細(xì)菌的分類與命名-微生物命名規(guī)則及細(xì)節(jié)描寫(xiě)在小說(shuō)中的作用

細(xì)菌的分類與命名細(xì)菌分類學(xué)細(xì)菌分類學(xué)（taxonomy）是指對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類、命名與鑒定的一門學(xué)科。它的任務(wù)是在全面了解細(xì)菌的生物學(xué)特征的基礎(chǔ)上，研究它們的種類，探索其起源、演化以及與其他類群之間的親緣關(guān)系，進(jìn)而提出能反映自然發(fā)展的分類系統(tǒng)，并將細(xì)菌加以分門別類。它包括三個(gè)方面：分類（classification）、命名（nomenclature）和鑒定（identification）。一、基本概念1.細(xì)菌分類是根據(jù)每種細(xì)菌各自的特征，并按照它們的親緣關(guān)系分門別類，以不同等級(jí)編排成系統(tǒng)。分類有兩種：①以細(xì)菌的形態(tài)和生理生化特性為依據(jù)的表型特征分類法，包括有傳統(tǒng)分類法（classicalclassification）和數(shù)值分類法(numericalclassification)；②用化學(xué)分析和核酸分析，以細(xì)菌大分子物質(zhì)（核酸、蛋白質(zhì)）結(jié)構(gòu)的同源程度進(jìn)行分類稱種系分類（phylogeneticclassification）或自然分類（naturalclassfication）。2.細(xì)菌命名在分類基礎(chǔ)上，給予每種細(xì)菌一個(gè)科學(xué)名稱，使之在生產(chǎn)實(shí)踐、臨床實(shí)踐和科學(xué)研究工作中相互交流成為可能。按照細(xì)菌命名的法規(guī)，能保證所有的科研工作者以同樣方式給予細(xì)菌命名。3.細(xì)菌鑒定將未知細(xì)菌按分類原則放入系統(tǒng)中某一適當(dāng)位置和已知細(xì)菌比較其相似性，用對(duì)比分析方法確定細(xì)菌的分類地位。若與已知細(xì)菌相同即采用已知菌的名稱，不同者則按命名原則確定一個(gè)新名稱。二、分類等級(jí)細(xì)菌的分類等級(jí)和其他生物相同，依次為界（kingdom）、門（division）、綱（class）、目（order）、科（family）、屬（genus）、種（species）。細(xì)菌屬于原核生物界（procaryotae），包括有細(xì)菌、放線菌、支原體、衣原體、立克次體和螺旋體。分類等級(jí)拉丁字尾比較固定，表示方法如下：目-ales、亞目-ineae、科-aceae、亞科-oideaae、族-eae、亞族-inae。種是細(xì)菌分類的基本單位，將生物學(xué)性狀基本相同的細(xì)菌群體歸成一個(gè)菌種；性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成一個(gè)菌屬；相近的屬歸為一科；依次類推。在兩個(gè)等級(jí)之間，可添加次要的分類單位，如亞門、亞綱、亞屬和亞種等。群和組不是正式分類等級(jí)，是泛指具有某種共同特性的某個(gè)集體，任何等級(jí)都可借用。同一菌種的各個(gè)細(xì)菌，在某些方面仍有一定的差異，可再分成亞種（subspecies），亞種以下的分類等級(jí)為型（type），以區(qū)別某些特殊的特征。例如抗原結(jié)構(gòu)不同而分的血清型（serotype）；對(duì)噬菌體敏感性不同的噬菌體型（phagetype）；對(duì)細(xì)菌素敏感性不同的細(xì)菌素型（bacteriocin-type），生化反應(yīng)和某些生物學(xué)性狀不同的生物型（biotype）。由不同來(lái)源分離的同一種、同一亞種或同一型的細(xì)菌，稱為株（strain）。