基因組學(xué)課件基因組測(cè)序與序列組裝

基因組學(xué)課件基因組測(cè)序與序列組裝第一頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.1DNA測(cè)序的方法學(xué)鏈終止法（Thechainterminationmethod）（Sanger，1977）原理：通過(guò)合成與單鏈DNA互補(bǔ)的多核苷酸鏈來(lái)讀取待測(cè)DNA分子的順序，合成的互補(bǔ)單鏈可在不同位置隨機(jī)終止反應(yīng)化學(xué)降解法（Chemicaldegradationmethod）（MaxamandGilbert,1977）原理：雙鏈DNA分子經(jīng)化學(xué)試劑處理，可在特定的核苷酸位點(diǎn)產(chǎn)生切口。用同位素標(biāo)記測(cè)序堿基，以此確定順序組成第二頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.1.1鏈終止法測(cè)序

技術(shù)要點(diǎn)

:制備相同的單鏈模板DNA加入少量的雙脫氧核苷酸（dideoxynucleotide，ddNTP）第三頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五技術(shù)路線與要求制備單鏈模板↓將單鏈模板與一小段引物退火↓加入DNA多聚酶

4種脫氧核苷酸分別加入少量4種雙脫氧核苷酸↓將4種反應(yīng)產(chǎn)物分別在4條泳道電泳↓根據(jù)4個(gè)堿基在4條泳道的終止位置讀出基因序列

A克隆于質(zhì)粒中DNA→用堿或熱變性BM13克隆單鏈DNA（單鏈→雙鏈→單鏈）C噬?？寺NA(helper)→單鏈DPCR產(chǎn)生單鏈DNAA高聚合酶活性B5’→3′外切酶活性？C3′→5′外切酶活性？ddATP/ddCTP/ddGTP/ddTTP的3’碳原子連接的是氫原子,不是羥基第四頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五第五頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五圖4.1

鏈終止法測(cè)序

第六頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五第七頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五圖4.2用于測(cè)序的DNA多聚酶

第八頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五用于測(cè)序的DNA多聚酶Klenow多聚酶由大腸肝菌DNA多聚酶I而來(lái)5‘→3’酶切活性已被切除合成長(zhǎng)度250bp，缺乏單一性測(cè)序酶（Sequenase）由噬菌體T7編碼的DNA多聚酶有很高的加工效率無(wú)外切核酸酶活性能利用修飾的核苷酸作為底物第九頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五制備單鏈DNA的方法

將DNA克隆到質(zhì)粒載體中雙鏈→堿或熱變性為單鏈2條互補(bǔ)單鏈，雙向測(cè)序缺點(diǎn)：未純化的DNA污染以M13載體克隆單鏈DNAM13復(fù)制產(chǎn)生單鏈，不用變性只能用于小片段DNA，大片段容易丟失或重排第十頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五利用噬菌體M13制備單鏈DNA第十一頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五制備單鏈DNA的方法

以噬粒（phagemid）克隆DNA2個(gè)復(fù)制原點(diǎn)：質(zhì)粒&M13噬粒和輔助噬菌體（helperphage）克隆片段大于10kbPCR產(chǎn)生單鏈DNA引物對(duì)一側(cè)連接小磁珠吸磁提純擴(kuò)增第十二頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五利用PCR制備模板DNA用于鏈終止法測(cè)序

第十三頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五不同類型的引物用于鏈終止法測(cè)序

第十四頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五熱循環(huán)測(cè)序優(yōu)點(diǎn)：

1）作為模板的樣本可以是雙鏈DNA

2）僅需微量的DNA模板

第十五頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五PCR后處理15μl反應(yīng)液，加入60μl75%異丙醇（45μl異丙醇+15μl滅菌水）上下顛倒，RT，20min離心，Max，4500rpm，20℃，45分鐘。溫度不要低于15℃，溫度過(guò)低則容易使引物沉淀下來(lái)，影響測(cè)序結(jié)果倒掉上清，去掉蓋，翻轉(zhuǎn)離心，700rpm，20℃，1min，然后放在PCR儀上，打開(kāi)蓋，94.0℃，30sec加入10μl甲醛，混勻，94℃，6min。完成后，迅速置于冰上，冰水混合物為好第十六頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五技術(shù)的多樣性和靈活性第十七頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.1.2化學(xué)降解法

