基因檢測服務(wù)詳細(xì)流程

1、因泰生命科技公司服務(wù)流程-可編輯修改-2018.1.1、尸,、刖言成都因泰生命科學(xué)技術(shù)有限公司 （以下簡稱：因泰生命）依托四川大學(xué)華西醫(yī)院轉(zhuǎn)化神經(jīng)科學(xué)中心神經(jīng)疾病研究室、四川大學(xué)華西醫(yī)院遺傳研究室暨生物治療國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室疾病基因組學(xué)研究室，致力 于“打造基于基因技術(shù)的個體差異化精準(zhǔn)醫(yī)療和健康管理系統(tǒng)”，我們 以基因檢測技術(shù)、信息工程、移動互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)和傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的治未病為 紐帶，秉承“差異化治療”的理念，形成涵蓋“測、防、治”三個方面的 完整體系，全面介入服務(wù)大眾的大健康產(chǎn)業(yè)。總體來說，基因檢測服務(wù)是從檢測前咨詢開始： 首先要了解受檢 者的預(yù)期，明確患者的檢測目的，如用藥指導(dǎo)，耐藥后尋找新的方案,

2、 是僅檢測一個基因或多個基因突變狀態(tài)等， 幫助他們選擇合適的產(chǎn)品。還有更重要的是及時發(fā)現(xiàn)是否有家族遺傳史， 保證家庭成員可以及早 調(diào)整生活方式，作體檢時就密切關(guān)注的相關(guān)問題。 這些都是需要在這部分搞清楚。其次就是樣本的獲取與運(yùn)輸、DNA制備與文庫構(gòu)建、質(zhì)控與上機(jī)測序。應(yīng)該取多少組織樣本，應(yīng)該采取哪些樣本，這根據(jù) 檢測目的不同而不同。血液樣本應(yīng)該在醫(yī)療機(jī)構(gòu)采集，而唾液、口腔 上皮細(xì)胞則可以用我們提供的采集盒，按要求要家中自行完成。然后, 快遞到華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心。由專家進(jìn)行處理，然后進(jìn)行基因序列的檢rH測。得出數(shù)據(jù)后，由相關(guān)的遺傳學(xué)家，分子生物學(xué)家進(jìn)行專業(yè)的數(shù)據(jù) 分析，要沒有分析這一步，再多的數(shù)據(jù)

3、也是沒有用的，我們?yōu)槭軝z者 做的，就是從大量的數(shù)據(jù)中，找出有用的信息。最后就是解讀了，對 受檢者提出風(fēng)險(xiǎn)提示，為臨床醫(yī)生提供，對臨床實(shí)踐又何指導(dǎo)，這就 是做基因檢測的核心意義。一、基因檢測總體步驟我們目前的服務(wù)流程，主要由四個部分組成： 檢測前咨詢；實(shí)驗(yàn) 室處理；信息分析；臨床解讀。有以下幾個步驟:1、受檢者通過醫(yī)院專科門診醫(yī)生或直接向具有臨床檢測資質(zhì)的機(jī)構(gòu)提出檢測需求。目前絕大多數(shù)受檢者都是通過醫(yī)院或醫(yī)生的建議 送檢，也有少數(shù)自己送檢，這主要是因?yàn)槟壳按蟊妼驒z測的認(rèn)識 程度和檢測后續(xù)的指導(dǎo)治療和遺傳咨詢都離不開臨床醫(yī)生。2、醫(yī)生或檢測機(jī)構(gòu)的專業(yè)人員根據(jù)受檢者的實(shí)際情況制定最優(yōu)的檢測方案，

