有關(guān)微生物菌種名稱方面值得注意的幾個(gè)問(wèn)題

1、第八屆全國(guó)分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)-會(huì)議特邀報(bào)告有關(guān)微生物菌種名稱方面值得注意的幾個(gè)問(wèn)題方呈祥陶夭申#第八屆全國(guó)分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)-會(huì)議特邀報(bào)告#第八屆全國(guó)分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)-會(huì)議特邀報(bào)告（武漢大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，武漢，430072 ）一、新分類單元的命名UN無(wú)論是系統(tǒng)微生物學(xué)的研究，還是微生物的開(kāi)發(fā)應(yīng)用，都希望能獲得具有學(xué)術(shù)價(jià)值 或應(yīng)用潛力的優(yōu)良菌種，其中有些屬于新的分類階元（單元），包括新科、新屬、新種 或新亞種。早期的微生物分類主要在形態(tài)特征、生理生化特性確定菌株的分類地位，現(xiàn) 在已發(fā)展為多層次的綜合分析，即多相分類。它包括形態(tài)特征與生理生化特性；細(xì)胞壁、 細(xì)胞脂肪酸、釀?lì)悺⒅崤c

2、磷酸類脂的測(cè)定；酶譜與蛋白質(zhì)的分析；DNAG+Cmol%、 DNA指紋圖譜、16S rRNA （18S rRNA）測(cè)序、DNA分子雜交等，根據(jù)所有的分析結(jié) 果最后確定其分類地位。根據(jù)現(xiàn)在有效的國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)的規(guī)定，新分類單元的命名 應(yīng)遵循幾個(gè)原則：1. 分類單元的科學(xué)名稱必須作拉丁文處理，種以上分類單元的名稱是單個(gè)拉丁詞；2. 屬以上分類單元的名稱是名詞、拉丁詞源與希臘詞源作名詞的形容詞或拉丁化的 詞，為陰性、復(fù)數(shù)，且首位字母大寫(xiě)；3. 屬或亞屬的名稱是一個(gè)名詞或用作名詞的形容詞、單數(shù)、且首位字母大寫(xiě)； 但要注意:1）該名稱可取自任何來(lái)源，甚至可以任意方式進(jìn)行組合;2）如果為記念人，屬和亞屬

3、名稱均為陰性形式，無(wú)論是紀(jì)念男性或女性者;3)避免植物或動(dòng)物名稱列入細(xì)菌屬名;4)種的加詞可以取自任何來(lái)源，甚至可以任意組成。3第八屆全國(guó)分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)-會(huì)議特邀報(bào)告#第八屆全國(guó)分析微生物學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)-會(huì)議特邀報(bào)告也要注意：a. 作為形容詞必須與屬名的性別一致:b. 作為名詞則要與主格同格：c. 所有格用作名詞。作為種的加詞還須注意:a.種的加詞要提示種的性質(zhì)或來(lái)源；b. 避免選用表達(dá)一個(gè)屬中全部種或幾乎全部種共同性狀的加詞;c. 加詞取自人名要注意尾詞的變化；d. 在同一屬中要避免非常相像的加詞。細(xì)菌命名規(guī)則比較復(fù)雜，只有極少數(shù)對(duì)這種規(guī)則有所了解。法國(guó)微生物學(xué)教授 Euzeby已將發(fā)

4、表的命名不合乎法規(guī)要求的原核生物名稱在其網(wǎng)站上列出，數(shù)量很 多，約500個(gè)原核生物名稱。因此，在發(fā)表新分類單元之前要先閱讀相關(guān)的命名法則， 力求使新的微生物名稱命名準(zhǔn)確。二、模式的指定發(fā)表一個(gè)新的分類單元需指定模式(type)。一個(gè)新的種要指定模式菌株(type strain)、一個(gè)新的屬要指定個(gè)模式種(type species), 一個(gè)新的科要指定一個(gè)模式屬(type genus)。模式有主模式與單模式、后選模式與新模式之分。主模式(holotype) 是作者在發(fā)表一個(gè)種或亞種名稱的原始論文中明確指定的模式菌株，而單模式 (monotype)是在一個(gè)新的分類單元中只有作者描述的一個(gè)菌株，且作

5、者未指定該菌株 為主模式，該菌株為單模式。若分類單元中無(wú)主模式，后被原作者或他人指定為模式菌 株，該菌株為后選模式(lectotype)；如果原指定的模式由于性狀改變或已喪失或因其 它原因不宜作為模式，應(yīng)將此情況提交給裁決委員會(huì)審核后進(jìn)行更替，這種后來(lái)指定的 模式為新模式(neotype)0三、模式菌種的保藏% m3一個(gè)新分類單元的模式十分重要，它將在今后幾十年，甚至幾百年都具有重要作用。 新分離物要與已有模式菌種作比較才能確定其分類地位。以前IJSB明確規(guī)定，發(fā)表在 IJSB刊物上的模式菌種須保藏在公眾可以隨時(shí)獲得的永久性菌種保藏機(jī)構(gòu)；近幾年，國(guó) 際原核生物系統(tǒng)委員會(huì)又作了修改，規(guī)定自200

