設(shè)置對(duì)接的柔性殘基教學(xué)課件

設(shè)置對(duì)接的柔性殘基56、死去何所道，托體同山阿。57、春秋多佳日，登高賦新詩(shī)。58、種豆南山下，草盛豆苗稀。晨興理荒穢，帶月荷鋤歸。道狹草木長(zhǎng)，夕露沾我衣。衣沾不足惜，但使愿無(wú)違。59、相見無(wú)雜言，但道桑麻長(zhǎng)。60、迢迢新秋夕，亭亭月將圓。設(shè)置對(duì)接的柔性殘基設(shè)置對(duì)接的柔性殘基56、死去何所道，托體同山阿。57、春秋多佳日，登高賦新詩(shī)。58、種豆南山下，草盛豆苗稀。晨興理荒穢，帶月荷鋤歸。道狹草木長(zhǎng)，夕露沾我衣。衣沾不足惜，但使愿無(wú)違。59、相見無(wú)雜言，但道桑麻長(zhǎng)。60、迢迢新秋夕，亭亭月將圓。蛋白質(zhì)與酶分子的設(shè)計(jì)與改造配體和受體的分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)第5小組配體和受體的分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)就是通過計(jì)算機(jī)及相應(yīng)的軟件來(lái)模擬受體與配體的分子對(duì)接過程,以及結(jié)果的分析。口語(yǔ)交際課是小學(xué)語(yǔ)文新教材的一種新課型，它不僅要求在課堂教學(xué)中訓(xùn)練每個(gè)學(xué)生傾聽和說話的能力，而且要求在口語(yǔ)交流中培養(yǎng)語(yǔ)言交際能力。低年級(jí)是基礎(chǔ)，如果不能在這個(gè)時(shí)間段很好的培養(yǎng)學(xué)生的這種能力，肯定會(huì)影響學(xué)生將來(lái)的學(xué)習(xí)、生活和交際能力。那么如何在農(nóng)村課堂教學(xué)中進(jìn)行有效的口語(yǔ)教學(xué)，讓學(xué)生暢所欲言，一吐為快，妙語(yǔ)如珠呢？結(jié)合這幾年來(lái)的教學(xué)實(shí)踐，我認(rèn)為可以從以下幾個(gè)方面入手：一、營(yíng)造良好氛圍，實(shí)施有效交際農(nóng)村小學(xué)生口語(yǔ)交際能力比較欠缺，我們的教學(xué)只有根據(jù)新課標(biāo)的要求來(lái)設(shè)計(jì)教學(xué)方法和探求教學(xué)教學(xué)途徑，才能做到有的放矢，達(dá)到事半功倍的效果。1．開發(fā)資源,整合教材，挖掘交際內(nèi)容對(duì)學(xué)生進(jìn)行口語(yǔ)交際訓(xùn)練，首先要依托語(yǔ)文教材。人教版低年級(jí)教材，在口語(yǔ)交際方面，每單元都設(shè)置了專門的口語(yǔ)交際課，其訓(xùn)練內(nèi)容富有童趣而且貼近兒童生活，是很好的交際話題。但每單元只有一至兩課時(shí)，這樣必定會(huì)使訓(xùn)練面有限。要解決這個(gè)矛盾，就要充分利用課文中的資源，創(chuàng)造性地利用教材，挖掘交際話題。2.營(yíng)造民主氛圍，消除學(xué)生畏說心理學(xué)生有比較強(qiáng)的自尊心，他們害怕說話不當(dāng)、舉止失措而當(dāng)眾出丑，害怕一旦說錯(cuò)就被同學(xué)嗤笑、被老師批評(píng)，這些問題成為不少學(xué)生口語(yǔ)交際中的心理陰影。因此，保護(hù)學(xué)生口語(yǔ)交際的自尊心、自信心至關(guān)重要。二、拓寬交際渠道，豐富語(yǔ)言源泉生活是學(xué)生口語(yǔ)交際內(nèi)容的源頭活水，只有在生活的泉源里才能激發(fā)學(xué)生口語(yǔ)交際的激情。