細(xì)菌分類與命名

細(xì)菌的分類與命名1.目的要求掌握細(xì)菌學(xué)常用的分類單位；掌握細(xì)菌的命名及鑒定；了解細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)及其分類方法。獸醫(yī)微生物學(xué)2.細(xì)菌的分類地位〔重點(diǎn)〕細(xì)菌的命名〔重點(diǎn)〕細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)〔了解〕細(xì)菌的分類方法〔了解〕細(xì)菌的分類體系〔了解〕細(xì)菌的鑒定〔重點(diǎn)、難點(diǎn)〕主要內(nèi)容獸醫(yī)微生物學(xué)3.生物界的分類歷經(jīng)三界、四界、無(wú)界、六界等過(guò)程。一、細(xì)菌的分類地位生物界的三域?qū)W說(shuō)細(xì)菌域古生菌域

真核生物界古生菌域包括產(chǎn)甲烷、極端耐鹽、高度嗜熱菌等，是生物進(jìn)化早期產(chǎn)物。

獸醫(yī)微生物學(xué)4.分類單元及其等級(jí)界〔域〕Kingdom門Phylum——亞門綱Class——亞綱目Order——亞目科Family——亞科屬Genus種Species獸醫(yī)微生物學(xué)5.細(xì)菌的分類單元

屬種菌株具有共性的假設(shè)干種的組合，應(yīng)與其他屬有明顯的差異。不同屬之間的16SrRNA序列有較大的差異。種是一群性質(zhì)相似的菌株，與其他菌株群體有明顯差異。但凡16SrRNA序列同源性大于97%的兩株細(xì)菌即可確定為同一種。種是細(xì)菌分類的最根本單元。是不同來(lái)源的某一種細(xì)菌的純培養(yǎng)物。同一種細(xì)菌可以有許多菌株，其主要性狀應(yīng)完全相同，其次要性狀可稍有差異。細(xì)菌分類上最重要是種和屬。獸醫(yī)微生物學(xué)6.二、細(xì)菌的命名

命名依據(jù)：國(guó)際細(xì)菌命名法那么：雙名法〔林奈〕構(gòu)成：細(xì)菌的學(xué)名(scientificname)------拉丁文名由“屬名+種名〞構(gòu)成，用拉丁文表示，屬名在前，第一個(gè)字母必須大寫，其余字母小寫；種名在后，包括第一個(gè)字母均小寫。在出版物中排成斜體。

