系統(tǒng)發(fā)育樹的編輯

1、系統(tǒng)發(fā)育樹的編輯與圖形輸出*可用于系統(tǒng)發(fā)育樹編輯與圖形輸出的軟件很多，可根據(jù)研究目的和使用習(xí)慣選擇其中的一種或幾種 使用。與系統(tǒng)發(fā)育分析軟件一樣，各種編輯系統(tǒng)發(fā)育樹的軟件也可在一下網(wǎng)址下載： http:/evolution.genetics.washington.edU/phylip/software.html#Plottinghttp:/bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree editors.htmlDendroscop曲使用* 該軟件可免費(fèi)下載，地址是：rmatik.uni-tuebingen.de/software/dendroscop

2、e*該軟件安裝后必須注冊，否則部分功能無法解鎖，注冊密碼可在下載軟件的網(wǎng)頁內(nèi)的“Dowload”條目下點擊 “ Obtain a license key online”Use of the program requires a license. Academic licenses are freely available to all academic users. Usage in non-academic settings requires a free commerical license. All uses of the program must be acknowledged by

3、citing our paper on Dendroscope. Obtain a license key online.Your personal licence-key is:fuiceGUANGXI NORMALfuice 11590779一、樹的導(dǎo)入和選擇運(yùn)行"Dendroscope”，點擊"FileOperf,在彈出的"打開"對話框中指定要打開的樹文件，點擊"確定"按鈕即可導(dǎo)入樹文件。 如果一個文件中包含多棵樹， 可用"Tree Next Tree ”和"TreL Previous Tree"

4、菜單命令選擇。用“FilerRecent Files ”可直接打開最近編輯過的樹文件。用"WindowsEnter Tree ”菜單命令可以在彈出的"Input”小窗口中直接用鍵盤輸入一棵Newick格式的樹。二、樹的編輯1. 分支的選擇：用“ Select , ”菜單命令可根據(jù)需要選擇部分或全部分支。"SelectSelect All”:選擇全部分支和節(jié)點。用" Select Deselect All ”或?qū)⑹髽?biāo)移到非樹區(qū)域點擊左鍵可取消全部選擇。"SelectSelect Nodes”：選擇全部分支節(jié)點，包括末端分類單元；按住"

5、Shift”鍵點擊鼠標(biāo)左鍵可 選定任意數(shù)量的分支節(jié)點。用" Select Deselect Nodes "可取消對節(jié)點的選擇。"Select f Select Edges”：選擇全部分支；按住"Shift”鍵點擊鼠標(biāo)左鍵可選定任意數(shù)量的分支。用 "SelectDeselect Edges ”可取消對分支的選擇。"SelectSelect Labeled Nodes ”:選擇有標(biāo)簽的節(jié)點；按住" Shift”鍵點擊鼠標(biāo)左鍵可選定任意數(shù) 量的分支節(jié)點。用“ SelectDeselect Nodes ”可取消對這些節(jié)點的選擇。&q

6、uot;SelectSelect Labeled Leaves ”:選擇樹的分支末端（即樹葉 leaves），按住“Shift”鍵點擊鼠標(biāo) 左鍵可選定任意數(shù)量的分支末端。用" SelectDeselect Nodes "可取消對這些分支末端的選擇。"Select Select Root ”:選擇樹根節(jié)點，用"Select Deselect Nodes "可取消對樹根節(jié)點的選擇。"SelectSelect Non-terminal ":選擇不與分支末端相連的分支，按住" Shift"鍵點擊鼠標(biāo)左鍵可 選定任

7、意數(shù)量的非末端分支。用" Select Deselect Edges "可取消對這些分支的選擇。"Select Invert Selection ":可選定與剛才的選定的對象相反的對象。例如，先用"Select SelectNodes"命令選定分支節(jié)點，則用" Select Invert Selection "命令可轉(zhuǎn)而選定所有分支；先用" Select r Select Non-terminal "命令選定了不與分支末端相連的分支，則用" Select Invert Selectio

8、n "命令 可轉(zhuǎn)而選定所有的與分支末端相連的分支；先用" Select Select Root "選定了樹根節(jié)點，則用"Select r Invert Selection "命令可轉(zhuǎn)而選定所有的非根節(jié)點和分支；其余類推。2. 分支塌陷、提取子樹及導(dǎo)入分類單元圖像"OptionCollapse ": Collapse selected nodes可以使選定節(jié)點以后的分支塌陷，合并為一個關(guān)系不 確定的分支群。用"OptionUncollapse "命令可以指定恢復(fù)塌陷的分支；用"OptionUnco

