蛋白質(zhì)的生物合成_第1頁
蛋白質(zhì)的生物合成_第2頁
蛋白質(zhì)的生物合成_第3頁
蛋白質(zhì)的生物合成_第4頁
蛋白質(zhì)的生物合成_第5頁
已閱讀5頁,還剩141頁未讀, 繼續(xù)免費(fèi)閱讀

下載本文檔

版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡介

蛋白質(zhì)的生物合成內(nèi)容提要:???mRNA和遺傳密碼

tRNA核糖體?參與蛋白質(zhì)合成的酶及蛋白質(zhì)因子??多肽鏈生物合成的機(jī)理蛋白質(zhì)翻譯后的加工和定向運(yùn)輸?shù)鞍踪|(zhì)的生物合成亦稱為翻譯(Translation),即把mRNA分子中的核苷酸排列順序轉(zhuǎn)變?yōu)槎嚯逆溨械陌被崤帕许樞颍⑿纬傻鞍踪|(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)的過程。轉(zhuǎn)錄是基因表達(dá)的第一步,翻譯是基因表達(dá)的第二步。參與蛋白質(zhì)生物合成的成分至少有200種,其中主要由mRNA、tRNA、核糖核蛋白體以及有關(guān)的酶和蛋白質(zhì)因子共同組成。肽鏈合成完成后,還需要進(jìn)行折疊、修飾、運(yùn)輸?shù)冗^程才能執(zhí)行其功能。第一節(jié)mRNA和遺傳密碼mRNA

DNA

的遺傳信息,是蛋白質(zhì)生物合成的模板。不同的蛋白質(zhì)有不同的mRNA,所以mRNA的種類很多,它決定蛋白質(zhì)分子中的氨基酸排列順序。mRNA分子中有編碼區(qū)和非編碼區(qū),直接決定氨基酸排列順序的區(qū)域稱為編碼區(qū),其它部分稱為非編碼區(qū)。mRNA攜帶從DNA傳遞來的遺傳信息,是蛋白質(zhì)生物合成的模板。它決定蛋白質(zhì)分子中的氨基酸排列順序。大腸桿菌Trp前導(dǎo)序列的3種可能的可讀框原核細(xì)胞中每種mRNA分子常帶有多個(gè)功能相關(guān)的蛋白質(zhì)的編碼信息,以一種多順反子的形式排列,在翻譯過程中可同時(shí)合成幾種蛋白質(zhì),所以除兩端的非編碼區(qū)外,還有分割不同基因的間隔區(qū)。真核細(xì)胞每種mRNA一般只帶有一種蛋白質(zhì)編碼信息,是單順反子形式。mRNA兩端有非編碼區(qū),非編碼區(qū)對(duì)于mRNA的模板活性是必需的,特別是5′端非編碼區(qū)在蛋白質(zhì)合成中被認(rèn)為是與核糖體結(jié)合的部位,其頭部帽子結(jié)構(gòu)在蛋白因子的協(xié)助下識(shí)別并結(jié)合核糖體。a

多順反子;b

單順反子遺傳密碼(genetic

code)是指DNA或mRNA中的堿基序列與蛋白質(zhì)中氨基酸序列的相互關(guān)系。mRNA分子上以5′→3′方向,從AUG開始每三個(gè)連續(xù)的核苷酸組成一個(gè)密碼子,mRNA中的4種堿基可以組成64種密碼子,這些密碼不僅代表了20種氨基酸,還決定了翻譯過程的起始與終止位置。指DNA或mRNA中的堿基序列,決定蛋白質(zhì)中氨基酸的排列順序。遺傳密碼破譯遺傳密碼的突破性工作主要包括:一是體外翻譯系統(tǒng)的建立;

二是核酸的人工合成:三是核糖體結(jié)合技術(shù)。

遺傳信息是如何儲(chǔ)藏在4種核苷酸中的?一、核酸的人工合成:1955年

紐約大學(xué)Grunberg-Manago將核苷酸連接起來的酶形成RNA聚合體polyA

polyCpolyGpolyUpolyAU二、體外翻譯系統(tǒng)的建立:1960年

Matthei

31歲

德國人美國國家健康研究所

老板

33歲的Nirenberg將ATP和游離的氨基酸加入到從細(xì)胞中提取的核糖體、DNA、mRNA、tRNA和AA-tRNA合成酶的混合物中,在試管中合成多肽---多肽鏈的無細(xì)胞合成體系問題:poly

U主要利用了

哪些氨基酸呢?

不同的氨基酸分別加入到poly

U試管系統(tǒng)中

5天通宵達(dá)旦,

Matthei得到了答案:poly

U合成的肽

鏈全部是苯丙氨酸(Phe)

世界上破譯第一個(gè)遺傳密碼的人

Nirenberg

莫斯科

第五屆國際生物化學(xué)大會(huì)不善于推銷自己

小組會(huì)上

Meselson認(rèn)為非同小可Francis

Crick

全體大會(huì)上重新做學(xué)術(shù)報(bào)告Nirenberg全力組織其他遺傳密碼的破譯Nirenberg發(fā)現(xiàn)并定義了3個(gè)核苷酸為一個(gè)密碼子,決定一個(gè)氨基酸的翻譯