因此，教師要善于捕捉現(xiàn)實(shí)生活中的精彩畫面，創(chuàng)設(shè)交際情境，讓學(xué)生進(jìn)行口語(yǔ)交際訓(xùn)練，讓每個(gè)學(xué)生參與其中,在動(dòng)態(tài)的口語(yǔ)交際實(shí)踐中反復(fù)經(jīng)歷、體味,提高思維的敏捷性、邏輯性、深刻性和語(yǔ)言表達(dá)的規(guī)范性、條理性、機(jī)敏性,從而獲得真知,增強(qiáng)能力,逐步形成良好的語(yǔ)言習(xí)慣和交際態(tài)度。1.構(gòu)建雙向互動(dòng)，多向交流的口語(yǔ)交際模式口語(yǔ)交際是一種雙向互動(dòng)的語(yǔ)言活動(dòng)。在口語(yǔ)教學(xué)過程中，雙方直接交流交流，不斷互換聽說的角色，可以是學(xué)生說，學(xué)生補(bǔ)充；學(xué)生問，學(xué)生答。也可以是學(xué)生說，老師補(bǔ)充；學(xué)生問，教師答。還可以是老師說，學(xué)生補(bǔ)充；老師問，學(xué)生答。要使課堂上充盈著輕松、愉悅的氣氛和雙向互動(dòng)的語(yǔ)言交流活動(dòng)。教師可組織同桌之間、前后座之間、小組同學(xué)之間，通過說、問、評(píng)、比、演等方法，進(jìn)行討論、交流，相互促進(jìn)、相互提高。2.親身經(jīng)歷,模擬表演生活是口語(yǔ)交際的源泉。再現(xiàn)生活中的情境,讓學(xué)生置身于模擬的情境中觀察、說明,是增強(qiáng)學(xué)生體驗(yàn)、激發(fā)思維和口頭表達(dá)的環(huán)境條件和動(dòng)力源。有一次，個(gè)別調(diào)皮的男生居然在學(xué)習(xí)氛圍濃厚的小學(xué)校園里放鞭炮取樂。我們苦口婆心的勸告：人的健康，人的生命是最寶貴的，在放鞭炮的過程不小心傷到了自己或者其他人就危險(xiǎn)了。然而個(gè)別男生聽了依然無(wú)動(dòng)于衷。于是我猛然想到，何不充分利用語(yǔ)文教學(xué)的優(yōu)勢(shì)來(lái)集思廣益？第二天的口語(yǔ)教學(xué)課上，我就給學(xué)生布置了這樣一個(gè)作業(yè)：有個(gè)別調(diào)皮的男生在校園放鞭炮，嚴(yán)重影響其他同學(xué)休息和學(xué)習(xí)。假如你老師，你該如何批評(píng)教育他們？請(qǐng)把你要批評(píng)的話說出來(lái)。學(xué)生一聽?zhēng)屠蠋熃鉀Q問題,思維活躍紛紛說出許多見解。這樣一下子進(jìn)入了問題情境,把口語(yǔ)交際回歸到生活體驗(yàn),打開學(xué)生的話匣子,學(xué)生就會(huì)產(chǎn)生積極的交流欲望。三、規(guī)范語(yǔ)言,培養(yǎng)交際習(xí)慣農(nóng)村孩子所處的社會(huì)環(huán)境特別是家長(zhǎng)素質(zhì)的影響,使小學(xué)生存在著一些不良的交際習(xí)慣，同時(shí)，方言的大量使用給學(xué)生的交際帶來(lái)極大地阻礙。一部分在學(xué)生在交際時(shí)出現(xiàn)了不會(huì)說的現(xiàn)象，致使說話時(shí)磕磕巴巴、詞不達(dá)意。發(fā)展、規(guī)范語(yǔ)言是一項(xiàng)艱巨的任務(wù)，必須在實(shí)際實(shí)踐中規(guī)范語(yǔ)言，在互動(dòng)中培養(yǎng)學(xué)生學(xué)會(huì)傾聽的良好習(xí)慣。1.師生互動(dòng)，規(guī)范語(yǔ)言教師是課堂的組織者，更是學(xué)生的學(xué)習(xí)的引導(dǎo)者和合作者。在口語(yǔ)交際過程中教師必須從“說話能力”上對(duì)學(xué)生的言語(yǔ)進(jìn)行指導(dǎo)、修正，并做好典范。