ChemSketch教程.ppt.ppt

1、主講人：譚燕平 萬(wàn)謙 陳明,ChemSketch軟件應(yīng)用,ChemSketch簡(jiǎn)介 ACD/ChemSketch 是高級(jí)化學(xué)發(fā)展有限公司(ACD)開(kāi)發(fā)的用于化學(xué)結(jié)構(gòu)式繪制軟件包，該軟件包可單獨(dú)使用或與其他軟件共同使用。該軟件的主要功能包括： 結(jié)構(gòu)模式：用于化學(xué)結(jié)構(gòu)式的繪制 繪圖模式：用于圖片及文字的處理 分子性質(zhì)模式：用于計(jì)算分子的一些基本性質(zhì)，主要包括以下幾個(gè)方面： 分子量及元素百分比含量 折射率、摩爾折射率及摩爾體積 等張比容、表面張力及密度 介電常數(shù)及極化率 單一同位素質(zhì)量, 標(biāo)稱分子量和平均分子質(zhì)量 除了以上主要功能外，ChemSketch還包括3D Viewer，用于觀察所繪制分子的

2、三維結(jié)構(gòu)。CNMR DB和HNMR DB可用于預(yù)測(cè)和查看所繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式的碳、氫核磁譜圖，并與所帶相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)相聯(lián)，進(jìn)行檢索比對(duì)處理。,ChemSketch內(nèi)置的元素同期表可以查看元素的基本信息和核磁數(shù)據(jù)。有機(jī)分子結(jié)構(gòu)字典只有商業(yè)版本才能使用，輸入分子名稱（系統(tǒng)命名或商品名）可得到其化學(xué)結(jié)構(gòu)式。 化學(xué)文件夾（ChemFolder）可方便用戶建立自己的試劑與化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)。GC和LC模擬器（GC Simulator and LC Simulator）可以模擬所繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)的氣相和液相色譜。 LogD和LogP用于計(jì)算所繪制結(jié)構(gòu)的醇水（辛醇水）分配系數(shù)，其中LogD適用于酸堿性物質(zhì)，LogP適用于中

3、性物質(zhì)。 Name模塊用來(lái)對(duì)所繪制的結(jié)構(gòu)按IUPAC規(guī)則命名。 SolDB模塊可用來(lái)計(jì)算所繪制結(jié)構(gòu)在不同pH條件下的溶解度。 SpecManager用于處理各種譜圖，包括核磁、質(zhì)譜、紫外、紅外等。 Spectrum DataBases提供了各種譜圖的數(shù)據(jù)庫(kù)，供檢索查詢之用。 XNMR提供了對(duì)含P、F、N同位素化合物的核磁預(yù)測(cè)功能。 pKa模塊可對(duì)所繪制的結(jié)構(gòu)進(jìn)行酸堿解離常數(shù)的預(yù)測(cè)計(jì)算功能。 和其它的Windows軟件一樣，ChemSketch也具有頁(yè)面設(shè)置、打印設(shè)置、輸出模式、輸入模式、頁(yè)眉頁(yè)腳設(shè)置等功能。 這里主要介紹如何利用該軟件繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)式并對(duì)所繪制結(jié)構(gòu)的基本化學(xué)性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)和計(jì)算。,

4、一 繪制簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu),1 使用常用畫圖 當(dāng)程序開(kāi)始時(shí)，常用畫圖工具 是默認(rèn)的。在這種模式下，您可以很容易地畫直鏈和分支結(jié)構(gòu)，并用元素周期表中的原子取代所畫的原子。 單擊CH4以增加一個(gè)CH3基團(tuán)，并以標(biāo)準(zhǔn)鍵長(zhǎng)連接。再雙擊同一個(gè)碳原子，畫出,畫圖模式窗口與結(jié)構(gòu)繪制窗口類似。,如果想讓分子以某個(gè)鍵為基準(zhǔn)改變位置，如讓 某一鍵處于垂直狀態(tài)，可點(diǎn)擊工具欄上的按鈕，然后點(diǎn)擊某一鍵，即可使分子旋轉(zhuǎn)至該鍵處理垂直的位置： 單擊最右邊的碳原子，畫出 重復(fù)以上步驟，畫出一些結(jié)構(gòu),2 雙鍵和三鍵 所畫的結(jié)構(gòu)式中的最后一個(gè)單鍵上再次單擊獲得雙鍵；,再次在雙鍵上單擊獲得三鍵：,3.刪除個(gè)別原子與撤銷 如果您加了過(guò)多的原子