Khorana按需要連接任意核苷酸

ACACACACACACACthr-his-thr-his鏈

ACA——蘇氨酸的密碼子

CAC——組氨酸的密碼子14三、核糖體結(jié)合技術(shù)Nirenberg和Leder還用核糖體結(jié)合技術(shù)來解決密碼問題。以人工合成的三核苷酸如UUU、UCU、UGU等為模板,在含核糖體、AA-tRNA的適當(dāng)離子強(qiáng)度的反應(yīng)液中保溫,然后使反應(yīng)液通過硝酸纖維素濾膜。發(fā)現(xiàn)游離的AA-tRNA因相對(duì)分子質(zhì)量小而能自由通過濾膜,加入三核苷酸模板可以促使其對(duì)應(yīng)的AA-tRNA結(jié)合到核糖體上,體積超過膜上的微孔而被滯留,這樣就能把已經(jīng)結(jié)合到核糖體上的AA-tRNA和未結(jié)合的分開。若用20種AA-tRNA做20組同樣的實(shí)驗(yàn),每組都含20種AA-tRNA和各種三核苷酸,但只有一種氨基酸用

C標(biāo)記,看哪一種AA-tRNA被滯留在濾膜上,進(jìn)一步分析這一組的模板是哪個(gè)三核苷酸,從模板三核苷酸與氨基酸的關(guān)系可測知該氨基酸的密碼子。

1966年,Nirenberg和Khorana

全部遺傳密碼字

64個(gè)密碼子61個(gè)負(fù)責(zé)20種氨基酸翻

譯,3個(gè)無義密碼子

Nirenberg

Khorana1968年

諾貝爾獎(jiǎng)遺傳密碼特點(diǎn):(1)起始與終止密碼子。AUG是起始密碼子,代表合成肽鏈的第一個(gè)氨基酸在mRNA上的位置,位于mRNA

5′端附近。原核細(xì)胞中起始AUG編碼N-甲酰甲硫氨酸。真核生物AUG作為甲硫氨酸的密碼子。密碼子UAA,UAG,UGA是肽鏈合成的終止密碼子(無義密碼子),不代表任何氨基酸。它們單獨(dú)或同時(shí)存在于mRNA3′端,其功能是提示肽鏈合成的結(jié)束。(2)讀碼的連續(xù)性。三聯(lián)體密碼子無交叉重疊,兩個(gè)密碼子之間沒有任何間隔,從起始碼AUG開始,每三個(gè)堿基代表一個(gè)氨基酸,這就構(gòu)成了一個(gè)連續(xù)不斷的閱讀框,直至終止密碼。如果閱讀框中插入或缺失一個(gè)堿基就會(huì)造成移碼突變,引起突變位點(diǎn)下游氨基酸全部序列的錯(cuò)誤。(3)密碼的簡并性。除三個(gè)終止密碼子外,61個(gè)密碼子編碼20種氨基酸,所以出現(xiàn)了多種密碼子(最多為6個(gè))編碼一個(gè)氨基酸的現(xiàn)象,這稱為密碼子的簡并性(degeneracy)。這種簡并性主要是由于密碼子的第三個(gè)堿基發(fā)生擺動(dòng)現(xiàn)象形成的,即密碼子的專一性主要由前兩個(gè)堿基決定,有時(shí)即使第三個(gè)堿基發(fā)生突變也能翻譯出同一種氨基酸,這對(duì)于保證物種的穩(wěn)定性有一定意義。如:GCU,GCC,GCA,GCG都是丙氨酸的密碼子。同一種氨基酸的一組密碼子中,各個(gè)密碼子的使用頻率是不相同的,而且原核生物和真核生物對(duì)同一組密碼子的使用頻率相差很大。(4)密碼的通用性。密碼子在所有的生物體中(除一些古細(xì)菌和粒線體以外)通用,各種低等和高等生物基本上都使用同一套遺傳密碼。例如,大腸桿菌的蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)可以正確閱讀人珠蛋白mRNA的密碼系統(tǒng),合成出人珠蛋白。第二節(jié)tRNA遺傳信息的正確翻譯需要一個(gè)適配分子的承接過程:①氨基酸需要正確選擇并附著到對(duì)應(yīng)的tRNA上。②正確連接氨基酸的tRNA能夠被mRNA正確識(shí)別。Francis

Crick提出,密碼信息的翻譯需要經(jīng)過一個(gè)適配分子來實(shí)現(xiàn)。適配分子攜帶一種特定氨基酸和對(duì)應(yīng)的密碼子(反密碼子),該密碼子可以與mRNA的密碼子互補(bǔ)。體外蛋白質(zhì)合成和標(biāo)記遺傳密碼實(shí)驗(yàn)顯示,氨基酸短暫地連接到一些低分子量RNA片段上。tRNA的結(jié)構(gòu):tRNA的結(jié)構(gòu)相當(dāng)保守,各種物種的tRNA均含有70-80個(gè)堿基,

tRNA均具有三葉草形的二級(jí)結(jié)構(gòu)和L形狀的三級(jí)結(jié)構(gòu)。從二級(jí)結(jié)構(gòu)上看,

tRNA分子可分為5個(gè)主要的臂:攜帶氨基酸的接受臂、T

loop、反密碼子臂、雙氫尿嘧啶臂和附加臂。前四種序列保守性強(qiáng),而附加臂大小不一。附加臂的大小反映了整個(gè)tRNA分子的大小。根據(jù)附加臂的大小,可將tRNA分為兩類:大約3/4的tRNA只含有3-5個(gè)堿基的附加臂,稱為第I類tRNA;其余的tRNA常含有13-21個(gè)堿基的附加臂,稱為第II類tRNA。tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)tRNA的三維空間結(jié)構(gòu)(a)及模型(b)在