株的建立是從一次單獨(dú)分離物的單個(gè)原始菌落傳代的純培養(yǎng)物，例如從10個(gè)肺結(jié)核患者的痰液中分離出的10株結(jié)核分枝桿菌。具有某種細(xì)菌典型特征的菌株稱為模式菌（typicalstrain）或標(biāo)準(zhǔn)菌株（standardstrain），它是該種菌株的參比菌株。在細(xì)菌的分類、鑒定和命名時(shí)以模式菌為依據(jù)，也可作為質(zhì)量控制的標(biāo)準(zhǔn)。三、細(xì)菌命名法《國(guó)際細(xì)菌命名法典》（theinternationalcodeofnomenclutureofbacteria）1990年修訂本（1992年ASM出版）是目前公認(rèn)的命名法典，是在1975年出版的基礎(chǔ)上，經(jīng)歷了10余年，3屆國(guó)際微生物學(xué)會(huì)議的努力而通過(guò)的一部法典，它確認(rèn)了1980年1月1日后，由國(guó)際系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)雜志（IJSB）合法發(fā)表的細(xì)菌命名。細(xì)菌的科學(xué)名稱（學(xué)名）的生物雙名式（binomen），具備拉丁化文字的形式和明確分類等級(jí)的兩個(gè)特點(diǎn)，即有一個(gè)屬名和一個(gè)種名構(gòu)成。屬名在前，是名詞，首字母大寫(xiě)；種名在后，是形容詞，不論是否為人名或地名均須小寫(xiě)；兩者均用斜體表示。細(xì)菌學(xué)名的中文譯名則種名在前，屬名在后。例如Mycobecteriumtuberculosis（結(jié)核分枝桿菌）、Salmonellatyphi（沙寒沙門菌）。屬名也可用第一個(gè)字母代表，如Mtuberculosis、Styphi等。有時(shí)某些常見(jiàn)的細(xì)菌也可用習(xí)慣通用俗名如tuberoulosis（結(jié)核桿菌）、typhoidbacilus（傷寒桿菌）等。有時(shí)泛指某一屬細(xì)菌而不特指其中的某個(gè)細(xì)菌則可在屬名之后加上sp，如Mycobacteriumsp，Salmonellasp，即表示分枝桿菌屬和沙門菌屬細(xì)菌（sp代表菌種species，復(fù)數(shù)用spp）；如果使用1個(gè)亞種的名稱，則在種名后再加亞種名如Klesbsiellapenumoniaesubspeciespneumoniae。命名法典規(guī)定，新的細(xì)菌名稱必須在IJSB發(fā)表后，經(jīng)過(guò)世界公認(rèn)的國(guó)際細(xì)菌命名裁定委員會(huì)公布，菌名批準(zhǔn)目錄刊登后正式應(yīng)用。凡有關(guān)細(xì)菌研究的學(xué)術(shù)論文必須使用上述正式命名的細(xì)菌學(xué)名。細(xì)菌分類方法細(xì)菌的分類是在對(duì)細(xì)菌的大量分類標(biāo)記進(jìn)行鑒定和綜合分析的基礎(chǔ)上進(jìn)行的。用作細(xì)菌的分類標(biāo)記有形態(tài)學(xué)、生理生化學(xué)、免疫化學(xué)和遺傳學(xué)等方面的性狀。近年來(lái)，應(yīng)用各種現(xiàn)代化技術(shù)和設(shè)備研究細(xì)胞的化學(xué)結(jié)構(gòu)和化學(xué)組成，分析它們的來(lái)源關(guān)系，為發(fā)展細(xì)菌分類學(xué)開(kāi)拓了前景。一、按表型特征分類法細(xì)菌的形態(tài)、染色以及細(xì)菌的特殊結(jié)構(gòu)是最早和最基本的分類依據(jù)，眾多的理化特征如細(xì)菌生長(zhǎng)條件、營(yíng)養(yǎng)要求、需氧或厭氧、抵抗力、菌體成分、能否利用某些糖類和有機(jī)酸、蛋白質(zhì)、氨基酸、代謝途徑、代謝產(chǎn)生、呼吸酸、毒性酶、毒素、致病力等也一直作為分類依據(jù)。目前，以生理生化學(xué)作為細(xì)菌分類方法有兩種，即傳統(tǒng)分類法和數(shù)值分類法。