常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用

1、常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用方法Xie Lei BJFU1 Paup MP 流程: Mac準(zhǔn)備nex文件（in terleave和nonin terleave均可） 存入新建文件夾 拖入 paup或用 paup打開execute log file cstatus tstatus hsearch define outgroup roottrees savetrees describetrees contree（save to file） save pict bootstrap（save tree file）print bootstrap tree save pict.stop log.PC版操作，可將附

2、錄批處理文件容粘貼至nex文件后面，execute即可。2 Paup ML 流程： Mac準(zhǔn)備nex文件（in terleave和nonin terleave均可） 存入新建文件夾 拖入 paup或 用paup打開execute 從 modeltest軟件中打開paupblock運(yùn)算檢測模型生成 score file f開modeltest中的bin讀取score數(shù)據(jù)生成結(jié)果文檔存檔并打開 此文檔AIC將begin paup的運(yùn)算模塊貼至原nex數(shù)據(jù)文件后面重新將其拖 入 paup運(yùn)行選擇 ML 運(yùn)算模式hsearch 打印樹圖save pict. bootstrap.PC版操作，可將附錄5批

3、處理文件容粘貼至nex文件后面，execute即可。3 Garli 運(yùn)算 ML 流程：準(zhǔn)備 nex 文件 （interleave） 存入新建文件夾 拖入 paup 或用 paup 打開execute 輸出nonin terleave文檔（若直接是nonin terleave上述過程省略，又如果是PC機(jī)paup,無菜單操作，可在paup命令行中輸入附錄1*的命令回車即可生成 nonin terleave 數(shù)據(jù)）。使用nonin terleave文檔（數(shù)據(jù)中類群名稱不得有單引號(hào)，空格，所有方括號(hào)中容 刪除）新建文件夾存入按照流程 2 進(jìn)行 modeltest 在蘋果機(jī)上打開 Garli 導(dǎo)入數(shù)據(jù)f

4、把model定好f run（切記此處不要激bootstrap選項(xiàng)）將上次運(yùn)算數(shù)據(jù)拷貝至一新建文件夾 f導(dǎo)入蘋果版Garli f激活bootstrap選項(xiàng)f 定好 modelfrun所有結(jié)果用 paup 軟件打開 f save pict f 丁開 bootstrap樹f 做 50% majority rule contree fsave pict.注：Garli蘋果和PC版都有，但是操作不同。數(shù)據(jù)格式：和算PAUP一樣的nexus格式，但是這個(gè)格式有很多注意事項(xiàng)，一些常 見的小錯(cuò)誤會(huì)造成軟件無法運(yùn)行。參見下列常見問題：1 一定要noninterleave!的數(shù)據(jù)，否則軟件無法運(yùn)算2 雖然在mrb

5、ayes和paup中不成問題但是在garli中有影響，里面容在算之前全部 刪除為好。3 taxon名稱中可以有下劃線但是不得有空格，逗號(hào)句點(diǎn)等，否則無法運(yùn)行。Mac版GUI的菜單界面，只要有上述正確的nexus格式的數(shù)據(jù)文件即可運(yùn)算。PC版Nex format plus a command file 每次使用時(shí)拷貝一個(gè)軟件的文件夾，將此文件夾重新命名（盡量清楚易查詢）。將正確的數(shù)據(jù)文件拷貝到此文件夾下（與garli運(yùn)行程序在同一目錄下）。編輯命 令文檔（名稱是garli），進(jìn)行參數(shù)設(shè)置。完成后雙擊garli運(yùn)行程序圖標(biāo)即可運(yùn)算。4 Bayes 流程N(yùn)onin terleave文件f貼運(yùn)算程序到

6、文件后面（見附錄）f將其拷貝至MrBayes 文件夾下f打開運(yùn)行程序f execute文件名.擴(kuò)展名f運(yùn)算結(jié)束后用paup運(yùn)行源 文件 f從.t 文件中取樹 f bur nin f做 50% majority rule con tree f save pict.5 r8s 流程按照流程2進(jìn)行modeltest f按照流程2進(jìn)行ML運(yùn)算f運(yùn)算結(jié)束print tree檢查這棵帶枝長的樹是否有分支長度為 0的分支f如果有在restore和delete taxa中將 這些類群去除一存儲(chǔ)帶枝長的樹到file（nex格式）f將樹的taxa名稱更換為實(shí)際 類群名稱f將樹文件貼至運(yùn)算模版（見附錄）f首先進(jìn)行第

7、一步cross validate f得到smooth值f替換smooth值再算一遍即可。注：r8s:該軟件與BEAST不同，是對(duì)已存在的樹進(jìn)行操作，校訂分子鐘。算法為PL法。先選擇模型算出一個(gè)ML樹（要帶枝長），注意如果要用這個(gè)樹算r8s要保證該樹 各個(gè)分支清晰，有較高的分辨率，沒有 0枝長分枝和 polytomy。在這個(gè)樹的tre的 nexus文件上面編輯各種命令，然后輸入r8s進(jìn)行運(yùn)算。一定要固定 root， ingroup 最好有一個(gè)以上的 constraints.運(yùn)算兩次，第一次為cross-validation得出smooth value，第二次再設(shè)置這個(gè)值算 出最終結(jié)果。6 BEA

