NIS-emelments軟件操作指南

NIS-ElementsAR快速上手指南尼康儀器〔上?！?0234月NIS-Elements軟件操作指南〔一〕NIS-Elements的操作界面1〕主菜單欄2〕上圖標(biāo)工具欄3〕左圖標(biāo)工具欄4〕窗口排布選擇〔5〕掌握窗口邊欄；〔〕狀態(tài)欄上圖標(biāo)工具欄和左圖標(biāo)工具欄圖標(biāo)介紹：Open：翻開文件Save：保存當(dāng)前文件Savenext：將當(dāng)前文件保存為文件Print：打印Undo：撤銷前一步操作

Redo：復(fù)原一步撤銷的操作LiveFast：快速預(yù)覽ZStackLive：Z軸序列預(yù)覽Integrate：疊加，屢次拍攝圖像累積Average：平均，屢次拍攝圖像平均RAMBufferON：翻開內(nèi)存拍攝 CapturetoRAMBuffer：拍攝存至緩存·BackgroudCorrectionON：翻開背景校正OpticalConfigurations：翻開光路配置設(shè)定NewOpticalConfiguration：創(chuàng)立光路配置PointingTool：指針按鈕MagnifierGlass：圖像放大工具Annotations&Measurement：注釋和測量BinaryToolbar：二元蒙板編輯工具Define/RunExperiment：翻開多維拍攝窗口CaptureTimeLapse：拍攝時(shí)間序列CaptureZSeries：拍攝Z軸序列掌握窗口介紹：

CaptureMultichannel：拍攝多通道CaptureMultipoint：拍攝多點(diǎn)Copy：復(fù)制PasteAsNewImage：粘貼復(fù)制圖像Crop：剪切RunMacro：執(zhí)行宏命令CloseAll：關(guān)閉全部窗口GeneralOption：翻開設(shè)置窗口CustomizeToolbar：自定義工具欄NIS-Elements軟件全部掌握窗口均可以在主菜單欄View菜單下找到，或者在圖片顯示區(qū)域點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵彈出。Acquisition：AVIAcquisition：AVI拍攝AutoCaptureFolder：自動(dòng)拍攝存儲(chǔ)文件夾CameraSettings*：相機(jī)設(shè)定CaptureFRETImage*FRET圖像FiltersandShutters掌握Lamp*：光源掌握

NDAcquisition*：多維圖片拍攝Nosepiece*：物鏡轉(zhuǎn)盤掌握MicroscopeControlPad面板XYZNavigation*：XYZ導(dǎo)航ZSeries*：Z軸序列Visualization:BinaryLayers：二元蒙板層編輯Histogram：柱狀圖LUTs:LUTsOpenedImages：已翻開圖像

Preview：預(yù)覽窗口Synchronizer：窗口同步器XYOverview*：XY預(yù)覽Analysis:AnnotationsandMeasurements：注釋和測量AutomatedMeasurement：自動(dòng)測量AutomatedMeasurementResults：自動(dòng)測量結(jié)果BinaryToolbar：二元蒙板編輯工具Colocalization：共定位分析EDFZ-Profile*：Z序列景深擴(kuò)展IntensityProfile：光強(qiáng)分析ObjectCount*：目標(biāo)計(jì)數(shù)ObjectClassifier*：目標(biāo)分類PixelClassifier：像素分類