而中文譯名與拉丁文名順序正好相反，即種名在前，屬名在后。如金黃色葡萄球菌：Staphylococcusaureus〔屬名〕〔種名〕葡萄球菌金黃色獸醫(yī)微生物學(xué)7.只確定屬名，未確定種名的某一株細(xì)菌，那么在屬名后加sp.〔正體字〕；如同屬未定種名的假設(shè)干菌株，那么用spp.〔species復(fù)數(shù)的簡(jiǎn)寫〕代替sp.。如果是新種，那么在學(xué)名后加上“sp.Nov.〞，如Lawsoniaintracellularisgen.nov.,sp.nov.，譯為胞內(nèi)勞森菌，新屬，新種。亞種用ssp.或subsp.〔正體字〕，如Pasteurllamultocidassp.septica，譯為多殺性巴氏桿菌敗血亞種。獸醫(yī)微生物學(xué)8.新名稱的發(fā)表根據(jù)細(xì)菌命名法規(guī)的規(guī)定，有效發(fā)表新的細(xì)菌名稱應(yīng)在公開(kāi)發(fā)行的刊物上進(jìn)行。假設(shè)新名稱是在國(guó)際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜志〔IJSB〕以外的其他雜志上發(fā)表的，還必須經(jīng)過(guò)新名稱的合格化發(fā)表，被認(rèn)為合格后，在該雜志上定期公布，命名日期即從公布之日算起，否那么不算合格發(fā)表，也不能取得國(guó)際上的成認(rèn)。發(fā)表新名稱時(shí)，應(yīng)在新名稱之后加上所屬新分類等級(jí)的縮寫詞，如新目“ord.nov.〞、新屬“gen.nov.〞、新種“sp.nov.〞等。獸醫(yī)微生物學(xué)9.20世紀(jì)60年代以前，國(guó)際上不少細(xì)菌分類學(xué)家都曾對(duì)細(xì)菌進(jìn)行過(guò)全面的分類，提出過(guò)一些在當(dāng)代有影響的細(xì)菌分類系統(tǒng)。但70年代以后，對(duì)細(xì)菌進(jìn)行全面分類的、影響最大的是?伯杰氏手冊(cè)?。所以該書目前已成為對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類鑒定的主要參考書。三、細(xì)菌分類鑒定的標(biāo)準(zhǔn)獸醫(yī)微生物學(xué)10.DNA分子水平的鑒定主要限于專業(yè)實(shí)驗(yàn)室。目前常用的細(xì)菌鑒定方法為表型特征鑒定法。鑒定工作分三個(gè)步驟：①獲得該微生物的純培養(yǎng)物②測(cè)定一系列必要的鑒定指標(biāo)③查找權(quán)威性的鑒定手冊(cè)。獸醫(yī)微生物學(xué)11.1.表型特征分類法〔傳統(tǒng)分類法〕①形態(tài)學(xué)特征：形態(tài)、大小、排列、培養(yǎng)特征、特殊結(jié)構(gòu)、染色特征等②生理生化特征：營(yíng)養(yǎng)，氣體，對(duì)碳、氮源的利用能力，對(duì)生長(zhǎng)因子的需要、對(duì)抗生素及抑菌劑的敏感性、代謝產(chǎn)物等。③血清學(xué)反響特征：種以下的分類需依靠血清學(xué)反響。獸醫(yī)微生物學(xué)12.２.分子生物學(xué)分類法〔種系發(fā)生關(guān)系分類法〕由于細(xì)菌的一切生物學(xué)特征都是由基因所控制，因此分析基因的相似性和同源性，可確定細(xì)菌之間的親緣關(guān)系，確定分類地位。①測(cè)定DNA堿基G+Cmol％②進(jìn)行核酸分子雜交③16SrRNA堿基序列的相似性S〔沉降系數(shù)〕rRNA(核糖體RNA)G-鳥(niǎo)嘌呤C-胞嘧啶A-腺嘌呤T-胸腺嘧啶16SrRNA序列差異大于5%即可認(rèn)為不屬于同一種，大于10%那么不屬于同一屬。獸醫(yī)微生物學(xué)13.細(xì)菌分類鑒定的特征和技術(shù)〔一〕形態(tài)學(xué)和生理生化特征〔二〕血清學(xué)試驗(yàn)與噬菌體分型〔三〕氨基酸的順序和蛋白質(zhì)的分析〔四〕核酸的堿基組成和分子雜交獸醫(yī)微生物學(xué)14.〔一〕形態(tài)學(xué)和生理生化特征1．形態(tài)學(xué)特征〔1〕細(xì)菌形態(tài)：形狀、大小、排列〔2〕培養(yǎng)特征：菌落特征〔3〕特殊結(jié)構(gòu)：鞭毛、芽孢、莢膜、孢子〔4〕染色反響：革蘭、抗酸〔5〕內(nèi)含物：異染顆粒、伴孢晶體〔6〕運(yùn)動(dòng)性：獸醫(yī)微生物學(xué)15.〔二〕血清學(xué)試驗(yàn)與噬菌體分型1．血清學(xué)試驗(yàn)細(xì)菌細(xì)胞與病毒等都含有蛋白質(zhì)、脂白蛋、脂多糖等有抗原性的物質(zhì)，由于不同微生物抗原物質(zhì)結(jié)構(gòu)不同，賦予它們不同的抗原特征。一種細(xì)菌的抗原除了可與它自身的抗體起特異性免疫反響外，假設(shè)它與其它種類的細(xì)菌有共同的抗原組分，它們的抗原抗體之間就會(huì)發(fā)生交叉反響。獸醫(yī)微生物學(xué)16.2.噬菌體分型在原核生物中已普遍發(fā)現(xiàn)有相應(yīng)種類的噬菌體.噬菌體對(duì)宿主的感染和列解作用具有高度的特異性,即一種噬菌體往往只能感染或裂解某種細(xì)菌,甚至只裂解種內(nèi)的某些菌株.所以,根據(jù)噬菌體的宿主范圍可將細(xì)菌分為不同的噬菌型和利用噬菌體裂解這樣的特異性進(jìn)行細(xì)菌鑒定.這對(duì)于追溯傳染病來(lái)源、流行病調(diào)查以及病原菌的檢測(cè)鑒定有重要意義.獸醫(yī)微生物學(xué)17.〔三〕氨基酸的順序和蛋白質(zhì)的分析蛋白質(zhì)是基因的產(chǎn)物,蛋白質(zhì)的氨基酸順序直接反映mRNA順序而與編碼基因密切相關(guān)?？梢酝ㄟ^(guò)對(duì)某些同源蛋白質(zhì)氨基酸順序的比較來(lái)分析不同生物系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,序列相似性越高,其親緣關(guān)系愈近。可以根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸序列資料構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)和進(jìn)行分類。獸醫(yī)微生物學(xué)18.〔四〕核酸的堿基組成和分子雜交比較DNA和堿基組成和進(jìn)行核酸分子雜交,是目前通過(guò)直接比較基因組進(jìn)行生物分類最常用的兩種方法。1.DNA的堿基組成[(G+C)%]2.核酸的分子雜交DNA—DNA雜交、DNA—rDNA雜交、核酸探針3.16SrRNA寡核苷酸編目4.微生物全基因組序列測(cè)定獸醫(yī)微生物學(xué)19.四、細(xì)菌的分類方法

