腫瘤的分子分型分鐘

腫瘤的分子分型分鐘第一頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三目前臨床檢測(cè)的主要項(xiàng)目與化療相關(guān)的基因mRNA的表達(dá)量(ERCC1/BRCA1,TYMS，RRM1,TUBB3,STMN1,TOP2A)與分子靶向相關(guān)的基因的突變

(EGFR,KRAS,BRAF)

基因的拷貝數(shù)異常(her2,EGFR)

基因的遺傳多態(tài)性（UGT1A1,CYP2D6）遺傳性腫瘤的分子診斷遺傳性乳腺癌家族

10%的乳腺癌是家族遺傳的，其中主要的原因是

BRCA1（首選I,55%），BRCA2（首選II,,35%）遺傳性非息肉性大腸癌（HNPCC）

MSH2(首選1，~60%)，MLH1(首選2,~30%)，MSH6(次選,~4%)家族性結(jié)直腸息肉綜合癥（FAP）首選APC，次選MYH

使用的主要技術(shù)方法：定量PCR使用的主要技術(shù)方法：基因測(cè)序FISH熒光毛細(xì)管電泳使用的主要技術(shù)方法：基因測(cè)序第二頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三突變篩查的關(guān)鍵1、必須采用同一個(gè)體正常細(xì)胞對(duì)照2、必須排除數(shù)據(jù)庫(kù)中的SNP多態(tài)（大多數(shù)公司缺少）3、如何看待突變篩查的靈敏度問(wèn)題？4、微缺失和插入的檢出（測(cè)序最佳）5、出現(xiàn)耐藥現(xiàn)象后建議對(duì)后期的腫瘤組織重新進(jìn)行突變檢查（取材困難）6、未知突變的篩查和確認(rèn)（探針?lè)椒ㄊВ┑谌?yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三腫瘤基因突變篩查方法優(yōu)劣比較

液相芯片：準(zhǔn)確性差（受雜交等條件影響）靈敏度一般未知突變無(wú)法篩查可篩查已知的插入缺失突變探針類(lèi)試劑盒方法：準(zhǔn)確性高（98%以上）靈敏度高（探針的優(yōu)勢(shì)）未知突變無(wú)法篩查對(duì)插入缺失篩查的能力差第四頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三腫瘤基因突變篩查方法優(yōu)劣比較

測(cè)序：準(zhǔn)確性高（幾乎100%）靈敏度一般（測(cè)序的靈敏度為10%）可以篩查任何未知突變對(duì)插入缺失的判斷準(zhǔn)確焦磷酸測(cè)序：準(zhǔn)確性高（幾乎100%）靈敏度一般（靈敏度約為10%）可以篩查任何未知突變對(duì)插入缺失的判斷準(zhǔn)確

測(cè)序片段只有100-150bp，通量太低第五頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三測(cè)序突變篩查的難點(diǎn)石蠟標(biāo)本的PCR十分困難為了提高成功率采用多次PCR造成的引入突變，造成假陽(yáng)性純化方法直接決定了測(cè)序質(zhì)量，天昊平臺(tái)有改進(jìn)后的純化方法，比其他測(cè)序公司純化效果好很多測(cè)序數(shù)據(jù)的分析，需要排除“假突變”，SNP，如何判讀插入缺失突變。第六頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三突變樣本的測(cè)序結(jié)果

肺癌胸水標(biāo)本EGFR外顯子21錯(cuò)義突變Leu858Arg第七頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三肺癌個(gè)體化治療檢測(cè)方案

