《泛腫瘤異質(zhì)性血管細(xì)胞整合及鑒定指南》 編制說明

1《泛腫瘤異質(zhì)性血管細(xì)胞整合及鑒定指南草案編制說明內(nèi)皮細(xì)胞（endothelialcells，ECs）在血管和淋巴管的內(nèi)表面形成一層單層內(nèi)皮。不僅在血管和組織之間的氣體和代謝物交換中起著重要作用，ECs還在健康和病理?xiàng)l件下調(diào)節(jié)血流動(dòng)態(tài)、凝血、血管生成和炎癥。根據(jù)其在血管系統(tǒng)中的解剖位置，靜止組織中的ECs可分為動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞（arterialPCs）和平滑肌細(xì)胞（smoothmusclecells，SMCs）也是血管系統(tǒng)中不可或缺的組成部分。無論癌癥發(fā)生在哪個(gè)器官，腫瘤內(nèi)皮細(xì)胞都是腫瘤微環(huán)境的關(guān)鍵組成部分，促進(jìn)腫瘤進(jìn)展和轉(zhuǎn)移。由于血管生成是癌癥的標(biāo)志之一，抗血管生成療法（anti-angiogenictherapies，AATs）被廣泛應(yīng)用于多種癌癥。通過抑制血管生成和ECs的存活，AATs在臨床前動(dòng)物模型中顯著降低了腫瘤血管密度。AATs在癌癥患者中顯示出臨床和生存益處，這歸因于復(fù)雜的生理和病理機(jī)制，包括逆轉(zhuǎn)非腫瘤器官中由血管內(nèi)皮生長因子（VEGF）引起的全身綜合征。然而，AATs的應(yīng)用受到療效不足和抗藥性的限制，這在不同腫瘤和患者之間存在差異，表明ECs表型在腫瘤間和腫瘤內(nèi)存在變異。長期以來，人們認(rèn)識(shí)到ECs是異質(zhì)的，并具有特化的表型，在不同的血管床和器官中執(zhí)行獨(dú)特的功能，這可能是AATs局限性的原因之一。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在識(shí)別內(nèi)皮細(xì)胞異質(zhì)性和鑒定特化表型方面具有重要作用。這項(xiàng)技術(shù)能夠以單細(xì)胞分辨率揭示內(nèi)皮細(xì)胞的多樣性和功能特性，幫助我們更好地理解內(nèi)皮細(xì)胞在腫瘤微環(huán)境中的作用，并識(shí)別出具有特定功能的內(nèi)皮細(xì)胞亞群。通過整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，我們可以更精準(zhǔn)地設(shè)計(jì)抗血管生成療法，提高其在不同腫瘤類型和患者中的療效。因此，我們制定了《泛腫瘤異質(zhì)性血管細(xì)胞整合及鑒定指南》，為臨床和科研工作者提供標(biāo)準(zhǔn)化的參考依據(jù)。該指南基于國內(nèi)外相關(guān)文獻(xiàn)，并征求了相關(guān)領(lǐng)域?qū)＜液蛯W(xué)者的意見，旨在規(guī)范和指導(dǎo)內(nèi)皮細(xì)胞的研究與應(yīng)用，促進(jìn)抗血管生成療法的發(fā)展。后續(xù)將根據(jù)相關(guān)領(lǐng)域的研究進(jìn)展適時(shí)修訂，以適應(yīng)臨床應(yīng)用的需要。本文件由重慶大學(xué)附屬三峽醫(yī)院提出。本文件由中國食品藥品企業(yè)質(zhì)量安全促進(jìn)會(huì)歸口。本文件起草單位：中國食品藥品企業(yè)質(zhì)量安全促進(jìn)會(huì)、重慶大學(xué)附屬三峽醫(yī)院。本文件主要起草人：印明柱、李鑫、潘旭、葉卓淼、張明輝。本文件參與起草人：。2本文件專家指導(dǎo)組：毛振賓。二、標(biāo)準(zhǔn)制定的目的與意義隨著腫瘤研究的不斷深入，腫瘤內(nèi)皮細(xì)胞（ECs）、平滑肌細(xì)胞（SMCs）和周細(xì)胞（PCs）等血管相關(guān)細(xì)胞在腫瘤發(fā)展中的關(guān)鍵作用逐漸凸顯。近年來，單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)的迅猛發(fā)展為解析腫瘤血管細(xì)胞的異質(zhì)性提供了強(qiáng)有力的支撐。