8、ST 流程N(yùn)oninterleave文檔 f BEAUTI打開f 定義節(jié)點(diǎn)f基本設(shè)置f化石點(diǎn)標(biāo)定f生成xml文檔f BEAST打開運(yùn)算f 運(yùn)算完成 f Tacer打開log文件f TreeAnnotator 打開樹文件f生成out文件f Figtree打開out文件。7 DIVA在數(shù)據(jù)文件中確定樹形，標(biāo)注分布區(qū)，然后運(yùn)算1 open DIVA2 proc filename.txt;3 optimize;Batch: optimize maxareas=8 weight=0.5 bound=200 hold=10000;8 Haplotype network 簡明流程：1、NETWORK 4.5

9、用DNASP軟件打開fas或者nex文件 另存為Roehl File Format文件（rdf格式）用NETWORK打開進(jìn)行編輯（更改名稱、連續(xù)的gap合并、添加刪 除序列等）后保存 選擇 Median Joining 進(jìn)行 calculate network 在新出現(xiàn)的 窗口中導(dǎo)入rdf文件（也可以在這一步直接導(dǎo)入 nonin terleave的nex文件而省去 以上步驟，但是不能重新編輯） 設(shè)置參數(shù)后進(jìn)行計(jì)算，生成 out 格式的輸出 文件選擇draw network，在新窗口中導(dǎo)入out文件按照提示就可以生成 network圖，保存fdi文件或可另存為bmp或者pdf文件。2、TCS 1

10、.21準(zhǔn)備 nonin terleave 的 nex 或者 phy 文件導(dǎo)入 TCS 設(shè)置 Parsim ony Limit或 Fix connection Limit ，并定義 gap 后點(diǎn)擊 run 運(yùn)行完成后就會(huì)自動(dòng)生成 network圖，編輯后保存GML文件或可另存為postscript或者PICT文件。9推薦使用：Mega 5. 全能系統(tǒng)發(fā)育分析軟件，從序列校對(duì)到系統(tǒng)發(fā)育分析、分子鐘、性狀演 化、居群分析全能做。Mesquite 2.7 也很全能，但是主要還是做性狀演化分析。 McClade 是其收費(fèi)版。TNT是原來的Hennig86，做系統(tǒng)發(fā)育分析。PAST十分強(qiáng)大的統(tǒng)計(jì)軟件，居群

11、分析，分類學(xué)的morphometric分析很好。S-DIVA 川大開發(fā)的帶統(tǒng)計(jì)功能的地理分析軟件。建議訪問： 附錄 1.最大簡約法分析批處理文件1.begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yesnchuck=200 chuckscore=1;sa

12、vetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end;2.begin PAUP;log file=hsearch1.log;set autoclose=yes;set maxtrees=100 increase=auto;hsearch start=stepwise a

13、ddseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes;savetrees file=hsearch1.all.tre brlens=yes;filter best=yes permdel=yes;savetrees file=hsearch1.best.tre;gettrees file=hsearch1.best.tre;contree all/majrule=yes treefile=contree.tre;log stop;end;2的策略較好，是hse

14、arch中首選，而如果此程序運(yùn)算時(shí)間太長則用上面一個(gè)程序。本實(shí)用方法只提供hsearch而branch and bound和exhaustive方法省略。附錄1*export format=n exus in terleaved=no file=temp.txt （此為生成 nonin terleave文 件命令）附錄 2. ILD 分析endblock;charpartition dna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;begin paup;set criterion=parsimony;log file=iscap.hom;hompart part=dna nreps=1

15、00/addseq=random;hsearch swap=tbr;endblock;附錄 3. Bayes 分析1. 單一模型begin mrbayes;lset nst=6 rates=gamma;mcmcp ngen=2000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=P_combined;mcmc;sumt filename=P_combined.t burnin=2000;end;Begin mrbayes;2. 多模型begin mrbayes;charset its=1-622;chars

16、et trnlf=623-1696;charset matk=1697-3221;charset chs=3222-4406;charset psbm2trnd=4407-5506;charset psbm=5507-6279;charset gpd=6280-6972;charset LFY=6973-8426; partition Names = 8: its, trnlf, matk, chs, psbm2trnd, psbm, gpd, LFY;end;begin mrbayes;The following lines set up a model in which all four

17、genes have their unique GTR + gamma+ propinv modelset partition=Names;prset ratepr=variable;lset applyto=(1,2,3,4,5,6,7) nst=6;lset applyto=(8) nst=2 rates=gamma;unlink shape=(all) pinvar=(all);end;begin mrbayes;mcmcp ngen=100000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes filename=solms8

18、mys;mcmc;sumt filename=solms8.t burnin=3000; end;3. 帶支長con tree的運(yùn)算batchbegin mrbayes;log start filename=cp.log;mcmc filename=cp ngen=2000000 samplefreq=100;sump burnin=5000 filename=cp printtofile=yes outputname=cp.sump;sumt burnin=5000 filename=cp contype=allcompat;log stop;end;附錄 4. bootstrap 分析begin paup;log file=bootstrap.log;set maxtrees=100 increase=auto;set criterion=parsimony;set root=outgroup;outgroup 56 57;bootstrap nreps=1000 conlevel=50 treefile=bootstrap.tre keepall=yes cutoffpct=50/star