5、, 可以逐一去除原子: 點(diǎn)擊Delete 鍵 單擊Undo 鍵。這會(huì)將ChemSketch的界面恢復(fù)到以前的設(shè)置 Undo鍵可以連續(xù)點(diǎn)擊50次.當(dāng)您畫比較復(fù)雜的結(jié)構(gòu)或者物體時(shí), 我們建議您養(yǎng)成及時(shí)保存文件的習(xí)慣。,4 聚合物 ChemSketch提供了聚合物結(jié)構(gòu)的繪制功能： 在結(jié)構(gòu)工具欄上點(diǎn)擊Polymers 鍵，出現(xiàn)聚合物面板后就可以進(jìn)行如下設(shè)置的更改了：,通過(guò)點(diǎn)擊或拖拽來(lái)選定產(chǎn)生聚合物的區(qū)域。當(dāng)區(qū)域被選擇, 聚合物出現(xiàn)在工作區(qū):,再次點(diǎn)擊Polymers,鍵就可以離開(kāi)聚合物繪制模式,5 改變?cè)?單擊原子工具條下的元素周期表(Periodic Table)鍵,打開(kāi)元素周期表(Periodi

6、c Table of Elements):,單擊元素周期表中的氟(Fluorine)鍵, 注意現(xiàn)在氟 (Fluorine)鍵出現(xiàn)在原子工具條中。 單擊最左邊的碳(Carbon), 用氟原子替代碳原子。,6 使用鼠標(biāo)拖拽繪圖 在正常畫圖(Draw Normal)和連續(xù)畫圖(Draw Continuous)兩種模式下，您可以從一個(gè)原子拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一個(gè)原子，畫出單鍵。如果您從一個(gè)空白處開(kāi)始(或結(jié)束)拖動(dòng)，將在開(kāi)始處(或結(jié)束處)生成一個(gè)新的原子。在下面結(jié)構(gòu)中，點(diǎn)擊一端的碳原子，拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一端的碳原子。,點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中“清潔” 命令，將使結(jié)構(gòu)中所有的鍵長(zhǎng)與角度平均化，得到如下結(jié)構(gòu)：,Clean命令不

7、僅使鍵長(zhǎng)和角度平均化，令結(jié)構(gòu)看上去更好看，更使該結(jié)構(gòu)符合于化學(xué)意義。例如循環(huán)結(jié)構(gòu)，它將SP2軌道上的碳原子的鍵按120度分布，將SP軌道上的碳原子的鍵按180度分布。當(dāng)畫平面和立體異構(gòu)體時(shí)，Clean命令保持以上特性將鍵長(zhǎng)和角度平均化。,7 編輯原子標(biāo)簽和畫鏈工具 在原子工具欄中，點(diǎn)擊原子標(biāo)簽工具 鍵，然后將鼠標(biāo)移動(dòng)到結(jié)構(gòu)中最右端的F原子上。在打開(kāi)的編輯標(biāo)簽(Edit Label)對(duì)話框中，鍵入(CH2)3PH，再點(diǎn)擊插入鍵(Insert)，畫出如下結(jié)構(gòu)。,使用畫鏈 工具，通過(guò)點(diǎn)擊和拖動(dòng)鼠標(biāo)，您可以很容易地畫出長(zhǎng)、短鍵。 點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中畫鏈工具鍵，將鼠標(biāo)移動(dòng)到鍵頭所指的原子上。 按下鼠標(biāo)鍵，

