一簇海洋放線菌的MLSA分析及其DNA降解現(xiàn)象的研究的中期報(bào)告

一簇海洋放線菌的MLSA分析及其DNA降解現(xiàn)象的研究的中期報(bào)告一簇海洋放線菌的MLSA分析及其DNA降解現(xiàn)象的研究的中期報(bào)告【摘要】：本研究采集了一簇海洋放線菌樣品，進(jìn)行了多基因序列分析（MLSA），并探究了其DNA降解現(xiàn)象。經(jīng)過16SrRNA、atpD、gyrB、rpoB和trpB等基因序列比對和構(gòu)建進(jìn)化樹，發(fā)現(xiàn)該放線菌屬于Streptomyces屬，與某些海洋來源的Streptomyces菌株形成姐妹群。同時(shí)，利用瓊脂糖酶電泳、融解試驗(yàn)等方法研究該放線菌的DNA降解現(xiàn)象，結(jié)果表明其具有顯著的DNA降解活性。本研究不僅豐富了海洋放線菌的多樣性，還對海洋微生物資源的開發(fā)利用提供了一定的參考?！娟P(guān)鍵詞】：海洋放線菌；多基因序列分析；DNA降解；瓊脂糖酶電泳一、研究背景與目的海洋微生物是一類具有重要生態(tài)和生物學(xué)意義的微生物資源，其中放線菌是一類廣泛存在于海洋環(huán)境中的重要微生物。然而，海洋放線菌的種類和多樣性仍然存在很大的未知性。因此，本研究旨在通過采集一簇海洋放線菌，進(jìn)行多基因序列分析（MLSA），探究其系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系，并進(jìn)一步研究其DNA降解現(xiàn)象，為海洋微生物資源的開發(fā)利用提供一定的參考。二、材料與方法（一）樣品采集與分離從海洋水樣品中分離出放線菌菌株，并進(jìn)行鑒定和純化。（二）文化條件將放線菌菌株分別在土壤培養(yǎng)基、Gause培養(yǎng)基等不同培養(yǎng)基中進(jìn)行培養(yǎng)。（三）DNA提取與測序使用基因組DNA提取試劑盒提取菌株基因組DNA，并進(jìn)行PCR擴(kuò)增reB、atpD、gyrB等基因，測定擴(kuò)增產(chǎn)物的大小及純度，并送測序公司測序。（四）數(shù)據(jù)分析利用BioEdit軟件處理測序數(shù)據(jù)，進(jìn)行多基因序列分析（MLSA），并進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系研究。（五）瓊脂糖酶電泳與DNA降解實(shí)驗(yàn)運(yùn)用瓊脂糖酶電泳和融解試驗(yàn)等方法研究菌株對DNA的降解情況。三、結(jié)果與分析（一）系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系通過對16SrRNA、atpD、gyrB、rpoB和trpB等基因進(jìn)行MLSA分析，得到了該放線菌的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系，結(jié)果顯示該放線菌屬于Streptomyces屬，與某些海洋來源的Streptomyces菌株形成姐妹群。（二）DNA降解實(shí)驗(yàn)采用瓊脂糖酶電泳和融解試驗(yàn)等方法研究該放線菌對DNA的降解情況，結(jié)果表明其具有顯著的DNA降解活性。進(jìn)一步通過瓊脂糖酶電泳實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)該菌株主要對小分子DNA具有較強(qiáng)的降解能力。四、結(jié)論與展望本研究對一簇海洋放線菌進(jìn)行了多基因序列分析（MLSA），探究了其系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系，并進(jìn)一步研究了其DNA降解現(xiàn)象。結(jié)果表明該放線菌屬于Streptomyces屬，與某些海洋來源的Streptomyces菌株形成姐妹群；同時(shí)，該放線菌具有顯著