ROIStatistics：ROI統(tǒng)計(jì)RTDeconvolution*：實(shí)時(shí)反卷積Thresholding：閾值分析TimeMeasurement：時(shí)間測量Tacking*：軌跡分析VolumeMeasurement：體積測量* 對應(yīng)的窗口是可選的，在選擇了相應(yīng)軟件模塊，插件或者相關(guān)電動(dòng)部件正確連接下可使用?！捕砃IS-Elements軟件的開啟和圖片拍攝Ⅰ.NIS-Elements軟件：在開啟軟件前，請確認(rèn)已翻開全部需要用到的硬件。雙擊桌面圖標(biāo)翻開軟件〔Vista系統(tǒng)需要點(diǎn)擊Allow確認(rèn)運(yùn)行該軟件；選擇對應(yīng)的相機(jī)，點(diǎn)擊連續(xù)。假設(shè)只是做圖像分析，請選擇NoGrabber。單擊OK；NIS-ElementsAcquire菜單下SelectCamera選項(xiàng)，確認(rèn)要選擇的相機(jī)并激活使用。多相機(jī)切換也可以通過此選項(xiàng)完成。右鍵翻開CameraSetting置；Ⅱ.單張圖片拍攝：配置光路，顯微鏡拍攝圖像時(shí)，必需依據(jù)需要成像的模式設(shè)置好光路〔參考顯微鏡操作指南，出光口切換到相機(jī)所安裝的端口〔例如L10，R100等。從相機(jī)預(yù)覽圖像，點(diǎn)擊上工具欄圖標(biāo)，進(jìn)展圖像快速預(yù)覽，該預(yù)覽模式圖像屬性對應(yīng)camerasetting窗口的fastCapture設(shè)定。點(diǎn)擊圖標(biāo)，進(jìn)展圖像預(yù)覽，該預(yù)覽模式圖像屬性對應(yīng)camerasetting窗口的Capture設(shè)定。單擊圖標(biāo)，預(yù)覽停頓。圖像拍攝，設(shè)定曝光時(shí)間或點(diǎn)擊自動(dòng)曝光后，點(diǎn)擊按鈕拍攝一張圖片。留意：彩色相機(jī)需要在拍照前將探測框放在空白位置做白平衡，以避開拍攝畫面顏色失真。Ⅲ.時(shí)間序列圖像拍攝〔TimeLapseAcquisitio：點(diǎn)擊Acquire菜單下，CaptureTimeLapse選項(xiàng)，翻開如上窗口，在TimeSchedule里〔圖片2位置〕設(shè)定需要拍攝時(shí)間序列圖像的時(shí)間間隔，總圖片數(shù)，或者總時(shí)間〔總圖片數(shù)和總時(shí)間只需要依據(jù)試驗(yàn)需求設(shè)定其中一個(gè)，軟件自動(dòng)計(jì)算另一個(gè)數(shù)值；也可以定義多個(gè)不同的時(shí)間序列，軟件將依次執(zhí)行。1位置SavetoFile內(nèi)存缺乏等意外造成前面拍攝數(shù)據(jù)的喪失。拍攝數(shù)據(jù)量很大的狀況下，請選擇此項(xiàng)并設(shè)定保存文件夾。3位置對應(yīng)可以在拍攝時(shí)進(jìn)展的操作，例如關(guān)閉透射光等待1秒，自動(dòng)對焦的設(shè)定等，還可以在運(yùn)行拍攝程序前后參加相應(yīng)宏命令來到達(dá)想要的功能。例如在拍攝前執(zhí)行Liv〔命令，可以應(yīng)用自動(dòng)曝光來拍攝每一幀，使拍攝圖片到達(dá)最正確曝光時(shí)間。選擇PerformTimeMeasurement選項(xiàng)，選定ROI區(qū)域，可以在時(shí)間拍攝過程中實(shí)時(shí)監(jiān)視熒光強(qiáng)度的變化。拍攝進(jìn)度可以在本窗口最上面進(jìn)度條上顯示。點(diǎn)擊RunNow按鈕開頭拍攝。CloseactiveShutterwhenIdle選項(xiàng)，以避開熒光淬滅，長時(shí)間強(qiáng)光照耀造成細(xì)胞的光毒性。Liv〔；宏命令在大局部狀況下可以正常使用，但是在某些循環(huán)設(shè)定的狀況下可能工作不正確，當(dāng)遇到此狀況時(shí)，請使LiveNoMsgLoop;宏命令代替。