指紋圖譜標(biāo)記

指紋圖譜標(biāo)記第1頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月匯報的主要內(nèi)容1.研究的目的及意義2.研究材料與方法3.結(jié)果分析4.討論第2頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月1.目的及意義目的：利用SRAP和ISSR分子標(biāo)記法構(gòu)建石竹屬DNA指紋圖譜意義：此圖譜的構(gòu)建，一方面，為今后石竹屬種間鑒定提供快速、科學(xué)的參照標(biāo)準(zhǔn)。另一方面，也為香石竹（康乃馨）雜交育種提供親緣關(guān)系的遺傳背景材料。第3頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月2.研究材料與方法研究材料：從新疆烏魯木齊、木壘、霍城、尼勒克、唐布拉、阿爾泰、布爾津、小東溝、廟兒溝等地采集野生石竹的種子，共計(jì)10個種。研究方法：DNA提取與純化，PCR反應(yīng)正交設(shè)計(jì)，電泳檢測和指紋圖譜構(gòu)建第4頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月DNA的提取與純化采用改進(jìn)的CTAB裂解-硅珠吸附法從新鮮的葉片中提取總DNA第5頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月PCR反應(yīng)的正交設(shè)計(jì)SRAP-PCR反應(yīng)：針對影響PCR反應(yīng)Mg2+、dNTPs、引物和Taq聚合酶4個因素，選用L9(34)在3水平上進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。使用的引物組合為Me6/Em1。L9(34)設(shè)計(jì)表見表:組合編號Mg2+(mmol/L)引物(μmol/L)Taq酶（U/L）dNTP（mmol/L）1234567891.51.51.52.02.02.02.52.52.50.150.250.350.150.250.350.150.250.350.51.01.51.01.50.51.50.51.00.150.200.250.250.150.200.200.250.15第6頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月ISSR-PCR反應(yīng)：針對影響PCR反應(yīng)Mg2+、dNTPs、引物和Taq聚合酶4個因素，選用L9(34)在3水平上進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。使用的引物編號為855。L9(34)設(shè)計(jì)表見表:組合編號Mg2+(mmol/L)引物(μmol/L)Taq酶（U/L）dNTP（mmol/L）1234567891.251.251.251.751.751.752.252.252.250.40.60.80.40.60.80.40.60.80.51.01.51.01.50.51.50.51.00.3250.3750.4250.4250.3250.3750.3750.4250.325第7頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月電泳檢測ISSR瓊脂糖凝膠檢測SRAP聚丙烯酰胺凝膠檢測第8頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月指紋圖譜的構(gòu)建位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)法：根據(jù)每對引物生成帶型間的差別直接對帶型進(jìn)行分類編號，可得到每個種的帶型編號。一個種的DNA經(jīng)過不同引物擴(kuò)增后，將獲得一系列帶型編號，按照固定的引物序列，串聯(lián)各帶型編號,形成一組數(shù)據(jù)。將這些圖譜轉(zhuǎn)換為由1和0組成的字串，構(gòu)成數(shù)字指紋圖譜。第9頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月3.結(jié)果分析正交實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析指紋圖譜的構(gòu)建第10頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月正交實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析SRAP-PCR反應(yīng)：選取Me6/Em1作為擴(kuò)增引物，以同一個種不同家系的4個DNA進(jìn)行擴(kuò)增，電泳圖如圖：M123456789第11頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月根據(jù)電泳圖，經(jīng)過極差分析可知：SRAP-PCR反應(yīng)中，對反應(yīng)影響最大的是Mg2+,引物，之后dNTP,最后是Taq酶。4個組分的最佳反應(yīng)水平為：Mg2+2.5mmol/L、dNTP0.25mmol/L、引物0.25μmol/L、Taq酶為1.0U。第12頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月ISSR反應(yīng)：選取855作為擴(kuò)增引物，以同一個種不同家系的4個DNA進(jìn)行擴(kuò)增，電泳圖如圖：M123456789第13頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月根據(jù)電泳圖，經(jīng)過極差分析可知：ISSR-PCR反應(yīng)中，對反應(yīng)影響最大的是Mg2+、dNTP、之后是引物，最后是Taq酶。最佳水平為：Mg2+1.25mmol/L、dNTP0.425mmol/L、引物0.8μmol/L、Taq酶為0.5U。第14頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月指紋圖譜構(gòu)建SRAP數(shù)字指紋圖譜材料編號Me3/Em12Me3/Em14Me8/Em14Me8/Em912345678910100110100100110011001001110010011000110100011000001100101001010010100111111001101101000001100110000001000001110000000100010001001001011110000101000011100001111001111011000100011101101010110110011111100110101000100001011100010100000011011100101001110101101001111001000001第15頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月ISSR數(shù)字指紋圖譜材料編號82684286487882712345678910010101000100000100011001010010110000010000010000000100010001100111111010101001111010000110110010101101111010110011010110110101001010000101000010110100000110100010111000100000100000100010010101000000000100011100001101110010111001100111111000100011000111000001100101101001001000001000100011110111010110100110010111010110010010001100第16頁，課件共18頁，創(chuàng)作于2023年2月4.討論分子標(biāo)記的體系優(yōu)化：利用正交驗(yàn)直觀分析方法，能迅速獲得滿意的試驗(yàn)結(jié)果，而且具有試驗(yàn)規(guī)模小，節(jié)省人力物力的優(yōu)點(diǎn)。但該方法亦有一定的局限性，如對試驗(yàn)結(jié)