NCBI資源介紹及使用手冊(cè)

NCBINCBI本文名目:NCBI〔美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心〕簡(jiǎn)介NCBINCBINCBI－CoffeeBreakNCBI－基因和疾病NCBI－UniGeneClusterofOrthologousGroupsofproteins〔COG)介紹GeneExpressionOmnibus〔GEO〕介紹LocusLink關(guān)于RefSeq：NCBI參考序列NCBI〔美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心〕簡(jiǎn)介介紹理解自然無(wú)聲但精妙的關(guān)于生命細(xì)胞的語(yǔ)言是現(xiàn)代分子生物學(xué)的要求。通過(guò)只有四個(gè)字母來(lái)代表DNA化學(xué)亞基的字母表,消滅了生命過(guò)程的語(yǔ)法，其最簡(jiǎn)單形式就是人類.說(shuō)明和使用這些字母來(lái)組成的“單詞和短語(yǔ)”是分子生物學(xué)領(lǐng)域的中心焦點(diǎn)。數(shù)目巨大的分子數(shù)據(jù)和這些數(shù)據(jù)的隱秘而精細(xì)的模式使得計(jì)算機(jī)化的數(shù)據(jù)庫(kù)和分析方法成為確定的必需.挑戰(zhàn)在于覺(jué)察的手段去處理這些數(shù)據(jù)的容量和簡(jiǎn)單性，并且為爭(zhēng)論人員供給更好的便利來(lái)獲得分析和計(jì)算的工具,以便推動(dòng)對(duì)我們遺傳之物和其在安康和疾病中角色的理解。國(guó)立中心的建立后來(lái)的參議員ClaudePepper1988114〔NCBI〕的立法。NCBI是在NIH〔NLM)的一個(gè)分支。NLM是由于它在創(chuàng)立和維護(hù)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)方面的閱歷被選擇的，而且這可以建立一個(gè)內(nèi)部的關(guān)于計(jì)算分子生物學(xué)的爭(zhēng)論打算.NCBI的任務(wù)是進(jìn)展的信息學(xué)技術(shù)來(lái)幫助對(duì)那些掌握安康和疾病的根本分子和遺傳過(guò)程的理解。它的使命包括四項(xiàng)任務(wù):建立關(guān)于分子生物學(xué)，生物化學(xué)，和遺傳學(xué)學(xué)問(wèn)的存儲(chǔ)和分析的自動(dòng)系統(tǒng)實(shí)行關(guān)于用于分析生物學(xué)重要分子和復(fù)合物的構(gòu)造和功能的基于計(jì)算機(jī)的信息處理的，先進(jìn)方法的爭(zhēng)論加速生物技術(shù)爭(zhēng)論者和醫(yī)藥治療人員對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件的使用。全世界范圍內(nèi)的生物技術(shù)信息收集的合作努力。NCBI通過(guò)下面的打算來(lái)實(shí)現(xiàn)它的四工程的：根本爭(zhēng)論NCBI有一個(gè)多學(xué)科的爭(zhēng)論小組包括計(jì)算機(jī)科學(xué)家，分子生物學(xué)家,數(shù)學(xué)家，生物化學(xué)家，試驗(yàn)物理學(xué)家，和構(gòu)造生物學(xué)家，集中于計(jì)算分子生物學(xué)的根本的和應(yīng)用的爭(zhēng)論.這些爭(zhēng)論者不僅僅在根底科學(xué)上做出重要奉獻(xiàn)，而且往往成為應(yīng)用爭(zhēng)論活動(dòng)產(chǎn)生方法的源泉。他們一起用數(shù)學(xué)和計(jì)算的方法爭(zhēng)論在分子水平上的根本的生物醫(yī)學(xué)問(wèn)題。這些問(wèn)題包括基因的組織，序列的分析,和構(gòu)造的預(yù)測(cè)。目前爭(zhēng)論打算的一些代表是：檢測(cè)和分析基因組織，重復(fù)序列形式,蛋白domain建立人類基因組的基因圖譜，HIV感染的動(dòng)力學(xué)數(shù)學(xué)模型，數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋中的序列錯(cuò)誤影響的分析，開發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋和多重序列對(duì)齊算法，建立非冗余序列數(shù)據(jù)庫(kù)，序列相像性的統(tǒng)計(jì)顯著性評(píng)估NCBI爭(zhēng)論者還堅(jiān)持推動(dòng)與NIH內(nèi)部其他爭(zhēng)論所及很多科學(xué)院和政府的爭(zhēng)論試驗(yàn)室的合作。數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件199210,NCBIGenBankDNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)的責(zé)任.NCBI工作人員通過(guò)來(lái)自各個(gè)試驗(yàn)室遞交的序列和同國(guó)際核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)〔EMBL和DDBJ)交換數(shù)據(jù)建立起數(shù)據(jù)庫(kù)。同美國(guó)專利和商標(biāo)局的安排使得專利的序列信息也被整合.GenBank是NIHDNA序列的注釋過(guò)的收集。GenBankDNA數(shù)據(jù)庫(kù)共同構(gòu)成了國(guó)際核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)合作。