L

結(jié)

構(gòu)

,

,

使

tRNA

攜帶的氨酰

轉(zhuǎn)

點(diǎn)

mRNA

配對(duì)。三維結(jié)構(gòu)主要是靠堿基之間的氫鍵力維持,此外,相鄰堿基堆集力也是維持其空間結(jié)構(gòu)的重要因素。tRNA

能轉(zhuǎn)移氨基酸到延長

的多肽中的小分子RNA。在

mRNA

質(zhì)

間起承接作用。通

環(huán)

個(gè)

mRNA

個(gè)

對(duì)

,

達(dá)

識(shí)別的目的。反密碼子(anticodon)與副密碼子(paracodon):由于有61個(gè)密碼子分配給20種氨基酸,因此出現(xiàn)了有多種密碼子(最多6個(gè))編碼一個(gè)氨基酸的現(xiàn)象,即密碼子的簡并性。一種tRNA分子常常能夠識(shí)別一種以上的同一種氨基酸的密碼子(同義密碼子),這是因?yàn)閠RNA分子上的反密碼子與密碼子的配對(duì)具有搖擺性(密碼子的變偶性)(wobble),即在密碼子的3′端位置和反密碼子的5′端位置的核苷酸堿基之間可能發(fā)生非標(biāo)準(zhǔn)的堿基配對(duì)。配對(duì)的搖擺性完全是由tRNA反密碼子loop的空間結(jié)構(gòu)所決定的。在tRNA分子的空間結(jié)構(gòu)中,相鄰堿基存在著堿基堆集力。然而,反密碼子5′端的一個(gè)堿基卻處在一連串堆集堿基的末端,它受的堿基堆集力較小,因此有較大的自由度。而且,反密碼子5′端堿基常為修飾過的堿基,很少有U,而幾乎沒有A;A被修飾為I(次黃嘌呤),它可以和U,C,A配對(duì)。加上RNA中常見的G-U配對(duì),因此配對(duì)情況就復(fù)雜得多.由于變偶性,只需要32種

tRNA就能識(shí)別61個(gè)編碼氨基酸的密碼子。單一tRNA的氨基酸只有組氨酸、色氨酸和硒代半胱氨酸。同工tRNA,如精氨酸和纈氨酸有7個(gè)tRNA,而亮氨酸有8個(gè)tRNA。這些不同tRNA接受相同的特定氨基酸。tRNA分子上與多肽合成有關(guān)的位點(diǎn)

3′端CCA上的氨基酸接受位點(diǎn)

識(shí)別氨酰-tRNA合成酶的位點(diǎn)

核糖體識(shí)別位點(diǎn)

反密碼子位點(diǎn)

(P107)tRNA分子上能被氨?;?tRNA合成酶所識(shí)別,并決定其攜帶氨基酸的區(qū)域被稱為副密碼子。其特點(diǎn):(1)是一種堿基對(duì)結(jié)構(gòu),具有一定的保守性,如G3:U70

堿基對(duì);(2)沒有固定的位置,也可能不止一個(gè)堿基對(duì);(3)副密碼子與氨基酸的側(cè)鏈基團(tuán)有某種相應(yīng)性。成酯鍵。D環(huán)(二氫尿嘧啶環(huán)):在這一區(qū)域總是含有修飾的尿嘧啶可變環(huán):

位于TΨC環(huán)和反密碼子環(huán)之間,由3-21個(gè)堿基組

堿基。受成體。臂:包含tRNA的兩個(gè)末端,且互補(bǔ)配對(duì)(常為7bp)。反3密’-碼末子端環(huán)不:變能的與序m列RNA是的CCA密,碼突子出進(jìn)于行5堿’-基末互端補(bǔ)。配氨對(duì)基,酸破的譯-mRNACOOH上與的接核受苷臂酸末語端言的。腺嘌呤核苷酸的2’-或3’-OH相連,形TΨC環(huán):

Ψ代表修飾堿基假尿嘧啶,通過堿基上的5-C而不是1-N與核糖相連接。第三節(jié)

核糖體的特性與功能核糖體

由幾種rRNA和幾

十種蛋白質(zhì)組成的亞細(xì)

胞顆粒。作用

蛋白質(zhì)合成的場

所。一、核糖體的存在形式在真核生物細(xì)胞內(nèi)核糖體以兩種形式存在:一

內(nèi)

質(zhì)

網(wǎng)

,它

內(nèi)

質(zhì)

網(wǎng)

復(fù)

細(xì)

,

內(nèi)

質(zhì)

網(wǎng)

,

三類

質(zhì)

質(zhì)

、

質(zhì)

構(gòu)成質(zhì)膜骨架的蛋白質(zhì)。二

質(zhì)

,

態(tài)

,

離核

,

細(xì)

質(zhì)

細(xì)

白質(zhì),主要參與細(xì)胞固有蛋白質(zhì)的合成。在

細(xì)

內(nèi)

一是

質(zhì)

內(nèi)

側(cè)

,

游離狀態(tài)的核糖體,分布在細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)內(nèi)。圖

真核生物細(xì)胞內(nèi)核糖體以兩種形式存在二、核糖體的組成和來源核糖體是一種顆粒狀的結(jié)構(gòu),沒有被膜包裹,直徑約為25nm,主要成分是蛋白質(zhì)和RNA。核糖體的蛋白質(zhì)稱為r蛋白,