4、并將檢測的必要信息（包括服務(wù)內(nèi)容、周期、價(jià)格、潛 在的風(fēng)險(xiǎn)等）告知受檢者，做到知情同意;3、受檢者簽署知情同意書。4、樣本采集：受檢者在醫(yī)院采集血液樣本，或利用檢測機(jī)構(gòu)提供的樣本采集裝置如唾液采集盒、口腔上皮細(xì)胞采集棒等，按照要求 采集樣本并郵寄至檢測機(jī)構(gòu);5、華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心按照標(biāo)準(zhǔn)流程完成基因檢測;6、華西分子生物學(xué)和遺傳學(xué)家，對檢測結(jié)果進(jìn)行專業(yè)的分析,出具檢測報(bào)告。7、然后將檢測報(bào)告發(fā)送給醫(yī)生或直接發(fā)送給受檢者，并協(xié)助醫(yī)生為愛檢者對報(bào)告進(jìn)行解讀，使受檢者能完整、準(zhǔn)確地理解檢測結(jié)果。8、所需要進(jìn)一步服務(wù)的，可以預(yù)約到華西醫(yī)院遺傳室進(jìn)行進(jìn)步咨詢。二、操作規(guī)范1、檢測前咨詢部分1.1的,知道檢

5、測技術(shù)的局限性，做好患者的預(yù)期控制。患者預(yù)期。主治醫(yī)生與患者需要充分溝通，明確該基因檢測的目1.2產(chǎn)品選擇。對于基因檢測產(chǎn)品來說，產(chǎn)品選擇幾乎等同于檢測基 因的選擇。哪些基因需要強(qiáng)行檢測、哪些基因推薦檢測、哪些基因有定的檢測價(jià)值，這些需要闡述清楚。實(shí)際操作過程中，不應(yīng)以經(jīng)濟(jì) 利益為導(dǎo)向，而是根據(jù)患者的經(jīng)濟(jì)情況與病情，綜合選擇。1.3臨床信息?；颊叩呐R床信息對于基因檢測報(bào)告者有重要意義，信息掌握越全面報(bào)告越個性化，咨詢解讀也更有針對性。因此，需要提 供完整詳實(shí)的臨床申請單。二、實(shí)驗(yàn)部分2.1樣本類型。需要明確一點(diǎn)，能夠運(yùn)用無創(chuàng)的盡量用無創(chuàng)（唾液與血液）。固體：手術(shù)樣本，穿刺樣本，石蠟包埋組織，石

6、蠟切片組織;液體：全血，血清+血細(xì)胞，胸水，腹水，唾液。1）手術(shù)樣本：（腫瘤組織50mg，癌旁正常組織25mg，收到組織后立即用至少5倍體積的10%中性福爾馬林固定液固定），切片 25張以上，厚度5呵，腫瘤細(xì)胞占比50%，壞死組織區(qū)域10% ,4-8 C且24h內(nèi)送達(dá)實(shí)驗(yàn)室。2）穿刺樣本：穿刺一針以上，腫瘤細(xì)胞占比50%，壞死組織區(qū)域 10% , 4-8 C且24h內(nèi)送達(dá)實(shí)驗(yàn)室。3）石蠟包埋組織：常溫保存運(yùn)輸即可，最好是 1年以內(nèi)。4）石蠟切片組織：常溫保存運(yùn)輸即可，最好是 6周以內(nèi)。5）全血：6ml-10ml for NGS （Streck 管，含有保存液，負(fù)壓真空抽 滿），輕輕垂直平面90

7、。旋轉(zhuǎn)10次，6-25 C （常溫）運(yùn)輸，3 （7）日 內(nèi)送達(dá)，可用干冰/制熱劑制造維持環(huán)境溫度。6）血漿+血細(xì)胞 （普通試管）：抽血后 2h內(nèi)將全血4C 1600g離心10min ,分別收集上清和沉淀至離心管中； 上清再4C 16000g離心10min，收集上清血漿轉(zhuǎn)移至 15mL離心管中。血漿+血細(xì)胞樣品，均圭寸口膜圭寸口，干冰運(yùn)輸。2.2 :質(zhì)量控制。質(zhì)控不合格，只有重新采樣。標(biāo)準(zhǔn)流程只需要0.1-1血 DNA ,DNA 的 0D 260/280 在 1.8-2.0 之間，RNA 的 RIN 值為.0。實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)，只要RIN值大于7,就可以獲得比較滿意的結(jié)果。（RIN :RNA完整值）。

