生物數(shù)據(jù)庫課件

生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫介紹與數(shù)據(jù)檢索1生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫介紹與數(shù)據(jù)檢索1生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)

2生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)http://www.bioinfb面對堆積如山的生物學(xué)數(shù)據(jù)3面對堆積如山的生物學(xué)數(shù)據(jù)3主要內(nèi)容一、分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫簡介二、NCBI（Entrez）簡介子數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)格式，數(shù)據(jù)檢索，工具軟件4主要內(nèi)容一、分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫簡介4

思考題：根據(jù)自己的知識和經(jīng)驗，你認為網(wǎng)上應(yīng)該會有哪些分子生物學(xué)的數(shù)據(jù)庫？數(shù)據(jù)庫中應(yīng)該存放哪些數(shù)據(jù)？應(yīng)該提供什么類型的數(shù)據(jù)處理服務(wù)。以下是一些關(guān)鍵詞：DNA，RNA，Protein，Genome，物種，文獻，疾病，結(jié)構(gòu)，蛋白質(zhì)家族，Gene，染色體。。。5思考題：根據(jù)自己的知識和經(jīng)驗，你認為網(wǎng)上應(yīng)該會有哪些分子生一、分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫各自按照一定的目標(biāo)收集和整理實驗數(shù)據(jù)，并提供相關(guān)的數(shù)據(jù)查詢、數(shù)據(jù)處理的服務(wù)，并大多提供網(wǎng)絡(luò)服務(wù)。建立生物分子數(shù)據(jù)庫生物分子數(shù)據(jù)高速增長（HGP）分子生物學(xué)及其相關(guān)領(lǐng)域研究人員需要迅速獲得最新實驗數(shù)據(jù)6一、分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫各自按照一定的目標(biāo)收集和生物數(shù)據(jù)分類生物信息數(shù)據(jù)庫種類繁多，就目前來看，大體可以分為四個大類：1.基因組數(shù)據(jù)庫；2.核酸和蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)序列數(shù)據(jù)庫；3.生物大分子（主要是蛋白質(zhì)）

三維空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫；4.根據(jù)以上三類數(shù)據(jù)庫和文獻資料為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫。也稱專門數(shù)據(jù)庫、專業(yè)數(shù)據(jù)庫或?qū)Ｓ脭?shù)據(jù)庫。一次數(shù)據(jù)庫7生物數(shù)據(jù)分類生物信息數(shù)據(jù)庫種類繁多，就目前來看，大體可以分生物分子信息生物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)生物分子功能數(shù)據(jù)最基本直觀復(fù)雜核酸序列數(shù)據(jù)生物分子數(shù)據(jù)類型蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)8生生物分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)生物分子功能數(shù)據(jù)最基本直觀復(fù)雜核酸序列生物學(xué)數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計《NucleicAcidsResearch》雜志每年的第一期中詳細介紹最新版本的各種數(shù)據(jù)庫。/

