DNAman使用方法課件

DNAMAN使用方法

1．將待分析序列裝入Channel2．以不同形式顯示序列3．DNA序列的限制性酶切位點(diǎn)分析4．DNA序列比對(duì)分析5．序列同源性分析6.PCR引物設(shè)計(jì)7．質(zhì)粒模式圖繪制DNAman使用方法DNAMAN使用方法DNAMAN是一種常用的核酸序列分析軟件。由于它功能強(qiáng)大，使用方便，已成為普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN5.2.9Demoversion為例，簡單介紹其使用方法。打開DNAMAN，可以看到如下界面：DNAman使用方法第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有九個(gè)常用主菜單，第二欄為工具欄：第三欄為瀏覽器欄：在瀏覽器欄下方的工作區(qū)左側(cè)，可見Channel工具條，DNAMAN提供20個(gè)Channel，點(diǎn)擊Channel工具條上相應(yīng)的數(shù)字，即可擊活相應(yīng)的Channel。每個(gè)Channel可以裝入一個(gè)序列。將要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以節(jié)約存取序列時(shí)間，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自動(dòng)載入功能，用戶只需激活某個(gè)Channel，然后打開一個(gè)序列文件，則打開的序列自動(dòng)載入被激活的Channel中。DNAman使用方法以具體使用DNAMAN的過程為例來說明如何使用DNAMAN分析序列。

1．將待分析序列裝入Channel（１）通過命令打開待分析序列文件，則打開的序列自動(dòng)裝入默認(rèn)Channel。（２）通過Sequence/LoadSequence菜單的子菜單打開文件或?qū)⑦x定的部分序列裝入Channel。通過Sequence/CurrentSequence/AnalysisDefination命令打開一個(gè)對(duì)話框，通過此對(duì)話框可以設(shè)定序列的性質(zhì)（DNA或蛋白質(zhì)），名稱，和要分析的片段等參數(shù)。

2．以不同形式顯示序列通過Sequence//DisplaySequence命令打開對(duì)話框，如圖所示：DNAman使用方法根據(jù)不同的需要，可以選擇顯示不同的序列轉(zhuǎn)換形式。對(duì)話框選項(xiàng)說明如下：

Sequence&Composition：顯示序列和成分

ReverseComplementSequence：顯示待分析序列的反向互補(bǔ)序列

ReverseSequence：顯示待分析序列的反向序列

ComplementSequence：顯示待分析序列的互補(bǔ)序列

DoubleStrandedSequence：顯示待分析序列的雙鏈序列

RNASequence：顯示待分析序列的對(duì)應(yīng)RNA序列

DNAman使用方法3．DNA序列的限制性酶切位點(diǎn)分析將待分析的序列裝入Channel，點(diǎn)擊要分析的Channel，然后通過Restriction/Analysis命令打開對(duì)話框，如下所示：

按扭，出現(xiàn)下列對(duì)話框：DNAman使用方法參數(shù)說明如下：

Results分析結(jié)果顯示其中包括：Showsummary：顯示概要，Showsitesonsequence：在結(jié)果中顯示酶切位點(diǎn)Drawrestrictionmap：顯示限制性酶切圖，Drawrestrictionpattern：顯示限制性酶切模式圖Ignoreenzymeswithmorethan：忽略大于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)Ignoreenzymeswithlessthan：忽略小于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)TargetDNA：目標(biāo)DNA特性Circular：環(huán)型DNA，dam/dcmmethylation：dam/dcm甲基化allDNAinSequenceChannel（選擇此項(xiàng)，在SequenceChannel中的所有序列將被分析，如果選擇了Drawrestrictionpattern，那么當(dāng)所有的channel中共有兩條DNA時(shí)，則只能選擇兩個(gè)酶分析，如果共有三個(gè)以上DNA時(shí)，則只能用一個(gè)酶分析。DNAman使用方法選擇所需的項(xiàng)目，然后按提示操作點(diǎn)擊按扭，出現(xiàn)下列對(duì)話框：Enzyme：代表enzymedatafile，點(diǎn)擊旁邊的下拉按鈕，出現(xiàn)兩個(gè)默認(rèn)選項(xiàng)，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加過自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict.enz數(shù)據(jù)文件包含180種限制酶，dnamane.enz數(shù)據(jù)文件包含2524種限制酶。選擇其中一個(gè)數(shù)據(jù)文件，相應(yīng)的酶在左邊的顯示框中列出（按酶名稱字母表順序），鼠標(biāo)雙擊酶名稱，則對(duì)應(yīng)的酶被選中，在右邊空白框中列出。要自制酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶（例如puc18multiplecloningsites），然后點(diǎn)擊按鈕出現(xiàn)下列對(duì)話框：

