pumed 檢索完全攻略

1、PuMed 檢索完全攻略第一章 進(jìn)入PubMed魔法學(xué)校-PubMed 概述 有位退休的老教授不止一次的向我感嘆："你們現(xiàn)在真是幸福，我們那時(shí)候要查一篇相關(guān)的文獻(xiàn)，要到圖書館一本一本目錄去檢索。尤其是做一些別人不太做的課題時(shí)，要搜集幾篇有用的文獻(xiàn)，竟要花上3，4個(gè)月時(shí)間，而你們現(xiàn)在。"趁他打頓的時(shí)候，我告訴他，"快的話，可能只要3秒鐘"。從他兩個(gè)厚厚的酒瓶底后面露出一絲羨慕的眼神。我可以想見他當(dāng)時(shí)在一大堆期刊中埋頭查閱的情形，但對(duì)于現(xiàn)在的醫(yī)學(xué)工作者來說，我已經(jīng)無法想像，如果我們失去PubMed，世界將會(huì)怎樣。盡管在因特網(wǎng)上，類似于PubMed的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢

2、索系統(tǒng)并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。還有非常重要的一點(diǎn)，正如它的名字（PubMedPublic+Medicine）所暗示的, PubMed是免費(fèi)向公眾開放的。無論何時(shí)何地，你只要在瀏覽器地址欄中輸入： 就可以立刻進(jìn)入PubMed的界面并開始享受PubMed所給你帶來的無窮便利。俗話說，喝水不忘掘井人。PubMed是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)所屬的國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)開發(fā)的因特網(wǎng)生物醫(yī)學(xué)信息檢索系統(tǒng)，位于美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）的平臺(tái)上。有不少西方人有在飯前祈禱感恩的習(xí)慣，不知道我們是否也有必要每次使用PubMed前都感

3、謝NCBI呢？PubMed覆蓋了全世界70多個(gè)國家4300多種主要生物醫(yī)學(xué)期刊的摘要和部分全文。其覆蓋的時(shí)間段也非常長，早的可以追溯到20世紀(jì)60年代，通常而言，這已經(jīng)足夠早了，很少有人會(huì)需要查閱在此之前的文獻(xiàn)。當(dāng)然，研究生物醫(yī)學(xué)史的工作者可能是個(gè)例外。而最新的文獻(xiàn)幾乎就在此時(shí)此刻。與PubMed掛鉤的出版商會(huì)自動(dòng)向PubMed提供最新的文獻(xiàn)摘要，而往往在這個(gè)時(shí)候文獻(xiàn)還沒有正式出版。所以盡管生物醫(yī)學(xué)的文章從被期刊接受到出版往往要好幾個(gè)月的時(shí)間，但借助于PubMed，我們?nèi)耘f可以隨時(shí)掌握最新的動(dòng)向，從而大大有利于自己的臨床和研究工作。還有些出版商通過PubMed提供文獻(xiàn)的全文，有時(shí)甚至是免費(fèi)的，

4、這樣，我們就可以在PubMed上真正享受"坐擁書城"的感覺了（關(guān)于如何獲取全文將在以后的章節(jié)中詳述）。 進(jìn)入PubMed的主界面后， 首先映入我們眼簾的就是頁面上方的檢索框和功能鍵（如下圖）。這是PubMed的核心部分。大部分工作，我們只要利用這"一框五鍵"（檢索框，Limit鍵, Preview/Index鍵, History鍵，Clipboard鍵和Details鍵）即可完成。在主界面的左側(cè)框（如左圖），有：· Journal Browser 期刊瀏覽· MeSh Browser可以用它來分層流覽MeSH表· Singl

5、e Citation Matcher輸入期刊的信息可以找到某單篇的文獻(xiàn)或整個(gè)期刊的內(nèi)容。· Batch Citution Matcher用一種特定的形式輸入期刊的信息一次搜索多篇文獻(xiàn)。· Clinical Queries這一部分為臨床醫(yī)生設(shè)置，通過過濾的方式將搜索的文獻(xiàn)固定在4個(gè)范圍：治療、診斷、病原學(xué)與預(yù)后。· Old PubMed (使用舊式的PubMed查詢方式)3) Related Resources· Order Documents可以使用戶在當(dāng)?shù)氐玫轿墨I(xiàn)的全文， 但這是要收費(fèi)的，至于如何免費(fèi)獲得文獻(xiàn)全文，我將在后面的有關(guān)章節(jié)中詳述。·