Ⅳ.多點(diǎn)圖像的拍攝〔MultipointAcquisition〕在配置了XY電動(dòng)載物臺并正確連接時(shí)該功能可以使用AcquireCaptureMultipoint選項(xiàng)，翻開如上窗口，在Points欄里〔1處〕設(shè)定需要拍攝多點(diǎn)圖像的各個(gè)位置，可以依據(jù)需要點(diǎn)擊列表前空白的可選框，增加當(dāng)前預(yù)覽位置為拍攝的一個(gè)位置；假設(shè)需要回覽前面選定的點(diǎn)，只用鼠標(biāo)左鍵單擊相應(yīng)的列表工程，載物臺將自動(dòng)移動(dòng)到對應(yīng)的位置。假設(shè)需要微調(diào)并更這個(gè)位置，請單擊XYZ數(shù)值旁邊的箭頭按鈕〔如1處列表#3的顯示〕更位置列表；列表里的全部點(diǎn)的相關(guān)信息可以在圖片3處的選項(xiàng)里被保存和重調(diào)用；點(diǎn)擊RunNow按鈕開頭拍攝。留意：假設(shè)對例如使用96孔板等規(guī)章排列的位置進(jìn)展拍照，可以使用WP下拉菜單下Custom選項(xiàng)，定義行數(shù)和列數(shù)，以及起始和終止位置，一次獲得多點(diǎn)的定義。留意：當(dāng)配置PFS時(shí)或者選擇自動(dòng)對焦拍攝，Z軸位置可以不包含在多點(diǎn)設(shè)置內(nèi)〔2位置選擇PFS始終開著。Ⅴ.Z軸序列拍攝〔ZSeriesAcquisition〕點(diǎn)擊Acquire菜單下CaptureZSeriesCaptureAutomatically選項(xiàng)，翻開如上窗口，在范圍設(shè)定里〔1位置〕Z3個(gè)圖標(biāo)對應(yīng)的3種不同的設(shè)定方式：選取頂面和底面、對稱范圍選擇、不對稱范圍選擇，后兩種方式只需要找到焦平面依據(jù)閱歷設(shè)定上下偏移的范圍即可。當(dāng)拍攝區(qū)域選擇完畢后，在圖示2的位置，會(huì)消滅掃描范圍顯示，設(shè)定需要拍攝的步進(jìn)距離或者拍攝Z軸層數(shù)，選擇儀器所配置的電動(dòng)z軸設(shè)備；點(diǎn)擊RunNow按鈕開頭拍攝。留意：PFSZ軸拍攝時(shí)會(huì)自動(dòng)關(guān)閉，拍攝完畢后重開啟，并回到之前定義焦平面。Ⅵ.多色熒光<多通道>拍攝〔FluorescenceAcquisition<Multi-channel>〕點(diǎn)擊Acquire菜單下，CaptureMulti-channelImageCaptureAutomatically/manually選項(xiàng)，翻開如上窗口；1位置，在OpticalConf.下拉菜單里選擇需要拍攝通道的光路配置，假設(shè)沒有對應(yīng)的選擇，可以建一個(gè)的opticalconfiguration，并選擇最終得到畫面的偽彩色?？梢砸罁?jù)需要設(shè)置各個(gè)熒光通道和DIC通道；點(diǎn)擊RunNow按鈕開頭拍攝，假設(shè)配置了手動(dòng)的設(shè)備，需要選擇圖片2位置的選項(xiàng)，在拍攝前手動(dòng)切換光路。2DICDIC圖像之前利用宏命令等待22DIC通道之前，或者等待2秒拍攝。Ⅶ.拼圖功能〔LargeImageAcquisition〕在電動(dòng)載物臺配置并正確連接時(shí)，點(diǎn)擊Acquire菜單下，GrabLargeImageCaptureAutomatically選項(xiàng)，翻開如上窗口，選擇設(shè)定需要拍攝的視場數(shù)目或者面積大??；runnow按鈕開頭拍攝。留意：在未配置電動(dòng)載物臺時(shí)可以在Acquire菜單下，GrabLargeImageManually選擇手動(dòng)拼接圖片。