小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法課件

SAXS數(shù)據(jù)處理方法

1.FIT2D

2.PRIMUS

3.CRYSOL

4.GNOM

5.DAMIN/GASBOR

6.SASREF

SAXS數(shù)據(jù)處理方法

1第一部分FIT2D使用方法第一部分FIT2D使用方法點擊fit2d.exe，將會出現(xiàn)圖形界面窗口和DOS界面窗口。DOS界面顯示實時運行數(shù)據(jù)，程序運行過程中不能關(guān)掉。點擊fit2d.exe，將會出現(xiàn)圖形界面窗口和DOS界面窗口點擊IACCEPT點擊IACCEPT點擊X-DIMENSION,第一二行均改為2048或其它數(shù)值以使圖像能滿幅顯示為準,三四行默認，確認后點OK.點擊X-DIMENSION,第一二行均改為2048或其它數(shù)點擊SAXS/GISAXS點擊SAXS/GISAXS點擊INPUT點擊INPUT點擊UPDIR，再點相應的盤符和路徑，直至找到數(shù)據(jù)文件目錄。點擊UPDIR，再點相應的盤符和路徑，直至找到數(shù)據(jù)文件目錄單擊選定后綴為mccd或者tif的文件單擊選定后綴為mccd或者tif的文件如果選的圖像顯示范圍為2048，則點擊選中樣品后會出現(xiàn)此窗口，然后點擊OK如果選的圖像顯示范圍為2048，則點擊選點擊ZOOM-IN點擊ZOOM-IN用鼠標圍繞圖像畫個方框，然后左擊鼠標即可放大方框內(nèi)圖像。用鼠標圍繞圖像畫個方點擊Z-SCALING點擊Z-SCALING連續(xù)點擊-MAXIMUM調(diào)整圖像亮度及對比度并放大圖像直至圖像粉紅色內(nèi)環(huán)超過beamstop（黑色矩形）.連續(xù)點擊-MAXIMUM調(diào)整接下來確定光斑中心，點擊EXIT后，再點擊BEAMCENTRE接下來確定光斑中心，點擊EXIT后，再點擊BEAMCENTR點擊CIRCLECOORDINATES點擊CIRCLECOORDINATES用鼠標沿粉紅角內(nèi)環(huán)畫4~10個點然后點此黃色區(qū)域確定用鼠標沿粉紅角自動顯示出BEAMCENTER具體的BEAMCENTER坐標在DOS中顯示自動顯示出BEAMCENTER點擊FULL,使圖像滿屏，再點cake，使用扇形積分點擊FULL,使圖像滿屏，再點cake，使用扇形積分在接下來的界面中點右下角的NOCHANGE后，需要在界面依次點4個點，完成積分過程。其中第三個點較關(guān)鍵，需要點在夾角的白色區(qū)域內(nèi)，同時不能碰到beamstop.再點INTEGRATE,去選定參數(shù)1234在接下來的界面中點右下角的NOCHANGE后，需要在界面依出現(xiàn)新界面的第一行和第二行都改為79，第三行樣品到探測器之間的距離為1640，第四行波長1.54A，第五六行是BEAMCENTER,最后兩行默認一般選0出現(xiàn)新界面的第一行和第二行都改為79，第三行樣品到探測器之間改后如圖，點擊OK改后如圖，點擊OK新出現(xiàn)的界面中，第一二行角度范圍65~115，三四行內(nèi)徑和外徑50~1280，第五行選Q-SPACE,第七行為得到數(shù)據(jù)一定選1，第八行是點數(shù)（行數(shù)），其他默認。除了第七行為1，其他的可以根據(jù)結(jié)果圖調(diào)至滿意值。但這頁參數(shù)，要保證蛋白樣品和buffer一樣。新出現(xiàn)的界面中，第一二行角度范圍65~115，三四行內(nèi)徑和外盡量得到如圖的單曲線，若出現(xiàn)其他形式的曲線，可能上一頁參數(shù)值不對，需要重調(diào)。盡量得到如圖的單曲線，若出現(xiàn)其他形式的曲線，可能上一頁參數(shù)值點擊EXIT后，點擊OUTPUT,輸出數(shù)據(jù)。點擊EXIT后，點擊OUTPUT,輸出數(shù)據(jù)。點CHIPLOT,將數(shù)據(jù)保存為chi后綴文件，默認放在源文件夾里.點CHIPLOT,將數(shù)據(jù)保存為chi后綴文件，默認放在源文件完了后不要關(guān)掉，點擊INPUT輸入對應的的buffer或蛋白的mccd文件，直接點擊cake積分（光斑中心一樣）完了后不要關(guān)掉，點擊INPUT輸入對應的的buffer或蛋白點擊INTEGRATE,在如果界面中，將第一第二行都改為79。其他不變。點擊OK后，下一界面不用改動，直接OK,輸出CHI文件。點擊INTEGRATE,在如果界面中，將第一第二行都改為79第二部分ATSAS系列軟件第二部分ATSAS系列軟件primus打開蛋白和buffer的CHI文件；crysol打開已知蛋白PDB和扣除buffer的dat;gnom打開扣除buffer后的dat文件；damin打開gnom生成的gnom.out文件；sasref打開扣除buffer后的dat文件，及crysol生成的alm文件.這部分軟件比較智能化，很多只需按enter。得到CHI文件后，用excel或者primus扣除buffer，這里介紹primus方法。primus打開蛋白和buffer的CHI文件；在ATSAS系列軟件中打開primus，點擊Tools，出現(xiàn)如下窗口。點#1后面的Select，先選擇蛋白的CHI,點#2后面的Select，再選擇buffer的CHI如果這里打不開chi文件，很可能是名字含有中文，只要改成數(shù)字或英文就可以在ATSAS系列軟件中打開primus，點擊Tools，出現(xiàn)第一行#1蛋白最后的Multiplier，輸入相應buffer的電離室計數(shù)；第二行buffer輸入蛋白的電離室計數(shù)，反過來。點擊Plot后可以看曲線第一行#1蛋白最后的Multiplier，輸入相應buffe點擊Subtract相減后，粉紅色曲線即是扣除buffer后的蛋白樣品.結(jié)果以subtr00.dat自動保存在源數(shù)據(jù)文件夾。點擊Subtract相減后，粉紅色曲線即是扣除buffer后啟動crysol軟件，按默認一直點enter，先輸入已知結(jié)構(gòu)的PDB文件，再輸入扣除buffer后的subtr00.dat啟動crysol軟件，按默認一直點enter，先輸入已知結(jié)構(gòu)輸入PDB和CHI后，得到擬合曲線，誤差項為1.0539，比之前的處理方法最好的2.4599要小。之后不要直接點叉關(guān)閉，一直點enter，會生成6個文件后自動關(guān)閉。輸入PDB和CHI后，得到擬合曲線，誤差項為1.0539，比打開gnom軟件，輸入扣除buffer后的dat文件，之后大部分用默認，按enter，有一個值要注意打開gnom軟件，輸入扣除buffer后的dat文件，之后大出現(xiàn)第一張圖出現(xiàn)第一張圖這一項，根據(jù)蛋白PDB尺寸大小確定，可調(diào)，單位?。gnom會出現(xiàn)5張圖，以下是例子這一項，根據(jù)蛋白PDB尺寸大小確定，可調(diào)，單位?。小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件