9、llapse Subtree命令可以恢復(fù)選定節(jié)點以下的所有塌陷的子樹。"Optio nr Collapse Complement ": Collapse the complement of currently selected nodes 使當(dāng)前選定節(jié) 點的互補(bǔ)分支（即與選定節(jié)點構(gòu)成單系的分支？）塌陷。用"OptionUncollapse ”命令可以指定恢復(fù)塌陷的分支；用"OptionUncollapse Subtree "命令可以恢復(fù)選定節(jié)點以下的所有塌陷的子樹。"Optio nr Collapse At Level ":

10、 Collapse all nodes at given depth in tree在指定的分支水平上使分支 塌陷；分支水平的計算方法是從樹根算起，第 1個不與末端分支直接連接的分支為1級分支，1級分支之后的不與末端分支直接連接的分支為2級分支，其余類推。用"Optio nr Uncollapse ”命令可以指定恢復(fù)塌陷的分支；用"OptionUncollapse Subtree"命令可以恢復(fù)選定節(jié)點以下的所有塌陷的子樹。"Optio nr Extract Subtree": Extracts the subtree induced by th

11、e set of selected nodes提取由選定的節(jié)點集形成的子樹。"Optio nr Load Taxon Images ": Load taxon images from a directory, 從指定路徑導(dǎo)入分類單元圖像 （導(dǎo)入后若想刪除，應(yīng)該如何操作？）。"Optio nr Set Image Size ":可設(shè)置導(dǎo)入的分類單元圖像的高度。"Optio nr Image Position ": Set layout of images to the given position of label 調(diào)節(jié)分類單元圖像在與

12、 分支末端標(biāo)簽（分類單元名稱）的相對位置。*在“Option, ”菜單命令下還可生成不同要求的合一樹，但一般用戶不會使用該功能。3. 線條及分支末端標(biāo)簽（分類單元名稱）的編輯（1） 一般特性的編輯選定分支或分支末端標(biāo)簽，點擊"EditFormat"菜單命令（或?qū)⑹髽?biāo)移到選定的對象上單擊右鍵，在彈出菜單中選擇"Edit Edge Label "選項），在彈出來的"Format"對話框中可編輯線條粗細(xì)（Edge width ）、線條形狀（Edge style）、節(jié)點大?。∟ode size）、節(jié)點形狀（Node shape）、線條和末端標(biāo)

13、簽的顏色（在調(diào)色 板Swatches中調(diào)節(jié)，要選中"Line color "和a Label color "才能調(diào)節(jié)，"Recent"小調(diào)色板記錄了最近使用 過的顏色，因此，只要小調(diào)色板中有需要的顏色，也可以從小調(diào)色板中選擇調(diào)整）、標(biāo)簽的字體（Font） /字號（Size） /粗體（Bold ） /斜體（Italic）甚至旋轉(zhuǎn)標(biāo)簽（"rotate labe left"和"rotate label right”圖標(biāo)，要 使標(biāo)簽恢復(fù)原來的位置，點擊"View Reposition labels"菜單

14、命令）。（2）末端分支標(biāo)簽的查找與替換用“Edit Find/Replace ”菜單命令可以查找指定的末端分支標(biāo)簽并用新的標(biāo)簽替換。選定末端分支標(biāo)簽后單擊右鍵，在彈出菜單中點擊" Edit Node Label "選項將彈出"Input"對話框, 在“Edit Node Label ”欄內(nèi)輸入新的標(biāo)簽名稱，點擊“OK”按鈕即可替換原來的標(biāo)簽。4. 系統(tǒng)發(fā)育樹的圖形布局編輯使用“TreL, ”菜單命令可以選擇自己喜歡的或符合需要的圖形布局。5. 圖形的縮放與節(jié)點/線條標(biāo)簽的顯示及隱藏。（1） 圖形的放大與縮?。狐c擊“View Fully Contract