這三個(gè)組織每天交換數(shù)據(jù).GenBank14GenBank擁有來(lái)自47,00030孟德?tīng)柸祟愡z傳(OMIM〕,三維蛋白質(zhì)構(gòu)造的分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)〔MMDB〕，唯一人類基因序列集合〔UniGene)，人類基因組基因圖譜，分類學(xué)掃瞄器,同國(guó)立癌癥爭(zhēng)論所合作的癌癥基因組剖析打算〔CGAP〕。EntrezNCBIEntrez同時(shí)也供給序列和染色體圖譜的圖形視圖。EntrezNCBIPubMed檢索的MEDLINE。EntrezPubMed獲得，PubMedMEDLINE接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò)站點(diǎn)的全文文章。BLAST是一個(gè)NCBI開發(fā)的序列相像搜尋程序,還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。BLAST能夠在15DNA數(shù)據(jù)庫(kù)執(zhí)行序列搜尋.NCBI器〔ORFFinder)PCR，和序列提交工具，SequinBankItNCBI具可以從WWWFTPNCBI還有E—mail庫(kù)一種可選方法。教育和訓(xùn)練NCBI溝通。一個(gè)科學(xué)訪問(wèn)學(xué)者工程已經(jīng)成立，來(lái)培育同外部科學(xué)家的合作。作為NIH內(nèi)部的局部爭(zhēng)論工程，也供給博士后工作位置。NCBIDatabaseGenBankOverview根本信息什么是GenBank?GenBank是一個(gè)有來(lái)自于70，000多種生物的核苷酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù).每條紀(jì)錄都有編碼區(qū)〔CDS〕特征的注釋，還包括氨基酸的翻譯.GenBank屬于一個(gè)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的國(guó)際合作組織，EMBLDDBJ。紀(jì)錄樣本-關(guān)于GenBankEntrezGenBank—通過(guò)EntrezNucleotidesaccessionnumber，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有很多其他的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)查詢.關(guān)于Entrez更多的信息請(qǐng)看下文.用BLAST來(lái)在GenBankE-mailEntrezBLASTQueryBLASTFTPGenBank增長(zhǎng)〕小節(jié)。公布通知,最-最近和馬上有的變化，GenBankGenBank遺傳密碼—15GenBank〔向〕GenBank〔數(shù)據(jù)〕關(guān)于提交序列數(shù)據(jù)，收到accessionnumber，和對(duì)紀(jì)錄作更的一般信息.BankIt—用于一條或者少數(shù)條提交的基于WWW〔請(qǐng)?jiān)谔峤磺坝肰ecScreen載體〕Sequin—提交軟件程序,用于一條或者很多條的提交，長(zhǎng)序列，完整基因組，alignments，人群/種系/突變爭(zhēng)論的提交?？梢元?dú)立使用，或者用基于TCP/IP“networkaware“模式，可以鏈接到NCBIEntrezPowerBLAST?！舱?qǐng)?jiān)谔峤磺坝肰ecScreen〕ESTs-表達(dá)序列標(biāo)簽，短的、單次〔測(cè)序〕cDNARACEcDNA序列。GSSs-測(cè)序閱讀的DNAexontrap末端，及其他。HTGs—來(lái)自于大規(guī)模測(cè)序中心的高通量基因組序列，未完成的〔0，1，2〕和完成的〔階段3〕序列。(留意：完成的人類的HTG序列可以同時(shí)在GenBankHumanGenomeSequencing頁(yè)面問(wèn).)STSs-序列標(biāo)簽位點(diǎn).短的在基因組上可以被唯一操作的序列，用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。注:SNPs—人類的和其他物種的遺傳變異數(shù)據(jù)可以提交到NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的單核苷酸多態(tài)性庫(kù)中〔dbSNP)。國(guó)際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)合作組織GenBank，DDBJ，EMBL—合作打算的概述，并鏈接到相應(yīng)的主頁(yè).GenBank，DDBJ(DNADataBankofJapan〕，andEMBL〔EuropeanMolecularBiologyLaboratory〕數(shù)據(jù)庫(kù)共享的數(shù)據(jù)是每天都交換的，因此他們是相等的。數(shù)據(jù)紀(jì)錄的格式和搜尋方式可能會(huì)不一樣，但是accessionnumber，序列數(shù)據(jù)和注解都是一模一樣的。即，你可以用accessionnumberU12345GenBank，DDBJ或EMBL中查找相應(yīng)紀(jì)錄，得到的結(jié)果是完全一樣的序列數(shù)據(jù)，參考內(nèi)容等等。DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和標(biāo)準(zhǔn)被合作數(shù)據(jù)庫(kù)用在序列記錄的注釋上，使得數(shù)據(jù)共享成為可能，包括具體的描述生物特性和特性限定語(yǔ)的附錄，以及IUPAC規(guī)定的核苷酸和氨基酸的代號(hào)。FTPGenBankandDailyUpdatesGenBank一般文件格式-參見(jiàn)GenBankGenBank公布通知中的具體描述，下載大多數(shù)最近的完全公告和日常積存或非積存更數(shù)據(jù)。ASN.1格式—摘要句法記號(hào)1，國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)組織〔ISO〕數(shù)據(jù)表示格式，下載大多數(shù)最近的完全公告和日常積存或非積存更數(shù)據(jù)。FASTA〔readme文件,包括nt。Z〔每天更的非冗余BLASTGenBank+EMBL+DDBJ+PDBEST,STS，GSS,orHTGS〕,nr。Z〔每日更的非冗余蛋白質(zhì)〕，est.Z,gss.Z，htg。Z，sts.Z，和其它文件。分子數(shù)據(jù)庫(kù)概覽核酸序列Entrez核酸-accessionnumber,作者姓名,/核酸序列記錄〔在GenBank+PDB中〕.更多的關(guān)于Entrez的信息見(jiàn)下。假設(shè)要檢索大量數(shù)據(jù),也可使用BatchEntre〔批量Entre。RefSeq—NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的參考序列。校正的,DNAcontigs，基因的mRNAs.Accessionnumbers用NT_xxxxxx,NM_xxxxxx，NP_xxxxxx，NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。dbEST—表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù),短的、單次〔測(cè)序)閱讀的cDNA序列。也包括來(lái)自于差異顯示和RACE試驗(yàn)的cDNA序列。dbGSS—基因組調(diào)查序列的數(shù)據(jù)庫(kù)，短的、單次〔測(cè)序〕閱讀的cDNA序列,exontrap獲得的序列,cosmid/BAC/YAC末端，及其他。dbSTS—序列標(biāo)簽位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)，短的在基因組上可以被唯一操作的序列,用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn)。dbSNP-單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)，包括SNPs，小范圍的插入/缺失,多態(tài)重復(fù)單元，和微衛(wèi)星變異。完整的基因組參見(jiàn)下面Genome和Maps局部，包括各種物種資源，人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲,瘧原蟲,細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。UniGene-被整理成簇的ESTmRNA序列，每一個(gè)代表一種特定的或假設(shè)的人類基因,有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的穿插參考cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene名目下下載。人類UniGene小鼠UniGene大鼠UniGene斑馬魚UniGeneBLAST—將你的序列同核酸庫(kù)中的的序列比較，檢索相像的序列 .〔更具體的信息見(jiàn)下面Tools/Sequence相像搜尋局部〕蛋白序列Entrez蛋白-accessionnumber，作者姓名,物種，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)搜尋蛋白序列記錄(在GenPept+Swiss—Prot+PIR+RPF+PDB中Entrez的信息見(jiàn)下。假設(shè)要檢索大量數(shù)據(jù)，也可使用BatchEntrez批量Entre。RefSeq-NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的參考序列。CuratedDNAcontigs,基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體.AccessionnumbersNT_xxxxxx,NM_xxxxxx，NP_xxxxxxNC_xxxxxx的形式來(lái)表示。FTPGenPept-下載“genpept。fsa.Z”文件,GenBank/EMBL/DDBJ記錄中翻譯過(guò)來(lái)FASTA格式的氨基酸序列,這些記錄都有一到兩個(gè)CDS特性的描述.完整基因組參見(jiàn)下面Genome和Maps局部，包括各種物種資源,人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲,瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids，質(zhì)粒。Entrez基因組—供給了一個(gè)編碼區(qū)的概要和各種物種的分類表TaxTabl基因組中全部的的蛋白,并供給鏈接到FASTA文件和BLAST。分類表總結(jié)了蛋白BLAST分析的結(jié)〔參見(jiàn)下面’GenomesMaps，’局部Entrez基因組的一般描述〕FTP基因組蛋白—ftpgenbank/genomes名目下下載各種物種的FASTA格式的氨基酸序列＊。