gaussview使用簡介課件

GaussView使用簡介

Gview是一個專門設(shè)計于高斯配套使用的軟件，其主要用途有兩個構(gòu)建高斯的輸入文件以圖的形式顯示高斯計算的結(jié)果除了可以自己構(gòu)建輸入文件外，Gview還可讀入CHEM3D，HYPERCHEM和晶體數(shù)據(jù)等諸多格式的文件。從而使其可以于諸多圖形軟件連用，大大拓寬了使用范圍（詳見下圖）gaussview使用簡介gaussview使用簡介Gview的界面及主要功能鍵的介紹GVIEW的界面gaussview使用簡介第一行為菜單欄:File:主要功能是建立，打開，保存和打印當前的文件SaveImage將當前文件保存為圖片格式Preferences?？梢栽诶锩娓淖僄view默認的各種顯示的設(shè)置。gaussview使用簡介Edit:在這里可以完成對分子的剪貼,拷貝,刪除和抓圖等。AtomList,顯示當前分子的內(nèi)坐標，笛卡兒坐標，分數(shù)坐標等。PointGroup可以顯示當前分子的點群及可能有的點群。PBC顯示晶體文件（可以將CIF文件轉(zhuǎn)換為圖形，在點PBC按鈕后所給并的對話框中根據(jù)選項調(diào)節(jié)具體顯示的格式。Mos用于顯示分子軌道（只有檢查點文件，此選項才能給出分子軌道圖。Symmetrize，對當前體系進行對稱性控制。gaussview使用簡介View這里面的選項都是于分子的顯示有關(guān)的，如顯示氫原子，顯示鍵，顯示元素符號,顯示坐標軸等gaussview使用簡介Calculalte：

可從Gview中直接向高斯提交計算。這是Gview作為高斯軟件配套功能的重要體現(xiàn)。從所給的對話框中可以選擇工作類型JobType（如優(yōu)化，能量或頻率等）;計算方法Method（如半經(jīng)驗方法，HF方法，DFT方法，MP方法等，還可以選定組）;Title(對所要做的計算給一個說明，以備以后的查看)Link0（給檢查點文件命名，還可以在此用RWF命令設(shè)置臨時數(shù)據(jù)交換文件的大?。?；General,Guess,（這兩個選項主要是給出體系中各原子的連接關(guān)系及如何給出初始猜測）；NBO（可在此設(shè)定NBO計算）,PBC（可在此設(shè)定晶體的有關(guān)計算）,Solvation（可在此設(shè)定溶液中的計算，除了選擇溶劑外，還要選擇模擬溶劑的理論模型）gaussview使用簡介Result：顯示計算的結(jié)果，包括電荷，靜電勢表示的表面，振動,頻率，核磁，勢能面掃描，優(yōu)化等。注意有些結(jié)果只能用檢查點文件才能顯示。gaussview使用簡介常用功能鍵的介紹gaussview使用簡介gaussview使用簡介gaussview使用簡介gaussview使用簡介gaussview使用簡介gaussview使用簡介以構(gòu)建一個間氟苯乙烷分子并從Gview里遞交計算為例來說明(1)雙擊Gview圖標，打開Gview，下圖就是Gview打開后的窗口

