實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂如何使用oligo軟件設(shè)計(jì)引物

1、2015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo軟件設(shè)計(jì)引物實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo軟件設(shè)計(jì)引物2015­05­29 解螺旋點(diǎn)擊上面藍(lán)字關(guān)注【解螺旋】日讀一帖，解螺旋大V團(tuán)隊(duì)伴你科研路作者：解螺旋·貓大解螺旋出品，轉(zhuǎn)載須經(jīng)授權(quán)“呦好巧??！你也來八卦實(shí)驗(yàn)技術(shù)??！”之 第三講PCR引物設(shè)計(jì)上堂課，我們一起深入八卦了PCR技術(shù)。那么就有同學(xué)問貓大了，貓大貓大，PCR引物要怎么設(shè)計(jì)才好呢？對于引物設(shè)計(jì)，貓大的口號是：兩大要求，一個對策！Oligo6你值得擁有1/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo軟件設(shè)計(jì)引物好，廢話少說，我們開始。首先

2、，鼠標(biāo)點(diǎn)擊圖標(biāo) 打開Oligo 6軟件，出現(xiàn)一個標(biāo)著“select Codon Usage Database”的對話框，不用管它，直接點(diǎn)取消，于是出現(xiàn)如下界面：軟件界面看著非常簡單，菜單條只有四個選項(xiàng)，菜單條下面是一些快捷按鈕，還有一些按鈕是灰色的、按不動的。實(shí)際上，隨著不同的操作，菜單選項(xiàng)和快捷按鈕是會出現(xiàn)變化 的。強(qiáng)大的功能就隱藏在這些變化的選項(xiàng)中。要設(shè)計(jì)PCR引物，我們必須要有目的基因序列。這個序列在哪輸進(jìn)去呢？很簡單，點(diǎn)擊按鈕 ，在打開的空白框里，我們可以把目的基因序列貼上去。比如，我們把人TP53基因（AB082923.1）的CDS區(qū)貼進(jìn)去，就變成下面這樣，同時(shí)可以發(fā)現(xiàn)菜單條選項(xiàng)忽然

3、就變了變了變了。2/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo軟件設(shè)計(jì)引物點(diǎn)擊 可以把貼進(jìn)去的序列保存成seq文件。這里我們把這段序列命名為TP53。點(diǎn)擊菜單第二個選項(xiàng)“Accept/Discard”，選中“Accept”，出現(xiàn)如下界面，而且菜單選項(xiàng)又變了變 了變了。3/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo軟件設(shè)計(jì)引物在這個界面里出現(xiàn)了兩個框，一個標(biāo)著G，一個標(biāo)著Tm。標(biāo)著Tm字樣的這個框框左 下部有兩個按鈕，分別寫著“Upper”和“Lower”。UpperUpper Primer，Lower Lower Primer，好像跟引物有那么點(diǎn)關(guān)系。事實(shí)是，真的很

4、有關(guān)系。所以設(shè)計(jì)引物我們只要看標(biāo)Tm的那個框就好了。PCR引物的長度為15­30bp，最常用23、24bp，我們可以先把需要的引物長度設(shè)定好。怎么設(shè)定呢？點(diǎn)擊菜單的“Change”選項(xiàng)，選中“Current Oligo Length”，彈出如下對話框：填入數(shù)字24，點(diǎn)OK，引物的長度就設(shè)定好了。這時(shí)候軟件默認(rèn)你接下來選中的引物長 度是24bp。4/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo軟件設(shè)計(jì)引物然后我們就用“肉眼”去搜索引物。Tm圖上標(biāo)著3條平行的虛線，我們要尋找的是Tm值位于第2和第3條線之間的堿基，就是下圖紅色框的范圍。鼠標(biāo)點(diǎn)擊742bp處，堿基序列上的長方形

5、框就會隨著鼠標(biāo)移動至742bp處，然后點(diǎn)擊“Upper”按鈕，字母顏色就變成紅色，此時(shí)已經(jīng)選中742bp處的序列為上游引物，同理選中下游引物（如果想更改下游引物長度，可以在選中下游引物前進(jìn)去change選項(xiàng)里改，如果不改的話，那這里的下游引物長度就還是24bp），點(diǎn)擊菜單“Analyze”選項(xiàng)選中“PCR”，即彈出這對引物的各項(xiàng)參數(shù)，如下圖：5/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo軟件設(shè)計(jì)引物那么怎么知道這對引物好還是不好呢？很簡單，只要這張參數(shù)表的右下框里沒！有！ 出！現(xiàn)！任何文字，那這對引物就是可用的！“Analyze”選項(xiàng)中還有很多其他評價(jià)引物的選 項(xiàng)，那些都不用看！