基本原理在選定的核苷酸堿基中引入化學(xué)基團(tuán)再經(jīng)化合物處理使DNA分子在被修飾的核苷酸位置降解第十八頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五圖4.7化學(xué)降解測(cè)序法

第十九頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五M-G法所用的化學(xué)修飾技術(shù)堿基特異修飾方法GpH8.0，用硫酸二甲酯對(duì)N7進(jìn)行甲基化，使C8-C9鍵對(duì)堿基裂解有特殊敏感性A+GpH2.0，哌啶甲酸可使嘌呤環(huán)的N原子化，從而導(dǎo)致脫嘌呤，并因此削弱腺嘌呤和鳥(niǎo)嘌呤的糖苷鍵C+T肼可打開(kāi)嘧啶環(huán)，后者重新環(huán)化成五元環(huán)后易于除去C在1.5mol/LNaCl存在時(shí)，可用肼除去胞嘧啶第二十頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.1.3自動(dòng)化測(cè)序第二十一頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五以熒光化合物標(biāo)記雙脫氧核苷酸進(jìn)行自動(dòng)測(cè)序ddATPddCTPddTTPddGTP第二十二頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五毛細(xì)管電泳測(cè)序裝置

a）一束并列的充滿凝膠的用于DNA測(cè)序的毛細(xì)管b）共聚焦熒光掃描顯微鏡第二十三頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五ABIPRISM3100GeneticAnalyzer第二十四頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五ABIPRISM3100GeneticAnalyzer第二十五頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五ABIPRISM3100GeneticAnalyzer第二十六頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五ABIPRISM3100GeneticAnalyzer第二十七頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五第二十八頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五非常規(guī)DNA測(cè)序——光點(diǎn)測(cè)序光點(diǎn)測(cè)序脫氧三磷酸核苷酸連接到DNA3’-末端時(shí)會(huì)釋放1個(gè)焦磷酸(PPi)焦磷酸在磷酸化酶的作用下轉(zhuǎn)化為化學(xué)能,并發(fā)出光亮往反應(yīng)液中每次只加入1種核苷酸,當(dāng)加入的核苷酸結(jié)合時(shí),反應(yīng)液發(fā)出亮點(diǎn),并記錄核苷酸種類當(dāng)核苷酸未結(jié)合時(shí),反應(yīng)液中的核苷酸酶迅速分解此核苷酸,由此來(lái)測(cè)定DNA序列第二十九頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五測(cè)序如何加快100倍的

乳膠材料和皮升級(jí)反應(yīng)孔的焦磷酸鹽測(cè)序法特點(diǎn)：一個(gè)典型的反應(yīng)可以在4小時(shí)內(nèi)測(cè)出2千5百萬(wàn)個(gè)堿基，準(zhǔn)確率可達(dá)到99％Sanger毛細(xì)管電泳法測(cè)序平均每個(gè)小時(shí)可讀6萬(wàn)7千個(gè)堿基，平均準(zhǔn)確率為99.4％PCR反應(yīng)：隨機(jī)切割基因組，將雙鏈解旋，給單鏈的DNA加上接頭每顆珠子帶有自己特有的單一的DNA片段，然后在倒入的含有PCR必需試劑的乳膠顆粒中發(fā)生PCR反應(yīng)，PCR在不同的地方終結(jié)使珠子帶有同一DNA模板的不同拷貝的DNA洗去乳膠物質(zhì)，使DNA變性，將帶有單鏈DNA的珠子加入到光學(xué)纖維玻片（fibre-opticslide）上加入更小的帶有焦磷酸鹽測(cè)序所需酶的顆粒第三十頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五工作流程a是光學(xué)纖維玻片裝載的地方，從ATGC瓶子來(lái)的溶液垂直流過(guò)開(kāi)放板面，進(jìn)行PCR反應(yīng)b是電荷偶聯(lián)裝置（charge-coupleddevice,CCD，掃描儀一般也采用這種原理成像）,負(fù)責(zé)捕獲每個(gè)孔發(fā)出的光子c就是負(fù)責(zé)與人進(jìn)行交互作用的電腦裝置454生命科學(xué)公司W(wǎng)atson血液樣本，給DNA的老爸做一份基因組圖譜---100天第三十一頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五Solexa基本原理基因組DNA被隨機(jī)打斷成為小的DNA片斷；并在DNA片斷的兩端連上接頭(adapter)