4

0%

,

的RNA

rRNA,

6

0%

內(nèi)

。

rRNA

r

白以

價(jià)

,

基因

、

聯(lián)

復(fù)

rRNA

,這是

與蛋白質(zhì)合成中需要大量的核糖體相適應(yīng)的。原

5

S、16S、23S

rRNA,

rRNA

經(jīng)

過一系列的加工修飾獲得了具有生物功能的rRNA(圖1-2)。圖1-2原核生物核糖體RNA的產(chǎn)生真

5

.8S、18S、28S

5

S

rRNA,

種rRNA

rRNA,

RNA

I

轉(zhuǎn)

體rRNA

復(fù)

,

轉(zhuǎn)

個(gè)

4

5S

rRNA,

通過

5

.8S

rRNA、18S

rRNA

2

8S

rRNA。5SrRNA

RNA

III

轉(zhuǎn)

,

rRNA

的組織形式不同(圖1-3)。真

質(zhì)

細(xì)

質(zhì)

產(chǎn)

轉(zhuǎn)

運(yùn)

到細(xì)

,

內(nèi)

RNA

結(jié)

,

分別轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)中(圖1-4)。圖1-3

真核生物核糖體RNA的產(chǎn)生圖1-4

真核生物核糖體兩個(gè)亞基產(chǎn)生的過程2+三、核糖體的類型有

7

0S

細(xì)

糖體是7

0S,真核細(xì)胞中線粒體和葉綠體內(nèi)的核糖體接近7

0S,由50S和30S大小兩個(gè)亞基組成(圖1-5;表1-1)。另一種是80S的核

,

細(xì)

外)都為

8

0S,

6

0S和40S大小兩個(gè)亞基組成(圖1

-5

)。體外實(shí)驗(yàn)表明

,

70S

個(gè)

Mg

的濃度(圖1-6)。圖1-5原核生物與真核生物核糖體成分的比較表1-1

大腸桿菌細(xì)胞中核糖體的組成成分圖1-6

E.coli細(xì)胞中核糖體的組成(A)小亞基

(B)大亞基

(1)頭部(2)平臺(tái)

(3)底部

(4)脊

(5)中央的突起

(6)背面

(7)莖

(8)前面四、核糖體的結(jié)構(gòu)與功能核糖體是合成蛋白質(zhì)的場所,由大小兩個(gè)亞基組成(圖1

-7

)。功能核糖體的形成是一個(gè)自我裝配過程,不需要其它大分

,

質(zhì)

rRNA

而成

,

現(xiàn)

,

物中

r

。

對(duì)

rRNA

1

6SrRNA結(jié)構(gòu)(圖1-8、9、10)的研究發(fā)現(xiàn),16S

rRNA一級(jí)結(jié)構(gòu)和

級(jí)

結(jié)

構(gòu)

1

6

SrRNA,

,

對(duì)

1

6S

rRNA

學(xué)的

統(tǒng)

進(jìn)

內(nèi)

。核

質(zhì)

關(guān)

結(jié)

點(diǎn)

位點(diǎn),見圖1-11、12、13、14。核

rRNA

轉(zhuǎn)

的活

;

tRNA

結(jié)

點(diǎn)

A

點(diǎn)

P

點(diǎn)

E

位點(diǎn)

;

質(zhì)

結(jié)

點(diǎn)

;

白質(zhì)

時(shí)

mRNA

結(jié)

伸中

mRNA

結(jié)

。

結(jié)

等都與rRNA有關(guān)。核

r

對(duì)

rRNA

功能

結(jié)

構(gòu)

;

質(zhì)

空間

構(gòu)

發(fā)

,

r

對(duì)

構(gòu)

象起

調(diào)

;

結(jié)

點(diǎn)

在催化作用中,r蛋白與rRNA共同行使功能。圖1-7

E.

coli

核糖體大小亞基及不同功能位點(diǎn)立體模式圖圖1-8

E.

coli核糖體小亞基中核糖體蛋白與16S

rRNA的分布圖1-9E.coli

16S

rRNA、5S

rRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)圖1-10

經(jīng)X射線晶體學(xué)所推測的16S

rRNA的三級(jí)結(jié)構(gòu)圖1-11

核糖體中主要功能部位示意圖主要功能部位有:與mRNA的結(jié)合位點(diǎn)、A位點(diǎn)(氨酰基—tRNA結(jié)合位點(diǎn))、P位點(diǎn)(肽?;猼RNA結(jié)合位點(diǎn))、E位點(diǎn)(肽酰轉(zhuǎn)移酶位點(diǎn)),以及轉(zhuǎn)肽酶活性部位等。mRNA結(jié)合位點(diǎn)

位于30S小亞基頭部,負(fù)責(zé)與mRNA的結(jié)合P位點(diǎn)

肽?;鵷RNA位點(diǎn),結(jié)合起始氨基酰tRNA,并在延伸中向A位給出肽基的位置A位點(diǎn)

氨酰tRNA位點(diǎn),結(jié)合一個(gè)新進(jìn)入的氨基酰tRNA

的位置

E位點(diǎn)