faa和蛋白表文件*。ptt.readme文件.蛋白表也可以在Entrez基因組中看到。PROW—Web上的蛋白資源,200種人類的CD細(xì)胞外表分子的簡(jiǎn)短官方向?qū)?。相互檢索,為每個(gè)CD20中標(biāo)準(zhǔn)信息的分類〔生化功能，配體，等等〕BLAST—將你的序列同蛋白庫(kù)中的的序列比較，檢索相像的序列。 〔更具體的信息見(jiàn)下面Tools/Sequence相像搜尋局部〕構(gòu)造構(gòu)造主頁(yè)—關(guān)于NCBI構(gòu)造小組的一般信息和他們的爭(zhēng)論打算，另外也可以訪問(wèn)分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)〔MMDB)和用來(lái)搜尋和顯示構(gòu)造的相關(guān)工具。MMDB：分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)—一個(gè)關(guān)于三維生物分子構(gòu)造的數(shù)據(jù)庫(kù)，構(gòu)造來(lái)自于X—ray晶體衍射和NMR.MMDB是來(lái)源于Brookhaven(PD,排解了那些理論模型。MMDB重組織和驗(yàn)證了這些信息，從而保證在化學(xué)和大分子三維構(gòu)造之間的穿插參考。數(shù)據(jù)的說(shuō)明書包括生物多聚體的空間構(gòu)造,.利用將化學(xué)，序列，和構(gòu)造信息整合在一起,MMDB打算成為基于構(gòu)造的同源模型化和蛋白構(gòu)造推測(cè)的資源效勞.MMDB的記錄以ASN1Cn3D,RasmolKinemage來(lái)顯示。另外,數(shù)據(jù)庫(kù)中類似的構(gòu)造已經(jīng)被用VAST確認(rèn)，的構(gòu)造可以用VASTsearch來(lái)同數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)展比較.Cn3D—“Seein3—D”，一個(gè)用于NCBI3-D構(gòu)造和序列—構(gòu)造或構(gòu)造-構(gòu)造同源比較.Cn3D用起來(lái)就象你掃瞄器上的一個(gè)幫助工具。VAST-矢量同源比較搜尋工具—NCBI開發(fā)的計(jì)算算法，用于確定相像的蛋白三維構(gòu)造。每一個(gè)構(gòu)造的“構(gòu)造鄰居”都是預(yù)先計(jì)算好的，而且可以通過(guò)MMDB的構(gòu)造概要頁(yè)面的鏈接訪問(wèn)。這些鄰居可以用來(lái)確認(rèn)那些不能被序列比較識(shí)別的遠(yuǎn)的同源性。VAST搜尋-構(gòu)造—構(gòu)造相像搜尋效勞。比較一個(gè)解出的蛋白構(gòu)造和在MMDB/PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的構(gòu)造的三維坐標(biāo)。VAST搜尋計(jì)算一系列可能會(huì)被交互掃瞄的構(gòu)造鄰居,用分子圖形來(lái)觀看重疊和同源相像。分類學(xué)NCBI的分類數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)—NCBI分類學(xué)家合作的外部治理者的列表.分類掃瞄器-搜尋NCBI的分類數(shù)據(jù)庫(kù)包括大于70000個(gè)物種的名字和種系這些物種都至少在遺傳數(shù)據(jù)庫(kù)中有一條核酸或蛋白序列?？梢詸z索一個(gè)特定種或者更高分類〔如屬，科〕的核酸，蛋白，和構(gòu)造記錄。假設(shè)有物種的序列數(shù)據(jù)被放到數(shù)據(jù)庫(kù)中，這個(gè)物種就北加到〔分類 )數(shù)據(jù)庫(kù)中.NCBI的分類數(shù)據(jù)庫(kù)的目的是為序列數(shù)據(jù)庫(kù)建立一個(gè)全都的種系發(fā)生分類學(xué)。文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)概要PubMed-一個(gè)關(guān)于生物醫(yī)藥科學(xué)的檢索系統(tǒng)，包括引用，摘要，和雜志的索引術(shù)語(yǔ)。它包括直接由出版商供給應(yīng)NCBI的文獻(xiàn)引用以及鏈接到在出版商網(wǎng)址上的全文的URLs。PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整內(nèi)容.MEDLINE認(rèn)為超出范圍的文章和雜志，〔這些文章或雜志)PubMed是比MEDLINE的更大的.雜志掃瞄器—允許你去查找收錄到PubMedMEDLINEISSN號(hào)碼。PubRef〔開發(fā)中〕—一個(gè)關(guān)于來(lái)自于寬闊范圍的科學(xué)雜志的數(shù)目記錄，和鏈接到出版商網(wǎng)址的全文.PubRef包含了PubMEd,加上了來(lái)自其它學(xué)科的雜志出版商供給的引用和摘要。因此它是比PubMedNAS要求為科學(xué)領(lǐng)域的電子雜志供給一個(gè)“白皮書“效勞。PubMed中心(開發(fā)中〕-PubMed中心是一個(gè)無(wú)障礙的NIH資源，用于在生命科學(xué)領(lǐng)域中2023PubMed中心的材料將由目前任一主要的摘要和索引效勞中列出的雜志供給，或者在編輯委員會(huì)中擁有3個(gè)以上有主要資金機(jī)構(gòu)的OMIM—在線人類孟德?tīng)栠z傳—常常更的人類基因和遺傳失調(diào)的名目，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考，序列記錄，和相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)。