按鈕出現(xiàn)下列對(duì)話框：DNAman使用方法輸入要保存酶列表的文件名，點(diǎn)擊按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位點(diǎn)。

Cutter酶切識(shí)別序列長度；End酶切產(chǎn)生的末端，其中包括，Blunt（平頭末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系統(tǒng)根據(jù)cutter和end的設(shè)定情況,在左邊酶列表中顯示符合條件的酶。最后，點(diǎn)擊按鈕執(zhí)行操作。

DNAman使用方法4．DNA序列比對(duì)分析（DotMatrixComparision）

要比較兩個(gè)序列，可以使用DNAMAN提供的序列比對(duì)工具DotMatrixComparision（點(diǎn)矩陣比較）通過Sequense/Dotmatrixcomparision命令打開比對(duì)界面，如下圖：點(diǎn)擊對(duì)比界面左上角的按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框：

DNAman使用方法4．DNA序列比對(duì)分析（DotMatrixComparision）參數(shù)說明如下：Sequencetype序列類型Sequence1參加比對(duì)的第一序列選擇框，框內(nèi)選項(xiàng)說明如下：如果要比對(duì)的序列在Channel中，點(diǎn)擊下拉箭頭，選擇相應(yīng)的Channel，則被選中的Channel中的序列作為參加比對(duì)的第一序列；也可以從文件夾中選擇參加比對(duì)的序列，在File選擇框上點(diǎn)擊即可。通過Length選擇參加比對(duì)的序列片段。

Sequence2參加比對(duì)的第二序列選擇框；選項(xiàng)說明同上ShowSequence選擇此項(xiàng)，當(dāng)同源性大于設(shè)定值時(shí)，將顯示同源性；Annotations是否顯示注釋DNAman使用方法4．DNA序列比對(duì)分析（DotMatrixComparision）Comparision比對(duì)參數(shù)，其中Window代表Windowsize（單位比對(duì)長度），Mismatch代表Mismatchsize（單位比對(duì)長度中許可的錯(cuò)配值），要快速比對(duì)，需將此項(xiàng)設(shè)為0。Bothstran代表雙鏈比對(duì)，選擇此項(xiàng)，是指用Sequence2中的的正鏈和負(fù)鏈分別和Sequence1比較，Sequence2鏈與Sequence1正鏈比較結(jié)果用黑色點(diǎn)表示，與負(fù)鏈比對(duì)結(jié)果用紅色點(diǎn)表示。

Plotbox：點(diǎn)陣圖表顯示參數(shù)

Position：起點(diǎn)坐標(biāo)，Width：寬度值，Height：高度值，F(xiàn)ramesize：邊框線粗度值，Dotsize：點(diǎn)粗度值，Gridline：虛線框數(shù)。參數(shù)設(shè)定好后，點(diǎn)擊按鈕執(zhí)行操作。DNAman使用方法5．序列同源性分析

（1）兩序列同源性分析通過Sequence/TwoSequenceAlignment命令打開對(duì)話框，如下所示：

參數(shù)說明如下：Alignmentmethod：比對(duì)方法，通常可選Quick(快速比對(duì))或Smith&Waterman(最佳比對(duì))，當(dāng)選擇快速比對(duì)時(shí)，設(shè)置較小的k-tuple值，可以提高精確度，當(dāng)序列較長時(shí)，一般要設(shè)置較大的k-tuple值（DNA序列：k-tuple值可選范圍2-6；蛋白質(zhì)序列：k-tuple值可選范圍1-3）DNAman使用方法5．序列同源性分析（2）多序列同源性分析通過打開Sequence/MultipleSequenceAlignment命令打開對(duì)話框，如下所示：