Ⅷ6D拍攝〔6DAcquisition〕6D插件時(shí)，點(diǎn)擊Applications菜單下，Define/RunExperiments選項(xiàng)，翻開如上窗口，選擇需要進(jìn)展多維拍攝的項(xiàng)并參照前面所述設(shè)置各個(gè)拍攝條件；拍攝挨次在進(jìn)度欄里從上到下排列，可以選擇右邊箭頭來更改拍攝挨次〔請留意不是全部挨次都可以更改。runnow按鈕開頭拍攝。〔三〕ⅠNIS-Elements軟件圖片圖層：NIS-Elements3個(gè)根本層次：注釋層：保存注釋，測量信息；Binary層：二元閾值分析；圖像層：依據(jù)相機(jī)不同獲得不同位深的圖片。ⅡNIS-Elements文檔類型RGB圖像：彩色相機(jī)拍攝圖片格式；多通道圖像Multi-channe：多通道拍攝單幅圖片；Nd2多維圖像：包括時(shí)間，Z軸，多點(diǎn)，多通道等的多維圖像。ⅢNIS-Elements拍攝圖片保存的格式：NIS-Elements2種，jp2023格式用于單一圖像的保存，nd2格式用于多維圖像的保存。圖像也可以保存成tif，jpg，bmp，gif，png等，多維圖像可以保存成avi等常見格式。留意：請?jiān)诒４嫠枰獔D片格式前保存拍攝默認(rèn)原始格式，原始格式包含圖片拍攝全部條件信息。查看拍攝信息，請?jiān)趫D像上單擊鼠標(biāo)右鍵選擇imageproperty。調(diào)用原圖片拍攝條件，請reusecamerasettings工具。留意：假設(shè)要在Windows或者Office軟件里查看拍攝得到的圖片，需要在image菜單下convert8RGB圖像，并另存為常見圖片格式，例如tif，jpg等。假設(shè)需要批量轉(zhuǎn)換圖片，請參考本章后附件一。Ⅳ.圖像查看LUTs執(zhí)行LUTLUT到當(dāng)前圖片；實(shí)時(shí)LUT，依據(jù)當(dāng)前畫面自動(dòng)LUT動(dòng)態(tài)范圍；自動(dòng)調(diào)整LUT范圍；關(guān)閉LUT功能； 添加過飽和指示；LUT到當(dāng)前圖像。右上圖中LUT3個(gè)三角形依次為，背景扣除調(diào)整、比照度調(diào)整、熒光亮度增加調(diào)整。對于多通道圖像可以分通道單獨(dú)調(diào)整。留意：應(yīng)用f按鈕后，圖片原始熒光強(qiáng)度信息會(huì)被轉(zhuǎn)變，假設(shè)要對圖片熒光強(qiáng)度進(jìn)展測量，請勿按此按鈕。多通道平鋪顯示(SplitComponents)多通道平鋪顯示按鈕。縮放掌握〔RoomControl〕依次為適應(yīng)窗口，原尺寸顯示，放大，縮小按鈕。一般掌握〔generalcontrol〕顯示探測框，探測框應(yīng)用與光強(qiáng)柱狀圖，自動(dòng)曝光和自動(dòng)白平衡功能；〔Image>Background>SubtractBackgroun；顯示網(wǎng)格，用來做粗略的距離的查看；BurnScale功能；測量框，選擇測量范圍；感興趣區(qū)域選擇；View>AnalysisControl>IntensityProfile功能可以用來查看任意直線，折線路徑上的各通道光強(qiáng)分布。以上各個(gè)按鈕處，均可以單擊鼠標(biāo)右鍵進(jìn)展具體的設(shè)定和相應(yīng)屬性的更改。狀態(tài)欄〔StatusBa顯示當(dāng)前圖像定標(biāo)信息，指針位置，光強(qiáng)，圖像形式和區(qū)分率。通道的掌握:對于多通道圖片，用鼠標(biāo)左鍵選擇已拍攝圖片的某個(gè)通道，將其拖出窗口即可得到單通道圖像。假設(shè)要合并2個(gè)單通道圖片，只需要將一張圖片的通道選中，同樣用鼠標(biāo)左channelproperty對話框中進(jìn)展更改。