Solexa測(cè)序?qū)Ｓ玫臏y(cè)序芯片（flowcell）表面連接有一層單鏈引物（Primer）,單鏈狀態(tài)的DNA片斷與芯片表面的引物通過(guò)堿基互補(bǔ)被一端“錨定”在芯片上通過(guò)擴(kuò)增反應(yīng)使得單鏈DNA成為雙鏈DNA

雙鏈再次變性后成為單鏈，其一端“錨定”在測(cè)序芯片上，另外一端（5’或3’）隨機(jī)和附近的另外一個(gè)引物互補(bǔ)，被“錨定”住，形成“橋“(bridge)

在測(cè)序芯片上同時(shí)有上千萬(wàn)DNA單分子發(fā)生以上的反應(yīng)4中形成的單鏈橋，以周?chē)囊餅閿U(kuò)增引物，在測(cè)序芯片表面再次進(jìn)行擴(kuò)增，形成雙鏈雙鏈經(jīng)變性成單鏈，再次形成橋，成為下一輪擴(kuò)增模板繼續(xù)擴(kuò)增反應(yīng)在反復(fù)進(jìn)行30輪擴(kuò)增，每個(gè)單分子得到了1000倍擴(kuò)增，成為單克隆“DNA簇群”“DNA簇群”在Solexa測(cè)序儀上進(jìn)行序列分析測(cè)序反應(yīng)：專利的“可逆性末端終結(jié)反應(yīng)”，提高堿基合成來(lái)進(jìn)行測(cè)序。四種堿基分別標(biāo)記四種不同熒光，每個(gè)堿基末端被保護(hù)基團(tuán)封閉，單次反應(yīng)只能加入一個(gè)堿基，經(jīng)過(guò)掃描，讀取該次反應(yīng)顏色后，該保護(hù)基團(tuán)被除去，下一個(gè)反應(yīng)可繼續(xù)進(jìn)行，如此反復(fù)，得出堿基的精確序列第三十二頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五Solexa測(cè)序原理第三十三頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五Solexa技術(shù)特色每張測(cè)序芯片有8個(gè)通道，每個(gè)通道可單獨(dú)運(yùn)行一個(gè)樣品，也可以把多個(gè)樣品混合在一起檢測(cè)；一次實(shí)驗(yàn)可讀取大于15億個(gè)堿基/芯片可精確讀取重復(fù)序列，如：AAAAAAAAAAAAAAAAA,TTTTTTTTTTTTT

實(shí)驗(yàn)費(fèi)用低，測(cè)序成本為傳統(tǒng)測(cè)序方法的1/100

無(wú)需建庫(kù)，自動(dòng)化樣品制備，簡(jiǎn)單，成本低樣本使用效率極高，所以對(duì)少量樣本也可以極靈敏精確地檢測(cè)（1ugDNA即可以進(jìn)行末端雙向測(cè)序反應(yīng)）可以進(jìn)行35堿基長(zhǎng)度的末端雙向測(cè)序反應(yīng)第三十四頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五納米孔道測(cè)序法——Nanopore納米孔道測(cè)序法利用當(dāng)單鏈DNA分子在外加電壓下通過(guò)納米尺寸的孔道時(shí)產(chǎn)生的離子電流阻滯來(lái)測(cè)序電流阻滯的調(diào)制顯示出分子的長(zhǎng)度、組成、結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)行為第三十五頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五非常規(guī)DNA測(cè)序——DNA芯片測(cè)序基本原理將各種排列順序的寡核苷酸點(diǎn)播在芯片上,每個(gè)點(diǎn)播的寡核苷酸在排列的方陣中都有指定的位置待檢測(cè)的DNA分子與芯片溫浴,凡是能雜交的寡核苷酸都會(huì)在確定位置發(fā)出信號(hào),然后根據(jù)獲取的信息將寡核苷酸的順序進(jìn)行對(duì)比組裝,拼接成完全的DNA順序第三十六頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五芯片技術(shù)測(cè)序第三十七頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五利用基因芯片進(jìn)行雜交測(cè)序的原理第三十八頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.2DNA順序的組裝