參數(shù)說明如下：File：從文件中選擇參加比對(duì)的序列Folder：從文件夾中選擇參加比對(duì)的序列Channel：從channel中選擇參加比對(duì)的序列Dbase：從數(shù)據(jù)庫中選擇參加比對(duì)的序列Remove：清除選擇的序列Clear：清除全部序列點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)對(duì)話框：

DNAman使用方法（2）多序列同源性分析如果在前一對(duì)話框選擇的是Fastalignment,則在此對(duì)話框中選擇Quickalignment,否則選擇Dynamicalignment即可。其它參數(shù)不必改變，點(diǎn)擊對(duì)話框中間的使其它參數(shù)取原始默認(rèn)值。點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框：DNAman使用方法（2）多序列同源性分析點(diǎn)擊對(duì)話框中間的，然后點(diǎn)擊執(zhí)行操作。結(jié)果如下所示：DNAman使用方法（2）多序列同源性分析點(diǎn)擊左上角按鈕，可以從彈出的對(duì)話框中選擇不同的結(jié)果顯示特性選項(xiàng)。點(diǎn)擊按鈕下的按鈕，出現(xiàn)下列選擇項(xiàng)：DNAman使用方法（2）多序列同源性分析可以通過這些選項(xiàng)，繪制同源關(guān)系圖（例如Tree/homologytree命令）。顯示蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)：（ProteinSecondaryStructure命令），繪制限制性酶切圖：（RestrictionAnalysis命令）等。同源關(guān)系圖舉例如下：（Tree/HomologyTree命令）DNAman使用方法（2）多序列同源性分析DNAman使用方法6.PCR引物設(shè)計(jì)

首先，將目標(biāo)DNA片段裝入Channel,并激活Channel。點(diǎn)擊主菜單欄中的Primer主菜單，出現(xiàn)下拉菜單，如下所示：點(diǎn)擊DesignPCRPrimersforDNA命令，出現(xiàn)下列對(duì)話框：DNAman使用方法6.PCR引物設(shè)計(jì)Primerlocationsontarget:引物定位Productsize:擴(kuò)增目的片段大小Senseprimer:正向引物選擇區(qū)Antisenseprimer:反向引物選擇區(qū)Primer:引物特性包括Length:引物長度，Tm值,GC含量等參數(shù)；Rejectprimer:引物過濾（將符合引物過濾條件的引物過濾掉）3’dimer:可形成3’端自我互補(bǔ)的堿基數(shù)Hairpinstem:可形成發(fā)卡頸環(huán)結(jié)構(gòu)的堿基數(shù)PolyN:多聚堿基3’Uique:3’端嚴(yán)格配對(duì)堿基數(shù)Primer-Primer:含義未知Allmatches:引物互補(bǔ)配對(duì)百分?jǐn)?shù)Consentrations:濃度設(shè)定Productforhybridyzat:PCR產(chǎn)物用于SouthernBlot探針雜交

DNAman使用方法6.PCR引物設(shè)計(jì)點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)下列對(duì)話框：

選擇選項(xiàng)，點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn):

DNAman使用方法7．畫質(zhì)粒模式圖

我們常常要用到各種質(zhì)粒圖，無論是制作幻燈片，還是發(fā)表文章，常常需要質(zhì)粒圖。DNAMAN提供強(qiáng)大的繪質(zhì)粒圖功能，能滿足我們的需要。通過Restriction/Drawmap命令打開質(zhì)粒繪圖界面：DNAman使用方法7．畫質(zhì)粒模式圖將鼠標(biāo)移動(dòng)到圓圈上，等鼠標(biāo)變形成“I”時(shí)，單擊鼠標(biāo)左鍵，出現(xiàn)如下菜單：Position:當(dāng)前位置AddSite:添加酶切位點(diǎn)AddElement:添加要素AddText:添加文字InsertFragment:插入片斷CopyFragment:復(fù)制片斷CutFragment:剪切片斷Remov