蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用swissport和PPD

1、摘 要 本文對(duì)SWISS-PROT和PDB兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了簡(jiǎn)要介紹以及如何進(jìn)行序列的單個(gè)下載和批量下載進(jìn)行了說(shuō)明。關(guān)鍵詞：SWISS-PROT PDB 下載ABSTRACT In this paper,I make a brief introduction about SWISS-PROT and PDB and how to make a single download and batch download about sequence.Key words：SWISS-PROT PDB download摘 要1ABSTRACT2一 Swiss-Port的使用方法41.1網(wǎng)站簡(jiǎn)介41.2數(shù)據(jù)下

2、載：5二 PDB的使用方法52.1網(wǎng)站簡(jiǎn)介52.2數(shù)據(jù)下載9一 Swiss-Port的使用方法SWISS-PROT是經(jīng)過(guò)注釋的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，由歐洲生物信息學(xué)研究所(EBI)維護(hù)。數(shù)據(jù)庫(kù)由蛋白質(zhì)序列條目構(gòu)成，每個(gè)條目包含蛋白質(zhì)序列、引用文獻(xiàn)信息、分類學(xué)信息、注釋等，注釋中包括蛋白質(zhì)的功能、轉(zhuǎn)錄后修飾、特殊位點(diǎn)和區(qū)域、二級(jí)結(jié)構(gòu)、四級(jí)結(jié)構(gòu)、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關(guān)系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗余序列，并與其它30多個(gè)數(shù)據(jù)建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫(kù)、蛋白質(zhì)序列庫(kù)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)庫(kù)等。利用序列提取系統(tǒng)(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其

3、它EBI的數(shù)據(jù)庫(kù)。SWISS-PROT只接受直接測(cè)序獲得的蛋白質(zhì)序列，序列提交可以在其Web頁(yè)面上完成。Swiss-Port的網(wǎng)址為。1.1網(wǎng)站簡(jiǎn)介 打開網(wǎng)站后可以找到如下所示部分：在處可以查詢序列。點(diǎn)擊后會(huì)有如下界面：在輸入?yún)^(qū)輸入序列：MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG，點(diǎn)擊按鈕可以進(jìn)行查找（查找時(shí)還可以在其下方進(jìn)行一系列的篩選條件控制）。查詢后會(huì)看到如下界面，在這里可以看到你進(jìn)行查詢的時(shí)間，查詢所用時(shí)間，查找到的相關(guān)序列的數(shù)目以及相似度和其他相關(guān)信息。1.2數(shù)據(jù)下載： 沒(méi)有

4、找到數(shù)據(jù)下載的信息。二 PDB的使用方法PDB是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的英文簡(jiǎn)稱。PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白質(zhì)、核酸和糖)三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫(kù),是通過(guò)X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實(shí)驗(yàn)手段確定的蛋白質(zhì)、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)。隨著晶體衍射技術(shù)的不斷改進(jìn),結(jié)構(gòu)測(cè)定的速度和精度也逐步提高。90年代以來(lái),隨著多維核磁共振溶液構(gòu)象測(cè)定方法的成熟,使那些難以結(jié)晶的蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)測(cè)定成為可能。蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)量迅速上升。據(jù)2000年5月統(tǒng)計(jì)，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)存放了1萬(wàn)2千多套原子坐標(biāo),其中大部分為蛋白質(zhì)，包括多肽和病毒。此外,還有核酸、蛋白和核酸復(fù)合物以及少量

5、多糖分子。近年來(lái),核酸三維結(jié)構(gòu)測(cè)定進(jìn)展迅速。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)收集了800多套核酸結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 PDB數(shù)據(jù)庫(kù)允許用戶用各種方式以及布爾邏輯組合(AND、OR和NOT)進(jìn)行檢索，可檢索的字段包括功能類別、PDB代碼、名稱、作者、空間群、分辨率、來(lái)源、入庫(kù)時(shí)間、分子式、參考文獻(xiàn)、生物來(lái)源等項(xiàng)。用戶不僅可以得到生物大分子的各種注釋、坐標(biāo)、三維圖形、VAML等,并能從一系列指針連接到與PDB有關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等?？赏ㄟ^(guò)FTP下載PDB數(shù)據(jù)。所有的PDB文件均有壓縮和非壓縮版以適應(yīng)用戶傳輸需要。PDB的電子公告版BBS和電子郵件興

6、趣小組(Mailing List)為用戶提供了交流經(jīng)驗(yàn)和發(fā)布新聞的空間。在PDB的服務(wù)器上還提供與結(jié)構(gòu)生物學(xué)相關(guān)的多種免費(fèi)軟件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。其網(wǎng)址為。2.1網(wǎng)站簡(jiǎn)介打開主頁(yè)后可以找到下圖所示部位：?jiǎn)螕暨M(jìn)入下圖界面：在“Sequence”出輸入如下序列：MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG單擊可以再不查看結(jié)果得情況下知道有多少個(gè)相似序列。單擊進(jìn)行搜索，查看結(jié)果。找到結(jié)果中的一個(gè)序列如圖，打開。此時(shí)我們會(huì)看到下圖的結(jié)果：標(biāo)題欄

7、的內(nèi)容依次為：摘要、序列、注釋、序列相似性、3D相似性、文獻(xiàn)、生物及化學(xué)報(bào)告、方法、幾何結(jié)構(gòu)、鏈接。（1）Summary包含有Primary Citation（主引）、Molecular Description（分子描述）、Source（來(lái)源）、External Domain Annotations （外部與注解，該部分只要在可以找到的情況下才會(huì)顯示）幾部分。在右側(cè)會(huì)看到下圖，這是該序列的立體結(jié)構(gòu)，點(diǎn)擊圖片可以查看詳細(xì)信息。在其上方會(huì)看到下面的下載項(xiàng)目，在此處可以進(jìn)行下載。（2）Sequence包含有注解、偏好性、參考文獻(xiàn)。在注解上方可以一看到這樣的部分：點(diǎn)擊FASTA可以下載該序列，點(diǎn)擊Sequence&DSSP可以查看二級(jí)結(jié)構(gòu)與氨基酸序列的對(duì)應(yīng)關(guān)系，點(diǎn)擊Image可以查看二級(jí)結(jié)構(gòu)圖片。（3）Annotation包含有其他數(shù)據(jù)庫(kù)的相關(guān)數(shù)據(jù)。（4）Seq.Similaarity序列的相似度。（5）3D Similarity3D結(jié)構(gòu)相似性。（6）Literature相關(guān)的文獻(xiàn)信息在這里可以找到。（7）Biol.&