鳥(niǎo)槍法（shotgun）

克隆重疊法

引導(dǎo)鳥(niǎo)槍法

第三十九頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.2.1隨機(jī)測(cè)序與序列組裝流感嗜血桿菌（Haemorphilusinfluenzae）順序組裝1830kb（1995年，F(xiàn)leischmann）流程：超聲波將純化的DNA隨機(jī)打成2.0kb的片段瓊脂糖凝膠分離收集1.6~2.0kb片段連接到質(zhì)?？寺≥d體，構(gòu)建質(zhì)粒文庫(kù)隨機(jī)挑取19687個(gè)克隆，進(jìn)行了28643次測(cè)序可讀順序11,631,485bp，6×基因組組裝獲得140個(gè)覆蓋全基因組的順序重疊群第四十頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五用鳥(niǎo)槍法完成流感嗜血桿菌基因組測(cè)序第四十一頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五空隙（gap）順序間隙（sequencegap）測(cè)序遺漏序列相鄰已知序列為探針篩選陽(yáng)性克隆99個(gè)遺漏間隙物理間隙（physicalgap）建庫(kù)丟失（載體或宿主選用不當(dāng)）新建文庫(kù)：PCR或探針篩選42→23第四十二頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五流感嗜血桿菌基因組完整順序的組裝

第四十三頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五果蠅基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序180Mb，3對(duì)常染色體，1對(duì)性染色體

1/3為異染色質(zhì)4.2.1隨機(jī)測(cè)序與序列組裝

第四十四頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五果蠅測(cè)序策略構(gòu)建3個(gè)基因組文庫(kù)2kb：測(cè)序10kb：覆蓋重復(fù)序列-----contig130kb：大范圍序列組裝-----Scaffold末端測(cè)序3×106個(gè)末端測(cè)序2%來(lái)自于異色質(zhì)DNASTS結(jié)合物理圖篩選——95%區(qū)域單一重疊群（U-contig）和支架：20Mb,97.5%第四十五頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五

用于果蠅基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序的文庫(kù)載體

（kb)插入子長(zhǎng)度

成對(duì)末端序列

測(cè)序的覆蓋面

高拷貝質(zhì)粒27323807.3x低拷貝質(zhì)粒105499745.4xBAC13098690.07x總數(shù)129082312.8x第四十六頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五鳥(niǎo)槍法的優(yōu)勢(shì)與局限優(yōu)點(diǎn)速度快，無(wú)需提供相關(guān)的遺傳圖與物理圖生殖道支原體（Mycoplasmagenitalium）590kb，5人8周局限大基因組，結(jié)構(gòu)過(guò)于復(fù)雜，序列組裝的起始階段工作量非常大小重復(fù)順序及其數(shù)量，在順序組裝時(shí)可能出現(xiàn)錯(cuò)誤連接美國(guó)斯坦福大學(xué)：CeleraGenomics公司果蠅基因組注釋，29%完全正確，26%基本正確，45%有嚴(yán)重錯(cuò)誤第四十七頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.2.2限定測(cè)序與序列組裝

在一些已經(jīng)繪制了遺傳圖與物理圖的生物基因組測(cè)序中，先進(jìn)行各個(gè)克隆的隨機(jī)測(cè)序，再按照基因組物理圖進(jìn)行序列組裝，即重疊克隆群測(cè)序第四十八頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五指導(dǎo)隨機(jī)測(cè)序法的工作流程

第四十九頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.2.3指導(dǎo)測(cè)序與序列組裝第五十頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.3基因組測(cè)序的其它路線