1、雙歧檢索條目法2、數(shù)值分類法獸醫(yī)微生物學(xué)20.?伯吉氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)??伯吉氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)?國(guó)際公認(rèn)的菌種保藏權(quán)威機(jī)構(gòu)是：“美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(ATCC)〞“德國(guó)微生物及細(xì)胞保藏中心(DSM)〞我國(guó)獸醫(yī)微生物菌〔毒〕種由中國(guó)獸藥監(jiān)察所鑒定保存。五、細(xì)菌分類體系獸醫(yī)微生物學(xué)21.１.病料的采集無(wú)菌采集新鮮病料。２.直接涂片染色鏡檢〔形態(tài)學(xué)檢查〕-單染色法或復(fù)染色法對(duì)于一些具有特征形態(tài)的病原體如炭疽桿菌、豬丹毒桿菌、巴氏桿菌等可迅速做出診斷。３.別離純培養(yǎng)及觀察培養(yǎng)特性純培養(yǎng)細(xì)菌，再經(jīng)染色鏡檢、生化試驗(yàn)、動(dòng)物試驗(yàn)、免疫學(xué)診斷等進(jìn)行鑒定。鑒定的前提是：只有別離后的純培養(yǎng)細(xì)菌才能進(jìn)行鑒定。六、細(xì)菌的鑒定獸醫(yī)微生物學(xué)22.4.生化試驗(yàn)：檢測(cè)細(xì)菌代謝產(chǎn)物5.動(dòng)物試驗(yàn)另外還可再采取病料涂片檢查和別離鑒定。6.血清學(xué)反響：用于細(xì)菌分型7.分子生物學(xué)技術(shù)核酸探針技術(shù)、ＰＣＲ技術(shù)等。8.自動(dòng)化技術(shù)采用商品化和標(biāo)準(zhǔn)化的配套鑒定和抗菌藥物敏感試驗(yàn)卡或條板，可快速準(zhǔn)確地對(duì)臨床數(shù)百種常見(jiàn)別離菌進(jìn)行自動(dòng)分析鑒定和藥敏試驗(yàn)。獸醫(yī)微生物學(xué)23.臨床樣品采集預(yù)處理增菌接種培養(yǎng)基，分離單個(gè)菌落各種鑒定試驗(yàn)涂片染色快速診斷試驗(yàn)生化試驗(yàn)血清學(xué)實(shí)驗(yàn)涂片染色藥敏試驗(yàn)動(dòng)物試驗(yàn)初步診斷報(bào)告最終診斷報(bào)告細(xì)菌鑒定的一般程序獸醫(yī)微生物學(xué)24.病料采集原那么(一)適時(shí)采集(二)典型采樣典型采樣要求樣品具有代表性。1.動(dòng)物活體采樣2.從動(dòng)物尸體采樣

動(dòng)物群體發(fā)病，至少采取5頭(只)動(dòng)物的病料。每一種樣品應(yīng)有足夠的數(shù)量,除確保本次實(shí)驗(yàn)用量外,以備必要的復(fù)檢用。(三)合理采樣(四)無(wú)菌采樣

樣品采集全過(guò)程應(yīng)無(wú)菌操作，尤其是供微生物學(xué)檢查和血清學(xué)實(shí)驗(yàn)的樣品。采樣部位、采樣用具、盛放樣品的容器均需滅菌處理。(五)平安采樣在采樣過(guò)程中，采樣人員要注意平安，防止感染；同時(shí)防止病原擴(kuò)散而造成環(huán)境污染。獸醫(yī)微生物學(xué)25.觀察細(xì)菌菌落的大小