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文檔簡介
1、. 常用貯液與溶液1mol/L亞精胺(Spermidine ):溶解2.55g亞精胺于足量的水中,使終體積為10ml。分裝成小份貯存于-20 C。1mol/L精胺(Spermine):溶解3.48g精胺于足量的水中,使終體積為10ml。分裝成小份貯存于-20 C。10mol/L 乙酸胺( ammonium acetate ):將 77.1g 乙酸胺溶解于水中,加水定容至 1L 后,用 0.22um 孔徑的濾膜 過濾除菌。10mg/ml牛血清蛋白(BSA ):力口 100mg的牛血清蛋白(組分 V或分子生物學(xué)試劑級,無DNA酶)于9.5ml水中(為減少變性,須將蛋白加入水中,而不是將水加入蛋白)
2、 ,蓋好蓋后,輕輕搖動,直至牛血清蛋白完全溶解為止。不要渦旋混合。加水定容到10ml,然后分裝成小份貯存于-20 C。1mol/L二硫蘇糖醇(DTT ):在二硫蘇糖醇5g的原裝瓶中加32.4ml水,分成小份貯存于-20C?;蜣D(zhuǎn)移100mg的 二硫蘇糖醇至微量離心管,加 0.65ml 的水配制成 1mol/L 二硫蘇糖醇溶液。8mol/L 乙酸鉀( potassium acetate ):溶解 78.5g 乙酸鉀于足量的水中,加水定容到 100ml。1mol/L 氯化鉀( KCl ):溶解 7.46g 氯化鉀于足量的水中,加水定容到 100ml 。3mol/L 乙酸鈉( sodium aceta
3、te ):溶解 40.8g 的三水乙酸鈉于約 90ml 水中,用冰乙酸調(diào)溶液的 pH 至 5.2,再加 水定容到 100ml 。0.5mol/L EDTA: 配制等摩爾的 Na2EDTA 和 NaOH 溶液( 0.5mol/L ),混合后形成 EDTA 的三鈉鹽。或稱取 186.1g 的Na2EDTA 2H2O和20g的NaOH,并溶于水中,定容至 1L。1mol/L HEPES :將 23.8gHEPES 溶于約 90ml 的水中,用 NaOH 調(diào) pH (6.8-8.2 ),然后用水定容至 100ml。 1mol/L HCl :加 8.6ml 的濃鹽酸至 91.4ml 的水中。25mg/m
4、l IPGT :溶解250mg的IPGT (異丙基硫代-3 -D-半乳糖苷)于10ml水中,分成小份貯存于 -20 C。 1mol/LMgCI2:溶解 20.3g MgCI2 6H2O 于足量的水中,定容到100ml。100mmol/L PMSF :溶解174mg的PMSF (苯甲基磺酰氟)于足量的異丙醇中,定容到 10ml。分成小份并用鋁箔 將裝液管包裹或貯存于-20 C。20mg/ml蛋白酶K ( proteinase K ):將200mg的蛋白酶L加入到9.5ml水中,輕輕搖動,直至蛋白酶 K完全溶解。 不要渦旋混合。加水定容到10ml,然后分裝成小份貯存于 -20 C。10mg/mlR
5、nase (無 DNase )(DNase free RNase ):溶解 10mg 的胰蛋白 RNA 酶于 1ml 的 10mmol/L 的乙酸鈉 水溶液中(pH 5.0 )。溶解后于水浴中煮沸 15min ,使DNA酶失活。用1mol/L的Tris HCl調(diào)pH至7.5 ,于-20 C 貯存。(配制過程中要戴手套)5mol/L氯化鈉(NaCl):溶解29.2g氯化鈉于足量的水中,定容至100ml。10N 氫氧化鈉( NaOH ):溶解 400g 氫氧化鈉顆粒于約 0.9L 水的燒杯中 (磁力攪拌器攪拌) ,氫氧化鈉完全溶解后 用水定容至 1L。10 % SDS (十二烷基硫酸鈉):稱取10
