biāo)本室中。

●菌種保藏中心ATCC：美國典型菌種保藏中心CCTCC：中國典型菌種保藏中心：二、學(xué)名

●雙名法：Bacillussubtilis（屬名＋種名加詞）●三名法：Acetobacterpasteurianussubsp.pasteurianus

●縮寫：B.Subtilis●學(xué)名與俗名●亞種：在種內(nèi)有一個(gè)穩(wěn)定特征不同于模式種的菌株，為最低等級(jí)的分類單元?！裥停悍欠诸悊挝唬N內(nèi)特征小差異的菌株。●菌株：同種的不同個(gè)體。三、亞種以下的幾個(gè)分類名詞第二節(jié)微生物在生物界的地位

五界系統(tǒng)：

●

三域?qū)W說（Woese等）

第三節(jié)各大類微生物的分類系統(tǒng)綱要

一、Bergey氏原核生物分類系統(tǒng)綱要

《Bergey’sManualofSystematicBacterialogy》1,2版

《Bergey’sManualofDeterminativeBacterialogy》1~9版

11《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》1923年第一版1948年第六版1925年第二版1957年第七版1930年第三版1974年第八版1934年第四版1994年第九版1939年第五版由于G+Cmol%測(cè)定，核酸雜交和16SrRNA寡核苷酸序列測(cè)定等新技術(shù)引入，使原核微生物分類從表型、實(shí)用性鑒定指標(biāo)為主進(jìn)入遺傳型的系統(tǒng)分類，因此1980年起開始編《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》簡稱《系統(tǒng)手冊(cè)》1213《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》1984-1989（第一版）1986年第一卷:一般醫(yī)學(xué)上或工業(yè)的重要的革蘭氏陰性菌1988年第二卷:除了放線菌之外的革蘭氏陽性菌1989年第三卷:古細(xì)菌、藍(lán)細(xì)菌和第一卷以外的其余的G-菌1989年第四卷:放線菌《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》2000年

（第二版）5卷原核生物分為古生菌界和細(xì)菌界，相當(dāng)于Woese的細(xì)菌域和古生菌域古生菌界包括2門，5組，8綱，11目，17科和63屬，共208個(gè)種細(xì)菌界包括16門，26組，27綱，62目，163科和814屬，共4727個(gè)種故整個(gè)原核生物界包括4935種14二、Ainsworth等人的真菌分類系統(tǒng)綱要目前被認(rèn)同的真菌分類系統(tǒng)是Ainsworth第七版（1983年）的分類系統(tǒng)。將真菌歸在菌物界，包括：粘菌門和真菌門。1516真菌分類系統(tǒng)17真菌分類系統(tǒng)

第四節(jié)微生物分類鑒定方法一、經(jīng)典分類鑒定方法◆傳統(tǒng)分類的細(xì)菌鑒定程序◆細(xì)菌自動(dòng)鑒定系統(tǒng)API數(shù)值鑒定系統(tǒng)BBL鑒定系統(tǒng)Biolog鑒定系統(tǒng)程序：1、獲取輔助特征2、培養(yǎng)菌懸液加入生化反應(yīng)板培養(yǎng)自動(dòng)掃描自動(dòng)鑒定打印結(jié)果細(xì)菌自動(dòng)鑒定程序二、現(xiàn)代分類鑒定方法細(xì)菌化石（一）微生物遺傳型的鑒定（1）DNA堿基比例的測(cè)定（G+C）mol%：解鏈溫度法（Tm值）

(G+C)mol%值只能做否定判斷；（G+C）mol%值差別>5，屬不同的種；差別>10，屬不同的屬。（2）核酸分子雜交法

DNA-DNA雜交（固相雜交法）

單鏈DNA（待測(cè)菌株）↓轉(zhuǎn)硝酸纖維素膜↓加入放射性標(biāo)志參照菌DNA（單鏈）↓洗去未雜交DNA↓

閃爍計(jì)數(shù)器計(jì)數(shù)測(cè)定放射強(qiáng)度

結(jié)論：

1.DNA同源性≥60%（同種）

2.DNA同源性≥70%（同亞種）

3.DNA同源性60~70%（不同亞種）

4.DNA同源性20~60%（同屬）（3）16srRNA作為細(xì)菌進(jìn)化的計(jì)時(shí)器生物共有的一定的信息量（1542個(gè)核苷酸）一定的保守性便于比較研究

16srRNA核苷酸序列分析：

●DNA-PCR法

提取DNA↓PCR擴(kuò)增16SrRNA基因

↓

PCR產(chǎn)物純化↓

16SrRNA基因序列測(cè)定↓

Genbank檢索相似性結(jié)果的一般判斷：AB≥97%同種AB為85~97%同屬AB≤85%不同屬（二）細(xì)胞化學(xué)組分的鑒定（放線菌）細(xì)胞結(jié)構(gòu)成分

壁肽聚糖、化學(xué)組分

膜枝菌酸（棒桿菌酸；分枝菌酸）甲基萘醌

全細(xì)胞水解糖類1.細(xì)胞壁化學(xué)類型（分為9種類型）

---氨基酸：DAP（二氨基庚二酸）

Gly、Lys、Asp、Orn---糖類：阿拉伯糖、半乳糖2.全細(xì)胞水解液的糖型糖類型特征糖類

A半乳糖、阿拉伯糖、

B馬杜拉糖

C無特征糖類

D木糖、阿拉伯糖

E半乳糖

3.數(shù)值分類法（統(tǒng)計(jì)分類法）

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相似系數(shù)的計(jì)算；（1）菌株選擇