15、”或"ViewZoom to Fit ”菜單命令可以使樹緊縮而在屏幕上顯示整棵樹的輪廓；點擊"View Fully Expand ”菜單命令可以使樹的分類單元緊密排列但又可以清楚瀏覽（程序默認(rèn)的最佳顯示比例）；將鼠標(biāo)移到樹的區(qū)域內(nèi)的任何位置，滾動鼠標(biāo)滾輪可調(diào)節(jié)樹的分類單元之間的間隔（即緊縮或擴(kuò)展程度），以便瀏覽；點擊“ View Use Magnifier ”菜單命令可以顯示放大鏡用于放大和縮小圖的顯示比例（放大鏡以魚眼方式顯示樹的分類單元之間的間隔，即屏幕 中間的分類單元之間間隔最寬，兩側(cè)依次緊縮，一般情況下不必使用），再次點擊該命令可以隱藏放大鏡。將鼠標(biāo)移到窗口右側(cè)的滾

16、動條區(qū)域，滾動鼠標(biāo)滾輪可以上下滾動瀏覽樹的分支，也可直接用鼠標(biāo)拖動滾動 條或點擊滾動條上下兩端的和圖標(biāo)來滾動瀏覽。（2） 節(jié)點/線條標(biāo)簽的顯示、隱藏及查找/替換用"View Show Node Labels ”菜單命令可以顯示節(jié)點標(biāo)簽，用"View Hide Node Labels ”可以隱藏節(jié)點標(biāo)簽。用"ViewShow Edge Weights ”或"ViewShow Edge Labels ”菜單命令可以顯示線條標(biāo)簽，"Viewr Hide Edge Labels ”可以隱藏線條標(biāo)簽。"ViewSparse Labels ”:

17、Show sparse non-overlapping subset of all labels."ViewRadial Labels”: Rotate labels to match directions of edges."ViewReposition Labels ": Reset the positions of all labels.三、樹的輸出1. 以文本形式保存樹文件經(jīng)過編輯后的樹文件若想以文本形式保存，最好使用“Filer Save As,”另存，以便保留系統(tǒng)發(fā)育分析時生成的原始樹文件供不同分析時使用。保存時要注意選用合適的文件格式，可選"

18、;*.den” /"*.dendro”格式或其它格式“ All Files ”。若用"Filer Export，"菜單命令，則可選擇" Dendro”、"Newick ”或"Nexus"格式。2. 以圖形形式輸出樹文件發(fā)表論文時需要使用圖形系統(tǒng)發(fā)育樹，經(jīng)過編輯后的樹可通過" Filer Export image ,”菜單命令輸 出為圖形文件。輸出圖形前可將鼠標(biāo)移到系統(tǒng)發(fā)育樹的區(qū)域內(nèi)（見圖形的縮放），通過滾動鼠標(biāo)轉(zhuǎn)輪將分支之間的間距調(diào)整到最佳狀態(tài)，必須以矢量圖格式（*.eps）輸出圖形，以便保證圖形放大縮小時分辨率不

19、發(fā)生改變。FigTree v1.1.2.exef£ 用說明* 該軟件必須在 Java 環(huán)境下才能運(yùn)行。FigTree requires a Java Virtual Machine to run. Many systems will already have this installed. It requires at least version 1.5 of Java to run. The latest versions of Java can be downloaded from: .*該軟件可很方便地選擇樹的分支并根據(jù)需要設(shè)置不同的顏色，選擇合適的圖形布局，對樹重新賦根，調(diào)

20、節(jié)樹的分支線的粗細(xì)，顯示或隱藏節(jié)點和分支標(biāo)簽及調(diào)整比例尺等，但尚不知道如何編輯分類單元名稱。一、導(dǎo)入樹文件該軟件是一個免安裝可執(zhí)行文件，可與樹文件一起拷貝到一個獨立的文件夾下使用。雙擊該程序文件,用彈出來的“打開”對話框指定并打開需要編輯的樹文件。與其它許多軟件不同，該軟件必須在導(dǎo)入樹文 件時才能運(yùn)行，無法空載運(yùn)行；程序啟動后若要打開另外一個樹文件，則可點擊"FileOpen”菜單命令，程序?qū)⒃谝粋€新窗口中打開樹文件。、編輯樹文件1.查找FigTree v1.1提供了多種類型的查找功能，可用工具欄圖標(biāo)算寓或菜單命令“ Edit Find, Ctrl+F打開查找功能，最常用的應(yīng)該是根據(jù)