/nar/database/c/

9生物學(xué)數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計《NucleicAcidsResearc1核酸序列數(shù)據(jù)庫2.RNA序列數(shù)據(jù)庫3.蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫4.結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫5.基因組數(shù)據(jù)庫（非脊椎動物）6.代謝酶相關(guān)產(chǎn)物7.人類和其他脊椎動物基因組8.人類基因和疾病9.其他數(shù)據(jù)和其他基因表達數(shù)據(jù)庫10.蛋白組資源11.其他分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫12.細胞器官數(shù)據(jù)庫13.植物數(shù)據(jù)庫14.免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫101核酸序列數(shù)據(jù)庫10核酸序列數(shù)據(jù)庫國際上著名的一級核酸數(shù)據(jù)庫（1）美國生物技術(shù)信息中心的GenBank/（2）歐洲分子生物學(xué)實驗室的EMBL/（3）日本遺傳研究所的DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/11核酸序列數(shù)據(jù)庫國際上著名的一級核酸數(shù)據(jù)庫11數(shù)據(jù)相同GenBank數(shù)據(jù)庫每天與歐洲分子生物學(xué)實驗室的核酸序列數(shù)據(jù)庫（EuropeanMolecularBiologyLaboratoryNucleotideSequenceDatabase，EMBL）和日本的DNA數(shù)據(jù)庫（DNADataBankofJapanDDBJ）進行數(shù)據(jù)交換，以保證數(shù)據(jù)庫內(nèi)容在全世界范圍的同步性。12數(shù)據(jù)相同GenBank數(shù)據(jù)庫每天與歐洲分子生物學(xué)實驗室的核酸特殊類型核酸序列數(shù)據(jù)庫：非編碼RNA數(shù)據(jù)庫（ncRNA）；表達序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫（dbEST）；序列標(biāo)簽位點數(shù)據(jù)庫（dbSTS）；miRBase；tRNAdb等。13特殊類型核酸序列數(shù)據(jù)庫：非編碼RNA數(shù)據(jù)庫（ncRNA）；1基因組相關(guān)數(shù)據(jù)庫：人類基因組數(shù)據(jù)庫（HGD）；基因組序列數(shù)據(jù)庫（GSDB）；基因組在線數(shù)據(jù)庫（GOLD）等。14基因組相關(guān)數(shù)據(jù)庫：人類基因組數(shù)據(jù)庫（HGD）；14核酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫：核苷酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（NDB）；普納大學(xué)核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（BNASDB）等。15核酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫：核苷酸三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（NDB）；15基因表達數(shù)據(jù)庫：基因表達庫（GEO）；斯坦福微陣列數(shù)據(jù)庫（SMD）；ArrayExpress；CGED；GXD；BodyMap等。16基因表達數(shù)據(jù)庫：基因表達庫（GEO）；16人類基因突變及疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫：人類基因變異數(shù)據(jù)庫（HMGD）、人類遺傳雙等位基因序列數(shù)據(jù)庫（HGBASE）、人類孟德爾遺傳在線（OMIM）、國際單體型計劃（HapMap）、人類單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫（dbSNP）、腫瘤基因數(shù)據(jù)庫（TGDB）、疾病關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫（GAD）、癌癥基因數(shù)據(jù)庫（CGAP）、人類表觀遺傳數(shù)據(jù)庫（HEP）、人類DNA甲基化與癌癥數(shù)據(jù)庫（MethylCancer）等。17人類基因突變及疾病相關(guān)數(shù)據(jù)庫：人類基因變異數(shù)據(jù)庫（HMGD）蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，人們獲得了越來越多關(guān)于蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)和功能的信息。世界各國的生物學(xué)家和計算機科學(xué)家合作利用這些信息構(gòu)建了蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫（二維凝膠電泳數(shù)據(jù)庫）、信號傳導(dǎo)及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用相關(guān)數(shù)據(jù)庫、DNA和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫等蛋白質(zhì)相關(guān)數(shù)據(jù)庫。18蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，人們獲得了越來越多關(guān)于常用的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：PIRMIPSSwiss-ProtUniProt19常用的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：PIR19蛋白質(zhì)功能、結(jié)構(gòu)域和蛋白質(zhì)家族有關(guān)的數(shù)據(jù)庫：PROSITEInterProPfamProDomSMART等20蛋白質(zhì)功能、結(jié)構(gòu)域和蛋白質(zhì)家族有關(guān)的數(shù)據(jù)庫：PROSITE蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)相關(guān)數(shù)據(jù)庫：PDBBioMagResBankSWISS-MODELRepositoryModBaseCATHSCOPReLiBaseTOPSSWISS-3DIMAGEBioImage等21蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)相關(guān)數(shù)據(jù)庫：PDB21蛋白質(zhì)二維凝膠電泳數(shù)據(jù)庫：WORLD-2DPAGEPhoretixlinks22蛋白質(zhì)二維凝膠電泳數(shù)據(jù)庫：WORLD-2DPAGE22信號傳導(dǎo)及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用相關(guān)數(shù)據(jù)庫：DIPINTERACTProNetKEGGCANSITESPADCSNDB等23信號傳導(dǎo)及蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用相關(guān)數(shù)據(jù)庫：DIP23DNA和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫：DPInteract蛋白質(zhì)翻譯后修飾相關(guān)數(shù)據(jù)庫：O-GlycBase、PhosphoBase、RES蛋白質(zhì)等蛋白質(zhì)24DNA和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫：DPInteract24UniProt-通用蛋白質(zhì)資源庫（/）是存儲和鏈接其他蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的資源庫，并且是蛋白質(zhì)序列和具有綜合功能注釋目錄的中心資源庫。使用UniprotKB可以檢索準(zhǔn)確、可靠的蛋白綜合信息。使用UniRef可以減少冗余，加速序列相似性搜索。使用UniParc可以檢索存檔序列和它們來源的數(shù)據(jù)庫。25UniProt-通用蛋白質(zhì)資源庫（http://www.un