6、; Grateful Med是對(duì)另一個(gè)NLM基于網(wǎng)絡(luò)的查詢系統(tǒng)的鏈接。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且還有一些其他的數(shù)據(jù)庫如AIDSLINE、HISTLINE等等。· Consumer Health提供與MEDLINEplus的鏈接，MEDLINEplus是與消費(fèi)者健康信息相關(guān)的國家醫(yī)學(xué)圖書館的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)。· Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH資助的臨床研究成果的發(fā)布。利用左側(cè)框的這些服務(wù)，我們不僅能夠進(jìn)行功能更加強(qiáng)大的檢索，而且還能得到不少非常有用的服務(wù)。這些都將在后續(xù)章節(jié)中介紹?？傮w而言，PubMed的界面相當(dāng)簡潔清晰，幾乎是傻

7、瓜式的。然而傻瓜式的界面并不意味著傻瓜式的操作。我看到很多人用了幾年的PubMed，還是只知道在檢索框里輸入一個(gè)關(guān)鍵字，然后按一下"Go"按鈕這樣一種單一原始的檢索方式。雖然有一半左右的情況，這樣的操作就足以得到令人滿意的信息，但對(duì)于另一半情況，就沒有那么幸運(yùn)了，要么你真正所需的信息湮沒在大量紛繁蕪雜的"無用"信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。 令人費(fèi)解的是，很多醫(yī)務(wù)工作者寧可在每次檢索時(shí)都花上成倍的時(shí)間，卻不愿花上幾個(gè)小時(shí)的時(shí)間去認(rèn)真研究一下PubMed。"君欲善其事，必先利其器"， PubMed就好像一把功能強(qiáng)大的槍，

8、你決不能僅僅滿足于知道扣動(dòng)扳機(jī)就可以發(fā)射子彈，更重要的是，你要知道如何利用準(zhǔn)星瞄準(zhǔn)，如何把這把槍的功能發(fā)揮到及至。在以后的章節(jié)中，我們將逐步深入地了解PubMed，相信通過這些章節(jié)的學(xué)習(xí)，我們可以真正熟練掌握PubMed，從而使自己的工作事半功倍。第二章 PUBMED簡單檢索技巧在這一章里，我們將對(duì)如何應(yīng)用PUBMED這一得力助手檢索文獻(xiàn)，作以簡單介紹。1當(dāng)你打開瀏覽器，在地址欄內(nèi)鍵入Med/ 或是后，就進(jìn)入了PUBMED檢索系統(tǒng)主頁,可以見到如下的頁面。2在靠近頁面上部的地方，首先映入我們眼簾的，即是供我們輸入所需查詢內(nèi)容的檢索框。 在檢索框中輸入查詢?cè)~，然后單擊"go"

9、按鈕或按回車鍵，PubMed將會(huì)自動(dòng)開始檢索，并將檢索到的相關(guān)條目顯示在屏幕上。在檢索框前面，你還可以選定所要檢索內(nèi)容的數(shù)據(jù)庫范圍，除NCBI的數(shù)據(jù)庫以外，可供選擇的還有：PROTEIN, STRUCTURE, POPSET等等。說到這里，很多人可能以為只需傻瓜式的輸入幾個(gè)字符然后回車一敲便可萬事大吉，其實(shí)不然。每個(gè)人搜索效率的高低往往存在很大差別。在這里提供以下建議僅供讀者參考： 明確你索要檢索的關(guān)鍵概念及詞語，即關(guān)鍵字； 考慮到關(guān)鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞； 通過限定DATES, STUDY GROUP等，精煉你的檢索范圍； 多向有經(jīng)驗(yàn)的人

