蛋白質(zhì)PDB文件說明

1、字符集合只是一些非控制型字符，象空格和結(jié)束符，出現(xiàn)在PDB文件記錄中。也就是：abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ 1234567890 - = ; , . / ! # $ % & * ( ) _ + | : ? 空格和結(jié)束符。結(jié)束符根據(jù)系統(tǒng)而定，Unix用一行字符，而其他的系統(tǒng)可能就用一個(gè)回車來表示。特殊字符希臘字母就詳細(xì)的拼寫出來。比如：, , 原子用DOT表示。右箭頭用-表示。左箭頭用-表示。上標(biāo)用兩個(gè)等號(hào)表示開始和結(jié)束。比如：S2+下標(biāo)用一個(gè)等號(hào)來表示開始和結(jié)束。比如：F=c=如果等號(hào)兩邊至少有一邊有一個(gè)空格，那么這個(gè)

2、字符就是表示等號(hào)。比如：2 + 4 = 6逗號(hào)，冒號(hào)和括號(hào)用來表示文檔中的分界苻，也就是下面幾種中的一種：List SList Specification List Specification 如果逗號(hào)，冒號(hào)或者括號(hào)在任何一片文檔中使用不是作為分界苻的話，那么肯定有字符被漏掉了。比如下邊例子中第四行的：COMPND MOL_ID: 1;COMPND 2 MOLECULE: GLUTATHIONE SYNTHETASE;COMPND 3 CHAIN: NULL;COMPND 4 SYNONYM: GAMMA-L-GLUTAMYL-L-CYSTEINE:GLYCINE LIGASECOMPND 5

3、 (ADP-FORMING);COMPND 6 EC: 6.3.2.3;COMPND 7 ENGINEERED: YESCOMPND MOL_ID: 1;COMPND 2 MOLECULE: S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE;COMPND 3 CHAIN: A, B;COMPND 4 SYNONYM: MAT, ATP:L-METHIONINE S-ADENOSYLTRANSFERASE;COMPND 5 EC: 2.5.1.6;COMPND 6 ENGINEERED: YES;COMPND 7 BIOLOGICAL_UNIT: TETRAMER;COMPND 8

4、 OTHER_DETAILS: TETRAGONAL MODIFICATION數(shù)據(jù)類型-該部分該部分主要用來描述試驗(yàn)和記錄中該大分子的一些基本信息,有以下幾種記錄:HEADER,OBSLTE,TITTITLE,CAVEAT,COMPND,SOURCE,KEYWDS,EXPDTA,AUTHOR,REVDAT,SPRSDE,JRNL和REMARK部分。以下來具體說明一下各個(gè)記錄。記錄類型-按照在記錄中出現(xiàn)的頻率區(qū)分:SINGLE一個(gè)文件中只出現(xiàn)一次.按字母順序列出如下:記錄類型 說明 CRYST1 晶胞參數(shù) END 結(jié)束 HEADER 分子類，公布日期，ID號(hào) MASTER 版權(quán)擁有者 ORIGX

5、n 直角PDB坐標(biāo) SCALEn 直角部分結(jié)晶學(xué)坐標(biāo) 如果這些記錄在一個(gè)記錄中重復(fù)出現(xiàn)是錯(cuò)誤的。SINGLE CONTINUED在記錄中概念性的只出現(xiàn)一次,但信息內(nèi)容可能超過了可利用列的數(shù)目.因次這些記錄在后來的排列中會(huì)繼續(xù).按字母順序列出如下: 記錄類型 說明 AUTHOR 結(jié)構(gòu)測(cè)定者 CAVEAT 可能的錯(cuò)誤提示 COMPND 化合物名稱 EXPDTA 測(cè)定結(jié)構(gòu)所用的試驗(yàn)方法 KEYWDS 關(guān)鍵詞 OBSLTE 注明該id號(hào)已改為新號(hào) SOURCE 化合物來源SPRSDE 已撤消或更改的相關(guān)記錄 TITLE 說明試驗(yàn)方法類型 MULTIPLE大部分記錄類型多次出現(xiàn),經(jīng)常出現(xiàn)在這些組中,組中