借助單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）等前沿技術(shù)，我們能夠在單細(xì)胞層面全面揭示不同類型血管細(xì)胞的基因表達(dá)特征。這些技術(shù)不僅揭示了血管細(xì)胞在腫瘤微環(huán)境中的多樣性，還進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)了它們在不同腫瘤類型中的獨(dú)特功能和潛在的治療靶點(diǎn)。然而，由于腫瘤類型的多樣性、這些細(xì)胞在不同腫瘤中的異質(zhì)性，以及scRNA-seq數(shù)據(jù)的復(fù)雜性，目前的研究尚缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)和框架來指導(dǎo)。因此，本指南的制定顯得尤為重要。通過整合現(xiàn)有的研究成果，本指南旨在制定一套統(tǒng)一的腫瘤相關(guān)血管細(xì)胞整合和鑒定方法，以提高研究的準(zhǔn)確性、一致性和可重復(fù)性。同時(shí)，該指南也將為未來的相關(guān)研究提供標(biāo)準(zhǔn)化的參考和指導(dǎo)，有望推動(dòng)腫瘤血管細(xì)胞研究的深入發(fā)展，為腫瘤治療開辟新的道路。2.意義（1）提高研究質(zhì)量：本指南的出臺(tái)旨在促進(jìn)腫瘤血管細(xì)胞研究的標(biāo)準(zhǔn)化和規(guī)范化，從而大幅減少因研究方法和數(shù)據(jù)分析差異而帶來的結(jié)果不一致性。通過確立統(tǒng)一的整合和鑒定方法，我們能夠確保研究結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性，為腫瘤治療提供更為精準(zhǔn)有效的靶點(diǎn)和策略，進(jìn)而提升整體研究質(zhì)量。（2）推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)療發(fā)展：隨著對腫瘤血管細(xì)胞異質(zhì)性的深入洞察，未來的腫瘤治療將更加注重針對特定細(xì)胞類型的精準(zhǔn)治療。本指南的制定將為這一領(lǐng)域的發(fā)展提供堅(jiān)實(shí)支撐，助力實(shí)現(xiàn)針對不同腫瘤類型和患者個(gè)體差異的精準(zhǔn)治療，從而提高治療效果，減少不必要的副作用，為患者帶來更為有效的治療體驗(yàn)。（3）促進(jìn)跨學(xué)科融合與創(chuàng)新：腫瘤血管細(xì)胞的研究不僅涵蓋了腫瘤學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)，還涉及生物信息學(xué)等多個(gè)學(xué)科。本指南的制定將極大地推動(dòng)這些學(xué)科的交叉融合與協(xié)作，促進(jìn)相關(guān)領(lǐng)域的整體進(jìn)步。通過共享數(shù)據(jù)、方法和資源，我們可以實(shí)現(xiàn)跨學(xué)科的合作研究，共同攻克腫瘤治療中的種種難題，推動(dòng)科學(xué)的邊界不斷擴(kuò)展。（4）增強(qiáng)國際影響力與地位：本指南的制定將顯著提升我國在腫瘤血管細(xì)胞研究領(lǐng)域的國際影響力。通過與國際同行分享我們的研究成果和經(jīng)驗(yàn)，我們可以加強(qiáng)國際交流與合作，共同推動(dòng)全球腫瘤治療的發(fā)展。這不僅將提高我國在國際腫瘤研究領(lǐng)域的地位，也將為全人類的健康事業(yè)作出積極貢獻(xiàn)。綜上所述，“泛腫瘤異質(zhì)性血管細(xì)胞整合及鑒定指南”的制定具有深遠(yuǎn)的意義，它不僅將提高腫3瘤血管細(xì)胞研究的質(zhì)量，推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展，還將促進(jìn)學(xué)科的交叉融合，并顯著提升我國在國際腫瘤研究領(lǐng)域的地位和影響力。