教學(xué)課件②學(xué)術(shù)資源大全分子模擬實(shí)驗(yàn)expt-2

1、 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析要求:1. 掌握各種分子面的繪制和分析方法2. 掌握繪制分子面的技巧 3. 了解分子面和分子性質(zhì)的關(guān)系 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析內(nèi)容提要:1. 分子軌道圖 2. 總電子密度圖 3. 靜電勢(shì)圖 4. 電荷分布圖 5. 電子自旋密度圖6. 溶劑面圖 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖畫(huà)CO分子, 并使鍵軸與Z軸一致 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道名稱(chēng)軌道能量選擇, 點(diǎn)擊紅: 正蘭: 負(fù) 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖不同顯示方式實(shí)心球 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖不同顯示方式網(wǎng)格線 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算

2、和分析步驟1: 分子軌道圖不同顯示方式電子云點(diǎn) 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖不同顯示方式透明球 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道形狀與排列s2s-2s 成鍵軌道 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道形狀與排列s*2s-2s 反鍵軌道 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道形狀與排列p2px-2px成鍵軌道 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道形狀與排列p2py-2py成鍵軌道 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道形狀與排列s2pz-2pz成鍵軌道最高占有軌道 (HOMO) 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1

3、: 分子軌道圖軌道形狀與排列p*2px-2px 反鍵軌道最低空軌道 (LUMO) 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道形狀與排列p*2py-2py 反鍵軌道 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖軌道形狀與排列s*2pz-2pz反鍵軌道 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖s*軌道形狀與排列p* 0s基態(tài)為S電子態(tài)p非常穩(wěn)定s* s 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖設(shè)置等值面值0.050.001默認(rèn)0.01 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖問(wèn)題2-2. 用Gamess程序優(yōu)化NO和NO+的平衡構(gòu)型, 比較鍵長(zhǎng)和能量的高低, 借此驗(yàn)證問(wèn)

4、題2-1的結(jié)論.問(wèn)題2-1. 仿照CO的例子, 做出NO分子和NO+離子的分子軌道和能級(jí)圖, 并比較二者的異同, 分析對(duì)NO和NO+穩(wěn)定性的影響. 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟1: 分子軌道圖 問(wèn)題2-2中Gamess程序優(yōu)化NO和NO+的設(shè)置:NONO+ 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟2: 總電子密度圖默認(rèn)isovalue=0.002 au 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟2: 總電子密度圖可以采用不同的顏色標(biāo)記 靜電勢(shì)圖分子軌道圖 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟2: 總電子密度圖總電子密度的靜電勢(shì)mapping C端正電O斷負(fù)電 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟2: 總電子密度圖總電子密度的

5、分子軌道m(xù)apping當(dāng)CO與富電子基反應(yīng)時(shí), 總是C端反應(yīng), 因?yàn)镃端更正些, 比如M(CO)n. 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟2: 總電子密度圖問(wèn)題2-3. 做出甲醛分子的總電子密度圖, 并用靜電勢(shì)和分子軌道標(biāo)記顏色. 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟3: 靜電勢(shì)圖用一個(gè)單位正電荷探測(cè)分子周?chē)撵o電相互作用力 C端正電O斷負(fù)電isovalue=0.1 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟3: 靜電勢(shì)圖 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟3: 靜電勢(shì)圖問(wèn)題2-5. 做出glycine 和asparagine分子的靜電勢(shì)圖.問(wèn)題2-4. 做出C2H6, C2H4, C2H2分子的靜電勢(shì)圖. 實(shí)驗(yàn)二 分子

6、軌道計(jì)算和分析步驟4: 電荷分布圖右鍵結(jié)果 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟4: 電荷分布圖 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟4: 電荷分布圖問(wèn)題2-6. 做出苯酚分子的電荷分布圖. 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟5: 電子自旋密度圖價(jià)鍵完全飽和的分子, 總自旋=0, 沒(méi)有自旋密度自由基選中, 刪除丙烯丙烯基自由基 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟5: 電子自旋密度圖丙烯基自由基Mopac優(yōu)化單電子在哪兒?單電子 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟5: 電子自旋密度圖 Mopac計(jì)算設(shè)置 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟5: 電子自旋密度圖單電子離域化 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟5: 電子自旋密度圖電

7、子自旋密度 / 總電子密度單電子離域化isovalue=0.1 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟5: 電子自旋密度圖-H問(wèn)題2-7. 做出丙酸自由基的電子自旋密度圖并分析電子的分布情況. 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟6: 溶劑(水)面圖對(duì)于研究生物大分子特別有用探測(cè)半徑SA面細(xì)胞色素c1HRC 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟6: 溶劑(水)面圖不同顯示模式不同配色模式疏水親水 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟6: 溶劑(水)面圖可以只計(jì)算并顯示選中部分結(jié)構(gòu)的溶劑面CDK2-ATP(Mg)1HCK 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟6: 溶劑(水)面圖可以只計(jì)算并顯示選中部分結(jié)構(gòu)的溶劑面 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟6: 溶劑(水)面圖 Connolly分子面, 基本上與SA面類(lèi)似Connolly面用蘭色表示 SA面用網(wǎng)格表示 實(shí)驗(yàn)二 分子軌道計(jì)算和分析步驟6: 溶劑(水)面