書籍—同書籍出版商合作NCBI為網(wǎng)絡(luò)改編了教科書PubMed—生物醫(yī)藥書目數(shù)據(jù)庫(kù).這是為了給PubMed供給,這樣使用者可以探究在PubMed搜尋結(jié)果中不生疏的概念。目前收錄的書有：MolecularBiologyoftheCell,3rded.AlbertsB.,BrayD。,LewisJ。,RaffMRobertsK。,WatsonJ。D.，1994,GarlandPublishing—Entrez中的特定的文章,雜志,或生物數(shù)據(jù)到外部網(wǎng)址的鏈接.URL，資源名字,關(guān)于他們網(wǎng)址的簡(jiǎn)要的描述,和關(guān)于從NCBIEntrez有效的布爾查詢來(lái)寫,也可以用特定的文章或序列的標(biāo)志列表來(lái)寫。這樣NCBIPubMed的用戶將可以通過(guò)“NCBI小房間”效勞(開發(fā)中來(lái)選擇哪個(gè)外部鏈接在他們的搜尋中是可見(jiàn)的。引用匹配—允許你找到任何一篇在PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)中的文章的PubMedIDMEDLINEUID，給出書目信息(〕.單篇文章的引用匹配。很多文章的批量引用匹配。E-mail引用匹配也是可以的，也可以用于單篇或很多文章。假設(shè)要獲得幫助文件,citation_matcher@寫一封只有內(nèi)容為HELP的E-Mail.GenomesandMapsOverviewEntrez基因組：人，小鼠，大鼠，酵母，線蟲,瘧原蟲，細(xì)菌，病毒，viroids,質(zhì)粒,和真核細(xì)胞器。Entrez基因組〔各種物種〕Entrez基因組-800種在GenBank中被完整測(cè)序的物種，包括大于50025種細(xì)菌，酵母,和很多viroids，質(zhì)粒,和細(xì)胞器。還包括正在進(jìn)展中的基因組，比方人，小鼠，線蟲，瘧原蟲，果蠅，利什曼原蟲,水稻,和玉米。供給完成的基因組/染色體的圖形概覽，并可以探究那些逐步細(xì)化的區(qū)域。也供給那些已經(jīng)被NCBI工作人員分析過(guò)的物種的編碼區(qū)的摘要和TaxTables.另外，EntrezMapViewer，Entrez基因組的一個(gè)軟件組成局部，供給整合的果蠅〔細(xì)胞遺傳學(xué)和序列圖譜〕和人類〔細(xì)胞遺傳學(xué)，遺傳連鎖,序列，放射雜交，和其它圖譜〕的染色體圖譜的掃瞄.通過(guò)每個(gè)物種的Entrez基因組頁(yè)面來(lái)下載〈350kb的基因組。NCBIftp站點(diǎn)來(lái)下載〉350kb的基因組—genbank/genomesreadme文件，ftp鏈接在每個(gè)物種的Entrez基因組頁(yè)面上也有。NCBI站點(diǎn)地圖—-—HumanGenome人類基因組數(shù)據(jù)介紹向?qū)祟惢蚪M資源向?qū)А捎玫娜祟惢蚪M數(shù)據(jù)資源概覽。包括關(guān)于人類基因組的公告和進(jìn)展報(bào)告和供給對(duì)以前分別的數(shù)據(jù)的集中訪問(wèn)。人類基因組序列數(shù)據(jù)的狀態(tài)—描述了目前在GenBank基因組序列數(shù)據(jù)的爭(zhēng)論.染色體人類基因組測(cè)序—每一條染色體，概述了人類基因組打算的測(cè)序進(jìn)展〔圖示和統(tǒng)計(jì)。供給對(duì)基因組序列數(shù)據(jù)的訪問(wèn)，也有鏈接到參與的國(guó)際基因組中心，各種STS圖譜，疾病基因信息，和選擇出的參考文獻(xiàn)。列出完成的contigContig可以被顯示出來(lái)，以表示組成他們的GenBanke-PCRSTS標(biāo)記。Contig用在GenBankHTG序列記錄來(lái)組裝起來(lái)，組裝的方法是用Jang,etal描述的過(guò)程，并給于一個(gè)NT_＊的accessionnumber，作為RefSeq打算的一局部。關(guān)于各期HTG序列的具體說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)。Entrez圖譜掃瞄器—整合的染色體圖譜—圖譜掃瞄器是Entrez基因組的一個(gè)軟件組成局部，用來(lái)顯示一個(gè)或多個(gè)用共同標(biāo)記或基因名字相互align過(guò)的圖譜，以及用一樣序列進(jìn)展比較過(guò)的序列圖譜.在人類基因組數(shù)據(jù)和搜尋技巧文件中有關(guān)于20種序列，細(xì)胞遺傳，遺傳連鎖，放射雜交，和其它的圖譜。Entrez圖譜掃瞄器的幫助文件供給了關(guān)于如何使用這個(gè)工具的一般說(shuō)明。FTP—每個(gè)染色體都有一個(gè)文件名目包含各種格式的完成的基因組contiNT_記錄hs_chr＊。asnASN。1格式(descriptionabove)hs_chr＊。fna.gzFASTA格式〔descriptionabove〕hs_chr＊。gbk.gzGenBankflatfile格式〔目前注解包括STS標(biāo)記，和預(yù)期的基因?qū)⒈辉趯?lái)幾個(gè)月中參加〕hs_chr＊.gbsGenBanksummary格式〔這個(gè)格式不含有序列數(shù)據(jù)，但是包含一個(gè)“CONTIG“字段，說(shuō)明這個(gè)contig是如何有獨(dú)立的GenBank〕BLAST人類基因組序列數(shù)據(jù)BLAST人類染色體—將一個(gè)核酸或蛋白序列同已經(jīng)完成的HTGcontigContig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來(lái)組裝起來(lái)，組裝的方法是用Jang，etal描述的過(guò)程，并給于一個(gè)NT_＊的accessionnumber，作為RefSeq打算的一局部。