（一）傳統(tǒng)分類法19世紀(jì)以來(lái)，以細(xì)菌的形態(tài)、生理特征為依據(jù)的分類奠定了傳統(tǒng)的分類基礎(chǔ)，它選擇一些較為穩(wěn)定的生物學(xué)性狀，如細(xì)菌的形態(tài)結(jié)構(gòu)、染色性、培養(yǎng)特性、生化反應(yīng)、抗原性作為分類依據(jù)，然后按主次順序逐級(jí)區(qū)分。這種方法使用方便，分類亦較為明確，但往往帶有一定程度的盲目性。（二）數(shù)值分類法20世紀(jì)60年代，隨計(jì)算機(jī)的應(yīng)用而發(fā)展的細(xì)菌分類方法。它對(duì)細(xì)菌的各種生物學(xué)性狀按“等重要原則”進(jìn)行分類，一般需選用50項(xiàng)以上的生理、生化指標(biāo)逐一進(jìn)行比較，通過(guò)計(jì)算機(jī)分析各菌間相似度，劃分細(xì)菌的屬和種，并確定它們的親緣關(guān)系。二、遺傳學(xué)分類法遺傳學(xué)分類是以細(xì)菌的核酸、蛋白質(zhì)等在組成的同源程度分類。該分類法具有下述的優(yōu)點(diǎn)：（1）對(duì)細(xì)菌的“種”有一個(gè)較為一致的概念；（2）使分類不會(huì)出現(xiàn)經(jīng)常性或根本性的變化；（3）可制定可靠的細(xì)菌鑒定方案；（4）有利于了解細(xì)菌的進(jìn)化和原始親緣關(guān)系。目前較穩(wěn)定的基因型細(xì)菌分類法有如下幾種。（一）DNAG+Cmol/%測(cè)定DNA分子兩條鏈上4種堿基的總分子量為100，測(cè)定其中G+G或A+T摩爾百分比，能反映出細(xì)菌間DNA分子同源程度，習(xí)慣上以G+C作為細(xì)菌分類標(biāo)記。不同菌屬間的G+Cmol%范圍很大，在25%~75%之間，但同一種細(xì)菌G+Cmol%相當(dāng)穩(wěn)定，不受菌齡、培養(yǎng)條件和其他外界因素影響，親緣關(guān)系越近的細(xì)菌，它們G+Cmol/%越相近。目前測(cè)定的技術(shù)多用加熱變性法。加熱變性的DNA由于雙鏈DNA分開(kāi)，使A260紫外吸收度增加。紫外吸收度的增加與解鏈程度成正比。用Tm表示DNA分子中50%解鏈時(shí)的溫度，Tm隨G+Cmol%的含量線性增加。在通常條件下，G+Cmol%為40的DNA其Tm約為87℃，每增加1%G+Cmol含量，Tm約增加0.4℃，因而通過(guò)Tm可測(cè)出G+Cmol%含量。（二）核酸同源值測(cè)定同一種細(xì)菌的G+Cmol%固然應(yīng)該相同，但G+Cmol%相同的卻并不一定是同一細(xì)菌。因?yàn)镚+Cmol%不能反映其堿基的序列。精確的辦法是利用DNA分子雜交技術(shù)測(cè)定DNA分子的相似度。其基本步驟均是先提取菌株的DNA，加熱變性解鏈，然后將兩種變性的DNA（其中一種為標(biāo)記DNA或rRNA）混合液在一定的溫度下保溫復(fù)性，重新得到雜交的雙螺旋DNA分子，鑒定其雙螺旋結(jié)合率。結(jié)合率的大小反映了DNA堿基序列的相似程度和菌種之間的親緣關(guān)系的親疏。DNA/DNA雜交時(shí)，同一菌的結(jié)合率為100%，80%~90%的同源為同一種內(nèi)、同一亞種的細(xì)菌，60%~70%的同源性為同一種內(nèi)不同亞種的細(xì)菌，20%~60%則認(rèn)為是同一屬中的不同菌種。（三）核蛋白體RNA堿基序列測(cè)定細(xì)菌核蛋白體RNA序列比較保守，其變化十分緩慢。分離提取細(xì)菌16SrRNA，用T1核酸酶消化，分析寡核苷酸的堿基序列可測(cè)出rRNA的相關(guān)性。繪制各類群關(guān)系和樹(shù)狀譜，從而確定種系的發(fā)生關(guān)系。另一種研究核蛋白體RNA堿基序列的方法是rRNA-DNA雜交，其基本原理和DNA-DNA雜交方法相同，只是最后的結(jié)果表示方法不同，常用于兩個(gè)有差距的微生物間測(cè)定，例如用rRNA-DNA雜交將假單胞菌屬至少可分成5群rRNA同源群。