（蛋白數(shù)據(jù)庫）26（蛋白數(shù)據(jù)庫）MIPS數(shù)據(jù)庫慕尼黑蛋白質(zhì)序列信息中心（MIPS）（http://www.helmholtz-muenchen.de/en/ibis），它的重點工作是基因組生物信息學(xué)，特別注重基因組信息系統(tǒng)分析，包括應(yīng)用生物信息學(xué)方法注釋基因組、表達分析和蛋白質(zhì)組學(xué)方面研究。MIPS支持和維護一系列基因組數(shù)據(jù)庫以及系統(tǒng)，可以提供細菌、真菌和植物基因組比較分析服務(wù)。在該站點提供基因組分析工具、數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)、表達分析、蛋白相互作用等網(wǎng)絡(luò)服務(wù)。27MIPS數(shù)據(jù)庫慕尼黑蛋白質(zhì)序列信息中心（MIPS）（httphttp://www.helmholtz-muenchen.de/en/ibis28http://www.helmholtz-muenchen.其他重要的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：PRINTSPfam29其他重要的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：PRINTS29PRINTSPRINTS（http://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/index.php）是蛋白基序指紋圖綜合數(shù)據(jù)庫，每個指紋圖都是使用數(shù)據(jù)掃描程序ADSP或VISTAS序列分析軟件包反復(fù)優(yōu)化后定義的。數(shù)據(jù)庫中有兩種類型指紋圖，根據(jù)指紋圖的復(fù)雜性分為簡單和復(fù)合指紋圖：簡單指紋圖基本上是單一的基序，而復(fù)合指紋圖包含多個基序。30PRINTS30Pfam蛋白質(zhì)一般是由一個或多個功能區(qū)域組成，這些功能區(qū)域通常稱作域（domain）。在不同的蛋白質(zhì)中不同的域以不同的組合出現(xiàn)，導(dǎo)致在自然界發(fā)現(xiàn)多種多樣組成成分的蛋白質(zhì)。識別出現(xiàn)在蛋白質(zhì)中的域可以了解蛋白質(zhì)的功能。Pfam數(shù)據(jù)庫（http://pfam.sanger.ac.uk/）是一個大的蛋白質(zhì)域家族集合，每個家族是用多序列比對和隱馬模型（HMMs）分析結(jié)果的代表。31Pfam蛋白質(zhì)一般是由一個或多個功能區(qū)域組成，這些功能區(qū)域通/

（結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫）

32/（結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫）3http://www.ensembl.org/index.html33/index.hENSEMBL簡介ENSEMBL旨在開發(fā)一種能夠?qū)φ婧松锘蚪M進行自動詮釋(automaticannotation)并加以維護的軟件。該計劃由英國Sanger研究所Wellcome基金會及歐洲分子生物學(xué)實驗室（EMBL）所屬分部歐洲生物信息學(xué)研究所（EBI）共同協(xié)作運營。該計劃開放所有源信息，所有由該計劃所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)及軟件都可以免費及自由地從網(wǎng)絡(luò)上獲取并使用。該計劃所開發(fā)并使用的大部分軟件是用Perl語言編寫的，并基于BiopPerl的基礎(chǔ)框架。其他基因組計劃亦可輕易使用Perl語言的應(yīng)用程序接口(Applicationprogramminginterface，API)。34ENSEMBL簡介ENSEMBL旨在開發(fā)一種能夠?qū)φ婧松锘鵫ttp://www.geneo/biologicalprocess生物過程molecularfunction分子功能cellularcomponent細胞組分。35/biNationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)二、NCBI子數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)格式，數(shù)據(jù)檢索，工具軟件。36NationalCenterforBiotechnolNCBI美國國家生物技術(shù)信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI）