6、的信息理論上并沒有連接,但已呈現(xiàn)為列表的組成部分.這種記錄類型中的許多習(xí)慣連載可能不僅僅制定記錄還和其他記錄相聯(lián).按字母順序列出如下:記錄類型 說明 ANISOU 溫度因子 ATOM 標(biāo)準(zhǔn)基因的原子坐標(biāo) CISPEP 順勢(shì)殘基 CONECT 有關(guān)記錄 DBREF 其他序列庫的有關(guān)記錄 HELIX 螺旋 HET 非標(biāo)準(zhǔn)殘基 HETSYM 非標(biāo)準(zhǔn)殘基的同義字 HYDBND 氫鍵 LINK 殘基間化學(xué)鍵 MODRES 對(duì)標(biāo)準(zhǔn)殘基的修飾 MTRIXn 顯示非晶相對(duì)稱 REVDAT 修訂日期及相關(guān)內(nèi)容 SEQADV PDB與其它記錄的出入 SEQRES 殘基序列 SHEET 片層 SIGATM 標(biāo)準(zhǔn)差

7、SIGUIJ 溫度因子 SITE 特性位點(diǎn) SLTBRG 鹽橋 SSBOND 二硫鍵 TURN 轉(zhuǎn)折 TVECT 轉(zhuǎn)換因子 Multiple Continued在記錄中概念性的出現(xiàn)多次,但信息內(nèi)容可能超過了可利用列的數(shù)目.因次這些記錄在后來的排列中會(huì)繼續(xù).按字母順序列出如下:記錄類型 說明 FORMUL 非標(biāo)準(zhǔn)殘基化學(xué)式 HETATM 非標(biāo)準(zhǔn)集團(tuán)原子坐標(biāo) HETNAM 非標(biāo)準(zhǔn)殘基的化學(xué)名稱 Grouping有三種記錄類型用來聚合其他記錄. 按字母順序列出如下:記錄類型 說明 ENDMDL 亞基結(jié)束 MODEL 多亞基時(shí)，示亞基號(hào) TER 鏈末端 MODEL/ENDMDL 記錄包圍著 ATOM,

8、 HETATM, SIGATM, ANISOU, SIGUIJ,和 TER 記錄. TER 記錄預(yù)示鏈的末端.Other其他記錄類型有詳細(xì)的內(nèi)部結(jié)構(gòu).按字母順序列出如下:記錄類型 說明 JRNL 發(fā)表坐標(biāo)集的文獻(xiàn) REMARK 注解記錄的表示PDB數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)都應(yīng)按照一定的規(guī)定來出現(xiàn)，強(qiáng)制記錄類型必須出現(xiàn)在所有的記錄中，當(dāng)強(qiáng)制數(shù)據(jù)沒有提供,記錄名必須出現(xiàn)在記錄中并以NULL表示當(dāng)此條件存在時(shí)選擇項(xiàng)表就變成強(qiáng)制記錄類型。以下表格是對(duì)這兩種類型的具體劃分和描述：記錄類型說明變?yōu)閺?qiáng)制的條件HEADER強(qiáng)制OBSLTE可選個(gè)別記錄中強(qiáng)制TITLE強(qiáng)制CAVEAT可選該記錄中有錯(cuò)誤COMPND強(qiáng)制SO

9、URCE強(qiáng)制KEYWDS強(qiáng)制EXPDA強(qiáng)制AUTHOR強(qiáng)制REVDAT強(qiáng)制SPRSDE可選在被替代的記錄中JRNL可選出版物描述了該試驗(yàn)REMARK 1可選出版物描述了該試驗(yàn)REMARK 2強(qiáng)制REMARK 3強(qiáng)制REMARK N可選一定條件下強(qiáng)制,如記錄在備注描述DBREF可選每個(gè)縮氨酸鏈的長度大于十個(gè)殘基并且核酸記錄存在于核算蛋白庫中（NDB）SEQADV可選有序列沖突SEQRES可選ATOM記錄存在MODRES可選有修飾存在HET可選有不標(biāo)準(zhǔn)的殘基除了水分子HETNAM可選有不標(biāo)準(zhǔn)的殘基除了水分子HETSYN可選FORMUL可選有不標(biāo)準(zhǔn)的殘基或水HELIX可選SHEET可選TURN可選S