6、然后，我們需要把引物序列給輸出?？梢缘絝ile菜單選save去保存引物序列，但是這樣 保存下來的是seq文件，還得再打開了看，有點(diǎn)麻煩。所以貓大是直接進(jìn)edit菜單把引物序 列復(fù)制黏貼到excel表，而且復(fù)制黏貼的序列會自動按5­3的順序排列。最后去blast一下看是不是會擴(kuò)增出其他基因，如果擴(kuò)增不出就可以去合成了。有時(shí)候，選中的引物并不合適，框框里就出會出現(xiàn)討厭的字，比如：A引物間有二聚體，那就隨意挑一條引物挪動幾個堿基；B有兩個可用的溫度，那就還是隨意挑一條引物挪動；C這回是指明了下游引物的一端穩(wěn)定性太高，那就是說這條引物的堿基對應(yīng)著的柱子高 了，把它往柱子低一點(diǎn)的地方挪；D上下

7、游引物的末端穩(wěn)定性都太高，那就把兩條都挪往低一點(diǎn)的地方去吧。Eetc.這個方法總結(jié)下來就是：打開序列設(shè)置引物長度找Tm適中的堿基6/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo 設(shè)計(jì)引物評價(jià)簡單幾步，用一個 就能 完成引物設(shè)計(jì)和引物評價(jià)兩件事！而且這么挑出來的引物相當(dāng)靠譜，基本沒有引物二聚體。用熟練了會感覺 自帶X光眼，看哪兒點(diǎn)哪兒哪兒就是引物！可以跟同學(xué)吹牛皮說：引物不用設(shè)計(jì)，眼睛看看就行！嗯，引物設(shè)計(jì)完畢，下節(jié)課我們就可以進(jìn)入Realtime PCR的操作啦！有任何問題或建議，歡迎參與解螺旋常規(guī)實(shí)驗(yàn)技術(shù)交流 和貓大一起愉快的的討論哦?。尤敕绞剑赫埣咏饴菪?小編為好友提出你的入

8、群申請，小編會定時(shí)給大家發(fā)送邀請，小編 號：helixlife9。）oligo官網(wǎng)：有試用DEMO可以 哦解螺旋2015科研教育系列活動解螺旋學(xué)生科研 全國高校啟動募新會員要求：1. 各個高校醫(yī)學(xué)、生命科學(xué)的在校生（有志讀研的優(yōu)秀本科生、 生、博士生、規(guī)培生，臨床、基礎(chǔ)皆可）；2. 有科研能力， 科研，愿意積極參與解螺旋的各類科研學(xué)習(xí)活動會員福利：1. 參與每月解螺旋組織 舉辦的網(wǎng)上SCI相關(guān)的 知識講座。2. 如該地區(qū)有解螺旋的線下培訓(xùn)課程，自費(fèi)會員可以以該課程學(xué)生價(jià)的半價(jià)參加培訓(xùn)，更有機(jī)會獲得學(xué)費(fèi)全免的培訓(xùn)志愿者名額。3. 優(yōu)先報(bào)名參加解螺旋各城市的 科研培訓(xùn)系列講座和線下活動4. 每周有

9、解螺旋的科研 指導(dǎo)大家一起學(xué)習(xí)優(yōu)秀熱點(diǎn)SCI文獻(xiàn)5. 不定期獲得解螺旋的科研資源6. 會員如果覺得 活動還不錯，需要和解螺旋一起做一些宣傳和推廣工作。備注：本活動目前為試運(yùn)行階段，考慮到線下講座和培訓(xùn)的場地和場次限制，第一批全國共開放1500個名額。解螺旋會根據(jù)各個城市的報(bào)名情況和個人領(lǐng)域、 等 等進(jìn)行審核篩選，于2 報(bào)名者進(jìn)行 并確認(rèn)。7/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo 設(shè)計(jì)引物報(bào)名方式和報(bào)名截止時(shí)間：報(bào)名形式：請?zhí)砑咏饴菪龑W(xué)生科研 大使（ 號：helixlife8）為好友，并提供姓名、城市、學(xué)校、年級、專業(yè)、郵箱和 號碼等 提出申請。長按上圖5秒，選二維碼識別，添