6、0gSDS慢慢轉(zhuǎn)移到約含0.9L的水的燒杯中,用磁力攪拌器攪拌直至完全溶 解。用水定容至 1L。2mol/L 山梨(糖)醇( Sorbitol ):溶解 36.4g 山梨(糖)醇于足量水中使終體積為 100ml。100%三氯乙酸( TCA ) :在裝有 500gTCA 的試劑瓶中加入 100ml 水,用磁力攪拌器攪拌直至完全溶解。 (稀釋液 應(yīng)在臨用前配制)2.5 % X gal (5-溴-4-氯-3-吲哚一3 -半乳糖苷):溶解25mg的X gal于1ml的二甲基甲酰胺(DMF ),用鋁箔包 裹裝液管,貯存于-20 C。100 x Denhardt 試劑(Denhardt ' s r
7、egent )成分及終濃度 配制 100ml 溶液各成分的用量2%聚蔗糖( Ficoll , 400 型) 2% 聚乙烯吡咯烷酮( PVP-40 ) 2%BSA (組分 V)水2g2g2g加水至總體積為100ml ,依照上表稱取各組分,溶于水中定容。過濾除菌及雜質(zhì),分裝成小份于-20 C貯存。10 x標(biāo)準(zhǔn)DNA連接酶緩沖液(standard DNA ligase buffer )(粘端、平端連接)成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分的用量0.5mol/L Tris-HCl:5ml1mol/L 貯 液,100mmol/L MgCl2:1ml 1mol/L 貯 液,100mmol/L DTT:
8、1ml 1mol/L 貯 液,2mmol/L ATP: 200ul 100 mmol/L 貯液,5mmol/L 鹽酸亞精胺(可選):50ul 1 mmol/L 貯液,0.5mg/ml BSA (組分 V)(可選):0.5ml 10 mg/mL 貯液,水:2.25ml將配制好的緩沖液分裝成小份,貯存于 -20 C。100 mmol/L dNTP 溶液( dNTP solutions )可以購買到100mmol/L純dNTPs貯液,-80 C可貯存至少 6個月。10mmol/L dNTP 混合液成分及終濃度 配制 20ul 溶液各成分的用量10mmol/L dATP10mmol/L dCTP10m
9、mol/L dGTP10mmol/L dTTP水 2ul 100 mmol/L dATP 貯液2ul 100 mmol/L dCTP 貯液2ul 100 mmol/L dGTP 貯液2ul 100 mmol/L dTTP 貯液12ul 20PEG 8000/2.5M NaCl成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分的用量質(zhì)量濃度為 20聚乙二醇2.5mol/L 氯化鈉水 20g50ml 5 mol/L 氯化鈉 或 14.6g 固體氯化鈉補足 100ml加聚乙二醇于含有氯化鈉的燒杯中,加水至終體積 100ml ,用磁力攪拌器攪拌溶解。20XSSC成分及終濃度 配制 1L 溶液各成分的用量300m
10、mol/L 檸檬酸三鈉(二水)3mol/L 氯化鈉水 88.2g175.3g補足 1L溶解檸檬酸三鈉(二水)和氯化鈉于約0.9L水中,加幾滴10N NaOH溶液調(diào)pH為7.0,用水補足體積至 1L。DEPC (焦碳酸二乙酯)處理水加100ul DEPC 于100ml水中,使DEPC的體積分數(shù)為 0.1 %。在37 C溫浴至少12h,然后在15 psi條件下高壓滅菌 20min ,以使殘余的 DEPC 失活。 DEPC 會與胺起反應(yīng),不可用 DEPC 處理 Tris 緩沖液。甲酰胺( deionized formamide )直接購買或加 Dowex XG8混合樹脂于裝有甲酰胺的玻璃燒杯中,用磁