NCBI成立于1988年，其主要工作是開發(fā)以GenBank為代表的數(shù)據(jù)庫，進行計算生物學(xué)研究，開發(fā)用于分析基因組數(shù)據(jù)的軟件工具，發(fā)布生物醫(yī)學(xué)信息。Entrez是NCBI著名的用于提取序列信息的工具，它將科學(xué)文獻、DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、種群研究數(shù)據(jù)以及全基因組組裝數(shù)據(jù)整合成一個高度集成的系統(tǒng)。類似于EBI的SRS，是一個查詢、提取和顯示系統(tǒng)。37NCBI美國國家首頁38首頁38學(xué)習(xí)利用NCBI/books/bv.fcgi?rid=handbook39學(xué)習(xí)利用NCBIhttp://www.ncbi.nlm.nisitemap【舊版本】40sitemap【舊版本】40第一個子數(shù)據(jù)庫GenBank介紹/genbank41第一個子數(shù)據(jù)庫GenBank介紹http://www.ncb簡介GenBank

?

istheNIH（美國國立衛(wèi)生研究院）geneticsequencedatabase,anannotatedcollectionofallpubliclyavailableDNAsequences(

NucleicAcidsResearch,2011Jan;39(Databaseissue):D32-7

).Thereareapproximately126,551,501,141basesin135,440,924sequencerecordsinthetraditionalGenBankdivisionsand191,401,393,188basesin62,715,288sequencerecordsintheWGSdivisionasofApril2011.Thecomplete

releasenotes

forthecurrentversionofGenBankareavailableontheNCBIftpsite.Anewreleaseismadeeverytwomonths.GenBankispartofthe

InternationalNucleotideSequenceDatabaseCollaboration

,whichcomprisestheDNADataBankofJapan(DDBJ),theEuropeanMolecularBiologyLaboratory(EMBL),andGenBankatNCBI.Thesethreeorganizationsexchangedataonadailybasis.42簡介GenBank

?

istheNIH（美國國立衛(wèi)生GenBank簡介GenBank是一個綜合數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫中包含了已經(jīng)公開的30萬余種不同物種生物的核酸序列，這些數(shù)據(jù)主要來源于全世界不同實驗室和大規(guī)模測序計劃項目。由美國國家醫(yī)學(xué)圖書館的國家生物技術(shù)信息中心構(gòu)建、維護和管理。該中心位于美國馬里蘭國家健康研究所（NIH）。GenBank數(shù)據(jù)庫的序列數(shù)據(jù)來源于序列發(fā)現(xiàn)者提交的序列、批量提交的表達序列標(biāo)簽（expressedsequencetag,EST）、基因組測序序列（genomesurveysequence,GSS）和其他測序中心提供的高通量數(shù)據(jù)，還包括美國專利商標(biāo)局提供的已發(fā)表專利的序列數(shù)據(jù)。43GenBank簡介GenBank是一個綜合數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫中統(tǒng)計（/genbank/statistics