重要區(qū)域的優(yōu)先測(cè)序

人類主要組織相容性復(fù)合區(qū)

(humanmajorhistocompatibilitycomplex,hMHC)的測(cè)序正是根據(jù)這一考慮率先完成的

EST測(cè)序

瀏覽測(cè)序

第五十一頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五人類主要組織相容性復(fù)合區(qū)（MHC）位于第6號(hào)染色體，全長(zhǎng)3.6x106bp，與人類免疫系統(tǒng)有關(guān)諸如類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎，牛皮蘚等炎癥以及從癌癥到閱讀障礙等不同的疾病均與該區(qū)的遺傳缺陷有關(guān)（Beck，1999）人類MHC區(qū)由224個(gè)基因座組成，其中有93個(gè)座位（41.5%）是直接通過(guò)基因組測(cè)序發(fā)現(xiàn)的人類MHC區(qū)是迄今為止已測(cè)序的人類基因組中基因分布最密集的區(qū)域，平均每16kb含一個(gè)基因，也是多態(tài)性最豐富的區(qū)域，有些座位等位基因成員超過(guò)200

第五十二頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五EST測(cè)序的優(yōu)點(diǎn)mRNA可直接反轉(zhuǎn)錄為cDNA，并很易構(gòu)建cDNA文庫(kù)

只需一次cDNA測(cè)序即可獲取EST的順序，500bp的cDNA序列足以鑒定所代表的基因

不必反復(fù)檢測(cè)EST順序的準(zhǔn)確性

第五十三頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五瀏覽測(cè)序（sequenceskimming）粗略分析初步測(cè)序結(jié)果從中尋找基因編碼順序的方法

第五十四頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五4.4人類基因組的測(cè)序與組裝

2001年2月由國(guó)際人類基因組測(cè)序聯(lián)合體與CeleraGenomics同時(shí)發(fā)表的兩份人類基因組順序草圖是采用物理圖與鳥(niǎo)槍法有機(jī)結(jié)合的技術(shù)路線完成的（Venteretal.2001;InternationalHumanGenomeSequencingConsortium,2001）