11、力攪拌器輕輕攪拌1h,可去除甲酰胺中的離子。經(jīng) Whatman 1號濾紙過濾除去樹脂后分成小份,充氮氣于-80 C貯存(防止氧化)。磷酸緩沖液( phosphate buffer )按照下表所給定的體積,混合 1 mol/L 的磷酸二氫鈉(單堿)和 1mol/L 磷酸氫二鈉(雙堿)貯液,獲得所需 pH 的 磷酸緩沖液。配制1 mol/L的磷酸二氫鈉(NaH2PO4 -H2O )貯液:溶解138g于足量水中,使終體積為1L;1mol/L磷 酸氫二鈉( Na2HPO4 )貯液 :溶解 142g 于足量水中使終體積為 1L。1mol/L 磷酸二氫鈉( ml) 1mol/L 磷酸氫二鈉( ml) 最終
12、 pH 值877850815775735685625565510450390330280 123150185225265315375435490550610670720 6.06.16.26.36.46.56.66.76.86.97.07.17.2TE (用于懸浮和貯存 DNA )成分及終濃度 配制 100ml 溶液各成分的用量10mmol/L Tris HCl1mmol/L EDTA水 1ml 1mol/L Tris-HCI ( pH7.4-8.0 , 25 C)200ul 0.5 mol/L EDTA ( pH 8.0 )98.8mlTris 緩沖液( Tris-HCl buffer )將
13、121g的Tris堿溶解于約0.9L水中,再根據(jù)所要求的pH (25C下)加一定量的濃鹽酸(11.6N ),用水調(diào)整終體積至 1L。濃鹽酸的體積( ml) pH8.61428.5 3846566671.376 9.08.88.68.48.28.07.87.67.47.2二.電泳緩沖液、染料和凝膠加樣液電泳緩沖液50 x Tris-乙酸(TAE )緩沖液成分及終濃度 配制 1L 溶液各成分的用量2mol/L Tris 堿1mol/L 乙酸100 mmol/L EDTA水 242g57.1 ml 的冰乙酸( 17.4 mol/L )200ml 的0.5 mol/L EDTA (pH 8.0)補足
14、1L5 x Tris-硼酸(TBE )緩沖液成分及終濃度 配制 1L 溶液各成分的用量445 mmol/L Tris 堿445 mmol/L 硼酸鹽10 mmol/L EDTA水 54g27.5g 硼酸20 ml 的 0.5 mol/L EDTA (pH 8.0 )補足 1L染料1溴酚藍( bromophenol blue )加 1g 水溶性鈉型溴酚藍于 100ml 水中,攪拌或渦旋混合直到完全溶解。1二甲苯青 FF (xylene cyanole FF )溶解 1g 二甲苯青 FF 于足量水中,定容到 100ml 。10mg/ml 的溴化乙錠( ethidium bromide )小心稱取
15、1g 溴化乙錠,轉(zhuǎn)移到廣口瓶中,加 100ml 水,用磁力攪拌器攪拌直到完全溶解。用鋁箔包裹裝液管,于4 C貯存。凝膠上樣液( gel loading solutions )6 x堿性凝膠上樣液(室溫貯存)成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分用量0.3 N 氫氧化鈉6 mmol/L EDTA18 聚蔗糖( 400 型)0.15 溴甲酚綠0.25 二甲苯青 FF水 300ul 10N 氫氧化鈉120ul 0.5mol/L EDTA ( pH8.0 )1.8g15mg25mg補足到 10ml 6 x聚蔗糖凝膠上樣液(室溫貯存) 成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分用量 0.15 溴酚藍0.