）44統(tǒng)計（4545/genbank/gbrel.txt46/genbank數(shù)椐庫訪問示例視黃醇結(jié)合蛋白RBP4（retinol-bindingprotein）一種大量分泌的、小體積的蛋白，能結(jié)合血液中的視黃醇（維生素A）。視黃醇可從胡羅卜中以維生素A的形式獲得，疏水程度大。RBP4幫助轉(zhuǎn)運這個配體到眼睛為視覺系統(tǒng)所用。47數(shù)椐庫訪問示例視黃醇結(jié)合蛋白RBP4（retinol-bin數(shù)據(jù)庫檢索工具集成檢索系統(tǒng)：Entrez48數(shù)據(jù)庫檢索工具集成檢索系統(tǒng)：Entrez48Entrez1991年由美國生物信息技術(shù)中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI）（）開發(fā)。EricW.Sayers.DatabaseresourcesoftheNationalCenterforBiotechnologyInformation.NucleicAcidsResearch,2010,Vol.38,DatabaseissueD5-D1649Entrez1991年由美國生物信息技術(shù)中心（Nationa5050http://www.ebi.ac.uk/Tools/51http://www.ebi.ac.uk/Tools/51SRSSRSisapowerfuldataintegrationplatform,providingrapid,easyanduserfriendlyaccesstothelargevolumesofdiverseandheterogeneousLifeSciencedatastoredinmorethan400internalandpublicdomaindatabases...more

52SRS52FromtheNCBIhomepage,type“rbp4”andhit“Search”53FromtheNCBIhomepage,type545455555656圖形顯示57圖形顯示57數(shù)據(jù)庫格式思考題：如果從數(shù)據(jù)庫里面得到一個序列，你希望能得到些什么樣的附加信息？以什么樣的格式提供？所謂格式是對信息描述的統(tǒng)一規(guī)范，規(guī)范的格式為數(shù)據(jù)的收集、整理、交流和應(yīng)用提供了方便。58數(shù)據(jù)庫格式思考題：如果從數(shù)據(jù)庫里面得到一個序列，你希望能得到1，F(xiàn)ASTA（pearson）式FASTA格式是記錄序列最簡單的一種格式，將一個DNA或者蛋白質(zhì)序列表示為一個帶有一些標(biāo)記的核苷酸或氨基酸字符串。/blast/fasta.shtml591，F(xiàn)ASTA（pearson）式59FASTA格式的一個例子“>”開始的單行：該序列的一些基本信息。后面是分行的序列數(shù)據(jù)特點：具有極大的可讀性，F(xiàn)ASTA格式在許多分子生物學(xué)軟件包中得到了廣泛的應(yīng)用。60FASTA格式的一個例子“>”開始的單行：該序列的一些基本信2，GBFF（GenBankflatfile）格式/Sitemap/samplerecord.html頭部：包含整個記錄的信息612，GBFF（GenBankflatfile）格式http/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&idenlocusname長度分子類型分類碼修改時間63locusname長度分子類型分類碼修改時間63GenBank分類碼64GenBank分類碼64DEFINITION行該行主要對GenBank記錄所包含的生物學(xué)意義作出總結(jié)。65DEFINITION行該行主要對GenBank記錄所包含的生檢索號登錄號或檢索號66檢索號登錄號或檢索號66/Sequin/acc.html

67/SeVERSION在數(shù)據(jù)庫中，如果某條序列數(shù)據(jù)發(fā)生了變化，即使是單堿基的改變，它的版本號也將增加，同時得到一個新的GI號，而檢索號保持不變。68VERSION在數(shù)據(jù)庫中，如果某條序列數(shù)據(jù)發(fā)生了變化，即使是GISequenceidentificationnumber69GISequenceidentificationnumb關(guān)鍵詞70關(guān)鍵詞70SOURCE71SOURCE71Reference72Reference72

7373第二部分：FEATURES（特性表）它描述基因和基因產(chǎn)物以及與序列相關(guān)的生物學(xué)特性。74第二部分：FEATURES（特性表）它描述基因和基因產(chǎn)物以及FEATURES這一部分描述基因和基因產(chǎn)物以及與序列相關(guān)的生物學(xué)特性。特性表格式是按表單的方式設(shè)計的，包含3個主要部分。第一，特性關(guān)鍵詞；第二，特性位置；第三，限定詞，相關(guān)特性的輔助信息，限定詞使用一組標(biāo)準(zhǔn)化的對照詞匯表以利于計算機從中提取信息。75FEATURES這一部分描述基因和基因產(chǎn)物以及與序列相關(guān)的生FEATURESTheformatdesignisbasedonatabularapproachandconsistsofthefollowingitems:Featurekey

asinglewordorabbreviationindicatingfunctionalgroup

LocationinstructionsforfindingthefeatureQualifiersauxiliaryinformationaboutafeature76FEATURESTheformatdesignisb特性表/projects/collab/FT/index.htmlKey

