微陣列第次課

第九章DNA微陣列分析黃仲曦基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院腫瘤研究所《微陣列設(shè)計(jì)與分析》*在人類基因組上大約每1000bp就有一個(gè)SNP*基因組范圍內(nèi)的SNP作圖發(fā)現(xiàn)上百萬個(gè)SNP并保存數(shù)據(jù)庫。Singlenucleotidepolymorphisms(SNPs)單核苷酸多態(tài)性GeneChip?HumanMapping10KArray?AffymetrixInc.GeneChip?HumanMapping10KArray?AffymetrixInc.?AffymetrixInc.Loss-of-Heterozygosity(LOH)

雜合性丟失如果一個(gè)遺傳標(biāo)記（例如SNP）在正常組織是雜合性基因型而在腫瘤組織是純合性基因型，則稱為雜合性缺失。提示染色體異常；常與抑瘤基因相關(guān)。TTNormalFirstgenetichitCancerTTXOR雜合性丟失示例LossofHeterozygosity(LOH)TTXTXTXABAAAAB?M.MeyersonMakingLOHcallsOb金se親rv責(zé)ed配L呀OHRe擱te似nt柳io負(fù)nLo坐ssNo秧C巧al孫lNo涉n-朝in謙fo冤rm駱at肝iv倒e隱藏講馬爾暑科夫穿模型何推斷LO蹲HSN權(quán)P芯片鄙拷貝馬數(shù)分丸析芯片以標(biāo)準(zhǔn)謠化和律基于項(xiàng)模型慨的SN士P信號(hào)船值計(jì)姥算對于習(xí)每個(gè)SN仇P位點(diǎn)嗎，平副均所薄有正陽常細(xì)蝴胞的瀉信號(hào)拍值做老為2拷貝損信號(hào)副值；烏觀察榨拷貝怪?jǐn)?shù)=煎(觀察百信號(hào)傳值/堅(jiān)2拷貝蔬平均兩信號(hào)孤值)結(jié)*艙2。隱藏牛馬爾術(shù)科夫啊模型HM混M推斷帽真實(shí)司拷貝寒?dāng)?shù)。隱藏葵馬爾研科夫無模型發(fā)散亮概率:對于礙某個(gè)SN連P位點(diǎn)轟，觀印察信汪號(hào)值者來自業(yè)隨機(jī)廳分布逗：傳輸舟概率:對于撞兩個(gè)敲相鄰準(zhǔn)的SN淹P位點(diǎn)亦，第純二個(gè)SN便P不受裂第一紋個(gè)SN怠P連鎖徒影響宿，重兼新背椅景拷弊貝數(shù)吉的概筐率是2θ。起始按概率:假定潤一條戰(zhàn)染色維體90別%的區(qū)痰域?yàn)?拷貝木數(shù)，0拷貝馬到N拷貝沃（2除外臨）的去比例叉是0.思1/勞(N如-1恒)。d為兩券個(gè)SN命P位點(diǎn)角的距鳥離遺傳冤連鎖馬爾棄科夫嗎模型時(shí)：每緞個(gè)狀延態(tài)可細(xì)以以林一定段概率嘩影響雄后續(xù)掃的狀率態(tài)。Tw服o賤me拘ch友a(bǔ)n答is奇ms害o杜f淹LO昂H?四X.虧Z額ha演oSN憤P芯片妥和表僻達(dá)譜鋼芯片確整合寄分析Na橫tu源re卷.康20劫05臨,4右36永:1刪17本-