16、15 二甲苯青 FF5 mmol/L EDTA15 聚蔗糖( 400 型)水 1.5ml 1 溴酚藍1.5ml 1 二甲苯青 FF100ul 0.5mol/L EDTA ( pH8.0 )1.5g 補足到 10ml6 x溴酚藍/二甲苯青/聚蔗糖凝膠上樣液(室溫貯存)成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分用量0.25 溴酚藍0.25 二甲苯青 FF15 聚蔗糖( 400 型)水 2.5ml 1 溴酚藍2.5ml 1 二甲苯青 FF1.5g補足到 10ml 6 x甘油凝膠上樣液(4 C貯存) 成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分用量 0.15 溴酚藍0.15 二甲苯青 FF5 mmol/L
17、EDTA50甘油水 1.5ml 1 溴酚藍1.5ml 1 二甲苯青 FF100ul 0.5mol/L EDTA ( pH8.0 )3ml3.9ml 6 x蔗糖凝膠上樣液(室溫貯存) 成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分用量0.15 溴酚藍0.15 二甲苯青 FF5 mmol/L EDTA40 聚蔗糖水 1.5ml 1 溴酚藍1.5ml 1 二甲苯青 FF100ul 0.5mol/L EDTA ( pH8.0 )4g補足到 10ml10 x十二烷基硫酸鈉/甘油凝膠上樣液(室溫貯存)成分及終濃度 配制 10ml 溶液各成分用量 0.2溴酚藍0.2 二甲苯青 FF200 mmol/L EDTA0
18、.1 SDS50甘油水 20mg20mg4ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)100ul 10 SDS5ml補足到 10ml三 .常用培養(yǎng)基I D拉美苴LB 培養(yǎng)基將下列組分溶解在 0.9L 水中: 蛋白胨 10g酵母提取物 5g氯化鈉 10g如果需要用1N NaOH (1ml)調(diào)整pH至7.0,再補足水至1L。注:瓊脂平板需添加瓊脂粉12g/L,上層瓊脂平板添加瓊脂粉 7g/L 。SOB 培養(yǎng)基將下列組分溶解在 0.9L 水中:蛋白胨 20g酵母提取物 5g氯化鈉 0.5g1 mol/L 氯化鉀 2.5ml用水補足體積到1L。分成100ml的小份,高壓滅菌。培養(yǎng)基冷卻到室溫后,再在
19、每 100ml的小份中加1ml滅過菌 的 1mol/L 氯化鎂。SOC 培養(yǎng)基成分、方法同 SOB 培養(yǎng)基的配制, 只是在培養(yǎng)基冷卻到室溫后, 除了在每 100ml 的小份中加 1ml 滅過菌的 1mol/L 氯化鎂外,再加 2ml 滅菌的 1mol/L 葡萄糖( 18g 葡萄糖溶于足夠水中,再用水補足到 100ml ,用 0.22um 的濾膜 過濾除菌)。TO拉差苴TB 培養(yǎng)基將下列組分溶解在 0.9L 水中: 蛋白胨 12g酵母提取物 24g甘油 4ml各組分溶解后高壓滅菌。 冷卻到60 C,再加100ml滅菌的170mmol/L KH2PO4/0.72 mol/L K2HPO4 的溶液(
20、2.31g 的 KH2PO4 和 12.54gK2HPO4 溶在足量的水中,使終體積為 100ml 。高壓滅菌或用 0.22um 的濾膜過濾除菌) 。2 X YT培養(yǎng)基將下列組分溶解在 0.9L 水中:蛋白胨 16g酵母提取物 10g氯化鈉 4ml如果需要用1N NaOH (1ml)調(diào)整pH至7.0,再補足水至1L。注:瓊脂平板需添加瓊脂粉12g/L,上層瓊脂平板添加瓊脂粉 7g/L 。YPD 培養(yǎng)基將下列組分溶解在 0.9L 水中:蛋白胨 20g酵母提取物 10g葡萄糖 20g用水補足體積為 1L 后,高壓滅菌。 建議在高壓滅菌之前,對色氨酸營養(yǎng)缺陷型每升培養(yǎng)基添加1.6g 色氨酸,因為YP