nd掌握在時(shí)間序列拍攝時(shí)插入一個(gè)大事記錄點(diǎn)；選擇時(shí)間四周幀數(shù)播放，在此處點(diǎn)擊右鍵設(shè)置；CtrlShift用鼠標(biāo)左鍵可以選中一系列幀。在幀選擇條中右擊鼠標(biāo)可以對選中的幀進(jìn)展刪除，保存等操作。取消幀域選擇。下面是播放掌握欄，R表示實(shí)時(shí)播放，M表示最大速度播放。nd圖像查看〔請看例如圖片〕主視圖，顯示XY圖像；最大/最小光強(qiáng)重建；Z，T序列可用，同時(shí)顯示正交位置的XY，XZ和YZ重建圖像；d). Z序列可用，3維視圖重建；e). Z，T和多點(diǎn)序列可用，平鋪顯示各拍攝圖片。〔四〕圖片分析1).ROIStatistics感興趣區(qū)域統(tǒng)計(jì):AnalysisROIStatistics項(xiàng)，彈出以下窗口，ROI欄即可得到感興趣區(qū)域面積，光強(qiáng)，信噪比等信息。Thresholding閾值分析:閾值分析是通過軟件生成一個(gè)Binary圖層，來進(jìn)展圖像的分析。RGB，HS〔比照度，飽和度，亮度分析，MCH〔單通道分析，Intensit〔亮度分析。閾值選取工具，選取相應(yīng)大小范圍閾值參加到所選范圍內(nèi)，點(diǎn)擊 值范圍更計(jì)算Binary。選中 可以實(shí)時(shí)更Binary圖層信息。手動(dòng)選擇閾值范圍，或者在左上或者右上角輸入數(shù)字來約束閾值范圍；去除圖片內(nèi)細(xì)小碎片干擾，自動(dòng)圓滑區(qū)域邊緣，自動(dòng)分割有交疊的多個(gè)目標(biāo)；Binary目標(biāo)。BinaryEdit二元蒙板層編輯：NIS-Elements軟件供給Binary編輯工具。按鍵盤的Tab鍵或者在Binary菜單項(xiàng)選擇擇BinaryEditBinary區(qū)域的填充，切割，增加目標(biāo)區(qū)域，修改目標(biāo)區(qū)域等功能。留意：BinaryEditG〔前景〕還是BG〔背景。ObjectCount目標(biāo)計(jì)數(shù)：依照Thresholding的方法選擇相應(yīng)的目標(biāo)，按執(zhí)行件會(huì)自動(dòng)計(jì)算當(dāng)前條件下的目標(biāo)數(shù)量并在下面列表中顯示每個(gè)目標(biāo)的面積，平均光強(qiáng)，周長等等特征測量的信息〔具體可測量的參數(shù)類型請參見軟件手冊。選擇 按鈕可以以同樣條件對整個(gè)nd文件的每一幀圖片進(jìn)展分析計(jì)數(shù)然后在圖標(biāo) 右端下拉菜單項(xiàng)選擇擇輸出格式為txt文本或者excel表〔需要系統(tǒng)安裝了offic。假設(shè)要看全部目標(biāo)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，請?jiān)赗OIStatistics里的Binary欄查看。AnnotationsandMeasurements標(biāo)注和手動(dòng)測量：此工具可以在圖片上進(jìn)展箭頭，選框，文字，感興趣區(qū)域的標(biāo)記；測量長度，面積，角度，半徑，半軸長等參數(shù)，顯示在下面的數(shù)據(jù)表中。另外還有目標(biāo)計(jì)數(shù)和分類等功能TimeMeasurement時(shí)間測量：在時(shí)間序列圖像上選取感興趣區(qū)域進(jìn)展時(shí)間測量，可以選擇多個(gè)感興趣區(qū)域進(jìn)展測量，也可以對感興趣區(qū)域的多個(gè)通道進(jìn)展時(shí)間測量。測量結(jié)果可以以圖表或者數(shù)據(jù)表格的形式輸出〔在Export選項(xiàng)進(jìn)展選擇。附件一：圖像格式批量轉(zhuǎn)換操作如何