10、SBOND可選有二硫鍵存在LINK可選HYDBND可選SLTBRG可選CISPEP可選SITE可選CRYST1強(qiáng)制ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3強(qiáng)制SCALE1 SCALE2 SCALE3強(qiáng)制MTRIX1 MTRIX2 MTRIX3可選完全不對(duì)稱單元非晶相對(duì)稱TVECT可選MODEL可選記錄中多于一個(gè)MODELATOM可選有標(biāo)準(zhǔn)的殘基存在SIGATM可選ANISOU可選SIGUIJ可選TER可選有ATOM記錄存在ENDMDL可選有MODEL存在CONNECT可選不標(biāo)準(zhǔn)的團(tuán)存在MASTER強(qiáng)制END強(qiáng)制記錄部分的劃分Title大概描述HEADER, OBSLTE, TITLE,CAVE

11、AT, COMPND, SOURCE,KEYWDS, EXPDTA, AUTHOR,REVDAT, SPRSDE, JRNLRemark參考書目，最大分辨率,注解等REMARKs 1, 2, 3 and othersPrimary structure一級(jí)結(jié)構(gòu) 氨基酸或核苷酸序列和PDB序列與其他序列庫的有關(guān)記錄DBREF, SEQADV, SEQRES,MODRESHeterogen不標(biāo)準(zhǔn)組的描述HET, HETNAM, HETSYN, FORMULSecondary structure二級(jí)結(jié)構(gòu)HELIX, SHEET, TURNConnectivity annotation化學(xué)元素連接SSB

12、OND, LINK, HYDBND, SLTBRG,CISPEPMiscellaneous feature大分子的特征SITECrystallographic晶體細(xì)胞描述CRYST1Coordinate transformation坐標(biāo)描述ORIGXn, SCALEn, MTRIXn, TVECTCoordinate原子坐標(biāo)數(shù)據(jù)MODEL, ATOM, SIGATM,ANISOU, SIGUIJ, TER, HETATM, ENDMDLConnectivity化學(xué)鍵連接CONECTBookkeeping概要信息和結(jié)束標(biāo)志MASTER, END對(duì)數(shù)據(jù)類型的說明數(shù)據(jù)類型描述Achar一個(gè)英文字母(

13、A-Z,a-z)Atom原子名CharacterASCII碼和空格Continuation如果一行描述不完用此表示序列號(hào)，占兩個(gè)字符右對(duì)齊，第一個(gè)用空格Date占九個(gè)字符dd-mmm-yy, DD表日期,右對(duì)齊不足左補(bǔ)零;MMM表月份用常用的三個(gè)英文字母表示;YY表20世紀(jì)的一年,他們都必須是有效日期IDcode占四個(gè)字符，第一個(gè)是阿拉伯?dāng)?shù)字(0-9),余下的三個(gè)由希臘數(shù)字組成,字母必須是大寫的。若第一個(gè)是阿拉伯?dāng)?shù)字零則對(duì)此蛋白質(zhì)的描述中沒有坐標(biāo)數(shù)據(jù)Integer右對(duì)齊，不足的用空格填充的整型數(shù)據(jù)Token由一組沒有空格的字符組成，結(jié)尾部分緊跟著冒號(hào)和空格List一個(gè)由逗號(hào)分開的字符串Lstr