三、標(biāo)準(zhǔn)的簡要編制過程根據(jù)中國食品藥品企業(yè)質(zhì)量安全促進(jìn)會(huì)對標(biāo)準(zhǔn)起草制訂的要求，起草單位受中國食品藥品企業(yè)質(zhì)量安全促進(jìn)會(huì)委托，對國內(nèi)外腫瘤血管細(xì)胞研究現(xiàn)狀進(jìn)行了調(diào)研，組織相關(guān)專家對研制本標(biāo)準(zhǔn)的意義、必要性、迫切性及預(yù)期社會(huì)效益進(jìn)行了詳細(xì)論證；對腫瘤血管細(xì)胞研究、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序等相關(guān)國內(nèi)外文獻(xiàn)情況進(jìn)行廣泛查詢和收集，確定了研究內(nèi)容、研究方法和技術(shù)路線。在擬訂標(biāo)準(zhǔn)編制工作計(jì)劃后，標(biāo)準(zhǔn)起草小組認(rèn)真研究并細(xì)化工作方案，明確分工及進(jìn)度，廣泛進(jìn)行調(diào)研，查閱、收集腫瘤血管細(xì)胞相關(guān)文獻(xiàn)資料，進(jìn)一步了解研究現(xiàn)狀和當(dāng)前技術(shù)手段；通過在PubMed、GoogleScholar等學(xué)術(shù)網(wǎng)站上對國內(nèi)外腫瘤血管細(xì)胞的研究現(xiàn)狀進(jìn)行調(diào)研，并在GEO、SRA等平臺(tái)中收集與下載單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，系統(tǒng)整合團(tuán)隊(duì)自測的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，最終以泛腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為背景，經(jīng)過多次試驗(yàn)和優(yōu)化，確定了最適合的分析方法，以確保數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性。通過對收集材料的總結(jié)和數(shù)據(jù)的分析統(tǒng)計(jì)，起草小組提出了標(biāo)準(zhǔn)的框架內(nèi)容，并初步擬定了標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)容。隨后，結(jié)合實(shí)際研究數(shù)據(jù)，起草小組和相關(guān)領(lǐng)域?qū)＜夜餐接懪c商議《泛腫瘤異質(zhì)性血管細(xì)胞整合及鑒定指南》，在匯總反饋意見并處理后，最終完成了標(biāo)準(zhǔn)的送審稿。1.標(biāo)準(zhǔn)編制原則在標(biāo)準(zhǔn)的制定過程中嚴(yán)格遵循國家有關(guān)方針、政策、法規(guī)和規(guī)章，標(biāo)準(zhǔn)的編寫規(guī)則及表述根據(jù)《中華人民共和國標(biāo)準(zhǔn)化法》和GB/T1.1-2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分：標(biāo)準(zhǔn)的結(jié)構(gòu)和編寫規(guī)則》要求進(jìn)行編寫。在標(biāo)準(zhǔn)制定過程中力求做到：技術(shù)內(nèi)容的敘述正確無誤；文字表達(dá)準(zhǔn)確、簡明、易懂；標(biāo)準(zhǔn)的構(gòu)成嚴(yán)謹(jǐn)合理；內(nèi)容編排、層次劃分等符合邏輯與規(guī)定。2.標(biāo)準(zhǔn)編制的主要內(nèi)容本標(biāo)準(zhǔn)基本結(jié)構(gòu)如下所示：2.1范圍本文件給出了基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)整合與識(shí)別不同功能血管相關(guān)細(xì)胞的標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)處理方法，包括單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合，污染因素去除，批次矯正以及細(xì)胞亞型鑒定方法等。本文件適用于腫瘤微環(huán)境、血管生成及內(nèi)皮細(xì)胞研究的科學(xué)家和研究人員使用。本文件適合各級(jí)醫(yī)院腫瘤科、病理科等相關(guān)科室臨床醫(yī)師以及從事臨床教學(xué)、科研等工作者使用。