延伸的多肽鏈轉(zhuǎn)移到氨酰tRNA上釋放的空tRNA的位點(diǎn)轉(zhuǎn)肽酶活性部位

位于P位點(diǎn)和A位點(diǎn)的連接處。參與蛋白質(zhì)合成的各種蛋白因子的結(jié)合位點(diǎn)延伸因子Tu-tRNA復(fù)合物、轉(zhuǎn)位因子EF-G、釋放因子RF1/2-RF3結(jié)合到相同的核糖體位點(diǎn)上圖1-14

蛋白質(zhì)合成過程中其它重要因子的結(jié)合位點(diǎn)核糖體能容納兩個(gè)tRNA分子和35個(gè)堿基左右的mRNA分子。圖1-12核糖體和tRNA大小的比較圖1-13

tRNA和mRNA以相同的方向通過核糖體五、多聚核糖體在

細(xì)

內(nèi)

個(gè)

聯(lián)

mRNA

進(jìn)行

,

態(tài)

結(jié)

構(gòu)

與mRNA

polysome),mRNA的

數(shù)

。

原核細(xì)

胞中,

在mRNA

合成的同時(shí),核糖體就結(jié)合到mRNA上,即由DNA轉(zhuǎn)錄

mRNA

mRNA

質(zhì)

時(shí)

同一部位進(jìn)

,

DNA

結(jié)

1

-15)。真核細(xì)胞中,多聚核糖體或附著在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上,或游離在

細(xì)

質(zhì)

質(zhì)

,

結(jié)

細(xì)

胞骨架上(圖1-16)。圖1-15E.coli

細(xì)胞中的多聚核糖體

多核糖體循環(huán)

在細(xì)胞內(nèi)一條mRNA鏈上結(jié)合著多個(gè)核糖體,多達(dá)幾百個(gè)。每個(gè)核糖體都獨(dú)立完成一條多肽鏈的合成,在一條mRNA鏈上同時(shí)合成多條相同的多肽鏈,這就大大提高了翻譯的效率。mRNA的最大利用率是每80個(gè)核苷酸有一個(gè)核糖體。圖1-16

真核細(xì)胞中的多聚核糖A:一系列的核糖體能同時(shí)翻譯相同的真核生物mRNA分子B:來自真核細(xì)胞中的一個(gè)多聚核糖體的電子顯微鏡照片第四節(jié)參與蛋白質(zhì)合成的酶及蛋白質(zhì)因子氨?;?tRNA合成酶:tRNA

,

使

mRNA

的遺

轉(zhuǎn)

關(guān)

酰tRNA

識(shí)

tRNA

,

結(jié)

的氨基酸到tRNA分子的接受臂的3′端。氨酰tRNA合成酶催化反應(yīng)分兩步:第

識(shí)

ATP,

酸的羧基與AMP上的磷酸之間形成一個(gè)酯鍵,同時(shí)釋放出一分子PPi:氨基酸

+

ATP→氨酰-AMP

+

PPi第二步是通過形成酯鍵,將氨基酸連接到tRNA

3′端腺苷酸的核糖上:氨酰-

AMP

+

tRNA→氨酰-tRNA

+

AMP氨基酸與核糖之間形成的高能酯鍵對(duì)于蛋白質(zhì)合成中肽鍵的形成是十分重要的。絕

數(shù)

細(xì)

內(nèi)

2

0

tRNA

,

對(duì)

應(yīng)

基酸,但可以和該氨基酸的多個(gè)同工受體tRNA結(jié)合。蛋白質(zhì)生物合成過程第二步反應(yīng)氨基酰-AMP-E+tRNA

氨基酰

-tRNA+AMP+E第二節(jié)1氨基酸的活化第一步反應(yīng)

氨基酸

+ATP-E

氨基酰-AMP-E

AMP

Ppi點(diǎn)

回?fù)?/p>

氨酰tRNA合成酶的結(jié)構(gòu)與類型每個(gè)氨酰tRNA合成酶都包含3個(gè)區(qū)域:1.

催化域(ATP和氨基酸結(jié)合位點(diǎn))

2.

tRNA受體螺旋結(jié)合域3.

tRNA反密碼子結(jié)合域20種氨酰tRNA合成酶被區(qū)分為兩類第一類:具有一個(gè)N-末端

催化域,均包含一個(gè)

Rossman折疊,大部分是

單體酶,將氨基酸的羧基

結(jié)合在tRNA

3′端腺苷酸

的2′-OH上,然后通過轉(zhuǎn)

酯作用轉(zhuǎn)移到3′-OH上。

如Tyr-tRNA合成酶,Tyrosyl-

tRNA

合成酶第

,

結(jié)

構(gòu)

個(gè)

β-

α-

側(cè)

,

結(jié)

tRNA

3′

3′-OH

Ser-tRNA

,

個(gè)

β-折

,

Rossman

,該酶由

個(gè)

個(gè)

二聚體。Ser-tRNA合成酶兩類不同的氨酰基-tRNA合成酶兩種酶分別識(shí)別tRNA分子的不同部位,而tRNA的CCA臂在復(fù)合體中則選取不同的形態(tài)蘇氨酰-tRNA合成酶的空間結(jié)構(gòu)蘇氨酰-tRNA合成酶的編輯和激活位點(diǎn)AB蘇氨酰-tRNA合成酶與tRNA的接受臂和反密碼子結(jié)合后的復(fù)合體A:結(jié)構(gòu)圖B:空間模型