21、D 培養(yǎng)基是色氨酸限制型培養(yǎng)基。為了配制平板,需要在高壓滅菌前加入20g 瓊脂粉。四.常用抗生素氨芐青霉素( ampicillin )( 100mg/ml )溶解1g氨芐青霉素鈉鹽于足量的水中,最后定容至10ml。分裝成小份于-20 C貯存。常以25ug/ml50ug/ml的終濃度添加于生長培養(yǎng)基。羧芐青霉素( carbenicillin )( 50mg/ml )溶解0.5g羧芐青霉素二鈉鹽于足量的水中,最后定容至10ml。分裝成小份于-20 C貯存。常以25ug/ml50ug/ml的終濃度添加于生長培養(yǎng)基。甲氧西林( methicillin )( 100mg/ml )溶解1g甲氧西林鈉于足量
22、的水中,最后定容至10ml。分裝成小份于-20 C貯存。常以37.5ug/ml終濃度與100ug/ml氨芐青霉素一起添加于生長培養(yǎng)基。卡那霉素( kanamycin )( 10mg/ml )溶解100mg卡那霉素于足量的水中,最后定容至10ml。分裝成小份于-20 C貯存。常以10ug/ml50ug/ml的終濃度添加于生長培養(yǎng)基。氯霉素( chloramphenicol )( 25mg/ml )溶解250mg氯霉素足量的無水乙醇中,最后定容至 10ml。分裝成小份于-20 C貯存。常以12.5ug/ml25ug/ml 的終濃度添加于生長培養(yǎng)基。鏈霉素( streptomycin )( 50mg
23、/ml )溶解0.5g鏈霉素硫酸鹽于足量的無水乙醇中,最后定容至10ml。分裝成小份于-20 C貯存。常以10ug/ml50ug/ml的終濃度添加于生長培養(yǎng)基。萘啶酮酸( nalidixic acid )( 5mg/ml )溶解50mg萘啶酮酸鈉鹽于足量的水中,最后定容至10ml。分裝成小份于-20 C貯存。常以15ug/ml的終濃度添加于生長培養(yǎng)基。四環(huán)素( tetracyyline )( 10mg/ml )溶解 100mg 四環(huán)素鹽酸鹽于足量的水中, 或者將無堿的四環(huán)素溶于無水乙醇, 定容至 10ml 。分裝成小份用鋁箔包 裹裝液管以免溶液見光,于 -20 C貯存。常以10ug/ml50u
24、g/ml的終濃度添加于生長培養(yǎng)基。幾種溶液的配制方法1 、 PBS:取 ZLI-9061 PBS 溶于 1000ml 的蒸餾水中, 混勻, 測 pH 值應(yīng)在 7.27.4 之間, 若偏離此范圍, 請用 0.1N 的 HCL 或 NaOH 調(diào)整。2、TBS:2.1 Tris 緩沖液配方: (0.5 M pH7.6 )Tris (三羥甲基氨基甲烷)60.57g1N HCL約 420ml雙蒸水加至 1000mlTris 緩沖液配制方法:先以少量雙蒸水(300500ml )溶解Tris,加入HCI后,用HCI ( 1N )或NaOH( 1N )將pH調(diào)至7.6 , 最后雙蒸水加至1000ml。此液為儲
25、備液,4C冰箱中保存。2.2 TBS 配方:Tris-HCI 緩沖液( 0.5MNaCI雙蒸水pH7.6 )100ml8.59g (0.15mol/L)加至 1000mlTBS 配制方法:先以少量雙蒸水溶解NaCl,再加入Tris-HCl緩沖液,最后加雙蒸水至1000ml,充分搖勻。3、枸櫞酸鹽緩沖液(Citrate buffer ):3.1 儲存液:A. 0.1M 枸櫞酸溶液:稱取 21.01g枸櫞酸(C6H8O7H20)溶于1000ml蒸餾水中。B. 0.1M枸櫞酸鈉溶液:稱取29.41g枸櫞酸鈉(C6H5Na3O7 2H20)溶于1000ml蒸餾水中。3.2 工作液:取 9ml A 液和
