臨床分離非發(fā)酵G-桿菌I類整合子及ISCR1的結(jié)構(gòu)研究的開題報(bào)告

臨床分離非發(fā)酵G-桿菌I類整合子及ISCR1的結(jié)構(gòu)研究的開題報(bào)告一、研究背景非發(fā)酵G-桿菌（non-fermentingGram-negativebacilli，簡(jiǎn)稱NF-GNB）屬于革蘭氏陰性菌，包括根據(jù)分類學(xué)劃分，喜興奮氧菌（例如：Acinetobacterbaumannii）、需氧菌（例如：Pseudomonasaeruginosa等）、厭氧菌（例如：Bacteroidesfragilis等）以及一些混雜菌種。這些細(xì)菌在醫(yī)院中廣泛分布，是醫(yī)院感染的重要致病菌之一。近年來，由于抗生素的廣泛應(yīng)用，NF-GNB的耐藥性越來越嚴(yán)重，導(dǎo)致臨床治療上的困難性不斷增加。NF-GNB耐藥性的形成與其細(xì)菌基因組中的一些外源性耐藥基因密切相關(guān)。其中，整合子及其它可移動(dòng)遺傳元件（MobileGeneticElements，簡(jiǎn)稱MGEs）在NF-GNB耐藥性的發(fā)展過程中起到了尤為重要的作用。整合子作為MGEs的代表，可將外源性基因整合進(jìn)入宿主細(xì)胞染色體，并在不同細(xì)菌間進(jìn)行水平轉(zhuǎn)移，進(jìn)而增加細(xì)菌的多樣性和適應(yīng)性。ISCR1作為一種可以在整合子和質(zhì)粒間自由傳遞的插入序列元件，也是NF-GNB耐藥性形成過程中的關(guān)鍵成分。然而，目前對(duì)于國(guó)內(nèi)分離的非發(fā)酵G-桿菌中這些MGEs的分布及結(jié)構(gòu)狀況，還缺乏深入的了解。因此，本研究旨在通過對(duì)臨床分離的非發(fā)酵G-桿菌中I類整合子及ISCR1的分離、鑒定和結(jié)構(gòu)研究，探討其在細(xì)菌耐藥性形成過程中的作用機(jī)制。同時(shí)，對(duì)于這些可移動(dòng)遺傳元件的分布情況、種類和結(jié)構(gòu)狀況進(jìn)行分析，為臨床防控和治療提供科學(xué)依據(jù)和參考。二、研究?jī)?nèi)容和方法1.研究?jī)?nèi)容：（1）采集臨床分離的非發(fā)酵G-桿菌菌株，分離宿主基因組中的I類整合子及ISCR1；（2）對(duì)分離的宿主基因組進(jìn)行PCR擴(kuò)增及測(cè)序，以鑒定其基因型和亞型；（3）利用文獻(xiàn)整理及生物信息學(xué)分析方法研究I類整合子及ISCR1的分布情況、種類和結(jié)構(gòu)狀況；（4）評(píng)估I類整合子及ISCR1在細(xì)菌耐藥性形成中的作用機(jī)制。2.方法：（1）臨床菌株的采集：根據(jù)臨床標(biāo)本采取標(biāo)準(zhǔn)方法分離和鑒定目標(biāo)菌株，保存于50%甘油液內(nèi)。（2）DNA提取和PCR擴(kuò)增：采用快速DNA提取試劑盒對(duì)菌株進(jìn)行DNA提取，PCR擴(kuò)增宿主基因組中的I類整合子及ISCR1。（3）測(cè)序及基因型鑒定：采用Sanger測(cè)序技術(shù)對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，并利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行基因型和亞型鑒定。（4）數(shù)據(jù)分析：通過文獻(xiàn)整理及生物信息學(xué)分析方法，評(píng)估I類整合子及ISCR1分布情況、種類和結(jié)構(gòu)狀況。三、預(yù)期成果和意義1.預(yù)期成果：（1）從臨床分離的非發(fā)酵G-桿菌中分離出I類整合子及ISCR1，對(duì)其進(jìn)行基因型和亞型鑒定；（2）通過PCR擴(kuò)增和測(cè)序得到宿主基因組中I類整合子及ISCR1的結(jié)構(gòu)序列，探討不同結(jié)構(gòu)序列對(duì)于菌株耐藥性的影響；（3）通過生物信息學(xué)方法分析I類整合子及ISCR1在NF-GNB中的分布情況、種類和結(jié)構(gòu)狀況；（4）評(píng)估I類整合子及ISCR1在細(xì)菌耐藥性形成中的作用機(jī)制。2.預(yù)期意義：（1）深入理解NF-GNB耐藥性形成的機(jī)制，探索有效控制細(xì)菌耐藥性的路徑；（2）為NF-GNB耐藥性形成機(jī)制的研究提供科學(xué)依據(jù)和參考。四、研究計(jì)劃和進(jìn)度安排1.研究計(jì)劃：（1）搜集并分離醫(yī)院臨床分離的非發(fā)酵G-桿菌，分離出I類整合子及ISCR1（1-3月）；（2）根據(jù)分離的宿主基因組進(jìn)行PCR擴(kuò)增及測(cè)序，鑒定其基因型和亞型（4-6月）；（3）文獻(xiàn)整理及生物信息學(xué)分析，評(píng)估I類整合子及ISCR1的分布情況、種類和結(jié)構(gòu)狀況（7-9月）；（4）分析I類整合子及ISCR1在細(xì)菌耐藥性形成中的作用機(jī)制，撰寫研究報(bào)告（10-12月）。2.研究進(jìn)度安排：第1-6月：搜集并分離菌株，進(jìn)行DNA提取和PCR擴(kuò)增；第7-9月：對(duì)采集的數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析；第10-12月：整合研究結(jié)果，完成研究報(bào)告。五、研究團(tuán)隊(duì)和經(jīng)費(fèi)預(yù)算1.研究團(tuán)隊(duì)：