打開Gview，下圖就是Gview打開后的窗口gaussview使用簡介(2)．雙擊窗口中圖標，得到如下窗口里面有常用的環(huán)狀官能團。選中苯環(huán)（單擊即可選中）gaussview使用簡介(3).在當前工作窗口（打開Gview時程序自動打開一個工作窗口，如下圖）也可通過路徑新建一個工作窗口gaussview使用簡介在這個窗口中點鼠標左鍵窗口中就會出現(xiàn)苯分子，見下圖將鼠標放在分子上，按左鍵左右或前后移動，可以調(diào)節(jié)分子的角度將鼠標放在分子上，前后移動，可以將分子放大或縮小Shift+Alt+鼠標左鍵組合可以在窗口內(nèi)平移分子當工作窗口內(nèi)有多個分子時[在構(gòu)建大的分子時，這種情況很容易出現(xiàn)]這時可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠標左鍵組合移動想要移動的分子，以調(diào)節(jié)各個分子間的距離可以用Ctrl+Alt+鼠標左鍵組合調(diào)節(jié)其中一個分子的角度，以調(diào)節(jié)各個分子間的角度。Ctrl+Alt+鼠標左鍵這個組合常和[將鼠標左鍵放在分子上，左右或前后移動，可以調(diào)節(jié)分子的角度]這個功能連用。gaussview使用簡介(4)．雙擊Gview界面上的圖標。出現(xiàn)以下窗口點擊氟的元素符號“F”，就選中氟原子。gaussview使用簡介(5).回到工作窗口在苯環(huán)上的任一個H上單擊左鍵，將H置換成F。但要注意此時僅是元素符號發(fā)生了改變，C-F間的距離仍是C-H鍵的距離。需要用建長工具進行調(diào)整。單擊Gview界面上圖標。然后再點擊工作窗口中的C原子和F原子，看到被選中的兩個原子于周圍的原子再亮度上有差異此時會出現(xiàn)下面的窗口gaussview使用簡介根據(jù)C-F鍵的長度在0.675和2.700之間的方框內(nèi)進行C-F鍵的調(diào)整。完畢后點擊OK即可。gaussview使用簡介(6)．雙擊Gview界面上的圖標，出現(xiàn)以下窗口這是Gview里內(nèi)置的鏈烴庫，選中乙烷gaussview使用簡介(7).在工作窗口內(nèi)空處點左鍵，用我們前面講過的命令調(diào)節(jié)苯和乙烷間的距離和角度gaussview使用簡介將鼠標放在分子上，按左鍵左右或前后移動，可以調(diào)節(jié)分子的角度；將鼠標放在分子上，前后移動，可以將分子放大或縮小。Shift+Alt+鼠標左鍵組合可以在窗口內(nèi)平移分子當工作窗口內(nèi)有多個分子時[在構(gòu)建大的分子時，這種情況很容易出現(xiàn)]這時可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠標左鍵組合移動想要移動的分子，以調(diào)節(jié)各個分子間的距離?？梢杂肅trl+Alt+鼠標左鍵組合調(diào)節(jié)其中一個分子的角度，以調(diào)節(jié)各個分子間的角度。Ctrl+Alt+鼠標左鍵這個組合常和[將鼠標左鍵放在分子上，左右或前后移動，可以調(diào)節(jié)分子的角度]這個功能連用。具體的好處需要自己去試gaussview使用簡介（8）．單擊Gview界面上圖標。然后點擊與乙烷正對的苯上的C原子和H原子選擇“None”，乙烷上的C-H鍵作類似處理然后單擊Gview上的圖標，點選工作窗口中的兩個氫原子，即將它們刪去gaussview使用簡介至此分子構(gòu)建已完成。gaussview使用簡介9）．Gview存儲個人常用分子的功能。Gview中只有常用的一些環(huán)狀分子和鏈狀分子，遠不能滿足研究特定體系的特殊需要。不過Gview有一個功能可以彌補這個缺憾：可以把常用的分子或官能團存在制定的文件夾內(nèi)。在需要時可以直接調(diào)用。雙擊view上的圖標，在下面的對話框中鍵入相關(guān)項目，保存即可gaussview使用簡介（10）．查看分子的對稱性從Edit-Pointgroup路徑可以查看所構(gòu)建分子的點群。點擊Pointgroup后，出現(xiàn)如下窗口：為C1點群，其下拉菜單中的為可能的點群（改變Tolerance,也可幫助我們判斷所構(gòu)建體系可能有的點群）

gaussview使用簡介（11）．查看分子坐標。單擊Gview界面上的圖標。出現(xiàn)下面窗口Z表示時內(nèi)坐標，C表示直角坐標?？梢栽诶锩鎸ψ鴺俗鲞m當?shù)恼{(diào)整gaussview使用簡介（12）．向Gauss遞交計算。點Gview界面上Calculation會出來一個遞交計算的對話框。從所給的對話框中可以選擇工作類型JobType（如優(yōu)化，能量或頻率等）;計算方法Method（如半經(jīng)驗方法，HF方法，DFT方法，MP方法等，還可以選定基組）;Title(對所要做的計算給一個說明，以備以后的查看)Link0（給檢查點文件命名，還可以在此用RWF命令設(shè)置臨時數(shù)據(jù)交換文件的大?。?；General,Guess,（這兩個選項主要是給出體系中各原子的連接關(guān)系及如何給出初始猜測）；NBO（可在此設(shè)定NBO計算）,PBC（可在此設(shè)定晶體的有關(guān)計算）,Solvation（可在此設(shè)定溶液中的計算，除了選擇溶劑外，還要選擇模擬溶劑的理論模型）的Gaussiangaussview使用簡介

選擇完畢后，點Submit即可遞交計算。有時由于安裝的原因Gview無法與Gauss建立關(guān)聯(lián)，就不能直接從Gview里遞交計算。這時可以在Gview里保存用于Gauss計算的輸入文件，然后從Gauss里調(diào)出文件進行計算。gaussview使用簡介結(jié)算結(jié)果可視化的實現(xiàn)1.幾何構(gòu)型2.分子振動3.軌道4.電荷密度5.靜電勢gaussview使用簡介選擇File,打開一個已經(jīng)正常計算完的結(jié)果,然后選擇Results,就可以出現(xiàn)以下選項見下圖主菜單gaussview使用簡介選擇Vibrations選項,就可以直接查看分子的振動模式(見下圖)gaussview使用簡介同樣也可以看到分子的紅外和拉曼光譜gaussview使用簡介選擇Edit然后在選擇MOs,就可以實現(xiàn)對分子軌道的可視化gaussview使用簡介如右圖所示gaussview使用簡介構(gòu)建分子中的注意事項在構(gòu)建分子前，應對分子的鍵長，鍵角和點群等有一個詳細的了解。這樣在構(gòu)建過程中才能更好的把握細節(jié)，如構(gòu)建大分子時，各個集團間的鍵長，鍵角和二面角一定要給的準確。相當一部分的錯誤（如SCF不收斂，1502報錯等）都是分子建模不合理造成的。分子模型不合理導致程序根據(jù)分子模型所得的薛定鄂方程不合理，也就導致了對方程的解不能順利完成，所以報錯。對于大分子，不會出現(xiàn)分子直線排步的情