Location/QualifiersCDS

join(544..589,688..>1032)

/product="T-cellreceptorbeta-chain”whichmightbereadas:Thisfeature,whichisapartialcodingsequence,

isformedbyjoiningelementsindicatedtoformonecontiguoussequenceencodingaproductcalledT-cellreceptorbeta-chain.77特性表

第三部分：序列78第三部分：序列78其他子數(shù)據(jù)庫介紹79其他子數(shù)據(jù)庫介紹79/RefSeq/80/Re參考序列數(shù)據(jù)庫NCBIReferenceSequencesTheReferenceSequence(RefSeq)collectionaimstoprovideacomprehensive,integrated,non-redundant,well-annotatedsetofsequences,includinggenomicDNA,transcripts,andproteins.RefSeqisafoundationformedical,functional,anddiversitystudies;theyprovideastablereferenceforgenomeannotation,geneidentificationandcharacterization,mutationandpolymorphismanalysis(especiallyRefSeqGenerecords),expressionstudies,andcomparativeanalyses.[more...]81參考序列數(shù)據(jù)庫NCBIReferenceSequence參考序列82參考序列82UniGene:uniquegenesviaESTsFindUniGeneatNCBI:/UniGeneUniGene（uniquegene）項目的目標(biāo)是為每一個基因創(chuàng)造一個唯一的條目，然后收集對應(yīng)于這個基因的所有EST（表達序列標(biāo)簽）。EST來源于一定環(huán)境下一個組織總mRNA所構(gòu)建的cDNA文庫，一個EST代表一個完整基因的一小部分。83UniGene:uniquegenesviaESTsClustersizesinUniGeneThisisagenewith1ESTassociated;theclustersizeis184ClustersizesinUniGeneThisiClustersizesinUniGeneThisisagenewith10ESTsassociated;theclustersizeis1085ClustersizesinUniGeneThisiClustersizesinUniGene(human)Clustersize(ESTs)

Numberofclusters 1

42,800 2 6,500 3-4 6,500 5-8 5,400 9-16 4,100 17-32 3,300

500-1000 2,128

2000-4000 233

8000-16,000 21

16,000-30,000 886ClustersizesinUniGene(huma/unigene/statistics/87/un/unigene/statistics/88/unRBP4UniGeneNucleotideProteinPubMed視黃醇結(jié)合蛋白RBP4：retinolbindingprotein4。89RBP4UniGene視黃醇結(jié)合蛋白RBP4：retinol9090頂端部分91頂端部分91中間部分92中間部分92底端部分93底端部分9394949595969697979898檢索的一個例子（案例1）許多細菌在與抗生素的對抗中發(fā)展出多種能力從而使抗生素失效，其中一個例子就是結(jié)核桿菌（mycobacteriumtuberculosis），很多結(jié)核桿菌株都進化出了青霉素抗性，那么具有青霉素抗性的結(jié)核桿菌編碼青霉素結(jié)合蛋白的基因在其基因組中是否發(fā)生了改變呢？99檢索的一個例子（案例1）許多細菌在與抗生素的對抗中發(fā)展出多種

選擇數(shù)據(jù)庫Penicillin-binding100選擇數(shù)據(jù)庫Penicillin-binding100Entrez101Entrez10120090601搜索結(jié)果10220090601搜索結(jié)果102103103網(wǎng)頁右邊部分104網(wǎng)頁右邊部分104限定物種中檢索Mycobacteriumtuberculosis105限定物種中檢索Mycobacteriumtuberculo結(jié)果106結(jié)果106107107交集108交集108舊數(shù)據(jù)109舊數(shù)據(jù)109組合檢索“Mycobacteriumtuberculosis”[ORGN]AND“penicillin-binding”110組合檢索“Mycobacteriumtuberculosi20090601搜索結(jié)果11120090601搜索結(jié)果111/sites/batchentrez112/si/genomes/FLU/FLU.html

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