關(guān)于各期HTG序列的具體說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)。同人類染色體作BLAST是人類基因組測(cè)序頁(yè)面的一個(gè)組成局部。BLASThtgs數(shù)據(jù)庫(kù)-將一個(gè)核酸或蛋白序列同未完成的HTG序列(0，1,2期〕進(jìn)展比較〔關(guān)于HTG序列的具體說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)〕.htgs數(shù)據(jù)庫(kù)包含有來(lái)自很多物種的序列,你可以使用AdvancedBLAST頁(yè)面來(lái)限定你的搜尋只在人類。BLASTgss數(shù)據(jù)庫(kù)—將一個(gè)核酸或蛋白序列同隨機(jī)的“〔測(cè)序閱讀”的基因組調(diào)查序列比較，cosmid/BAC/YAC末端序列,exontrap獲得的基因組序列，和AluPCR序列.盡管gss數(shù)據(jù)庫(kù)包含有來(lái)自很多物種的序列,你可以使用AdvancedBLAST頁(yè)面來(lái)限定你的搜尋只在人類。基因〔LocusLink〕-LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)公布一個(gè)穩(wěn)定的IDaccesssionnumber，表型,EC號(hào)碼，OMIM號(hào)碼，Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址。LocusLinkNCBI，人類基因命名委員會(huì)，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠,大鼠,斑馬魚,和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開或合在一起查詢。OMIM—在線人類孟德?tīng)栠z傳—常常更的人類基因和遺傳失調(diào)的名目，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考,序列記錄，和相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù).RefSeq—NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNAcontigs，基因的mRNAs.Accessionnumbers用NT_xxxxxx,NM_xxxxxx，NP_xxxxxx，NC_xxxxxx的形式來(lái)表示.UniGene—被整理成簇的EST和全長(zhǎng)mRNA,有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的穿插參考cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene名目下下載.序列人類基因組測(cè)序-每一條染色體，概述了人類基因組打算的測(cè)序進(jìn)展〔圖示和統(tǒng)計(jì)。供給對(duì)基因組序列數(shù)據(jù)的訪問(wèn)，也有鏈接到參與的國(guó)際基因組中心，各種STS圖譜，疾病基因信息，和選擇出contigContigGenBank中的記錄的成分,或者那些由e-PCR確定的位于其上的STS標(biāo)記.Contig用在GenBank中處于第三期的HTG序列記錄來(lái)組裝起來(lái)，組裝的方法是用Jang，etal描述的過(guò)程，并給于一個(gè)NT_＊的accessionnumber，作為RefSeq打算的一局部.關(guān)于各期HTG序列的具體說(shuō)明見(jiàn)HTG網(wǎng)頁(yè)。RefSeq—NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的參考序列。校正的，非冗余集合，包括基因組DNAcontigs，基因的mRNAs和蛋白，在將來(lái)，整個(gè)的染色體。Accessionnumbers用NT_xxxxxx，NM_xxxxxx，NP_xxxxxx，和NC_xxxxxx的形式來(lái)表示。Entrez—對(duì)GenBankEMBL,DDBJ,PIR—InternationalPRFSwiss-ProtandPDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸和蛋白序列數(shù)據(jù)供給整合的訪問(wèn),同時(shí)供給對(duì)3D蛋白構(gòu)造，基因組圖譜信息和PubMedMEDLINE的訪問(wèn).Entrez包含了對(duì)每個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)記錄的預(yù)先計(jì)算好的相像搜尋，產(chǎn)生一個(gè)相關(guān)序列，構(gòu)造，和MEDLINE記錄的表.包括了來(lái)自>70000個(gè)物種的序列數(shù)據(jù)，可以用物種字段來(lái)限制記錄只在人類搜尋。克隆克隆登記-由多方人類基因組測(cè)序中心使用的數(shù)據(jù)庫(kù)，用來(lái)記錄哪些克隆已經(jīng)被選來(lái)測(cè)序,哪些正在被測(cè)序，哪些已經(jīng)完成，哪些已經(jīng)被送到GenBank中去了.