根據(jù)以上gnom得到的內(nèi)部距離分布函數(shù)P(R)圖，判斷散射體的形狀。從上到下依次為實心球狀，長柱狀，圓盤狀，空心球狀，啞鈴狀。根據(jù)以上gnom得到的內(nèi)部距離分布函數(shù)P(R)圖，判斷這是mrjp1四聚體結(jié)果圖，據(jù)此判斷為啞鈴狀。這是mrjp1四聚體結(jié)果圖，據(jù)此打開damin，輸入gnom生成的out文件。一直按enter打開damin，輸入gnom生成的out文件。一直按ente擬合后的低分辨率原子結(jié)構(gòu)圖，但這只是一開始的狀態(tài)，要等它算完，估計得幾十分鐘，最后在源文件夾里輸出PDB文件擬合后的低分辨率原子結(jié)構(gòu)圖，但這只是一開始的狀態(tài)，要等它算完提交次數(shù)取決于需要擬合的pdb的個數(shù)提交次數(shù)取決于需要擬合的pdb的個數(shù)提交完pdb后，跳出如圖窗口，需要新建個連接文件，后綴為cnd提交完pdb后，跳出如圖窗口，需要新建個連接文件，后綴為cn打開cnd文件，比如有3個pdb要連接第一行表示第一個pdb的尾部，用00代表，去連接第二個pdb的頭部，用11代表第二行表示第二個pdb的尾部，用0