10、求教，因?yàn)椴煌膶I(yè)背景以及個(gè)人的差異，都有可能形成不同的方法和技巧。3通過布爾（BOOLEAN）運(yùn)算來提高你的效率最常用的三種布爾運(yùn)算即是AND,OR,和NOT。 AND提供的運(yùn)算方式即不管所輸入的兩個(gè)關(guān)鍵詞語所出現(xiàn)的位置在哪，只要他們都出現(xiàn)在索引文章的某一處，就將其列出。 而OR則是將出現(xiàn)至少一個(gè)關(guān)鍵詞的文章列出，這種運(yùn)算在想將相似主題的文章羅列在一起時(shí)，十分有效。 NOT運(yùn)算可以在你的檢索范圍內(nèi)將某些不需要的部分除去。但是在使用的時(shí)候要特別注意，會(huì)有可能將一些你所需要的文章漏掉。比如當(dāng)你的檢索詞為LEAD POISONING NOT CHILDREN時(shí)，除了

11、會(huì)刪除掉那些僅討論兒童的文章，同時(shí)也會(huì)刪去那些同時(shí)討論兒童及其他年齡組的文章。4PUBMED檢索類型通常我們所要查詢的單詞類型大致可以分為： 詞語（主題）檢索 這時(shí)我們?cè)赑ubMed主頁的檢索框中鍵入的是英文單詞或短語（大寫或小寫均可）。然后回車或點(diǎn)擊"Go"， PubMed即使用其詞匯自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能進(jìn)行檢索，并將檢索結(jié)果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入"vitamin c common cold"后回車或點(diǎn)擊"Go"， PubMed開始檢索并將檢索結(jié)果顯示出來。 著者檢索 當(dāng)我們所要查詢的是著作者時(shí)， 在檢索框中鍵入

12、著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為："著者姓 空格 名字首字母縮寫"，例如smith ja，然后回車或點(diǎn)擊Go，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)到著者字段去檢索，并顯示檢索結(jié)果。 刊名檢索 在檢索框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡稱、ISSN號(hào)，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回車或點(diǎn)擊Go,系統(tǒng)將在刊名字段檢索，并顯示檢索結(jié)果。 日期或日期范圍檢索 可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，然后回車或點(diǎn)擊Go，系統(tǒng)會(huì)按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYY

13、Y/MM/DD；如：1999/09/08 也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。 檢索期刊子集（輯） 檢索的格式為：檢索詞AND jsubseta,如：neoplasm AND jsubseta?？晒z索的期刊子庫有3種：Abridged Index Medicus(有120種重要核心期刊)、Dental和Nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進(jìn)行限定。 檢索帶文摘的記錄 檢索的格式為：檢索詞AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版

14、的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘。 布爾邏輯檢索 PubMed系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索，只要在檢索框中鍵入布爾邏輯運(yùn)算符（AND，OR或NOT）。具體使用時(shí)要注意的問題，詳見上第3點(diǎn)所述。5如何處理檢索結(jié)果當(dāng)你點(diǎn)擊GO或回車后，PubMed將會(huì)自動(dòng)運(yùn)行檢索命令，在屏幕的下方顯示出符合檢索要求的項(xiàng)目，并且在查詢框內(nèi)保留原檢索詞。此時(shí)要注意的是符合檢索要求的項(xiàng)目是以SUMMARY（簡要格式）顯示出來的，就是列出作者，文章題目，以及文章來源的一些信息。在DISPLAY鍵后還可以選擇別的顯示格式，點(diǎn)擊DISPLAY鍵后，系統(tǒng)按所選格式全部檢索結(jié)果。如果只需要顯示其中一部分記錄，則需點(diǎn)擊

15、該記錄左邊的查詢框，使標(biāo)記后，再點(diǎn)擊Display鍵；如果只需顯示一條記錄，則可直接點(diǎn)擊該記錄中的作者姓名超鏈接，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)顯示該記錄的文摘格式。還有一點(diǎn)，系統(tǒng)所設(shè)定的默認(rèn)值為每頁顯示20條選項(xiàng)，這點(diǎn)可以在SHOW后的下拉菜單處選擇。如果選中所感興趣的內(nèi)容，即可進(jìn)行保存，打印等等操作。PubMed系統(tǒng)允許最多可保存5000條記錄。要保存全部檢索結(jié)果時(shí)，打開Summary下拉菜單選擇其中一種格式，然后點(diǎn)擊Save鍵；要保存特定記錄時(shí)，點(diǎn)擊記錄左邊的選擇框予以標(biāo)記后，再點(diǎn)擊Save鍵。使用瀏覽器的打印功能，即可把感興趣的內(nèi)容打印出來。系統(tǒng)允許每頁最多顯示500條記錄。如果想打印成文本格式，請(qǐng)先點(diǎn)擊