2.2術(shù)語和定義42.2.1單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序single-cellRNAsequencing;scRNA-seq2.2.2內(nèi)皮細(xì)胞endothelialcells；ECs2.2.3血管內(nèi)皮細(xì)胞vascularendothelialcells；VECs2.2.4動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞arterialendothelialcells；ArtECs2.2.5靜脈內(nèi)皮細(xì)胞venousendothelialcells；VenECs2.2.6毛細(xì)血管內(nèi)皮細(xì)胞capillaryendothelialcells；CapECs2.2.7淋巴管內(nèi)皮細(xì)胞lymphaticendothelialcells；LECs2.2.8壁細(xì)胞muralcell；MCs2.2.9周細(xì)胞pericytes；PCs2.2.10平滑肌細(xì)胞smoothmusclecells；SMCs2.2.11血管生成angiogenesis2.3泛腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)收集與整理本標(biāo)準(zhǔn)通過整合多個(gè)公開數(shù)據(jù)庫，收集了不同類型腫瘤的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，進(jìn)行統(tǒng)一預(yù)處理和標(biāo)準(zhǔn)化分析，以確保數(shù)據(jù)的一致性和可靠性。2.3.1原始數(shù)據(jù)處理2.3.2質(zhì)量控制與數(shù)據(jù)過濾2.3.3主要細(xì)胞亞群注釋與血管細(xì)胞提取2.4血管細(xì)胞整合與主要細(xì)胞群體鑒定通過對收集的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行整合和分析，提取并鑒定出血管細(xì)胞群體。利用聚類分析和標(biāo)志基因表達(dá)情況，進(jìn)一步識(shí)別和分類主要血管細(xì)胞群體，以便深入研究其在腫瘤中的作用。2.4.1細(xì)胞和基因篩選2.4.2基因表達(dá)矩陣標(biāo)準(zhǔn)化2.4.3批次效應(yīng)消除2.4.4血管相關(guān)細(xì)胞的主要群落注釋3.4.5整合效果量化2.5血管細(xì)胞鑒定魯棒性分析為確保血管細(xì)胞鑒定結(jié)果的可靠性和魯棒性，采用多種分析方法和不同的數(shù)據(jù)集進(jìn)行交叉驗(yàn)證。通過比較不同算法和參數(shù)設(shè)置下的鑒定結(jié)果，評(píng)估其一致性和穩(wěn)定性，確認(rèn)血管細(xì)胞群體的準(zhǔn)確鑒定。2.5.1數(shù)據(jù)整合方法選擇2.5.2批次矯正性能比較2.5.3LISI分析52.5.4血管細(xì)胞獨(dú)立聚類現(xiàn)象分析2.6小結(jié)及展望相信本指南相關(guān)內(nèi)容將促進(jìn)抗血管生成療法的優(yōu)化和創(chuàng)新，提高其在不同腫瘤類型和患者中的療效，最終為癌癥治療帶來新的突破。1.國內(nèi)醫(yī)學(xué)倫理批準(zhǔn)此標(biāo)準(zhǔn)相關(guān)的數(shù)據(jù)已在醫(yī)學(xué)研究登記備案信息系統(tǒng)中進(jìn)行備案，此外，本研究遵循所有相關(guān)倫理規(guī)定，并獲得重慶大學(xué)三峽醫(yī)院倫理委員會(huì)的批準(zhǔn)。2.國內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)、規(guī)范及相關(guān)文獻(xiàn)目前國內(nèi)尚未發(fā)布泛腫瘤血管細(xì)胞整合及鑒定指南。2.規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，注日期的引用文件，僅該日期對應(yīng)的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。Tumorvasculatureatsingle-cellre