生物信息學(xué)序列比對實(shí)驗(yàn)報(bào)告

1、南方醫(yī)科大學(xué)實(shí)驗(yàn)報(bào)告姓 名 學(xué) 號 專業(yè)年級 基礎(chǔ)學(xué)院生物信息學(xué)教研室題 目序列比對日 期實(shí)驗(yàn)者一、 實(shí)驗(yàn)?zāi)康恼莆誃LAST 2的使用和功能了解點(diǎn)陣法進(jìn)行雙序列比對的優(yōu)點(diǎn)二、 實(shí)驗(yàn)器材電腦三、 方法與步驟見下文四、 結(jié)果與討論1，例題中其它的最佳比對結(jié)果2，用動(dòng)態(tài)規(guī)劃法找出兩序列的所有最佳比對，要求寫出詳細(xì)過程。打分矩陣采用（4，3，4，即匹配得4分，不匹配得3分，空位得4分。序列1：AAAG，序列2：ACG 。（1）給動(dòng)態(tài)規(guī)劃矩陣賦初值0AAAG00-4-8-12-16A-4C-8G-12（2）按照最優(yōu)分的遞歸算法填充動(dòng)態(tài)規(guī)劃矩陣0AAAG00-4-8-12-16A-440-4-8C-801

2、-3-7G-12-4-321（3）從最后一個(gè)單元格開始，回溯最優(yōu)化比對路徑 1，利用BLAST 2進(jìn)行雙序列比對。 RBP4在人體的旁系同源蛋白：RBP4（NP_006735），載脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）進(jìn)行兩兩比對，并得到各自的核酸序列進(jìn)行兩兩比對。 比對全部采用默認(rèn)參數(shù)。 結(jié)果用截圖。 沒有顯著相似的注明 “ No significant similarity found ”即可。 2，雙序列比對RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_006735 ），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1 ），并對各自核酸進(jìn)行兩兩比對。1

3、 RBP4（NP_006735），載脂蛋白D（NP_001638）RBP4（NP_006735），前列腺素D2合成酶（NP_000945）載脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945） 雙序列比對RBP4的直系同源蛋白：人（ NP_006735 ），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1 ）。3，點(diǎn)陣法序列1自身比對1 AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT 61 GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAGACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT 121 GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC序列2與序列3比對：兩者為反向互補(bǔ)序列，可以發(fā)現(xiàn)可能的發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)。序列2：GGGATCACGTATGCAT