16、Text鍵，然后再打印。下一章我們將用幾個(gè)實(shí)例來使大家熟悉以上檢索技巧。第三章 PUBMED簡單檢索實(shí)例在上一章里，我們已經(jīng)對(duì)如何用PUBMED來查詢我們感興趣問題的文獻(xiàn)。在這一章，我們可以通過幾個(gè)簡單的實(shí)例來具體熟悉PUBMED的用法。 例一 1明確所要檢索的內(nèi)容。如果我們要查詢的問題是"維生素C對(duì)于普通感冒的防治作用"。首先我們應(yīng)分析這一問題中的關(guān)鍵詞語，主要由"維生素C"，和"普通感冒"構(gòu)成。即"VITAMIN C"和"COMMON COLD"。2分析所要檢索的兩個(gè)相關(guān)詞語的關(guān)系。根據(jù)我們

17、的日常生活經(jīng)驗(yàn)，可以將兩個(gè)關(guān)鍵詞之間的關(guān)系定義為"AND",于是我們可以在檢索框內(nèi)鍵入"VITAMIN C AND COMMON COLD".，然后點(diǎn)擊"GO"，進(jìn)行檢索。下面的畫面即為經(jīng)過上面檢索過程后所得到的相關(guān)文章。3以上初步檢索后所顯示的結(jié)果都以默認(rèn)的SUMMER格式顯示出來，在經(jīng)過對(duì)SUMMER的閱讀后，我們可以進(jìn)一步篩選文獻(xiàn)的內(nèi)容。如我們感興趣的是第二、三、五篇的話，選中這幾篇文獻(xiàn)左側(cè)的方框。如果我們想要同時(shí)看到這幾篇的ABSTRACT，在DISPLAY鍵后的下拉菜單選擇ABSTRACT，然后點(diǎn)擊DISPLAY。即可看到所

18、要結(jié)果。例二1 如果這一次我們想要查找的是與一個(gè)作者相關(guān)的文章，如這位作者的名字是Hemila h，則我們所要檢索的內(nèi)容就很明確了，是這位作者的名字Hemila h。2 在檢索框內(nèi)輸入Hemila h，點(diǎn)擊GO鍵，屏幕上即會(huì)顯示出與這位作者相關(guān)的文獻(xiàn)。3 在所列出的 39項(xiàng)文獻(xiàn)內(nèi)，我們?nèi)绻朐谝黄羶?nèi)看到所有的選項(xiàng)，可以在SHOW后面的下拉菜單內(nèi)選擇想要顯示的數(shù)量，如50篇。4 在PUBMED所檢索到的文獻(xiàn)里，我們對(duì)第 1篇很感興趣，點(diǎn)擊該篇文章左側(cè)的方框，然后拉下Display鍵后的多選框，選擇文獻(xiàn)的顯示類型，（如Abstract-摘要，Brief-提綱 ，Citation-引言等），一般情況

19、下，以選擇Abstract居多，這樣一目了然。在確定好顯示內(nèi)容后，點(diǎn)擊Display鈕，即可閱讀相關(guān)內(nèi)容了。5 在確定對(duì)檢索到的內(nèi)容感興趣后，如果想把它保存下來，可以單擊Save按鍵，如果想保存在剪貼板里，即可單擊Clipboard,保存于剪貼板。點(diǎn)擊"文件"菜單內(nèi)的打印即可將該文打印出來。 上述是運(yùn)用Pubmed進(jìn)行簡單檢索的兩個(gè)實(shí)例。如果經(jīng)過上述的檢索過程，仍然不能滿足你的需要，我們可以進(jìn)行較為復(fù)雜的高級(jí)檢索。在以后的幾章中，我們會(huì)詳細(xì)介紹。第四章 PUBMED高級(jí)檢索技巧 在以上兩章我們已經(jīng)掌握了如何運(yùn)用初級(jí)檢索法達(dá)到檢索文獻(xiàn)的目的。不過在我們所要檢索的問題相對(duì)較為復(fù)