包括BACs,PACs,cosmids，fosmids。使用統(tǒng)一的克隆名字表示克隆在微量板上的位置〔板號(hào)，行，和列位置前面加上庫(kù)的縮寫，來(lái)產(chǎn)生唯一的名字.包括了克隆定購(gòu)的信息?；蚪M圖譜Entrez基因組-Entrez基因組同時(shí)包括了一個(gè)人類線粒體的視圖〔通過(guò)真核細(xì)胞器來(lái)訪問(wèn)，可以查看完整狀況或查看逐步具體的信息。Entrez圖譜掃瞄器—整合的染色體圖譜—圖譜掃瞄器是Entrez基因組的一個(gè)軟件組成局部，用來(lái)顯示一個(gè)或多個(gè)用共同標(biāo)記或基因名字相互align過(guò)的圖譜，以及用一樣序列進(jìn)展比較過(guò)的序列圖譜.在人類基因組數(shù)據(jù)和搜尋技巧文件中有關(guān)于20種序列，細(xì)胞遺傳,遺傳連鎖，放射雜交，和其它的圖譜。Entrez圖譜掃瞄器的幫助文件供給了關(guān)于如何使用這個(gè)工具的一般說(shuō)明.GeneMap’99-〉35000個(gè)人類基因標(biāo)記的物理圖譜，由國(guó)際放射雜交圖譜聯(lián)合用全都的RH試劑和方法建成.〔富含基因區(qū))100名科學(xué)家的國(guó)際合作努力。NCBIRH圖譜—NCBI整合的RH圖譜,GeneMap’99的G3和GB4的RH23723個(gè)標(biāo)記.1084個(gè)框架標(biāo)記〔一個(gè)G3GB4共同的子集〕被繪制。全部的標(biāo)記被統(tǒng)一在GB4的尺度上.R。Agarwalaetal。的文章供給了具體的整合策略，以及評(píng)估整合圖譜質(zhì)量的方法。Mitelman癌癥染色體變異摘要—Drs。Mitelman，Mertens，和Johansson建立的基因組范圍NatureGeneticsVol.15(Spec。No):417—74(April1997)的超文本版本.OMIM基因圖—遺傳染色體位點(diǎn)來(lái)搜尋?？梢詮腛MIM頁(yè)面問(wèn)。OMIM致病圖—按字母排列的疾病和相應(yīng)的細(xì)胞遺傳圖位點(diǎn)，鏈接到OMIM的條目。可以從OMIM頁(yè)面訪問(wèn).人類/小鼠同源圖—UniversityofCaliforniaatDavisM.F。Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區(qū)段DNA上基因的表，按在每個(gè)基因組上的位置排列.繪制的標(biāo)記dbSTS—序列標(biāo)簽位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)，短的在基因組上可以被唯一操作的序列，因而可以確定在物理圖譜上的特定位置。電子PCR〔e—PCR〕—DNA序列上覺(jué)察STS位點(diǎn)計(jì)算過(guò)程。GeneMap”99-〉35000個(gè)人類基因標(biāo)記的物理圖譜，由國(guó)際放射雜交圖譜聯(lián)合用全都的RH試劑和方法建成。供給了突出了染色體上關(guān)鍵標(biāo)志〔富含基因區(qū)〕的框架，從而加速了測(cè)序，代表了超過(guò)100名科學(xué)家的國(guó)際合作努力。人類基因組測(cè)序—繪制的標(biāo)記已經(jīng)用e—PCR自動(dòng)被放到完成的HTG序列組成的contig來(lái)源于dbSTS，GeneMap’99〔基于基因的標(biāo)記)，StanfordG3RH單子〔又有基因標(biāo)記也有非基因標(biāo)記WhiteheadGB4RH單子和AC〔又有基因標(biāo)記也有非基因標(biāo)記Genethon和一些染色體特異的圖譜,NHGRI7號(hào)染色體圖譜，WashingtonUniversity的X染色體圖譜。OMIM基因圖-被報(bào)道的和被很多定位方法打算的基因的細(xì)胞遺傳位點(diǎn)?？梢杂没虼?hào)或細(xì)胞遺傳染色體位點(diǎn)來(lái)搜尋.可以從OMIM頁(yè)面問(wèn)?；虮磉_(dá)CGAPcDNA表達(dá)譜-在UniGene簇和cDNA庫(kù)中的ESTs分布?？梢栽贑GAP頁(yè)面問(wèn)。SAGEmap—CGAPSAGE〔SerialAnalysisofGeneExpression)庫(kù)的差異顯示.也包含了對(duì)在人類GenBankSAGE標(biāo)簽的完整分析，在人類GenBankUniGene的標(biāo)志被安排給了每個(gè)含有一個(gè)SAGE標(biāo)簽的人類序列遺傳變異dbSNP—單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù),包括SNPs，小范圍的插入/缺失，多態(tài)重復(fù)單元,和微衛(wèi)星變異。DbSNP包含種族特異的頻率和基因型數(shù)據(jù)，試驗(yàn)條件，分子上下文,及中性多態(tài)和臨床變異的定位信息。OMIM—在線人類孟德?tīng)栠z傳-900OMIM記錄的等位變異。為了查看這些OMIM記錄的列Gaucher＆0001.位點(diǎn)特異突變數(shù)據(jù)庫(kù)—OMIM主頁(yè)和相關(guān)的LocusLink條目鏈接到很多外部數(shù)據(jù)庫(kù).失調(diào)基因和疾病—介紹遺傳因素和人類疾病的關(guān)系。有約60種遺傳疾病的概要信息，以及鏈接到相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)和組織。Mitelman癌癥染色體變異摘要—DrsMitelman,Mertens，和Johansson建立的基因組范圍的NatureGenetic，Vol.1Spe。