miRBase數(shù)據(jù)庫簡介

1、miRBase-microRNA序列數(shù)據(jù)庫目錄 microRNA簡介 miRBase簡介 miRBase的主要功能:1.miRNA注冊2.miRNA搜索3.特定miRNA具體信息4.miRNA靶標(biāo)預(yù)測5. 數(shù)據(jù)下載microRNA簡介microRNA(miRNA)是一類長約22個核苷酸的非編碼小RNA分子，最早在線蟲中發(fā)現(xiàn)，并廣泛存在于許多真核生物和細(xì)胞中，包括植物、動物、單細(xì)胞藻類、病毒等。miRNA主要通過與靶mRNA的結(jié)合，在轉(zhuǎn)錄后水平介導(dǎo)mRNA降解(多見于植物)或翻譯抑制(多見于動物)來調(diào)控基因表達(dá)。研究表明miRNA在動植物生長發(fā)育、動物細(xì)胞凋亡、癌癥發(fā)生以及植物應(yīng)答脅迫等方面發(fā)揮

2、重要作用。microRNA的命名規(guī)則：1. 將物種縮寫置于miRNA之前，成熟miRNA用miR表示，miRNA的基因或初級轉(zhuǎn)錄本中預(yù)測的莖環(huán)結(jié)構(gòu)則用mir表示；2. miRNA簡寫成miR，再根據(jù)其被克隆的先后順序加上阿拉伯?dāng)?shù)字，并且編號是連續(xù)的;3. 不同物種中同源的miRNA最好用同一個名字，同一物種中高度同源的miRNA在數(shù)字后加上英文小寫字母；4. 由不同染色體上的DNA序列轉(zhuǎn)錄加工而成的具有相同miRNA成熟序列而premiRNA序列不同的miRNA，則在后面加上阿拉伯?dāng)?shù)字以區(qū)分；5. 如果一個前體的2個臂分別加工產(chǎn)生miRNA，則根據(jù)克隆試驗，看看哪個是主要的成熟產(chǎn)物，次要的在后

3、面加“*”號。miRBase18226 hairpin precursor miRNAs21643 mature miRNAs 168 speciesmiRBase miRBase序列數(shù)據(jù)庫是一個提供包括miRNA序列數(shù)據(jù)、注釋、預(yù)測基因靶標(biāo)等信息的全方位數(shù)據(jù)庫，是存儲miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫之一；庫中所有數(shù)據(jù)都可以從首頁Download page或直接進(jìn)入FTP站點下載。 miRBase主要由三部分組成：miRBase database、miRBase Registry和miRBase Targets database。 而miRBase Targets database則已經(jīng)更名為

4、microcosm，并托管于EBI。miRNA注冊提交所用的格式為Fasta格式。最終，提交的序列將會加入到miRBase Sequence Database中。miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索hsa-let-7a-1 MI0000060 hsa-let-7a-1 MI0000060 UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAA

5、UCUACUGUCUUUCCUA miRNA搜索miRNA搜索特定miRNA具體信息 信息主要包括三部分：莖環(huán)結(jié)構(gòu)，成熟序列(包括miRNA*)和參考文獻(xiàn)。莖環(huán)結(jié)構(gòu)和成熟序列的序列信息都可以通過“Get sequence”得到相應(yīng)FASTA格式的序列。 莖環(huán)結(jié)構(gòu)部分除Accession、ID、Description、Stemloop信息之外，還包括Deep sequencing數(shù)據(jù)、Genome context、該基因相關(guān)的Database links、基因所屬Gene family。 成熟序列部分也包括Accession、ID、sequence和Deep sequencing信息，但還有試驗

6、證明(包括克隆、Northern以及Solexa測序等)和通過不同軟件預(yù)測的靶標(biāo)，并可通過鏈接查看。 References部分列的主要是Pubmed中有關(guān)該miRNA文獻(xiàn)的鏈接，這有利于用戶對該miRNA進(jìn)行全面了解。特定miRNA具體信息莖環(huán)序列Deepsequencing信息特定miRNA具體信息成熟序列Deep sequencing信息特定miRNA具體信息參考文獻(xiàn)miRNA靶標(biāo)預(yù)測 miRNA預(yù)測靶標(biāo)的查詢由Targets database負(fù)責(zé)，它主要針對動物miRNA靶標(biāo)的查詢。目前Targets database已更名為microCosm并托管于EBI。它運用的是miRanda算法，從多種物種基因組3UTR信息中找出潛在的miRNA靶標(biāo)。 用戶可以通過主頁鏈接或直接進(jìn)入MicroCosm(http：wwwebiacukenright-srv