2.善于引導(dǎo),培養(yǎng)交際習(xí)慣只有“認(rèn)真傾聽”才能了解對(duì)方“講話的內(nèi)容”,弄清自己“不理解的地方”,才能向?qū)Ψ秸?qǐng)教;請(qǐng)教時(shí),如果出現(xiàn)不同意見,就要“與人商討”,以求問題的解決。所以,培養(yǎng)學(xué)生學(xué)會(huì)傾聽至關(guān)重要。四、關(guān)注過程，重視評(píng)價(jià)口語(yǔ)交際教學(xué)除了分年段對(duì)學(xué)生進(jìn)行知識(shí)、能力、情感等目標(biāo)的評(píng)價(jià)外，還應(yīng)重視在教學(xué)中及時(shí)評(píng)價(jià)。教師不但要在學(xué)生發(fā)言過程過程中注重及時(shí)評(píng)價(jià)，還應(yīng)讓學(xué)生成為評(píng)價(jià)的主體，培養(yǎng)他們的參與意識(shí)，從而獲得知識(shí)，提高能力。1.言語(yǔ)賞識(shí)多一些表?yè)P(yáng),少一些批評(píng),把相信人人能成功的期望傳達(dá)給每個(gè)學(xué)生。如看到學(xué)生忘了說什么時(shí),教師可耐心地說:“別著急,慢慢說”;當(dāng)學(xué)生疙疙瘩瘩說不清楚時(shí),教師可說:“老師聽明白了,我再幫你說一說”;當(dāng)學(xué)生發(fā)言膽怯時(shí),教師可說:“你講得很棒,能不能說得再響亮些,讓同學(xué)們學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)?”這樣才讓學(xué)生有表達(dá)自信心。2.重視學(xué)生自評(píng)和互評(píng)在課堂教學(xué)中，教師要經(jīng)常把對(duì)學(xué)生的評(píng)價(jià)換成學(xué)生對(duì)學(xué)生的評(píng)價(jià)。如“請(qǐng)大家仔細(xì)聽，這位同學(xué)讀得怎么樣？”“請(qǐng)大家評(píng)一評(píng)剛才某同學(xué)的回答”等等，小學(xué)生參與評(píng)價(jià)，從內(nèi)容上說，一是評(píng)價(jià)交際的語(yǔ)言是否清楚明白；二是評(píng)價(jià)交際的習(xí)慣（說話姿勢(shì)、心理因素、普通話是否標(biāo)準(zhǔn)）。這是對(duì)學(xué)生口語(yǔ)交際信心的激發(fā)和對(duì)口語(yǔ)交際技能的強(qiáng)化訓(xùn)練?？傊?，培養(yǎng)學(xué)生的口語(yǔ)交際能力，是一項(xiàng)長(zhǎng)期的教學(xué)實(shí)踐活動(dòng)，口語(yǔ)交際的訓(xùn)練任重而道遠(yuǎn)。我們只有在教學(xué)實(shí)踐中不斷探討、研究,認(rèn)清其實(shí)質(zhì),準(zhǔn)確把握教材，合理利用教材，創(chuàng)造寬松、愉悅的交際環(huán)境，才能摸索、總結(jié)出科學(xué)的、行之有效的農(nóng)村口語(yǔ)交際的教學(xué)對(duì)策,以提高低年級(jí)學(xué)生的口語(yǔ)交際能力。隨著我國(guó)新一輪課改的進(jìn)行，思想品德教學(xué)應(yīng)當(dāng)逐漸從過去“滿堂灌”的教學(xué)方式轉(zhuǎn)變?yōu)樽⒅貙W(xué)生生活經(jīng)驗(yàn)和社會(huì)實(shí)踐的聯(lián)系，促進(jìn)正確思想觀念和良好道德品質(zhì)的形成和發(fā)展的一種教育教學(xué)方式。