生物信息學(xué)PPT(演講)

ANTHEPROT5.0蛋白分析軟件的使用張英英200820142042左晨光200820142071賈玉琦200820142081劉雅懿200820142102李昂200820142111通過主程序，我們可以載入蛋白序列，對(duì)序列進(jìn)行編輯、打印、拷貝、改變?cè)O(shè)定等操作，可以在此調(diào)用各種所需的分析工具，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。一．序列編輯功能ANTHEPROT5.0的主窗口便是其序列編輯窗口，如圖:輸入或載入序列后，便同時(shí)打開了一個(gè)圖像窗口，以彩圖的形式顯示出蛋白序列。不同的蛋白殘基以不同的顏色表示。下面便是打開一個(gè)序列后的主程序窗口的例子：二．工具欄與基本功能當(dāng)序列格式識(shí)別后，Methods菜單便被激活，相應(yīng)的快捷按鍵也出現(xiàn)在工具欄中。如果序列格式未能識(shí)別則不會(huì)出現(xiàn)下圖中新的工具按鈕。打開文件按鍵

存儲(chǔ)文件按鍵

打印按鍵

更改字體與格式按鍵

更改設(shè)定顏色按鍵

進(jìn)行蛋白序列二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

在蛋白序列中查找符合PROSITES數(shù)據(jù)庫的特征序列

繪制出蛋白序列的所有理化特性曲線

在Internet或本地蛋白序列數(shù)據(jù)庫中查找類似序列

計(jì)算蛋白序列分子量，比重與各蛋白殘基百分組成

計(jì)算蛋白序列滴定曲線與等電點(diǎn)

選定一個(gè)片段后，繪制HelicalWheel圖

進(jìn)行點(diǎn)陣圖（DotPlot）分析

計(jì)算信號(hào)肽潛在的斷裂位點(diǎn)

打開一個(gè)簡(jiǎn)單的幫助文件

退出程序

三．基本分析工具介紹1.點(diǎn)陣圖（DotPlot）DotPlot分析方法對(duì)以下分析工作非常有用：在一條序列內(nèi)查找重復(fù)序列；在2條序列中不同位置查找類似片段；在不同序列中查找同源性。只有當(dāng)程序載入一條序列時(shí)，才可以激活DotPlot程序，選擇菜單命令DotPlot或單擊按鍵

，運(yùn)行DotPlot程序，可再選擇要進(jìn)行比較的第二條序列。然后，再確定參數(shù)與限制條件，包括：窗口尺寸：移動(dòng)片段的長(zhǎng)度矩陣：選擇替代矩陣

2.查找Site/signature在ANTHEPROT主窗口單擊

按鍵或選取菜單命令Methods/Sitedetection(Prosite)，便進(jìn)行位點(diǎn)與特征序列的查找。程序查找給定序列是否存在PROSITE數(shù)據(jù)庫中已定義的特征序列，缺省設(shè)置為100%匹配，也可設(shè)定為Mismatch1or2（一到兩個(gè)不匹配）或者Similaritylevel（類似水平）。3.預(yù)測(cè)物理化學(xué)特性曲線Antheprot可以以圖示的方法，顯示出預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)的物理化學(xué)特性曲線，下圖為一個(gè)親水性特性曲線的例子。在圖中，一個(gè)可移動(dòng)的光標(biāo)，顯示了目前在序列中的位置為115，此位置的氨基酸殘基（L）顯示為紅色，同時(shí)顯示前5個(gè)與后五個(gè)殘基（為AIIHVLHSRHP），特性值（-7）與參數(shù)（5）也顯示在圖中。光標(biāo)可以如下方式移動(dòng)：鼠標(biāo)左鍵在選定位置單擊；方向鍵左或右為每次移動(dòng)一個(gè)位置；Shift+方向鍵左或右為每次移動(dòng)十個(gè)位置；方向鍵上或下為放大縮小?？娠@示的物理化學(xué)特性曲線包括：親水曲線（Hydrophobicityprofile）疏水曲線（Hydrophilicityprofile）易溶性曲線（Solventaccessibilityprofile）抗原性曲線（Antigenicityprofile）跨膜區(qū)域曲線（transmembranousregionsprofile）結(jié)合抗原性曲線（Combinedantigenicityprofile）4.二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)Antheprot提供了五種方法進(jìn)行蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)：GORI方法Gibrat方法DoublePredictionMethod–DPM方法Homologue方法Predator方法或全部使用以上幾種方法五種方法的輸出形式分別舉例如下：