No.417-74April199〕的超文本版本。OMIM—在線人類孟德?tīng)栠z傳—常常更的人類基因和遺傳失調(diào)的名目，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考，序列記錄，和相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)。OMIMMorbidMap—alphabeticallistingofdiseasesandcorrespondingcytogeneticmaplocations，withlinkstoOMIMentries。AccessiblefromOMIM〔seeGenes).OMIM致病圖-OMIM的條目.可以從OMIM頁(yè)面訪問(wèn)。癌癥爭(zhēng)論CCAP-癌癥染色體變異打算-打算用來(lái)加速同惡性轉(zhuǎn)移相關(guān)的顯著染色體變異的定義和具體的特征描述。CGAP—癌癥基因組剖析打算—cDNA庫(kù)，鑒定在不同癌癥階段的人類基因表達(dá)，和打算正常，癌前和惡性細(xì)胞的分子表達(dá)譜.是NCI，NCBI和其它很多試驗(yàn)室的合作.Mitelman癌癥染色體變異摘要-由Drs.Mitelman,Mertens，和Johansson建立的基因組范圍的人類癌癥中染色體斷裂位點(diǎn)圖譜。參見(jiàn)NatureGenetics,Vol.15〔Spec.No〕:417—74(April1997〕的超文本版本。SAGE分析—在癌癥庫(kù)中的SAGE標(biāo)簽的差異表達(dá)NCBI站點(diǎn)地圖--—其他基因組數(shù)據(jù)介紹小鼠基因組小鼠基因組資源向?qū)А?隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針.小鼠基因組測(cè)序-小鼠基因組打算的測(cè)序進(jìn)展，HTG序列contigs〔可以用大小和染色體號(hào)來(lái)掃瞄〕由測(cè)序中心的數(shù)據(jù)建立，可以contig或染色體的形式來(lái)下載。小鼠UniGene-被整理成簇的EST和全長(zhǎng)mRNA有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的穿插參考cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene名目下下載〔LocusLink〕-LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)公布一個(gè)穩(wěn)定的IDaccesssionnumber,UnigeneLocusLinkNCBI,人類基因命名委員會(huì)，OMIMLocusLink目前包含人類，小鼠,大鼠,斑馬魚，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開或合在一起查詢。Entrez-包括了來(lái)自〉70000個(gè)物種的序列數(shù)據(jù)，可以用物種字段來(lái)限制記錄只在小鼠搜尋。人類/小鼠同源圖—UniversityofCaliforniaatDavisM。F.Seldin建立，一張比較人和老鼠在同源區(qū)段DNA上基因的表,按在每個(gè)基因組上的位置排列.大鼠基因組UniGene-ESTmRNA序列，每一個(gè)代表一種特定的或假設(shè)的基因,有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的穿插參考.cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載,完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene名目下下載位點(diǎn)鏈接〔LocusLink)-為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息供給一個(gè)單次查詢界面.LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)公布一個(gè)穩(wěn)定的ID，并供給官方的命名，序列accesssionnumber，Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址.LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會(huì)，OMIM和其它組織的合作結(jié)果.LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚,和果蠅的位點(diǎn),物種可以被分開或合在一起查詢。斑馬魚基因組斑馬魚UniGene-被整理成簇的EST和全長(zhǎng)mRNA有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的穿插參考cluster形式在Unigene網(wǎng)頁(yè)下載，完整的數(shù)據(jù)可以從FTP站點(diǎn)repository/UniGene名目下下載位點(diǎn)鏈接〔LocusLink〕—為校正過(guò)的序列和遺傳位點(diǎn)的描述信息供給一個(gè)單次查詢界面。LocusLink給每個(gè)位點(diǎn)公布一個(gè)穩(wěn)定的IDaccesssionnumber,Unigene簇，圖譜信息，和相關(guān)的網(wǎng)址.LocusLink是NCBI，人類基因命名委員會(huì)，OMIM和其它組織的合作結(jié)果。LocusLink目前包含人類，小鼠，大鼠，斑馬魚，和果蠅的位點(diǎn)，物種可以被分開或合在一起查詢。果蠅