畜禽基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程征求意見(jiàn)稿

GB/TXXXXX–2012GB/TXXXXX–2012IIGB/TXXXXX—2018中華人民共和國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)GB/TXXXXX—2018中華人民共和國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)ICS07ICS07.080B20/39畜禽基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程畜禽基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程Codeofpracticeofgnomicselectivebreedingspecificationforlivestockandpoultry（征求意見(jiàn)稿）2019.03.02發(fā)布中國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會(huì)201X-XX-XX發(fā)布發(fā)布中國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會(huì)201X-XX-XX發(fā)布201X-XX-XX實(shí)施GB/T××××—201×PAGEIGB/T××××—201×PAGE2畜禽基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程1范圍本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了豬、牛、羊（包括山羊和綿羊）以及雞共四種動(dòng)物的基因組選擇育種技術(shù)的基本要求和實(shí)施操作的管理準(zhǔn)則。本標(biāo)準(zhǔn)適用于畜禽基因組選擇育種，也可供其他動(dòng)植物育種參考使用。2規(guī)范性引用文件下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB23238種豬常溫精液GB/T6501羊毛纖維長(zhǎng)度試驗(yàn)方法梳片法GB/T11603羊毛纖維平均直徑測(cè)定法氣流法GB/T22283長(zhǎng)白豬種豬GB/T22284大約克夏豬種豬GB/T22285杜洛克豬種豬GB/T31016移動(dòng)實(shí)驗(yàn)室樣品采集與處理通用技術(shù)規(guī)范GB/T32134羊毛顏色測(cè)定方法GB/T32759瘦肉型豬活體質(zhì)量評(píng)定GB/T35568中國(guó)荷斯坦牛體型鑒定技術(shù)規(guī)程GB/T35569中國(guó)荷斯坦牛公牛后裔測(cè)定技術(shù)規(guī)程N(yùn)Y/T821豬肌肉品質(zhì)測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T822種豬生產(chǎn)性能測(cè)定規(guī)程N(yùn)Y/T825瘦肉型豬胴體性狀測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T828肉雞生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T1236綿、山羊生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T1450中國(guó)荷斯坦牛生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T1673畜禽微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性檢測(cè)技術(shù)規(guī)程N(yùn)Y/T1872種羊遺傳評(píng)估技術(shù)規(guī)范NY/T2123蛋雞生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T2660肉牛生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T2894豬活體背膘厚和眼肌面積的測(cè)定3術(shù)語(yǔ)和定義下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。3.1基因組選擇genomicselection利用覆蓋于全基因組的遺傳標(biāo)記估計(jì)或預(yù)測(cè)畜禽個(gè)體育種值實(shí)現(xiàn)個(gè)體遺傳評(píng)估和選擇基因的方法。3.2參考群referencepopulation同時(shí)具有基因組信息與表型測(cè)定信息的個(gè)體所組成的群體。3.3待測(cè)群populationtobemeasured畜禽個(gè)體性狀表型未知，等待進(jìn)行表型和基因型測(cè)定的群體。