第五十五頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五基因組計(jì)劃專門(mén)術(shù)語(yǔ)SequenceRawsequence：Individualunassembledsequencereads,producedbysequencingofclonescontainingDNAinserts原始序列：直接從克隆載體插入子閱讀的單個(gè)序列，尚未組裝Paired-endsequence：Rawsequenceobtainedfrombothendsofaclonedinsertinanyvector,suchasaplasmidorbacterialartificialchromosome成對(duì)末端序列：從任何基因組文庫(kù)的克隆插入子兩端讀取的原始序列，包括質(zhì)粒、PAC和BAC載體插入子Finishedsequence：Completesequenceofacloneorgenome,withanaccuracyofatleast99.99%andnogaps完成序列：已完成測(cè)序的任何一個(gè)克隆或基因組的序列，它們是連續(xù)的，不含任何內(nèi)部間隙，誤差率0.01%Coverage(ordepth)：Theaveragenumberoftimesanucleotideisrepresentedbyahigh-qualitybaseinacollectionofrandomrawsequence.Operationally,ahigh-qualitybase'isdefinedasonewithanaccuracyofatleast99%(correspondingtoaPHREDscoreofatleast20)覆蓋面（或深度）：每個(gè)核苷酸在完成序列中平均出現(xiàn)的次數(shù)，或者是完成序列長(zhǎng)度與組裝序列長(zhǎng)度之比Fullshotguncoverage：Thecoverageinrandomrawsequenceneededfromalarge-insertclonetoensurethatitisreadyforfinishing;thisvariesamongcentresbutistypically8±10-fold.Cloneswithfullshotguncoveragecanusuallybeassembledwithonlyahandfulofgapsper100kb完全鳥(niǎo)槍法覆蓋面：從克隆的大插入子獲取的隨機(jī)的原始序列覆蓋面，用于序列的組裝。鳥(niǎo)槍法覆蓋面一般在8~10倍之間，組裝時(shí)只允許100kb含1個(gè)間隙Halfshotguncoverage：Halftheamountoffullshotguncoverage(typically,4±5-foldrandomcoverage)半鳥(niǎo)槍法覆蓋面：覆蓋面僅為完全覆蓋面的1/2第五十六頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五ClonesBACclone：BacterialartificialchromosomevectorcarryingagenomicDNAinsert,typically100±200kb.Mostofthelarge-insertclonessequencedintheprojectwereBACclonesFinishedclone：Alarge-insertclonethatisentirelyrepresentedbyfinishedsequence完成的克?。汉幸堰_(dá)到完成序列標(biāo)準(zhǔn)的克隆插入子Fullshotgunclone：Alarge-insertcloneforwhichfullshotgunsequencehasbeenproduced完全鳥(niǎo)槍法克?。喝坑渗B(niǎo)槍法測(cè)序的大插入子克隆Draftclone：Alarge-insertcloneforwhichroughlyhalf-shotgunsequencehasbeenproduced.Operationally,thecollectionofdraftclonesproducedbyeachcentrewasrequiredtohaveanaveragecoverageoffourfoldfortheentiresetandaminimumcoverageofthreefoldforeachclone草圖克?。赫w上覆蓋面僅為4×的大插入子克隆，其中某些序列的覆蓋面最小倍數(shù)為3Predraftclone：Alarge-insertcloneforwhichsomeshotgunsequenceisavailable,butwhichdoesnotmeetthestandardsforinclusioninthecollectionofdraftclones預(yù)草圖克?。阂延鞋F(xiàn)成的某些鳥(niǎo)槍法序列的大插入子克隆，但是尚未滿足草圖克隆的要求第五十七頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五ContigsandscaffoldsContig：Theresultofjoininganoverlappingcollectionofsequencesorclones重疊群：一組由重疊序列或克隆連接的序列Scaffold：Theresultofconnectingcontigsbylinkinginformationfrompaired-endreadsfromplasmids,paired-endreadsfromBACs,knownmessengerRNAsorothersources.Thecontigsinascaffoldareorderedandorientedwithrespecttooneanother支架：由質(zhì)?；駼AC成對(duì)末端序列以及其它來(lái)源的序列將重疊群連接組成的集合體，其中各個(gè)重疊群彼此的位置與方向已確定Fingerprintclonecontigs：Contigsproducedbyjoiningclonesinferredtooverlaponthebasisoftheirrestrictiondigestfingerprints指紋連接的克隆重疊群：根據(jù)克隆插入子指紋重疊組建的重疊群Sequenced-clonelayout：Assignmentofsequencedclonestothephysicalmapoffingerprintclonecontigs測(cè)序克隆排列：將已測(cè)序的克隆與指紋連接的克隆重疊群物理圖對(duì)比排列第五十八頁(yè)，共六十二頁(yè)，編輯于2023年，星期五Initialsequencecontigs：Contigsproducedbymergingoverlappingsequencereadsobtainedfromasingleclone,inaprocesscalledsequenceassembly起始序列重疊群：從單個(gè)克隆兩端獲取的閱讀序列中的查找重疊序列，并依此連接組建的重疊群，又稱序列組裝Sequence-contig

scaffolds：Scaffoldsproducedbyconnectingsequencecontigsonthebasisoflinkinginformation序列重疊群支架：依據(jù)連接信息將多個(gè)序列重疊群組建成更大的連續(xù)的DNA區(qū)段，簡(jiǎn)稱為支架Sequenced-clonecontigs：Contigsproducedbymergingoverlappingsequencedclones測(cè)序的克隆重疊群：由已測(cè)序的克隆組成的重疊群Sequenced-clone-contigscaffolds：Scaffoldsproducedbyjoiningsequenced-clonecontigsonthebasisoflinkinginformation測(cè)序的克隆重疊群支架：根據(jù)連接信息將測(cè)序的克隆重疊群連接組成的支架Draftgenomesequence：Thesequenceproducedbycombiningtheinformationfromtheindividualsequencedclones(bycreatingmergedsequencecontigsandthenemployinglinkinginformat