細(xì)菌分類系統(tǒng)國(guó)際上普遍采用伯杰（Bergey）分類系統(tǒng)，自1923年《伯杰鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》（Bergey’smannualofdeterminativebacteriology）第一版問(wèn)世以來(lái)，每隔四五年修訂一次，至1974年已出版至第八版。1984年將其易版為《伯杰系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》（Bergey’smanualofsystemicbacteriology），共分4卷。在此新版中，對(duì)細(xì)菌的高級(jí)分類作了重新安排，以細(xì)菌細(xì)胞壁的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，將原核生物界分為4個(gè)菌門：薄壁菌門（Gracilicutes）、厚壁菌門（Firmicutes）、軟壁菌門（Tenericutes）和疵壁菌門（Mendosicutes）。伯杰系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)第1卷（1984年）登載醫(yī)學(xué)、工業(yè)和普通微生物中重要革蘭陰性細(xì)菌；第2卷（1986年）為放線菌外的革蘭陽(yáng)性菌，第3卷為古細(xì)菌、藍(lán)藻菌和其他革蘭陰性菌；第4卷為放線菌。1994年出版《伯杰鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》第9版，該版摘錄《伯杰系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》第1卷~4卷所有菌屬的表型描述，把所有細(xì)菌根據(jù)類型排列成1~35群，除群11藍(lán)藻菌保留“目”分類單位，其余細(xì)菌不設(shè)目，除了群5保留腸桿菌科、弧菌科和巴斯德菌科科名和群11藍(lán)藻菌科外，其他均無(wú)科名，但以細(xì)菌表型為基礎(chǔ)的4個(gè)主要類型和《伯杰系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》提出的4個(gè)菌門正好相對(duì)應(yīng)。臨床上也有采用CDC系統(tǒng)分類，該系統(tǒng)由美國(guó)疾病控制和預(yù)防中心（centerfordiseasecontrolandprevention，CDC）使用核酸雜交和核酸序列分析結(jié)果編排，如腸桿菌科的CDC分類法。細(xì)節(jié)描寫(xiě)在小說(shuō)中的作用細(xì)節(jié)描寫(xiě)是指作品中對(duì)一些富有藝術(shù)表現(xiàn)力的細(xì)小事物、人物的某些細(xì)微的舉止行動(dòng)，以及景物片斷等的具體細(xì)膩的描寫(xiě)。它對(duì)塑造人物形象、推進(jìn)情節(jié)發(fā)展、表現(xiàn)生活環(huán)境有重要的作用。下面我們結(jié)合小說(shuō)《祝?！罚瑢?duì)細(xì)節(jié)描寫(xiě)在小說(shuō)中的作用進(jìn)行具體講解。一、細(xì)節(jié)描寫(xiě)可以塑造人物形象。1、從語(yǔ)言的細(xì)節(jié)描寫(xiě)中感知人物的性格特點(diǎn)。當(dāng)?shù)弥榱稚┑乃烙嵑?，四叔且走且高聲地說(shuō)“不早不遲……可見(jiàn)是一個(gè)謬種（壞東西）”。四叔對(duì)祥林嫂的死，不僅沒(méi)有一絲同情，反而還狠狠地罵她。從這個(gè)語(yǔ)言的細(xì)節(jié)描寫(xiě)中，深刻地暴露出封建紳士維護(hù)舊禮教的反動(dòng)立場(chǎng)和丑惡靈魂.