3.4候選群candidatepopulation只有基因型，需利用參考群建立的模型才能預(yù)測(cè)其個(gè)體育種值的個(gè)體，即初步確定為留種對(duì)象的個(gè)體所組成的群體。3.5遺傳背景geneticbackground研究某一個(gè)或幾個(gè)育種目標(biāo)性狀時(shí)，與其相關(guān)的基因組區(qū)域之外的基因組信息。4基因組選擇育種4.1參考群建立4.1.1群體規(guī)模根據(jù)畜禽品種和目標(biāo)性狀選擇適度的育種群。4.1.2群體結(jié)構(gòu)宜選擇遺傳背景相近（如同一品種），具有群體代表性的個(gè)體構(gòu)建參考群。4.2表型測(cè)定瘦肉型豬活體質(zhì)量測(cè)定按照GB/T32759的要求執(zhí)行。豬活體背膘厚和眼肌面積按照NY/T2894的規(guī)定進(jìn)行測(cè)定。豬肌肉品質(zhì)測(cè)定的指標(biāo)、方法和條件按照NY/T821的規(guī)定執(zhí)行。瘦肉型豬胴體性狀測(cè)定的方法按照NY/T825的規(guī)定執(zhí)行。種豬生產(chǎn)性能中心測(cè)定的基本條件，受測(cè)豬的選擇，測(cè)定項(xiàng)目、方法及結(jié)果的評(píng)定方法按照NY/T822的要求執(zhí)行。種豬性能要求按照GB/T22283、GB/T22284、GB/T22285、GB23238的要求執(zhí)行。奶牛性能測(cè)定按照GB/T35568、GB/T35569、NY/T1450。肉牛的性能按照NY/T2660的要求執(zhí)行。綿羊、山羊表型測(cè)定按照NY/T1236的要求執(zhí)行，系譜記錄參見(jiàn)NY/T1872。羊毛纖維長(zhǎng)度、直徑、顏色測(cè)定羊毛分別按照GB/T6501、GB/T11603和GB/T32134的要求執(zhí)行。蛋雞生產(chǎn)性能測(cè)定按照NY/T2123的要求執(zhí)行，肉雞的生產(chǎn)性能測(cè)試按照NY/T828的要求執(zhí)行。4.3基因型測(cè)定4.3.1采樣對(duì)于需進(jìn)行基因分型檢測(cè)的個(gè)體采集生物樣本。生物樣本包括血液、尾巴和耳朵等可提取DNA的組織。樣品采集需要避免個(gè)體間DNA交叉污染，每個(gè)個(gè)體的采樣工具需要更換或清洗，參見(jiàn)GB/T31016規(guī)定。4.3.2DNA提取所提取的DNA應(yīng)符合基因芯片或測(cè)序?qū)悠焚|(zhì)量和數(shù)量的要求。DNA提取方法參見(jiàn)NY/T1673。4.3.3基因型測(cè)定方法可采用基因芯片或測(cè)序方式對(duì)所采集的生物樣品進(jìn)行基因分型。4.4預(yù)測(cè)方程構(gòu)建4.4.1根據(jù)育種群體所采集的信息，選取可最大化利用群體信息且能得到育種值的準(zhǔn)確性最高的基因組選擇育種值預(yù)測(cè)方程。4.4.2基因組選擇的育種值預(yù)測(cè)方程包括GBLUP類方法、貝葉斯方法、機(jī)器學(xué)習(xí)方法等。豬、牛等具有完整系譜記錄的畜禽進(jìn)行基因組選擇育種時(shí)宜采用可同時(shí)利用系譜信息、基因分型信息和表型信息的一步法模型構(gòu)建預(yù)測(cè)方程。4.5候選個(gè)體遺傳評(píng)估及選留4.5.1候選個(gè)體確定根據(jù)育種目標(biāo)，選留符合要求的個(gè)體，候選個(gè)體應(yīng)盡量和參考群體有親緣關(guān)系。4.5.2基因型測(cè)定按照4.1.3的要求執(zhí)行。4.5.3個(gè)體基因組遺傳評(píng)估使用4.1.4中建立的預(yù)測(cè)方程對(duì)個(gè)體進(jìn)行遺傳評(píng)估。4.5.4種用個(gè)體選留根據(jù)生理健康狀況、綜合選擇指數(shù)排序、近郊系數(shù)大小、體型等因素綜合考慮，確定種用個(gè)體的選留。種豬性能要求按照GB/T22283、GB/T22284、GB/T22285要求執(zhí)行。前言本標(biāo)準(zhǔn)按照GB/T1.1—2009給出的規(guī)則起草。請(qǐng)注意本文本的某些內(nèi)容可能涉及專利，本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別這些專利的責(zé)任。本標(biāo)準(zhǔn)由中國(guó)標(biāo)準(zhǔn)化研究院提出并歸口。本標(biāo)準(zhǔn)起草單位：本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人：前言本標(biāo)準(zhǔn)按照GB/T1.1—2009給出的規(guī)則起草。請(qǐng)注意本文本的某些內(nèi)容可能涉及專利，本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別這些專利的責(zé)任。本標(biāo)準(zhǔn)由中國(guó)標(biāo)準(zhǔn)化研究院提出并歸口。本標(biāo)準(zhǔn)起草