14、ing字符串，任何空格都有意義必須保存LString(n)有N個(gè)字符的LstringReal(n,m)實(shí)型Record name記錄的名字，由六個(gè)字符組成，左對(duì)齊，不足的用空格補(bǔ)充Residue name右對(duì)齊格式標(biāo)準(zhǔn)氨基酸或核苷酸中的一個(gè),后有列表.不標(biāo)準(zhǔn)組分在HET中詳細(xì)說明Slist由一些內(nèi)容組成的字符串，有分號(hào)分開Specification由一些token記錄組成的字符串,由冒號(hào)分開Specification list由Specifications組成的序列，由分號(hào)分開String由字符組成的序列，可能有些空格，但應(yīng)該詳細(xì)說明String(n)由N個(gè)字符組成StringSymOP由46

15、個(gè)數(shù)字組成的整數(shù),右對(duì)齊格式.詳細(xì)資料在Appendix 1殘基名字在PDB格式中出現(xiàn)的標(biāo)準(zhǔn)殘基的名字:殘基類型殘基名字氨基酸ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLN, GLU, GLY, HIS, ILE, LEU, LYS核酸A, C, G, T, U, I, +A, +C, +G, +T, +U, +I其他UNK(unknown)Appendix 4中有更多關(guān)于標(biāo)準(zhǔn)殘基名和縮寫的信息, Appendix 5中有他們的化學(xué)式和分子量.標(biāo)題部分HEADER(分子類，公布日期、ID號(hào))綜述該記錄包含三個(gè)方面的內(nèi)容：蛋白質(zhì)的種類，被該數(shù)據(jù)庫接收的日期和唯一區(qū)分該蛋白質(zhì)的id CO

16、DE.記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 6Record nameHEADER11 50String(40)classification該蛋白質(zhì)的分類51 59DatedepDate被數(shù)據(jù)庫接收的日期63 66IDcodeidCode唯一標(biāo)識(shí)某個(gè)蛋白細(xì)節(jié)改分類表示是左對(duì)齊的，并且由于分給字符位的限制，有時(shí)分類名太長，要用簡寫表示。在KEYWDS記錄中存著改分類的全稱。示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890HEADER MUSCLE PROTEIN 02-JUN

17、-93 1MYSHEADER HYDROLASE (CARBOXYLIC ESTER) 08-APR-93 2PHIHEADER COMPLEX (LECTIN/TRANSFERRIN) 07-JAN-94 1LGB OBSLTE (注明此ID號(hào)已改為新號(hào)) 綜述該記錄出現(xiàn)在已經(jīng)被收回的蛋白質(zhì)的描述中，可以作為一個(gè)標(biāo)志。任何新的記錄都能代替別回收的記錄.這個(gè)版本允許多個(gè)新紀(jì)錄代替現(xiàn)有記錄.記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 6Record nameOBSLTE9 10Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)12 20DaterepDate被替代的日期

18、22 25IDcodeidCode該記錄的id code32 35IDcoderIdCode替換的id code37 40IDcoderIdCode替換的id code42 45IDcoderIdCode替換的id code47 - 50IDcoderIdCode替換的id code52 - 55IDcoderIdCode替換的id code57 60IDcoderIdCode替換的id code62 65IDcoderIdCode替換的id code67 70IDcoderIdCode替換的id code細(xì)節(jié)只有第一個(gè)提交記錄的人才有權(quán)利收回改蛋白質(zhì),所有回收的記錄都有研究用途.示例 1 2

19、 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890OBSLTE 31-JAN-94 1MBP 2MBPTITLE(說明實(shí)驗(yàn)方法類型) 綜述該記錄描述試驗(yàn)的題目或者對(duì)它的一些分析。該記錄唯一區(qū)分一個(gè)蛋白質(zhì)。記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameTITLE 9 - 10Continuation順序允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)11 - 70String標(biāo)題試驗(yàn)題目細(xì)節(jié)1. 描述記錄內(nèi)容和區(qū)別相似記錄得程序或條件,使錄入者有機(jī)會(huì)著重強(qiáng)調(diào)做這些特殊試驗(yàn)得根本目的

20、. 2. TITLE可能包括得一些項(xiàng)目: -實(shí)驗(yàn)類型 -對(duì)突變的描述 -記錄中只給出-碳原子. 示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890TITLE RHIZOPUSPEPSIN COMPLEXED WITH REDUCED PEPTIDE INHIBITORTITLE BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE, ALPHA CARBON COORDINATES ONLYCAVEAT(可能的錯(cuò)誤提示) 綜述警告在蛋白質(zhì)記錄中中出現(xiàn)的錯(cuò)誤。記錄格式列數(shù)據(jù)類型字