教師在新課改的大環(huán)境中應(yīng)當(dāng)開展各種豐富多彩的活動(dòng)，不斷擴(kuò)展學(xué)生的知識(shí)技能，完善知識(shí)結(jié)構(gòu)。然而，任何事物都具有兩重性，課堂活動(dòng)固然具有其優(yōu)勢(shì)，但一些教師在課堂互動(dòng)環(huán)節(jié)中設(shè)計(jì)不當(dāng)，師生之間的互動(dòng)同樣會(huì)產(chǎn)生各種問題。關(guān)于初中思想品德課堂教學(xué)中師生互動(dòng)的探究顯得尤為重要。一、師生課堂互動(dòng)中存在的問題1、脫離教學(xué)目標(biāo)。新課程改革強(qiáng)調(diào)培養(yǎng)和提高學(xué)生的自主探究的能力，師生互動(dòng)無(wú)疑是課堂上達(dá)成這一目標(biāo)的有效形式。但是，現(xiàn)階段初中思想品德課堂教學(xué)中大部分活動(dòng)設(shè)計(jì)往往沒有依據(jù)教學(xué)內(nèi)容和學(xué)生的認(rèn)知特點(diǎn)來(lái)制定。而且，教師在課堂中設(shè)計(jì)的互動(dòng)環(huán)節(jié)如果不考慮活動(dòng)內(nèi)容與教學(xué)目標(biāo)的有效結(jié)合，僅僅為活動(dòng)而活動(dòng)的話，課堂的教學(xué)意義很難得不到體現(xiàn)。另一方面，初中生已具備觀察社會(huì)、討論時(shí)事政治的能力，一旦教師為組織簡(jiǎn)單的問題組織一場(chǎng)討論，課堂設(shè)計(jì)的科學(xué)性和合理性就難以凸顯出來(lái)。2、互動(dòng)形式單一?，F(xiàn)階段，由于對(duì)互動(dòng)的認(rèn)識(shí)不足，一些教師在教學(xué)師生互動(dòng)中容易走向兩種極端。一種互動(dòng)設(shè)計(jì)形式單一、缺乏變化，全部采用“你問我答”的方法。這種教學(xué)形式雖然能夠得到有效直觀的教學(xué)反饋，但一味地采用這種方法，學(xué)生產(chǎn)生厭煩情緒，影響教學(xué)效果。另一種則是活動(dòng)過于繁雜，在課堂活動(dòng)中教師沒有起到主導(dǎo)作用反而充當(dāng)為“導(dǎo)演”，小品、辯論、才藝表演、討論輪番上陣。課堂表面上的熱鬧不僅不能提高學(xué)生的思想道德修養(yǎng)，教師角色的錯(cuò)位也會(huì)對(duì)學(xué)生造成一定的負(fù)面影響。3、過度依賴多媒體教學(xué)。現(xiàn)代教學(xué)技術(shù)為教師在教學(xué)過程中提供了更為直觀形象的展現(xiàn)。就思想品德課教學(xué)來(lái)說，其能將抽象枯燥的理論演繹為活潑生動(dòng)的畫面，增強(qiáng)課程的德育功能。但是，多媒體教學(xué)只是教學(xué)的一種輔助手段，師生之間的活動(dòng)應(yīng)該更強(qiáng)調(diào)口頭語(yǔ)言和肢體語(yǔ)言之間的信息傳遞?，F(xiàn)階段，有些教師在多媒體教學(xué)的應(yīng)用中存在不恰當(dāng)使用的情況。例如在案例教學(xué)中，教師將案例內(nèi)容和最后啟發(fā)式思考結(jié)果均設(shè)計(jì)進(jìn)課件。教師向?qū)W生展現(xiàn)案例時(shí)，往往不等學(xué)生充分思考，案例的啟發(fā)結(jié)論已躍然而出。這種方式完全抑制了學(xué)生獨(dú)立思考的能力。其次，部分教師存在“輕板書，重特效”的問題。為追求課件的美觀活潑，在課件中添加大量的FLASH特效，雖然凸顯出新奇不同，但導(dǎo)致學(xué)生注意力得到分散。這種本末導(dǎo)致的行為違背了新課程理念下運(yùn)用多媒體教學(xué)原則的。