卡鉑（順鉑）ERCC1或BRCA1mRNA

紫杉醇（多西紫杉醇）

長(zhǎng)春瑞濱（長(zhǎng)春花堿）TUBB3和

STMNmRNA

培美曲賽TYMSmRNA

吉西他濱RRM1mRNA

依托泊苷TOP2AmRNA

西妥昔單抗KRAS

突變篩查

厄洛替尼吉非替尼EGFR

KRASB-raf突變篩查第八頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三舉例說(shuō)明天津腫瘤醫(yī)院——開(kāi)始自己做測(cè)序，結(jié)果反復(fù)出現(xiàn)假突變，最后與我們合作。福建腫瘤醫(yī)院——大腸癌石蠟標(biāo)本KRAS基因PCR成功率低于50%，且不會(huì)排查SNP，后選擇與我們合作。第九頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三定量PCR檢測(cè)的技術(shù)要點(diǎn)必須使用腫瘤組織作為檢測(cè)對(duì)象，組織必須保存在特定的保存液中，石蠟片子中mRNA降解嚴(yán)重，量又少，定量PCR成功率較低。對(duì)同一個(gè)樣本必須使用GAPDH或者B-actin作為對(duì)照基因，校正取樣細(xì)胞數(shù)的差異必須進(jìn)行2重復(fù)的定量實(shí)驗(yàn)，防止操作失誤和隨機(jī)誤差基因表達(dá)的高或低是一個(gè)相對(duì)值，需臨床數(shù)據(jù)和資料才能確定何種表達(dá)水平適合用何種治療方案。第十頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三定量PCR檢測(cè)結(jié)果第十一頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三石蠟標(biāo)本mRNA檢測(cè)作為臨床參考的科學(xué)性商榷

石蠟標(biāo)本檢測(cè)出的mRNA水平高低，作為臨床化療的參考，必須十分謹(jǐn)慎，理由如下，請(qǐng)仔細(xì)考慮以下兩個(gè)問(wèn)題：

1年前的石蠟標(biāo)本所檢測(cè)的mRNA水平是否會(huì)因?yàn)榻到舛陀谡鎸?shí)值？1年前病人的組織mRNA水平與現(xiàn)在病人的組織mRNA水平是否會(huì)發(fā)生劇烈的變化而使檢測(cè)結(jié)果失去參考價(jià)值？（就像突變也會(huì)隨著時(shí)間的推移發(fā)生新的耐藥突變一樣）

第十二頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三腫瘤治療的分子分型和異病同治傳統(tǒng)的腫瘤的形態(tài)學(xué)和組織學(xué)分類(lèi)在化療治療方面顯示出局限性大樣本多中心的化療臨床研究為分子分型提供了大量的數(shù)據(jù)分子分型的結(jié)果與臨床療效的研究為腫瘤化療的同病異治和異病同治提供了科學(xué)依據(jù)第十三頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三臨床遺傳分子診斷項(xiàng)目的

規(guī)范化和標(biāo)準(zhǔn)化運(yùn)作樣本采集要求：實(shí)驗(yàn)室質(zhì)控要求：儀器和試劑的選擇：結(jié)果分析和解釋的要求：第十四頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三原泰-天昊檢測(cè)平臺(tái)的優(yōu)勢(shì)測(cè)序是突變篩查的金標(biāo)準(zhǔn)！盡管靈敏度有所欠缺，但是對(duì)于未知突變的檢測(cè)和準(zhǔn)確度都是最好的。國(guó)內(nèi)尚未批準(zhǔn)任何一家臨床細(xì)胞分子遺傳學(xué)專(zhuān)業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所，原泰-天昊已經(jīng)著手向衛(wèi)生部門(mén)申請(qǐng)臨床細(xì)胞分子遺傳學(xué)專(zhuān)業(yè)醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所醫(yī)療機(jī)構(gòu)許可，其余公司也處于自行檢測(cè)階段。突變測(cè)序的數(shù)據(jù)需要詳細(xì)分析，排除假陽(yáng)性（例如SNP干擾，例如PCR引入突變等）第十五頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三原泰-天昊檢測(cè)平臺(tái)的優(yōu)勢(shì)所有的樣本都嚴(yán)格要求腫瘤組織，采用血清進(jìn)行腫瘤細(xì)胞的相關(guān)指標(biāo)檢測(cè)僅停留在科研，由于其假陰性太高，目前為止沒(méi)有科學(xué)意義的。定量PCR檢測(cè)必須有內(nèi)參基因作為對(duì)照校正取樣細(xì)胞數(shù)差異，必須要有2重復(fù)實(shí)驗(yàn)排除實(shí)驗(yàn)失誤和隨機(jī)誤差等，科學(xué)的數(shù)據(jù)要求至少2重復(fù)。我們提供原始數(shù)據(jù)和剩余DNA樣本給客戶，客戶通過(guò)原始數(shù)據(jù)可以知道實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確性和可靠性，同時(shí)積累原始數(shù)據(jù)可以發(fā)表文章第十六頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三原泰-天昊檢測(cè)平臺(tái)的優(yōu)勢(shì)采用探針?lè)椒z測(cè)突變只能檢測(cè)已知突變，大大提高漏檢率采用焦磷酸測(cè)序準(zhǔn)確度和靈敏度與測(cè)序類(lèi)似，但是測(cè)序片段太短我們可以對(duì)合格的穿刺標(biāo)本進(jìn)行腫瘤突變篩查以及定量PCR檢測(cè)我們的實(shí)驗(yàn)結(jié)果接受第三方權(quán)威評(píng)測(cè)和單盲，雙盲實(shí)驗(yàn)第十七頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三原泰-天昊遺傳中心