21、段名稱定義描述1 - 6Record nameCAVEAT9 - 10Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)12 - 15IDcodeidCode蛋白質(zhì)的ID code20 - 70Stringcomment警告的原因細(xì)節(jié)1. PDB在還未回收的錯(cuò)誤記錄中加此記錄,用的比較保守只在外部評(píng)論后用. 2. PDB不能核實(shí)轉(zhuǎn)化回晶胞時(shí)注意此記錄,此時(shí)分子結(jié)構(gòu)依然正確. 示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890CAVEAT 1A

22、BC THE CRYSTAL TRANSFORMATION IS IN ERROR BUT ISCAVEAT 2 1ABC UNCORRECTABLE AT THIS TIMECOMPND(化合物分子組成) 綜述描述蛋白質(zhì)的組成記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameCOMPND9 - 10Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)11 - 70Specification listcompound對(duì)分子成分的描述細(xì)節(jié)對(duì)蛋白質(zhì)組成的描述又細(xì)分為如下：記號(hào)確切涵義描述MOL_ID每一成分的數(shù)目MOLECULE分子名CHAIN逗號(hào)分開

23、鏈標(biāo)識(shí)符,若空白用NULL表示FRAGMENT對(duì)結(jié)構(gòu)域或具體部分的詳細(xì)描述SYNONYMMOLECULE同義部分,逗號(hào)分開EC酶學(xué)委員會(huì)相關(guān)號(hào)碼,不止一個(gè)時(shí)用逗號(hào)分開ENGINEERED分子通過重組產(chǎn)生或純化學(xué)合成MUTATION自野生型突變的描述BIOLOGICAL_UNIT完整功能單元描述OTHER_DETAILS增加的注釋對(duì)MUTATION以下舉例說明慣用的幾種突變類型:突變類型描述形式簡單替代Asn替代His 57只在C鏈中Asn替代His 57H57NChain C, H57AN插入突變His and Pro 插入Lys 48前INS(HP-K48)缺失突變A鏈和C鏈的Arg 141

24、缺失,B鏈中的不缺失His 23到ARG 26缺失 DEL(23-26)只B鏈的His 23C和Arg 26缺失Chain A, C, DEL(R141)DEL(23-26)Chain B, DEL(H23C,R26)如有多于十種突變: - 所有突變?cè)赟EQADV記錄中列出 - 一些突變可能在COMPND的MUTATION中列出來強(qiáng)調(diào)錄入者認(rèn)為最重要的部分.示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890COMPND MOL_ID: 1;COMPND 2 MOLECULE

25、: HEMOGLOBIN;COMPND 3 CHAIN: A, B, C, D;COMPND 4 ENGINEERED: YES;COMPND 5 MUTATION: CHAIN B, D, V1A;COMPND 6 BIOLOGICAL_UNIT: HEMOGLOBIN EXISTS AS AN A1B1/A2B2COMPND 7 TETRAMER;COMPND 8 OTHER_DETAILS: DEOXY FORMCOMPND MOL_ID: 1;COMPND 2 MOLECULE: COWPEA CHLOROTIC MOTTLE VIRUS;COMPND 3 CHAIN: A, B, C

26、;COMPND 4 SYNONYM: CCMV;COMPND 5 MOL_ID: 2;COMPND 6 MOLECULE: RNA (5-(*AP*UP*AP*U)-3);COMPND 7 CHAIN: D, F;COMPND 8 ENGINEERED: YES;COMPND 9 MOL_ID: 3;COMPND 10 MOLECULE: RNA (5-(*AP*U)-3);COMPND 11 CHAIN: E;COMPND 12 ENGINEERED: YESCOMPND MOL_ID: 1;COMPND 2 MOLECULE: HEVAMINE A;COMPND 3 CHAIN: NULL