二、建立良好的師生互動(dòng)師生之間應(yīng)當(dāng)建立起多層次、多渠道、多樣式的有效互動(dòng)形式，從而構(gòu)建出高效的課堂教學(xué)。師生之間的信息交流的優(yōu)化可以從以下幾個(gè)方面改善。1、營(yíng)造融洽的師生關(guān)系。師生互動(dòng)的是指教學(xué)活動(dòng)中的一種雙邊活動(dòng)，只有在和諧融洽的師生關(guān)系中，學(xué)生才勇于表達(dá)自己的觀點(diǎn)。這就要求廣大初中思想品德教師充分尊重學(xué)生真實(shí)思考的能力，與學(xué)生平等地探討、交流、認(rèn)真的傾聽學(xué)生的表達(dá)，這樣才能最大限度地促進(jìn)學(xué)生思維的發(fā)展。其次，在教學(xué)過程中教師應(yīng)當(dāng)多鼓勵(lì)，少批評(píng)，努力發(fā)掘?qū)W生的閃光點(diǎn)，進(jìn)而激發(fā)起他們勤奮好學(xué)的上進(jìn)心。最后，教師要充分考慮學(xué)生之間的差異性，在引導(dǎo)深入思考的同時(shí)保持學(xué)生個(gè)性的發(fā)展，使學(xué)生能夠創(chuàng)造性地發(fā)揮自己的潛能。2、優(yōu)化課堂設(shè)計(jì)。（1）教師發(fā)揮主導(dǎo)作用。教師在教學(xué)過程中要發(fā)揮起主導(dǎo)作用與學(xué)生之間進(jìn)行有效互動(dòng)。這就要求教師在師生活動(dòng)中將突出理論難點(diǎn)、化解學(xué)生疑點(diǎn)作為有效教學(xué)的重要環(huán)節(jié)。教師創(chuàng)設(shè)互動(dòng)環(huán)節(jié)中應(yīng)當(dāng)尊重學(xué)生的主體地位，鼓勵(lì)學(xué)生各抒己見，加強(qiáng)互動(dòng)引導(dǎo)，引導(dǎo)學(xué)生學(xué)會(huì)傾聽，學(xué)會(huì)提問。只有與學(xué)生進(jìn)行積極互動(dòng)時(shí)要注意對(duì)學(xué)生的反饋進(jìn)行總結(jié)，才能夠全面了解學(xué)生知識(shí)的掌握情況和摸清初中生的認(rèn)知規(guī)律，借此來(lái)完善學(xué)生的理論知識(shí)構(gòu)架，更好的達(dá)到教學(xué)標(biāo)。（2）學(xué)生自主能力探究。教師教學(xué)中要尊重學(xué)生的主體地位，調(diào)動(dòng)主觀能動(dòng)性，引導(dǎo)自主、合作、探究的學(xué)習(xí)方式。在師生互動(dòng)時(shí)運(yùn)用啟發(fā)式教學(xué)這一指導(dǎo)思想，引導(dǎo)學(xué)生開展積極的思維活動(dòng)，促進(jìn)學(xué)生主動(dòng)建構(gòu)知識(shí)、培養(yǎng)和提高各方面能力。例如在案例教學(xué)的環(huán)節(jié)中，教師先引入貼近生活的感性材料，將抽象概念和道德觀點(diǎn)具體化，啟發(fā)學(xué)生更全面更深入的探討問題，最后教師在綜合學(xué)生自主探究后的成果對(duì)理論進(jìn)行提升。這樣教師既滿足了學(xué)生的內(nèi)在需求和接受能力，又提高了學(xué)生自主學(xué)習(xí)獨(dú)立解決問題的能力。實(shí)踐證明，思想品德課堂中的師生互動(dòng)符合新課改的理念。我們?cè)诮虒W(xué)中應(yīng)積極設(shè)計(jì)好師生互動(dòng)，營(yíng)造和諧師生關(guān)系、優(yōu)化課程設(shè)計(jì)、轉(zhuǎn)變教師角色、尋求科學(xué)有效的教學(xué)策略，使思想品德課堂教學(xué)育人效果更好。