SnapGene中文使用教程

1、精品文檔SnapGene#用教程SnapGene中的幾個View介紹View1:Map1.翻開一個質粒圖譜文件,在 Topology option 處選擇circular .得如下界面:顯示質粒圖譜的酶切位點.右側箭頭可顯示不同廠家出售的酶.:顯示質粒圖譜的開放閱讀框及轉錄方向.點擊其顯示的箭頭可顯示該 ORF勺片段大小、GC%：等一些信息.顯示片段名稱.給非編碼序列命名：如多克隆位點.先找到質粒圖譜中的多克隆位 點的第一個酶切位點和最后一個酶切位點.點擊左側sequence找到兩個酶切位點之間的序列.View2:Sequence點擊Sequence,得到如下界面:顯小編碼的氨基酸序列,有縮寫

2、和全寫兩種View3: Enzymes點擊Enzymes得到如下界面：1歡送下載1I I精品文檔View4： Features點擊Features ,得到如下界面:顯示各個已命名片段的一些特點.二、對片段進行注釋1 .給編碼序列命名：點擊其中一個箭頭,按 FeaturefAdd Translated Feature ,彈出以下窗 口：Feature :給該片段命名.Type :選擇該片段的類型,右側箭頭代表閱讀方向.Color :選擇顏色.2 .給非編碼序列命名：如多克隆位點.先找到質粒圖譜中的多克隆位點的第一個酶切位點和 最后一個酶切位點.點擊左側 sequence s . q “m.,找到

3、兩個酶切位點 之間的序列.3 .給質粒圖譜增加引物序列：按Edit - Find ,輸入引物序列,找到質粒序列對應位置,點擊 Primers-Add primer ,彈出該界面：精品文檔按上下游引物選擇 Top Strand還是Bottom Strand ,在Primer處可給該引物命名,隨后即可顯示該引物在圖譜Map中的位置.:、 創(chuàng)立新DNAC件1 .翻開SnapGene點擊New DNA File ,彈出以下窗口：在Create the following sequence 窗口下輸入DNAff歹U,并對該文件命 名,點擊 OK或是點擊Import from Genebank ,輸入NC

4、BI中某序列的access number,點擊 OK2 .此時彈出如下窗口:a,r|WM> -利 Um f Wl3 .對該序列進行注釋：點擊 Features -Add Feature ,對該序列進行命名注創(chuàng)立質粒圖譜文件方法相同.四、處理序列譯信息1 .創(chuàng)立一個DNAff列文件,點擊2 .顯示如下箭頭：3歡血下載精品文檔2黃色箭頭代表的是上面一條鏈編碼序列,綠色箭頭代表的是下面一條鏈編碼序3 .點擊Sequence,點擊 右側箭頭,選擇All 6 Frames ,可得到編碼序列的 所有情況,其中 . 代表的是終止密碼子4 .添加內含子：根據(jù)內含子的位置,點擊 EditfSelect R

5、ange ,輸入內含子堿 基位置.點擊 Features -Delete Feature Segment ,得到如下列圖：紫色粗帶為外顯子,虛線為內含子局部.五、引物、PCRffi突變繪制1.PCR引物繪制：在多克隆位點處找到適宜的兩個酶切位點.如BamHI和XbaI,在目的基因兩側截取 15-30bp序列,點擊Primers -Add primers ,選擇 top strand 或 bottom strand , 如圖：給該引物命名,然后點擊Insertion ,在該引物上添加之前選擇好的酶切位點 序列,如圖選擇了 BamHI點解Insert :4歡血下載精品文檔Add Fhimci-E&

6、#39;睢串4JKiff jJCmJIL Iu*r tiiM lAEiTt Ed riW-MFI* GCAlMIMst包囪. 口&七HT日girtHJ* di*,*TrrTv* 冽竄rngr ML'SJixurl:IiUjM'I：iMrl'CT/J務.PTT-TIlJI- d> .MnW&cn MflDJ Banll MaplS 日叩：曲國puJilDp-G AT-：1 tl -： TTCTO AHmdnrAhJprim»f 1TTACAA&*T&ACG*CGATAAGAGCC-CtiGGCi9GATCC/iA；CTTCT

7、GCAGii5ftAr-AiTOrrCCTATMTfllCTATTCTrOftaCCCiCCT*aflTTe.OAAGACflTCCrTiiltc葡qiE4占* 1； af a然后在該序列5'端上添加數(shù)個堿基作為保護堿基.點擊完成.下游引物設計相同,不再贅述.2.突變引物繪制：在目的基因上截取一小段包含要突變位點的序列,點擊 Primers -Add primers ,為該引物命名,在5'序列突變位點的三個堿基畫 黑,如圖：點擊Insertions ,選擇突變成的氨基酸,點擊Insert.即可獲得該突變引物, 點擊Reverse Complement,可獲得反向引物.Hindl

8、ll 和六、模擬標準限制性克隆1.翻開被插入片段的質粒圖譜,選擇適宜的兩個酶切位點,如5歡血下載精品文檔點擊 Actions -Insert Fragment ,點擊 HindIII+ 鍵盤 Shift 鍵+ApaI,點擊 Insert ,在source of fragment 處選擇插入的目的片段來源.點擊上述同樣的 酶,給該重組質粒命名,點擊 clone o七、模擬融合克隆1.翻開一個需要插入片段質粒圖譜,點擊ActionsfInsert One Fragments ,3 .點擊Fragment,在Source of Fragment 處選擇替換片段的另外一個質粒圖 譜.此時彈出另外一個質粒圖譜圖樣.4 .點擊用于替換的片段,觀察該片段閱讀方向與被替換質粒位點的方向是否一致,如不一致,點擊. 更