27、;COMPND 4 EC: 3.2.1.14, 3.2.1.17;COMPND 5 OTHER_DETAILS: PLANT ENDOCHITINASE/LYSOZYMESOURCE(化合物來源) 綜述用來詳細(xì)描述記錄中每個(gè)生物大分子的生物或化學(xué)來源。用習(xí)慣命名和系統(tǒng)命名共同描述.記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameSOURCE9 - 10Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)11 - 70Specification listsrcName分子來源名細(xì)節(jié)同COMPND一樣，對(duì)SOURCE描述也細(xì)分為如下：記號(hào)確切涵義描述

28、MOL_ID分子數(shù)目SYNTHETIC化學(xué)合成來源FRAGMENT分子結(jié)構(gòu)域或片段的詳細(xì)描述ORGANISM_SCIENTIFIC生物體的系統(tǒng)命名ORGANISM_COMMON生物體的習(xí)慣命名STRAIN標(biāo)識(shí)鏈VARIANT標(biāo)識(shí)參數(shù)CELL_LINE實(shí)驗(yàn)細(xì)胞鏈ATCCAmerican Type Culture Collection 號(hào)碼ORGAN有特殊功能的組織TISSUE一般功能和結(jié)構(gòu)的組織細(xì)胞CELL標(biāo)識(shí)特殊的細(xì)胞類型ORGANELLE細(xì)胞組織結(jié)構(gòu)SECRETION標(biāo)識(shí)分泌物如唾液,尿液,毒液等CELLULAR_LOCATION標(biāo)識(shí)細(xì)胞位置PLASMID識(shí)別包含基因的質(zhì)體GENE標(biāo)識(shí)基因E

29、XPRESSION_SYSTEM重組大分子表達(dá)系統(tǒng)EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN生物體的張力EXPRESSION_SYSTEM_VARIANT生物體的參數(shù)EXPRESSION_SYSTEM_CELL_LINE細(xì)胞排列EXPRESSION_SYSTEM_ATCC_NUMBER標(biāo)識(shí)ATCC numbeEXPRESSION_SYSTEM_ORGAN標(biāo)識(shí)表達(dá)分子的特殊器官EXPRESSION_SYSTEM_TISSUE標(biāo)識(shí)表達(dá)分子的特殊組織EXPRESSION_SYSTEM_CELL表示細(xì)胞類型EXPRESSION_SYSTEM_ORGANELLE標(biāo)識(shí)細(xì)胞器官EXPRESSION_S

30、YSTEM_CELLULAR_LOCATION標(biāo)識(shí)位置EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE標(biāo)識(shí)載體類型如質(zhì)粒,病毒,粘粒等EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR標(biāo)識(shí)常用載體EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID在重組試驗(yàn)中常用質(zhì)粒EXPRESSION_SYSTEM_GENE重組試驗(yàn)中常用的基因的名OTHER_DETAILS表示別處給出的信息來源示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890SOURCE MOL_ID: 1;SO

31、URCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: AVIAN SARCOMA VIRUS;SOURCE 3 STRAIN: SCHMIDT-RUPPIN B;SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PRC23INSOURCE MOL_ID: 1;SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: GALLUS GALLUS;SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: CHICKEN;SOURCE 4 ORGAN: HEART;SOURCE 5 TISS

32、UE: MUSCLEKEYWDS(關(guān)鍵詞) 綜述該部分主要用來描述關(guān)于該蛋白質(zhì)的一些關(guān)鍵字，用逗號(hào)分開。記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameKEYWDS9 - 10ContinuationContinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)11 70Listkeywds各個(gè)不同的關(guān)鍵字用逗號(hào)分開細(xì)節(jié)在該記錄中描述的關(guān)鍵字的內(nèi)容可以是：功能分類，代謝角色，在生物或化學(xué)上的活性，結(jié)構(gòu)分類等。示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890K