蛋白質(zhì)與酶分子的設(shè)計(jì)與改造配體和受體的分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)第5小組配體和受體的分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)就是通過計(jì)算機(jī)及相應(yīng)的軟件來(lái)模擬受體與配體的分子對(duì)接過程,以及結(jié)果的分析?！鼳UTODOCK是用于分子對(duì)接的軟件,可以給出可能的構(gòu)象,進(jìn)行簇分析,給出對(duì)應(yīng)的結(jié)合能等。autodocktools是autodock的前處理圖形化界面,主要是用來(lái)完成配體,受體和對(duì)接區(qū)域選擇的準(zhǔn)備工作。軟件的下載和安裝軟件的下載autodock.scrippsedu/downloads/autodockregistrationhttp.:///downloadAutoDockautodocl.2.3win32auAutoDockTools(ADT)MGLTools-1.5.4必須安裝在c盤ADT(autobus面:1.PMV菜單:主要通過使用菜單命令對(duì)分子進(jìn)行相關(guān)操作,以及進(jìn)行可視化設(shè)置2.PMv工具欄:PMⅤ菜單中一些常用命令的快捷按鈕3.ADT菜單:Autogrid和AutoDock的圖形化操作菜單4.分子顯示窗口:3D模型分子的顯示和操作窗口5.儀表板窗口部件:快速查看及設(shè)置分子的顯示模型及著色方式5.信息欄:顯示相關(guān)操作信息FeE”"匯Dp"CclerCompueGnd30HytrogenBendsFPMV菜單PMV工星柱xialeResiduesGnaDockingRunanalyzeADT菜單分子顯示窗儀表板窗口部件wfer口日8388日8883m信息欄HV蛋白及其扣制劑的結(jié)合autodock.scrippsedu/fags-help/tutorial/usingautodock4With-autodocktools上下載受體文件hsg1pdb和配體文件indpdb1準(zhǔn)備對(duì)接文件2格點(diǎn)參數(shù)設(shè)置3格點(diǎn)計(jì)算4設(shè)置對(duì)接參數(shù)5.分子對(duì)接計(jì)算6.對(duì)接結(jié)果分析準(zhǔn)備對(duì)接文件準(zhǔn)備大分子File->Readmolecule(讀入大分子Select>SelectFromString(要標(biāo)定水分子)->AddEdit-DeleteAtomSet->Continue(刪除水分子)Edit→Hydrogen->Ad(添加極性氨原子File->Save->WritePDBQT(保存文件)Edit->Delete->Deleteallmolecule(清空顯示窗口)2.準(zhǔn)備配體igand->Input.->Open(讀入配體Ligand→Torsiontree-ChooseTorsions→orsoncount(設(shè)置可旋轉(zhuǎn)的鍵Ligand→Torsiontree→Setnumberoftorsions→設(shè)置fewestatoms為6Ligand->Output->SaveasPDBQT(保存配體)Edit->Delete->Deleteallmolecule(清空顯示窗口)3準(zhǔn)備柔性殘基文件ADT→Flexibleresidues→Input→OpenMacromolecule..(選擇編