6、2年8月開(kāi)始指定的模式菌種至少保藏 在兩個(gè)不同的國(guó)家、且被公認(rèn)的菌種保藏中心，論文正式發(fā)表前須將該菌種的保藏證明 提交給編委審核，否則該論文不予發(fā)表。據(jù)說(shuō)我國(guó)微生物學(xué)報(bào)曾也有相應(yīng)的規(guī)定，要求 發(fā)表新分類單元名稱要將其菌種予以保藏。但是后來(lái)自行取銷了這種要求。實(shí)際上，這種將模式菌種存放在為公眾服務(wù)的菌種保藏機(jī)構(gòu)是應(yīng)當(dāng)?shù)?、合理的，我?guó)應(yīng)恢復(fù)這種做 法。新名稱的合格化一旦新名稱在IJEMS (以前為IJSB)之外的學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表，尚需在IJEMS進(jìn)行合格化，否則，這個(gè)新名稱不被國(guó)際認(rèn)可。合格化的具體要求:7第八屆全國(guó)分析微生輸學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)會(huì)議特遨報(bào)告1.向IJEMS編輯部提出合格化的要求:3.2提定

7、模式；將在其它刊物上發(fā)表新名稱的原始論文或其復(fù)印件提交給IJEMS編輯;4IJEMS將委托相關(guān)專家進(jìn)行審核，如果發(fā)現(xiàn)有些研究?jī)?nèi)容、數(shù)據(jù)不充分或沒(méi)有,則需予以補(bǔ)充，直至達(dá)到相關(guān)微生物的最低描述標(biāo)準(zhǔn)為止;5.新名稱在IJEMS合格化專欄中公布。五、菌種名稱的信息跟蹤從事微生物學(xué)研究與應(yīng)用都要了解微生物名稱的信息。由于分子生物學(xué)、化學(xué)分析 以及計(jì)算機(jī)等學(xué)科的快速發(fā)展，傳統(tǒng)的微生物分類學(xué)隨之發(fā)生了很大的變化；研究?jī)?nèi)容、 方法與技術(shù)有了很大的拓展，微生物菌種鑒定的時(shí)間也縮短了許多。而且原命名的微生 物名稱有可能成新組合。一旦該菌株的分類地位發(fā)生變化，雖然研究的菌種編號(hào)不會(huì)改 變、菌種的主要特性沒(méi)有改變，

8、但該菌種在系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的位置卻出現(xiàn)了變化，它與其他 生物的親緣關(guān)系隨之改變，這將對(duì)我們選用該菌種的研究思路產(chǎn)生影響，有時(shí)影響重大。 因此，作為微生物學(xué)者要經(jīng)常跟蹤菌種名稱信息。當(dāng)然，查閱微生物名稱信息可從相關(guān)著作或論文中獲取。現(xiàn)在可充分利用網(wǎng)絡(luò)工具在短時(shí)間內(nèi)獲取大量的信息，包括很早前的信息和新的信息。這方面的網(wǎng)站很多，這里 主要介紹兩個(gè)網(wǎng)站。1)法國(guó)Euzeby網(wǎng)站Euzeby所收集了大量的微生物方面的信息，特別是原核生物名稱，凡得到國(guó)際認(rèn)可 的細(xì)菌名稱及其相關(guān)信息均可查到(阻“ bacterio. cict. fr, list of prokaryotic names with standin

9、g in Nomenclature, LPSN),按名稱的字母排列歸類，而且也記載 著1980年1月1日至今每年各種原核生物分類單元的統(tǒng)計(jì)數(shù)，每個(gè)原核生物名稱命名 的文獻(xiàn)源、名稱的變化歷史。同時(shí)也將1980年1月1日以前的細(xì)菌名稱確認(rèn)名錄進(jìn)行 歸類統(tǒng)計(jì)。為了方便用戶，Euzeby還將與細(xì)菌命名的相關(guān)法規(guī)及其詳細(xì)要求放在網(wǎng)站上, 很多問(wèn)題在此便可以解決。該網(wǎng)站信息更新快，統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)較多，是一個(gè)很有用的微生物 學(xué)網(wǎng)站。2)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)10第八屆全國(guó)分析微生輸學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)會(huì)議特遨報(bào)告#第八屆全國(guó)分析微生輸學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)會(huì)議特遨報(bào)告該網(wǎng)站的特點(diǎn)是收集的信息廣、范圍寬，只要在相關(guān)刊物上發(fā)表的微生物名稱均被收集#鋸八屆全國(guó)分析微生場(chǎng)學(xué)學(xué)術(shù)研討會(huì)-僉議特邁報(bào)告其中，并且進(jìn)行歸類與統(tǒng)計(jì)，發(fā)布在網(wǎng)站上。該網(wǎng)站將微生物名稱按系統(tǒng)微生物學(xué)層次 進(jìn)行歸類，查閱者可按Woese界定的三域方便查取相關(guān)信息。同時(shí)對(duì)21個(gè)屬的生物有 關(guān)分子生物學(xué)信息也收集其中。因此，它所公布的微生物名稱繁多、相關(guān)信息豐富、覆 蓋面寬，是微生物學(xué)者應(yīng)經(jīng)常