10、加大使電郵報(bào)名形式：發(fā)送姓名、城市、學(xué)校、年級、專業(yè)、郵箱和 號碼到zhangyb，請?jiān)卩]件題目標(biāo)注：姓名學(xué)校城市。報(bào)名截止時(shí)間：2015.6.15解螺旋SCI寫作投稿實(shí)用技巧課周末班開啟招生（南京班）(5.30­5.31)自費(fèi)的學(xué)生可以申請?zhí)厥鈨r(jià)格減免（1000元），請?zhí)砑咏饴菪郑?號：helixlife0）申請SCI寫作投稿實(shí)用技巧課程于5.30­5.31在南京舉辦，整個課程采用周末課堂授課制。本課程的授課對象是大量的努力做科研、亟需發(fā)表各類生物醫(yī)學(xué)類SCI文章的醫(yī)生、規(guī)培生、各類在讀學(xué)生。通過兩天的集中授課，把SCI 寫作投稿過程中的實(shí)用精華技 給大家，讓大家在寫

11、作和投稿過程中避免走彎路，用很多實(shí)用技巧幫助大家更快更 發(fā)表高質(zhì)量的文章。課程特色：如何通過各種寫作實(shí)用技巧提升SCI文章質(zhì)量，更高概率獲取編輯和審稿人認(rèn)可； 如何精準(zhǔn)用詞，如何制作一張濃縮文章精華的讓審稿人一看就欣賞的圖表；如何擬定引人入勝的標(biāo)題；如何架構(gòu)和優(yōu)化思路，讓你的研究結(jié)果經(jīng)過優(yōu)化，讓審稿人給出一個更 評判結(jié)果，3分變5分，5分變10分，同樣的數(shù)據(jù)，不同的文章思路和寫法，不同的收獲；8/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo 設(shè)計(jì)引物如何跟編輯和審稿人交流，獲得一份看似沒有希望的審稿意見之后；如何 性的補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)，起死回生，會提供若干與編輯和審稿人 的信件模板，讓你可

12、以更加快捷的完成投稿和修稿過程。主講人：解螺旋特約 ：具有10年生物醫(yī)學(xué)科研經(jīng)歷的海歸博士，目前已發(fā)表SCI 50余篇，總影響因子>300，總 次數(shù)>1200，擔(dān)任多本知名SCI雜志審稿，深諳各類SCI雜志審稿人審稿流程和評判習(xí)慣。時(shí)間地點(diǎn)：2015.5.30­2015.5.31南京大學(xué)鼓樓校區(qū)南園教學(xué)樓219室咨詢和報(bào)名： 固話：-800，（周一到周五：8:30-17:00）（湯 ），（張 ）號：helixlife0：peixun詳細(xì)課表和課程本文左下角閱讀原文查看解螺旋每月為您精心準(zhǔn)備一份科研資源包，包含以下內(nèi)容：Cover letter 范例集； 投稿須知細(xì)節(jié)標(biāo)注示

13、例；SCI 投稿各階段的 郵件模板集合質(zhì)粒圖譜大全細(xì)胞信號通路圖譜大全對上述資源包有 的朋友請幫忙轉(zhuǎn)發(fā)此 向解螺旋.小編（ 號：helixlife9）索取。做科研，就在解螺旋！解螺旋，國內(nèi)最 生命醫(yī)學(xué)科研公眾號，歡迎關(guān)注！9/102015/6/1實(shí)驗(yàn)技術(shù)八卦課堂：如何使用Oligo 設(shè)計(jì)引物解螺旋近期最受歡迎的文章miRNA數(shù)據(jù)庫大全（索引號：J013）lncRNA的研究策略和技術(shù) （索引號：J020）SCI寫作常用精彩句式匯總（典藏版）（索引號：W038） SCI修稿攻略不能錯過的tips!（索引號：W020） META系列：10分鐘學(xué)會亞組分析森林圖（索引號：T010） OMG！NCBI竟然能批量 基因序列!（索引號：T007） 2分鐘學(xué)會簡單 的設(shè)計(jì)qPCR引