氨酰tRNA合成酶的識(shí)別功能氨基酰tRNA合成酶需要識(shí)別tRNA和氨基酸,它對(duì)氨基酸是絕對(duì)專一的,對(duì)tRNA可以識(shí)別所有同工受體tRNA。兩類氨基酰tRNA合成酶似乎都對(duì)氨基酸的側(cè)鏈?zhǔn)褂脛傂缘逆i鑰機(jī)理,而對(duì)其它底物使用誘導(dǎo)契合機(jī)理,包括ATP、tRNA和氨基酸的成肽部分。氨基酰tRNA合成酶對(duì)tRNA的識(shí)別被稱為第二遺傳密碼。氨基酰tRNA合成酶對(duì)同工tRNA的識(shí)別1.識(shí)別tRNA的反密碼子一種氨基酰tRNA合成酶可以識(shí)別一組同工tRNA,識(shí)別部位就是tRNA的反密碼子。如谷氨酸氨酰-tRNA合成酶,它要求tRNA的反密碼環(huán)保持不變,否則不識(shí)別。

2.不是識(shí)別tRNA的反密碼子有實(shí)驗(yàn)表明,即使反密碼子發(fā)生了改變,照常可被識(shí)別。這類酶識(shí)別tRNA分子的特殊堿基部位。以絲氨酸為例,Ser-tRNA合成酶識(shí)別的是tRNA

Ser反密碼環(huán)和TψC環(huán)之間的額外環(huán)或其它堿基部位。蛋白質(zhì)因子:參

質(zhì)

質(zhì)

協(xié)

蛋白

,

。

initiationfactor,IF)、

elongation

factor,EF)

子(release

factor,RF)。起始因子:原核生物的起始因子有IF1、IF2、IF3真核生物的起始因子(eIF)更多(見下圖)延長因

子:有三種:一種是熱不穩(wěn)定的叫EF-Tu;一種是熱穩(wěn)定的叫EF-TS

進(jìn)

AA-tRNA

進(jìn)

A

;

GTP

EF-G,

轉(zhuǎn)

因子。終

子UAG、UAA、UGA。

個(gè)

tRNA

,

的蛋白因子促成終止作用。這類蛋白質(zhì)因子叫釋放因子。原核生物有三種釋

RF1

識(shí)

UAA

UAG;RF2

識(shí)

UGA

UAA;RF3

RF1

和RF2的活性。真核生物中只有一種釋放因子eRF。eRF需要GTP與之結(jié)合才能

結(jié)

。

A

點(diǎn)

,

P

基-tRNA所占據(jù)。圖1-34延伸因子Tu的結(jié)構(gòu)及與氨?;?tRNA結(jié)合的部位圖1-35

延伸因子EF-G的空間結(jié)構(gòu)模型圖1-36真核生物的釋放因子結(jié)構(gòu)圖圖1-37核糖體釋放因子空間結(jié)構(gòu)Met

MetfmMetf2ffMet

Valm第五節(jié)多肽鏈生物合成的機(jī)理一、原核生物多肽鏈合成的過程合成的起始密碼子為AUG(在細(xì)菌中偶爾也有用GUG的)。細(xì)菌(包括線粒體)中有兩種tRNA能夠攜帶甲硫氨酸(Met)。一種是tRNA

,它只能識(shí)別起始密碼子AUG,一種是tRNA

,它只能識(shí)別內(nèi)部AUG密碼子。tRNA

首先與Met結(jié)合,然后在Met的NH

上產(chǎn)生甲?;饔脧亩忾]了這個(gè)氨基,形成了N-甲酰-甲硫氨酰-tRNA,簡寫為fMet-tRNA

。起始密碼子AUG和GUG均由這種tRNA

所識(shí)別,若這兩個(gè)密碼子在mRNA的內(nèi)部則分別由tRNA

和tRNA

所識(shí)別。甲硫酰氨tRNA甲酰化起

tRNA

應(yīng)

tRNA(Met-tRNAf),

進(jìn)

N-甲酰-甲硫酰氨tRNA(fMet-tRNAf)f只有fMet-tRNA

能被30S亞基用于肽鏈合成的起始;

其它氨?;?tRNA才能被70S的核糖體用于肽鏈的延伸。圖1-27典型的原核生物多順反子mRNA分子結(jié)構(gòu)原核生物多順反子mRNA分子結(jié)構(gòu)(圖1-27)決定了蛋白質(zhì)的合成可以在一條mRNA分子的多處同時(shí)進(jìn)行(圖1-28)圖1-28

在含多順反子的mRNA分子中,每個(gè)順反子可以獨(dú)立起始蛋白質(zhì)的翻譯原核生物多肽鏈合成的過程?

生物蛋白質(zhì)的合成可分為三個(gè)主要的階段:起始、延伸和終止(圖1-30、31、32、33)。原核生物蛋白質(zhì)合成的起始、延伸和終止都需要一些蛋白因子參與,和自由存在的大小核糖體亞基。fMet

起始(intiation)核糖體大小亞基、mRNA、起始tRNA和起始因子共同參與肽鏈合成的起始。

70S核糖體分開成為兩個(gè)亞基。

起始位點(diǎn)的識(shí)別。

30S起始復(fù)合物的形成。30S·IF-1·IF-2.GTP·fMet-tRNA

·mRNA

核糖體的大亞基(50S)加入這個(gè)復(fù)合物。IF-1蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)2.1原核生物翻譯的起始2.1.1