8、向左拖動(dòng)。當(dāng)鼠標(biāo)離開(kāi)結(jié)構(gòu)時(shí)，自動(dòng)生成碳鏈。注意鼠標(biāo)箭頭旁的碳原子數(shù)(C#)隨著碳原子的增減而變化,8 清除屏幕 如果您需要清除屏幕，您可以選擇以下的一種方式： 從文件（File）菜單, 選擇新建（New）。這將打開(kāi)一個(gè)新的空白文件。 在左上方選擇創(chuàng)建新頁(yè)按鈕 ，創(chuàng)建新的一頁(yè)。 在編輯菜單中選擇“全選”按鈕(Select All)，再選擇“刪除”命令(Delete)。 在工具欄中(General toolbar)點(diǎn)擊刪除（Delete) 按鈕，點(diǎn)擊空白處，再點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)的任意部分，將其全部刪除。,9 翻轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu) 您可以在結(jié)構(gòu)工具欄中通過(guò)點(diǎn)擊一個(gè)鍵來(lái)實(shí)現(xiàn)整個(gè)結(jié)構(gòu)的旋轉(zhuǎn)和翻轉(zhuǎn)。 點(diǎn)擊設(shè)置水平鍵 然后再點(diǎn)擊

9、目標(biāo)鍵使其處于水平，結(jié)構(gòu)其它部分將相應(yīng)轉(zhuǎn)動(dòng)。用該工具反復(fù)點(diǎn)擊此鍵可使結(jié)構(gòu)繞鍵不斷翻轉(zhuǎn)。 點(diǎn)擊設(shè)置垂直鍵 然后點(diǎn)擊目標(biāo)鍵使其處于垂直，其它部分將相應(yīng)翻轉(zhuǎn)。 點(diǎn)擊翻轉(zhuǎn)鍵 然后點(diǎn)擊目標(biāo)鍵，結(jié)構(gòu)將會(huì)繞著被點(diǎn)擊的鍵轉(zhuǎn)動(dòng)。 首先選中整個(gè)分子（或基團(tuán)），點(diǎn)擊上下翻轉(zhuǎn) 按鈕，則選中的結(jié)構(gòu)或基團(tuán)（若無(wú)選中項(xiàng)，則所有已繪結(jié)構(gòu)）將從上部旋轉(zhuǎn)至下部。 點(diǎn)擊左右翻轉(zhuǎn) 使被選結(jié)構(gòu)或基團(tuán)（若無(wú)選中項(xiàng)，則所有已繪結(jié)構(gòu)）將從右方旋轉(zhuǎn)至左方。,二 繪制更復(fù)雜結(jié)構(gòu),1 使用基團(tuán)表 化學(xué)基團(tuán)表(Table of Radicals)中包括預(yù)先畫好的氨基酸及其保護(hù)基的結(jié)構(gòu)，還有核甘酸及其他常用結(jié)構(gòu)。 在參考工具欄(References Toolbar)中點(diǎn)擊基團(tuán)表(Table of Radicals)，顯示如下基團(tuán)：,2 使用環(huán)節(jié)構(gòu) 在右邊參考工具欄中選擇各種環(huán)狀結(jié)構(gòu)進(jìn)行繪圖：,3 刪除和替換原子和基團(tuán) 依次刪除每個(gè)原子，或一次自動(dòng)刪除所有原子。,替換結(jié)構(gòu)中的原子:先選種目標(biāo)原子，直接點(diǎn)擊被替換的原子即可。,4 標(biāo)定電荷和定義陽(yáng)離子與陰離子 點(diǎn)擊原子工具欄中的Increment (+) Charge 鍵 的右下角的三角形擴(kuò)展得到以下各項(xiàng):,畫出一下結(jié)構(gòu)：,5 使用立體鍵 要繪制立體鍵，請(qǐng)?jiān)诮Y(jié)構(gòu)工具欄中點(diǎn)擊 U