體現(xiàn)出四叔性格中冷酷和麻木的一面。2、從動(dòng)作的細(xì)節(jié)描寫(xiě)中感知人物的悲慘命運(yùn)。當(dāng)祥林嫂捐了門檻，坦然的去拿酒杯和筷子的時(shí)候，沒(méi)想到四嬸慌忙大聲說(shuō)“你放著罷，祥林嫂”。祥林嫂的反應(yīng)竟是：像是受了炮烙似的縮手，臉色同時(shí)變作灰黑，也不再去取燭臺(tái)，只是失神的站著。從“受了炮烙似的縮手”這一動(dòng)作的細(xì)節(jié)描寫(xiě)中，可見(jiàn)祥林嫂受到的打擊之重，祥林嫂本以為捐了門檻，贖了罪過(guò)，就可以坦然地活下去，就可以改變周圍人對(duì)她的態(tài)度?？伤膵鸬囊痪湓拸氐讱缌讼榱稚┑南Ｍ?，宣告了祥林嫂的死刑：她仍然是罪孽深重的人!她的虔誠(chéng)，她的心血，白費(fèi)了，她的希望最終破滅。她的悲劇命運(yùn)無(wú)法逆轉(zhuǎn)。3、從神態(tài)的細(xì)節(jié)描寫(xiě)中感知人物的精神狀態(tài)?！蹲８！分袑?xiě)淪為乞丐而不忘魂靈有無(wú)的祥林嫂的神態(tài)細(xì)節(jié)：“臉上瘦削不堪，黃中帶黑，而且消盡了先前悲哀的神色，仿佛木刻似的；只有那眼珠間或一輪，還可以表示她是一個(gè)活物”?！叭住钡念^發(fā)寫(xiě)出未老先衰；“木刻”的神色寫(xiě)出她精神上的麻木；“間或一輪”寫(xiě)出她思緒的凝聚，凝聚在思索靈魂的有無(wú)上。十來(lái)個(gè)字的細(xì)節(jié)描寫(xiě)就把祥林嫂那種呆滯、麻木的“活死人”的神情刻畫(huà)得淋漓盡致的了。二、細(xì)節(jié)描寫(xiě)可以推動(dòng)情節(jié)發(fā)展。當(dāng)祥林嫂再次回到魯鎮(zhèn)做女工時(shí)，柳媽詭秘地對(duì)她說(shuō)：“你想，你將來(lái)到陰司去，那兩個(gè)死鬼的男人還要爭(zhēng)，你給了誰(shuí)好呢？閻羅王只好把你鋸開(kāi)，分給他們……”祥林嫂聽(tīng)到這未曾知道的事之后，內(nèi)心非常的恐懼，以致第二天早上起來(lái)，兩眼圍著大黑圈。于是打算捐門檻，可捐完門檻之后，人們對(duì)她的態(tài)度沒(méi)有任何的改變，活著遭人唾棄，死了還有分尸的恐懼，在這樣巨大的精神壓力下，她的精神崩潰了。正是柳媽的那段話，推動(dòng)著情節(jié)像高潮發(fā)展。三、細(xì)節(jié)描寫(xiě)可以表現(xiàn)生活環(huán)境。在《祝福》一文的前兩段中，從“四叔大罵新黨但罵的不是我”這一細(xì)節(jié)描寫(xiě)中，可以了解到魯鎮(zhèn)是一個(gè)很封閉，很落后的地方，因?yàn)樾梁ジ锩家呀Y(jié)束，而四叔眼中的新黨還是維新變法時(shí)的康有為。從“女人們準(zhǔn)備福禮，女人的胳膊都在水里浸得通紅，而祭祀的只限于男人”這一細(xì)節(jié)描寫(xiě)中，可以了解到這里是一個(gè)“男尊女卑”的社會(huì)，等級(jí)意識(shí)非常強(qiáng)。通過(guò)對(duì)文本中細(xì)節(jié)描寫(xiě)的分析，我們可以概括出了魯鎮(zhèn)的社會(huì)背景——這是一個(gè)封閉的、落后的、封建的、等級(jí)意識(shí)很強(qiáng)的小鎮(zhèn)?？傊?，細(xì)節(jié)描寫(xiě)對(duì)塑造人物形象、推進(jìn)情節(jié)發(fā)展、表現(xiàn)生活環(huán)境有重要的作用，好的細(xì)節(jié)描寫(xiě)可以增強(qiáng)作品的真實(shí)性，深化文章的主題。希望我們能在學(xué)習(xí)時(shí)體會(huì)到細(xì)節(jié)描寫(xiě)在小說(shuō)中的作用。四、細(xì)節(jié)描寫(xiě)有助于增強(qiáng)小說(shuō)的藝術(shù)感染力。如在《祝?！愤@篇小說(shuō)中，作者魯迅先生對(duì)魯四老爺書(shū)房