33、EYWDS LYASE, TRICARBOXYLIC ACID CYCLE, MITOCHONDRION, OXIDATIVEKEYWDS 2 METABOLISMEXPDTA(測(cè)定結(jié)構(gòu)所用的實(shí)驗(yàn)方法)綜述該記錄用來描述關(guān)于試驗(yàn)的一些信息,主要是做試驗(yàn)時(shí)用的方法：電子衍射，光纖衍射，熒光傳遞，中子衍射，NMR(核磁共振)，理論模型，X光衍射等。記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameEXPDTA9 - 10ContinuationContinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)11 70SListtechnique試驗(yàn)用的方法細(xì)節(jié)該記錄是必須出現(xiàn)的；如果有多

34、于一種的方法被使用，用分號(hào)分開。對(duì)某一方法的評(píng)論出現(xiàn)在分號(hào)前面。示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890EXPDTA X-RAY DIFFRACTIONEXPDTA NEUTRON DIFFRACTION; X-RAY DIFFRACTIONEXPDTA NMR, 32 STRUCTURESAUTHOR(結(jié)構(gòu)測(cè)定者)綜述該記錄存儲(chǔ)有關(guān)科學(xué)家的名字信息。多個(gè)名字用逗號(hào)分開。記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameAUTHOR9 - 10Co

35、ntinuationContinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)11 - 70ListauthorList作者的名字，用逗號(hào)分開細(xì)節(jié)個(gè)人姓名的表示: -First names和middle names在姓之前大寫于詞首,后跟一句點(diǎn). -只有作者的姓完整給出. -若為作者名字的一部分可用連字號(hào). -姓可用省略符號(hào)表示 - Junior不是簡略. -變音或其他字符修改都未給出個(gè)人姓名的結(jié)構(gòu): -詞首大寫字母和其后的句點(diǎn)后么沒有空格. -空格只用在姓中或姓和Junior, II,或 III之間 -縮寫作為姓的一部分如St.或 Ste.與其后的姓的下一部分之間有一句點(diǎn)和空格.集體名字的表

36、示: -所有作者的團(tuán)體名字應(yīng)該完整拼寫. -大團(tuán)體的名稱應(yīng)在其細(xì)分名稱之前,如某所大學(xué)的化學(xué)系.特殊情況: -名字若有英文譯本就用英文表示,否則就用不本土語言,必要時(shí)可音譯.示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890AUTHOR M.B.BERRY,B.MEADOR,T.BILDERBACK,P.LIANG,M.GLASER,AUTHOR 2 G.N.PHILLIPS JUNIOR,T.L.ST. STEVENSAUTHOR C.-I.BRANDEN,C.J.BIR

37、KETT-CLEWS,L.RIVA DI SANSAVERINOREVDAT(修訂日期及相關(guān)內(nèi)容)綜述該記錄用來描述曾經(jīng)修改過的歷史記錄。記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameREVDAT8 10IntegermodNum修改的號(hào)碼11 - 12Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)14 - 22DatemodDate更改的日期,不再重復(fù)24 - 28String(5)modId標(biāo)識(shí)這個(gè)特殊修改32IntegermodType用一個(gè)整數(shù)來表示更改的類型40 - 45LString(6)record更改的記錄的名字47 -

38、52LString(6)record更改的記錄的名字54 - 59LString(6)record更改的記錄的名字61 - 66LString(6)record更改的記錄的名字細(xì)節(jié)對(duì)蛋白質(zhì)的每一次修改，標(biāo)識(shí)其修改的號(hào)碼就增一；該記錄出現(xiàn)的次序是遞減的，最近的修改先出現(xiàn)。修改類型用數(shù)字表示如下: 0 最初發(fā)布的記錄 1 混雜的 2 修改CONECT記錄. 3 修飾坐標(biāo)或構(gòu)型 4 - 9 沒有定義示例 1 2 3 4 5 6 71234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890REVDAT 3 15-OCT-

