恒河猴小鼠間外顯子使用頻率差異分析

姓 單 專 分mRNA的可變剪切等調(diào)控層面與人（Macacamulatta）作為非人靈長類模式動物，具有取材檢測方便，飲食等環(huán)境RNARNA-Seq分析研究表明：哺乳動物基因表達譜的組織差異大于物種差異，物種間組織表達譜是保守的，該進化趨勢是由負選擇驅使的。而etal.RNA-Seq樣本的外顯子使用程度進RNA-Seq高通量、高覆蓋度的優(yōu)勢，獲得人、恒河猴及小鼠的高二、鑒定出人-小鼠外顯子使用頻率不同的基因集合，從可變剪接這一調(diào)控層次回答了以小鼠為模式動物的研究成果在多大程度上能推廣到人這一問題，數(shù)據(jù)庫。RNA-Seq數(shù)據(jù)來自三個物種（人、恒河猴、小鼠）的多個組織（大腦、小腦、心臟、肝臟、腎臟、肌肉、脾臟和睪丸等。本研究中使用的RNA-Seq數(shù)據(jù)來源、回貼比例、質(zhì)量評估等信息匯總見附錄表1、表2。1hg19rheMac2有95%序列相似性且僅能匹配到基因組唯一位置的外顯子對，進一步排除因序列比對引入小片段插入、刪除而導致蛋白讀碼框改變的外顯子對。對于人-恒河Wangetal.PSI圖Exon

n #C1C2#C1A1#A1C 本研究對前期鑒定出的人-恒河猴-小鼠間具有“一對一”直系同源關系的126,767個同源基因在各套RNA-Seq結果所計算出的使用頻率按照物種及組織Clustering來自相同組織、不同套數(shù)據(jù)的外顯子使用頻率進行統(tǒng)計檢驗的策略。人-小鼠在數(shù)目統(tǒng)計如表1。表p-valuep-value< 圖明顯的偏好性（圖6。AB圖)mRNA的豐度和分布之外，也會影響轉錄本的非編碼區(qū)（3′UTR區(qū)，5′UTR區(qū)等3′UTR區(qū)域常常micro-RNA結合位點、RNA結合蛋白等元件，因此外顯子的類型分布UTR區(qū)域，這樣的改變使得腦組織獲得了更加靈活地響應調(diào)控的能力。本研與編碼區(qū)，5′UTR區(qū)與編碼區(qū)、完全編碼區(qū)、5′UTR3′UTR區(qū)、NR7顯示直系同源外顯子集合圖hg19注釋為中心直系同源外顯子組成（D）mm9注釋為中心統(tǒng)計直系同源外顯子我們將已發(fā)現(xiàn)的6273個人小鼠差別使用的外顯子與較，從中得到一例由于人-HMGCR單一外顯子的差異使用而導致他汀類藥9HMGCR第form；HMGCR1RNA-Seqreads13個外顯子HMGCR只存005。ABCHMGCR各個外顯子使用頻率的變化情況；x軸表示每個外顯子的基因組坐.05Ma（UCSCHMGCR基因結構，圓圈標示了人中出現(xiàn)的特異性外顯子丟失的可變剪切事件。(CHMGCR13個外顯子使用頻率在三個物種的各個組織間具有明顯差6,273對，進行DrugBank提供的經(jīng)多期臨床研究顯示失敗的藥物靶點進行比較后，得到一例由于人-小鼠HMGCR單一外顯HMGCR基因在人肝臟組織、腦組織中特異性地獲得了一種跳過單個外顯子的剪RperlrunExonUsage.sh記錄計算外顯子使用頻率時各個步驟的命令行densitybin.pl用于分析長度特征wilcox.corrected.RwilcoxRNA-Seq數(shù)據(jù)質(zhì)量評估與回表1RNA-Seq#total#unique%uniqueRBskeletalicalplatetricula