——專(zhuān)注于DNA分析SNP分型基因測(cè)序篩查突變、插入、缺失等STR分型（全基因組掃描，候選STR，腫瘤LOH，親緣鑒定）CNV芯片分析的拷貝數(shù)定量分析甲基化定性和甲基化定量分析基因表達(dá)定量(Sybrgreen和Taqman方法)第十八頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三技術(shù)團(tuán)隊(duì)介紹姜正文博士：美國(guó)辛辛那提大學(xué)歸國(guó)博士，遺傳學(xué)專(zhuān)業(yè)，從事科研10多年奚慧峰博士（顧問(wèn)）：美國(guó)辛辛那提大學(xué)博士，生物統(tǒng)計(jì)專(zhuān)業(yè)，特長(zhǎng)為遺傳統(tǒng)計(jì)分析劉燕博士：新疆醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院心內(nèi)科大夫，復(fù)旦大學(xué)遺傳所博士畢業(yè)，從事醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究8年丁達(dá)：復(fù)旦大學(xué)遺傳所畢業(yè)，參與973肺癌關(guān)聯(lián)研究項(xiàng)目，從事遺傳學(xué)研究6年第十九頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三2008年后主要合作項(xiàng)目復(fù)旦大學(xué)科技部973重點(diǎn)項(xiàng)目新生兒出生缺陷突變篩查項(xiàng)目山東省醫(yī)科院——骨骼發(fā)育不全的遺傳學(xué)研究上海市瑞金醫(yī)院血液科——凝血因子8，9的常規(guī)篩查和中國(guó)人8，9因子遺傳標(biāo)記篩選福建省腫瘤醫(yī)院——大腸癌KRAS基因突變與靶向治療相關(guān)性的研究第二十頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三2008年后主要合作項(xiàng)目上海中山醫(yī)院臨床藥理中心——藥物代謝酶P450系列SNP與蘭索拉唑等藥物的藥代，藥動(dòng)分析（國(guó)家自然）新疆石河子大學(xué)——哈薩克族高血壓與TGFB1,eNOS，CBS等基因25個(gè)SNP的關(guān)聯(lián)（3個(gè)國(guó)家自然基金）上海兒科醫(yī)院——青少年身高相關(guān)基因的7個(gè)SNP關(guān)聯(lián)研究（上海市科委重點(diǎn)項(xiàng)目）第二十一頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三天昊遺傳分析平臺(tái)的臨床研發(fā)進(jìn)展Accucopy技術(shù)（專(zhuān)利提交中）進(jìn)行多個(gè)基因mRNA的同時(shí)定量，應(yīng)用于檢測(cè)和科研。Snpscan和iMLDR技術(shù)進(jìn)行高通量低成本的SNP分型，用于科研。一種新的Kras突變檢測(cè)方法和一種新的分支桿菌鑒定方法專(zhuān)利已經(jīng)通過(guò)初審中國(guó)人重大遺傳疾病的微衛(wèi)星標(biāo)記篩選項(xiàng)目進(jìn)入尾聲（2009年上海市科委浦江人才計(jì)劃項(xiàng)目），預(yù)計(jì)對(duì)11種遺傳病的遺傳篩查微衛(wèi)星標(biāo)記申請(qǐng)專(zhuān)利，包括2種家族性腫瘤第二十二頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三臨床科研合作、交流其他腫瘤的靶向治療敏感性研究胰腺癌KRAS與西妥昔單抗？？胃腸間質(zhì)瘤、慢粒C-kit與格列衛(wèi)頭頸部腫瘤艾必妥？？？化療的個(gè)體化方案的研究大樣本多中心的回顧性和前瞻性研究新的化療藥與DNA損傷修復(fù)基因的關(guān)系——培美曲塞第二十三頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三DNA損傷修復(fù)通路所涉及的基因——化療第二十四頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三靶向治療與基因：（以表皮生長(zhǎng)因子受體酪氨酸激酶信號(hào)傳導(dǎo)通路為例）

第二十五頁(yè)，共二十八頁(yè)，編輯于2023年，星期三作為EGFR信號(hào)通路下游分子KRAS因子在肺癌患者腫瘤組織中存在激活性突變KRAS基因的突變是不良預(yù)后的標(biāo)記之一。

EGFR和KRAS的突變極少在患者組織中同時(shí)存在多個(gè)獨(dú)立研究表明KRAS突變患者對(duì)酪氨酸激