21、分類單元名稱查找。窗口上方的工具欄中有分支選擇模式圖標(biāo)CM2Selection Mode,用于設(shè)置分支選擇模式2. 樹的分支選擇及相關(guān)編輯(Selection Mode )。(1) 節(jié)點選擇模式(Node):在該選擇模式下，用鼠標(biāo)左鍵單擊分支可以選定單一分支，按住 "Shift 鍵用鼠標(biāo)左鍵單擊可選定多個分支，用“ EditSelect all Ctrl+A ”可以選定全部分支。(2) 分支選擇模式(Clade):在該模式下，用鼠標(biāo)左鍵單擊某一分支可選定組成該單系分支的所有子 分支(subclade)，即選定一個單系群( Monophyly )。(3) 分類單元選擇模式(Taxa):

22、該模式用于選擇和 編輯？分類單元標(biāo)簽。一旦選定全部或部分分支，窗口上方工具欄中分支選擇模式圖標(biāo)左邊的圖標(biāo)Csrtocm Collp槌E 蛔“槌槌Coloa 將被激活，由灰色顯示變?yōu)樯钌@示，可用于對樹進(jìn) 行編輯，與這些圖標(biāo)功能對應(yīng)的菜單命令均在“ Tree, ”菜單命令下。最常用的功能選項有：(1) 用“Colour”圖標(biāo)設(shè)置選定分支的顏色；(2) 用“Rotate”圖標(biāo)調(diào)換選定分支下的兩個二歧子分支的位置；(3) 用“Reroot”圖標(biāo)以選定分支為參照重新對樹賦根。若要取消重新賦根的操作，則在窗口左邊工具欄的"Tree”選項下取消"Root tree”選項，或用"

23、;TreeClear rooting”菜單命令即可)。3. 編輯樹的圖形布局在FigTree窗口的左邊有一列工具欄(如左下圖)，第一項即為“Layout”功能。點擊靠左邊的“匚上按鈕，可顯示該功能選項的下拉菜單選項(如右下圖)。其它功能選項的選擇操作與“ Layout”相同。 I LayoutZoairi:Expansion：Fish Eye：Root Length:FlUAlign Tip LabelsCurvature:這三個按鈕用于選擇樹的不同布局形狀;表示 "rectangular layout”,JI.J.-I.I.L.LI.11!L表示“Polar layout”,表示

24、"Radial layout”。即直角分支形狀，"Zoom”:放大或縮小樹的顯示比例。aExpansion”:調(diào)整分支之間的距離?！癋ish Eye”：調(diào)整樹的廣角效果，即中間分支間隔較寬，上下兩邊分支間隔較窄。"Root Length ”:調(diào)整根的長度。"Curvature”:調(diào)整分支的曲度"Align Tip Label ”:選擇物種名稱（或標(biāo)識符）是否右對齊。選擇 a Polar layout ”形狀時，將出現(xiàn)以下幾個選項："Root angle ”、"Aangle range ”、"Root length”

25、可供調(diào)節(jié)。若需對樹的形狀作更多的調(diào)整，需要使用窗口左邊工具欄中branches”選項，前者可以按節(jié)點順序（升序"Tree"選項下的 "Order nodes"和 atransformincreasing或降序decreasing）排列樹的分支，后者可按"等（proportional）等顯示樹的形狀。長"（equal）、"進(jìn)化分支圖"（cladogram）和"根據(jù)比例顯示"4. 選擇樹：用“ Current tree”選項可以選擇需要顯示和編輯的樹（如果樹文件中保存有多棵樹） 可以通過"

26、TreL Next tree/Previous tree ”來選擇。5. 調(diào)整分支線條粗細(xì)：用"Appearance”選項下的"Line weight”選項可以調(diào)整樹的分支線條粗細(xì)（左TreesUser Seiedti. v0 Order nodesOrdering: otecr的sL v，TrarikSforini branches下圖）。6.調(diào)整樹：用"Tree”選項可以對樹根"root tree”、節(jié)點順序order nodes和分支改變（transform branches） 等進(jìn)行調(diào)整； atransform branches”選項下有 &qu