39、89 1PRCB 1 REMARKREVDAT 2 19-APR-89 1PRCA 2 CONECTREVDAT 1 09-JAN-89 1PRC 0SPRSDE(已撤銷或更改的相關(guān)記錄)綜述存儲(chǔ)已經(jīng)作廢了的ID code及替換的ID code.一條記錄可能代替很多,只有結(jié)構(gòu)的主要調(diào)查人才有權(quán)收回它.記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameSPRSDE9 10Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)12 - 20DatesprsdeDate替換日期,不重復(fù)22 - 25IDcodeidCode原來的ID code,不重復(fù)32

40、- 35IDcodesIdCode替換的ID code37 - 40IDcodesIdCode替換的ID code42 - 45IDcodesIdCode替換的ID code47 - 50IDcodesIdCode替換的ID code52 - 55IDcodesIdCode替換的ID code57 - 60IDcodesIdCode替換的ID code62 - 65IDcodesIdCode替換的ID code67 - 70IDcodesIdCode替換的ID code細(xì)節(jié)ID code列表在第一個(gè)空白的sIDcode區(qū)域結(jié)束示例 1 2 3 4 5 6 7123456789012345678

41、9012345678901234567890123456789012345678901234567890SPRSDE 17-JUL-84 4HHB 1HHBSPRSDE 27-FEB-95 1GDJ 1LH4 2LH4JRNL(發(fā)表坐標(biāo)集的文獻(xiàn))JRNL(發(fā)表坐標(biāo)集的文獻(xiàn))綜述存儲(chǔ)用來描述試驗(yàn)的文獻(xiàn)引用。記錄格式列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameJRNL 13 - 70LStringtext看下面的詳細(xì)描述細(xì)節(jié)如下表格用來描述該記錄的亞記錄,細(xì)分為：1. AUTHOR(作者)包含引用的著明出版刊物上的論文或投稿的作者的列表.列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Recor

42、d nameJRNL 13 - 16LString(4)AUTH出現(xiàn)在所有連續(xù)記錄中17 - 18Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)20 - 70ListauthorList作者名單2. TITL(參考書的標(biāo)題)詳細(xì)說明參考書目的標(biāo)題.列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameJRNL 13 - 16LString(4)TITL17 - 18Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)20 - 70LStringtitle文章的標(biāo)題3. EDIT(編輯)編輯非定期刊物上的相關(guān)參考.列數(shù)據(jù)類型字

43、段名稱定義描述1 - 6Record nameJRNL 13 - 16LString(4)EDIT17 - 18Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)20 - 70ListeditorList編者的名單4. REF(參考)分兩種情況：4a. 如果參考書目還沒有被出版,亞記錄類型有如下格式:列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameJRNL 13 - 16LString(3)REF17 - 18LString(15)TO BE PUBLISHED4b. 參考書目已經(jīng)出版了,REF亞記錄類型包括適當(dāng)領(lǐng)域關(guān)于出版物名稱,附錄,報(bào)告,卷,頁,

44、年等的信息.列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameJRNL 13 - 16LString(3)REF17 - 18Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)20 - 47LStringpubNameN出版物的名字50 - 51LString(2)V.只出現(xiàn)在第一個(gè)亞記錄中52 - 55Stringvolume右對(duì)齊空格補(bǔ)足說明: 只出現(xiàn)在第一個(gè)亞記錄中57 - 61Stringpage文章的第一頁, 出現(xiàn)在第一個(gè)亞記錄中63 - 66Integeryear出版的時(shí)間, 出現(xiàn)在第一個(gè)亞記錄中5. PUBL(出版者的名字或出版的地方)列數(shù)

45、據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameJRNL 13 - 16LString(4)PUBL17 - 18Continuationcontinuation允許多重記錄串聯(lián)表示不同行的順序號(hào)20 - 70LStringpub出版的城市和出版者的名字6. REFN(對(duì)引用參考書目的編碼)分兩種情況：4a. 引用沒有被出版REFN亞記錄類型的格式:列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record nameJRNL 13 - 16LString(4)REFN67 - 70LString(4)0353未出版著作的CCDC/PDB分類編號(hào)4b. 引用被出版REFN亞記錄類型的格式:列數(shù)據(jù)類型字段名稱定義描述1 - 6Record name