核蛋白體大小亞基分離起始因子IF-1和IF-3識(shí)別30S小亞基50S大亞基與30S小亞基分離IF-3蛋白質(zhì)生物合成過程IF-1第二節(jié)2.1.2

mRNA在小亞基定位結(jié)合mRNA識(shí)別并與30S小亞基結(jié)合5'IF-3A

U

G3'(SD)序列:在大腸桿菌的mRNA序列中,緊靠起始密碼子上游8-13個(gè)堿基的位置是互補(bǔ)于核糖體小亞基rRNA(16S

rRNA)的一個(gè)區(qū)域,叫做

SD

序列。這些序列的堿基配對(duì)幫助mRNA緊緊地連接到核糖體小亞基上,協(xié)助尋找起始tRNA的反密碼子。蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)S-D序列圖1-29原核生物蛋白質(zhì)合成起始位點(diǎn)包含S-D序列和起始密碼子IF-1蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)2.1.3.

起始氨基酰-tRNA與小亞基結(jié)合在起始因子IF-2的作用下,起始氨基酰-tRNA與30S小亞基結(jié)合IF-2GTP5'A

U

G3'IF-3IF-1蛋白質(zhì)生物合成過程GDP第二節(jié)2.1.4.

核蛋白體大亞基結(jié)合GTP水解,起始因子從30S小亞基上釋放,IF-2GTPPi30S小亞基與50S大亞基

重新結(jié)合5'A

U

G3'IF-3IF-1A

U

G蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)IF-2-GTPPiGDP5'IF-33'起始過程消耗1個(gè)GTPIF的性質(zhì)IF大約MWGTP結(jié)合能力生物學(xué)活性IF322000-1.形成三元復(fù)合物.2.解離因子活性,使70S核糖體顆粒解離為30S和50S亞基IF2120000+識(shí)別起始氨?;鵷RNA,

協(xié)助結(jié)合到mRNA上,形成30S前起始復(fù)合物IF19000-無特異功能,但具有加強(qiáng)

IF2和IF3的活性作用。

延長(Elongation)一

質(zhì)

協(xié)

。

,

穩(wěn)

EF-Tu;

穩(wěn)

EF-TS

,

進(jìn)

AA-tRNA

進(jìn)

A

;

于GTP的叫EF-G,又稱轉(zhuǎn)位因子。肽

個(gè)

個(gè)

環(huán)

,

糖體循環(huán):第一步:新的氨酰tRNA進(jìn)入A位。

第二步:轉(zhuǎn)肽作用第三步:移位tRNAA第二個(gè)氨酰

入位進(jìn)EF-Tu.GTP護(hù)送氨基酰tRNA至核糖體的A

位蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)Tu

TsGTPTsTu

GDPGTP5'AU

G3'在延伸因子的作用下,特異的氨基酰-tRNA進(jìn)入核糖體的A位點(diǎn)圖1-32

原核生物蛋白質(zhì)合成的延伸—肽鍵的形成和轉(zhuǎn)位①

轉(zhuǎn)

P

點(diǎn)

?;?/p>

轉(zhuǎn)

A

點(diǎn)

的氨酰基-

tRNA的氨基上,形成了第一

個(gè)

轉(zhuǎn)

當(dāng)

A

點(diǎn)

之后

,

EF-G(

轉(zhuǎn)

G)

GTP

復(fù)

能夠

結(jié)

糖體上,然后,由核糖體中具有GTP酶活性的某種

質(zhì)

GTP水解,在A位點(diǎn)生成的肽基-tRNA才能轉(zhuǎn)移到P

點(diǎn)

時(shí)

P

點(diǎn)

tRNA

mRNA也

動(dòng)

個(gè)密碼子。在轉(zhuǎn)位之后,EF-G和GDP必須釋放出來,下一個(gè)氨?;?tRNA的三元復(fù)合物才能進(jìn)入A位點(diǎn)。轉(zhuǎn)肽和移位蛋白質(zhì)合成的轉(zhuǎn)肽作用EF-Tu\EF-Ts能夠促進(jìn)AA-tRNA進(jìn)入A位;EF-G促進(jìn)移位和去氨酰tRNA的卸載,都有GTP酶活性。PGTPPP轉(zhuǎn)肽作用移

位確配對(duì)的氨酰基tRNA

進(jìn)入A位。MetLysMetLysMetLysEAEAEAAUGAUGAUGEF-G轉(zhuǎn)EF-Tu,肽酶連—接—與到核GTP糖體結(jié)的上合大促,

協(xié)亞進(jìn)助基核與的糖A部體位分相新將對(duì)密fMet于碼m子RNA從正位于的P滑位動(dòng)的,t同RNA時(shí),上EF-G轉(zhuǎn)移連到接位的于GATP位的水氨解酰為基GDPtRNA,能上量,用在于A

驅(qū)位t使RNA這個(gè)上過形程成。二然肽后。,失去肽?;膖RNA和EF-G從核糖體釋放。蛋白質(zhì)生物合成過程在延伸因子作用下,E位點(diǎn)的tRNA脫落,新的特異的氨基酰-tRNA重新進(jìn)入核糖體A位點(diǎn)。第二節(jié)在酶的作用下,P位點(diǎn)的fMet轉(zhuǎn)移到A位點(diǎn)的氨