27、ot;equal”、"cladogram”（進(jìn)化分支圖， 進(jìn)化樹）和 "proportional”3.編輯樹的圖形布局”三個選項。調(diào)整樹的更多選項可參考“2.樹的分支選擇及相關(guān)編輯”和7.調(diào)整樹的末端標(biāo)簽：用"Tip labels”選項可以對樹的末端標(biāo)簽進(jìn)行設(shè)置。T 0 Tip Labeb Jfc*T 回 Node LabelsDisplay:Font Size:Format：Si% Digits:Branch lengths (ra. v12 0DecimalV11 :8.調(diào)整節(jié)點標(biāo)簽：用"Node labels”選項可以對樹的節(jié)點標(biāo)簽進(jìn)行設(shè)置。9.調(diào)

28、整分支標(biāo)簽：用"Branch lab 選項可以對樹的分支標(biāo)簽進(jìn)行設(shè)置OT 0險如.輜* AuiOftierticLrtel spacing:1.0Tick spacing:05Origin value:0.0Font Size:a CSig. Digits:4.*|Line Weight;1 z10. 調(diào)整比例尺：用“ Scale Bar”選項可以對比例尺進(jìn)行設(shè)置。11. 調(diào)整比例尺基準(zhǔn)線(Axis):用"Scale axis”選項可以對樹的比例尺基準(zhǔn)線進(jìn)行設(shè)置。三、輸出樹文件1. 以文本形式保存樹文件經(jīng)過編輯后的樹文件若想以文本形式保存，最好使用“ Filer Save

29、As,”另存，以便保留系統(tǒng)發(fā)育分 析時生成的原始樹文件供不同分析時使用。2. 以圖形形式輸出樹文件發(fā)表論文時需要使用圖形系統(tǒng)發(fā)育樹，經(jīng)過編輯后的樹可通過“Filer Export Graphic , Ctrl+E ”菜單命令輸出為圖形文件。FigTree以某些格式輸出圖形文件時背景色為彩色，這是軟件本身的缺陷，因此輸出時要選用那些背景色為白色的圖形格式。TreeView的使用一、樹的導(dǎo)入和選擇運(yùn)行Treeview，點擊"Filer Open”菜單命令，在"打開"對話框中將"文件類型”設(shè)置為" All files (*.* )”，選定要打開的樹文

30、件，點擊“打開”按鈕即可導(dǎo)入樹文件。也可直接在相應(yīng)的文件夾下選定要打開的樹文件，點擊右鍵，在彈出的菜單中選擇“打開”，然后在彈出的“打開方式”對話框中選擇“TreeView”, 點擊“確定”按鈕。當(dāng)一個樹文件中包含有多棵樹時，用TreeView打開文件時顯示的是文件中的第1棵樹。要顯示其它的樹，可通過"TreeChoose,"菜單命令選擇或直接使用窗口上方的工具欄圖標(biāo)前一種方式可任意選擇，后一種方式只能按順序選擇。二、樹的編輯1.樹的圖形形狀選擇通過“ Edit(1)樹的形狀風(fēng)格(Tree style)可直接通過窗口上方工具欄圖標(biāo)r Preferences ”菜單命令選擇，

31、在彈出來的"Preferences”窗口的"Tree style標(biāo)簽”中為何不能設(shè)置樹的形狀風(fēng)格？"Radial tree”:無根樹，與"TreeUnrooted "菜單命令對應(yīng)。Cladogram與 "Treer Slanted cladogram菜單命令對應(yīng)。Rectangular cladogram”:與 "TreeRectangular cladogram” 菜單命令對應(yīng)。Phylogram”:與"TreePhylogram”菜單命令對應(yīng)。(2)樹的節(jié)點順序：可通過"TreeOder”菜單命令進(jìn)行

32、設(shè)置。2.樹的分支編輯通過"EditEdit tree , Ctrl+E ”菜單命令，可以打開"Tree Editor”窗口對樹進(jìn)行編輯。"Tree Editor”窗口上方工具欄中有一排快捷編輯圖標(biāo)同也可僉馳虺坦，各圖標(biāo)的功能如下:"Move branch ":要恢復(fù)被打破的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,弋! "Collapse branch”：打破該分支與鄰近分支之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。點擊"EditUndo Collapse branch”菜單命令即可；該命令只能恢復(fù)前一步的操作，無法前幾步的操作?；謴?fù)操作則點擊 "Edit Undo%： "Collaps