20、雜的時(shí)候，僅僅靠初級(jí)檢索就遠(yuǎn)遠(yuǎn)達(dá)不到需求了。為了使得我們的檢索更為準(zhǔn)確，高效，我們可以充分利用PubMed所提供的高級(jí)檢索功能。在你進(jìn)入PubMed首頁之后，在檢索框的下方，有PubMed所提供的五個(gè)重要的功能按鈕，即Limits按鈕, Preview/Index按鈕, History按鈕, Clipboard按鈕,及Details按鈕。如果你能夠充分的利用好這幾個(gè)功能按鈕，那你的檢索則很有可能事半功倍。 首先，讓我們來簡單的了解一下這幾個(gè)按鈕的主要功能。 1. Limits 按鈕當(dāng)你單擊Limits按鈕后，你可以看到如下界面。（fig1）在這里可以進(jìn)行以下設(shè)定： 將搜索范圍設(shè)定在一個(gè)特定的域

21、。 將搜索范圍設(shè)定在特定的年齡組、性別組、人類或動(dòng)物學(xué)范圍。 也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型（如綜述）。 設(shè)定只搜索包含摘要的文獻(xiàn)。 設(shè)定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。 設(shè)定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或AIDS相關(guān)的條目）。例如 在All Fields域選擇下拉菜單里，你可以把搜索詞限定在一個(gè)特定的域，缺省設(shè)置是所有的域；打開下拉菜單就可以選擇所需的域名了。又如"Only items with abstracts"指只檢索那些有文摘的記錄（1975年前出版的文章的

22、記錄中沒有文摘）2Preview/Index 按鈕在按下Preview/Index按鈕之后，我們可以進(jìn)行的設(shè)定有： 在顯示條目之前顯示所查到的文獻(xiàn)數(shù)。 隨時(shí)通過增加查詢單詞來修改查詢方案。 在特定的搜索域中向方案里加入查詢?cè)~。 從Index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。 在你修改查詢時(shí)查看方案。Preview(預(yù)覽) 使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻(xiàn)數(shù)。使用時(shí)，在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊Preview，PubMed返回的信息是條目的數(shù)量。Index（索引） 使用此功能,可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中;可以查看某一個(gè)特定搜索域中詞語列表；也可以使用布爾

23、運(yùn)算符來建立一個(gè)查詢方案。3History 按鈕History （歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查詢方案與查詢結(jié)果，只有當(dāng)你運(yùn)行了一次查詢之后，History中才有內(nèi)容。History屏幕將會(huì)顯示：你的查詢方案、查詢時(shí)間、查詢到的文獻(xiàn)數(shù)量。Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，而使用History可以看到最近100次的查詢結(jié)果。一旦查詢數(shù)量超過100，PubMed會(huì)將最早的查詢除去，加進(jìn)最新的一次查詢。如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會(huì)將頭一次的去除。4Clipboard 按鈕剪貼板可以幫助你保存或查看在一個(gè)或多個(gè)查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購剪切板中的內(nèi)容了。

24、將條目左邊的復(fù)選框選中，單擊"Add to clipboard"就可以將其加入剪切板中。當(dāng)點(diǎn)擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除。剪切板中最大的儲(chǔ)存數(shù)是500條。而放在剪切板中的內(nèi)容如果在一小時(shí)內(nèi)沒有任何操作，將會(huì)自動(dòng)消失。5Details 按鈕Details是用于幫助你查看PubMed的檢索策略。即在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動(dòng)地轉(zhuǎn)換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，使用Details鍵可以對(duì)檢索策略進(jìn)行編輯，然后再一次檢索。在PubMed Query框內(nèi)顯示的是PubMed實(shí)際使用的檢索策略和語法。該框下有四個(gè)區(qū)域：Result區(qū)顯示檢索結(jié)果的記錄總數(shù)，點(diǎn)擊這個(gè)數(shù)字，可回到檢索結(jié)果顯示屏；Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細(xì)情況；Database區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫；User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。要對(duì)檢索策略進(jìn)行編輯可直接點(diǎn)擊PubMed Query框中的檢索策略，將其增加、刪除或修改后點(diǎn)擊Search鍵。除了以上五個(gè)主要功能鍵以外，利用PubMed提供的其他一些功能，如MeSH 等，也可以在很大一部分程度上提高我們的檢索效率。在以后的若干章里，我