8、總的來說，質(zhì)控兩個指標(biāo)： 足夠的DNA量和完整的DNA基因組。這個步驟在構(gòu)建文庫后上機(jī)測序前完成。2.3 :文庫構(gòu)建。這步是為獲取足夠量的/目的的/前期適合上機(jī)測序而 標(biāo)準(zhǔn)處理的DNA。其程序主要有：片段化，連接，擴(kuò)增。2.4 :上機(jī)測序。我們把采集到的樣品分離提純成需要的基因組 DNA , 再把這些DNA打成小片段，然后再在這些 DNA小片段兩頭接上識別標(biāo)記和測序接頭，最后再通過基因捕獲技術(shù)篩選出目的DNA，根據(jù)需求PCR擴(kuò)增。然后，就可以上機(jī)測序了。 上機(jī)測序的過程就是讀取這些DNA小片段的序列，如 ATCTGGCTT.(160bp)，這樣萬級、億級的DNA片段個數(shù)。三、信息分析部分3.1

9、 :下機(jī)數(shù)據(jù)識別。每個患者都有 數(shù)以億計(jì)的DNA小片段，10到90G的數(shù)據(jù)量，每次又會同時做幾個到幾十個，這時就必須將不同患者的DNA小片段進(jìn)行分類。在構(gòu)建文庫的加接頭步驟時，都加上了Barcode序列，同一個患者使用同一個 Barcode，不同的患者使用不同的Barcode，那么計(jì)算機(jī)通過這個 Barcode就可以識別出不同受檢者的數(shù)據(jù)，然后分類。3.2 :圖像轉(zhuǎn)換。下機(jī)的時候那些DNA片段最初其實(shí)是圖像格式的, 例如紅色表示堿基A，綠色表示堿基T，借助計(jì)算機(jī)將圖像轉(zhuǎn)換成基 因序列。3.3 :比對到基因圖上。將這些上以億級的DNA小片段歸位，當(dāng)然每 個染色體上的每個位置下面一般不止一條 DN

10、A片段，這就是測序深度，如果測序深度為10000，那么理論上該位置下面就應(yīng)該有10000條DNA片段。這也是在上機(jī)之前構(gòu)建文庫時，通過調(diào)節(jié)PCR擴(kuò)增來實(shí)現(xiàn)。這一步就是 將散亂的DNA小片段比對到參考基因組上，從 而實(shí)現(xiàn)它們的定位。3.4:計(jì)算突變頻率。假如1號染色體的500位到第650位有10000個DNA片段，那么測序深度就真的是10000嗎？在這里需要做一個辨別，如果這10000條DNA片段有9000條是一模一樣的，那么我 們認(rèn)為這是一條DNA片段PCR擴(kuò)增出來的，這9000條只能算作1 條，這時候有效測序深度為1001。在某個特定的位點(diǎn)，如果這1001 條DNA片段有100條發(fā)生同樣的與參考基因組不一樣的變化，我們 就認(rèn)為該點(diǎn)的突變頻率為10%。這10%的突變頻率（血液腫瘤驅(qū)動 基因突變?yōu)槔┮馕吨貉褐械腸fDNA有10%是ctDNA，從而反應(yīng)患者的腫瘤病灶有一部分癌細(xì)胞發(fā)生了該突變，若有針對該位點(diǎn)的 靶向藥，那么可根據(jù)情況推薦使用。3.5 : 1）原始數(shù)據(jù)過濾；2）數(shù)據(jù)比對BWA ； 3）比對文件處理；4）去除PCR重復(fù)dedup ； 5）mpileup文件生成samtools ； 6）體細(xì)胞SNV、In del變異檢測；7）體細(xì)胞Fusion檢測；8）體細(xì)胞SNV、In del變異注釋ann ovar ； 9）突變質(zhì)量檢測。四、臨床解讀部分華