基酰-tRNA上,形成肽鍵。原先P位點(diǎn)的tRNA進(jìn)入E

位點(diǎn),核糖體沿mRNA5’→3’方向移動(dòng)1個(gè)密碼子。fMetfMetTu

GTP5'A

U

G3'蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)進(jìn)位成肽轉(zhuǎn)位蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)肽鏈延伸肽鏈的延長下一頁

終止原核生物和真核生物,終止密碼子UAG、UAA和UGA。tRNA不能與終止密碼子作用,而是靠特殊的蛋白質(zhì)因子促成終止,這類蛋白質(zhì)因子叫做釋放因子。當(dāng)終止密碼子出現(xiàn)在A位時(shí),沒有相應(yīng)的AA-tRNA能與之結(jié)合,而RF能識(shí)別這些密碼子并與之結(jié)合,水解P位上多肽鏈與tRNA之間的二酯鍵。具有GTP酶活性,使肽鏈與核糖體解體。原核生物有三種釋放因子:RF1,RF2和RF3。RF1識(shí)別UAA和UAG;RF2識(shí)別UAA和UGA。RF3的作用還不明確。解離后的大小亞基又重新參加新的肽鏈的合成,循環(huán)往復(fù)。蛋白質(zhì)生物合成過程COO第二節(jié)原核肽鏈合成終止過5'釋放因子RF識(shí)別終止密碼子,并將合-

的肽鏈從肽酰-tRNA上水解下來。mRNA

離開核糖體,核糖體大小亞基再RF次分

離。

U

A

G3'程MetMet二、真核生物多肽鏈合成的過程真核生物中起始密碼子只有AUG,負(fù)責(zé)起始AUG識(shí)別的是tRNAi

,負(fù)責(zé)內(nèi)部AUG識(shí)別的是tRNAm

。但Met-tRNAi并不被甲酰化。起始:真核生物蛋白質(zhì)合成起始復(fù)合物首先在mRNA的5′末端形成,其

識(shí)

號(hào)

5

結(jié)

構(gòu)

,

3

poly(A)

。在

復(fù)

,

沿

mRNA

動(dòng)

發(fā)

現(xiàn)

子AUG,

,

60S

結(jié)

8

0S

糖體

。

,

更多

。

eIF1、eIF2、eIF3、eIF4A、eIF4B、eIF4C、eIF4D、eIF4E、eIF4G、eIF5等。延伸:過程和機(jī)理同原核生物。終

質(zhì)

機(jī)

。不

子eRF。eRF

GTP

與之結(jié)合

結(jié)

GTP

應(yīng)

,

能與eRF與核糖體的解離有關(guān)。圖1-38

真核生物蛋白質(zhì)的合成是小亞基識(shí)別mRNA的5′末端,然后沿著mRNA移動(dòng),在起始密碼子處形成起始復(fù)合物。

起始①

40S

60S兩個(gè)亞基。②43S

復(fù)

形成。③

mRNA

復(fù)合物上。④60S

復(fù)

結(jié)

80S

起始復(fù)合物。圖1-39

真核生物蛋白質(zhì)合成的起始GTP

eIF2

結(jié)

使

eIF2

tRNA

強(qiáng)

,

便

結(jié)

個(gè)

復(fù)

復(fù)

4

0S

結(jié)合,這一過程不需要

mRNA的存在。有效的翻譯需要mRNA兩端有必須的結(jié)合蛋白。如3′poly(A)尾巴結(jié)合有PAB(多聚A結(jié)合蛋白

,

5

結(jié)

eIF4G、eIF4E。eIF4G

與PAB

相互作用,以確認(rèn)mRNA

的完整性。然后,在起始因子eIF3

的參與下帶有

mRNA

5′

端與4

0S亞基-

三元復(fù)合物結(jié)合,這樣起始復(fù)合物就形成了。在ATP

水解釋放的能量作用下,起始復(fù)合物沿

mRNA

AUG

動(dòng)

,

達(dá)

AUG,

對(duì)

,

復(fù)

時(shí)

結(jié)合,形成完整的80S的核糖體。新的氨?;?tRNA占據(jù)核糖體上的A位點(diǎn),隨后第一個(gè)肽鍵形成。蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)真核生物翻譯起始過程點(diǎn)

回?fù)?/p>

延長包

進(jìn)

、

轉(zhuǎn)

個(gè)

eEF

。

個(gè)將

進(jìn)

tRNA

eEF-1α-GTP

復(fù)

體上。當(dāng)

正確的

氨酰tRNA進(jìn)入A位置的時(shí)候,GTP水解,并且eEF-1α-GDP

復(fù)合物分離。真

轉(zhuǎn)

,

eEF-2催化,同時(shí)伴隨GTP

水解,伴隨著易位過程eEF-2從核糖體被釋放,循環(huán)再次開始。

終止終止釋放因子為eRF,它可以識(shí)別三個(gè)終止密碼子UAG,UAA

UGA

。eRF

GTP

結(jié)

A

,

肽基轉(zhuǎn)移酶活性變?yōu)檗D(zhuǎn)移肽?;剿肿樱ㄋ猓?,而不是

tRNA

,

時(shí)

80S

復(fù)

40S和60S亞基,準(zhǔn)備下一個(gè)翻譯過程。蛋白質(zhì)生物合成過程第二節(jié)生物體細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)合成過程模擬視頻(Howard

Hughes

Medical

Institute)三、蛋白質(zhì)合成的抑制劑許

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 人人文庫網(wǎng)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

最新文檔

評(píng)論

0/150

提交評(píng)論