26、 41ml B 液加入 450ml 蒸餾水中,溶液 pH 值應(yīng)為 6.0 0.14、胰酶( Trypsin ):4.1 ZLI-9011 胰蛋白酶消化液:常用濃度為 0.125% ,即使用前將一滴試劑 1胰酶溶液和三滴試劑 2胰酶稀釋液均勻混合( 1:3稀釋),則可 直接滴加使用。胰酶的最終濃度可以根據(jù)使用者的要求進行調(diào)整,濃度范圍可以從0.05%(1:10 稀釋)至0.25%(1:1 稀釋)。4.2 ZLI-9010 胰蛋白酶:取 0.05g 或 0.1g 胰蛋白酶加入到 100ml 0.05% 或 0.1% pH7.8 的無水氯化鈣水溶液中,溶解即可。5、胃酶( Pepsin ):4%胃蛋
27、白酶,用0.1mol/L HCL 配制。(我公司備有 ZLI-9013 胃蛋白酶消化工作液,不需稀釋直接滴加使用,歡迎選購)6、DAB:6.1 ZLI-9032/9033 DAB Kit :使用前只需將試劑盒提供的A、B、C三種試劑各一滴加至1ml雙蒸水中,即可獲得 1ml DAB工作液,簡單易用。6.1 ZLI-9030 DAB :6mgDAB溶于10mlTBS (0.05MpH7.6 ),再加入 0.1ml濃度為3%的H2O2,過濾掉沉淀物,即可。7、AEC:4mg AEC溶于1ml二甲基甲酰胺中,加入14ml濃度為0.1M的醋酸緩沖液 (pH5.2),然后加入0.15ml 3%H 2O2
28、,過濾掉沉淀物。8 RIPA:1 x PBS, 1%NP 40 , 0.5 sodium deoxycholate , 0.1% SDS (此液體可長期保存)。以下抑制劑以儲存液方式保存,臨用前加入 RIPA中。8.1 10mg/ml PMSF 異丙醇溶液(用量為 10 l/ml )8.2 Aprotinin (Sigma 產(chǎn)品,用量為 30 l/ml)8.3 1000mM sodium orthova nadate 冷凍液(用量為10 l/ml )9、Blotto A :常規(guī)使用 1 x PBS, 5% milk , 0.05% Tween 20。10、Blotto B :與Phosphot
29、yrosine抗體共用,1 x PBS, 1% milk , 0.05% Tween 20。部分實驗中 milk可完全去除,但可能引起背 景增高。實驗室常用貯存液的配制參數(shù)一、核酸及蛋白質(zhì)常用數(shù)據(jù)化合物 分子量 入max(pH7.0) 1摩爾溶液(pH7.0 )中入max時的最大吸收值OD 28。/006。ATP507259154000.15CTP48327190000.97GTP523253137000.66UTP484262100000.38dATP494259152000.15dCTP46727193000.98dGTP507253137000.66dTTP48226796000.712
30、.常用核酸的長度與分子量核酸核苷酸數(shù)分子量入DNA48502 (雙鏈環(huán)狀)3.0 x 107pBR3224363 (雙鏈)2.8 x 10628SrRNA480061.6 x 1023SrRNA370061.2 x 1018SrRNA190056.1 X 1019SrRNA17005.5 X 1055SrRNA12043.6 X 10tRNA (大腸桿菌)7542.5 X 103 常用核酸蛋白換算數(shù)據(jù)(1) 重量換算1 卩 g=10-6g1pg=10-12g1n g=10-9g1fg=10-15g(2) 分光光度換算:1A260 雙鏈 DNA=5Qg/ml1A260 單鏈 DNA=3(0 g/
31、ml1A260 單鏈 RNA=4(0 g/ml(3) DNA摩爾換算:1g 100bp DNA=1.52pmol=3.03pmol 末端1g pBR322 DNA=0.36pmolIpmol 1000bp DNA=0.66(ig1pmol pBR322=2.8(ig1kb雙鏈DNA(鈉鹽)=6.6 X 105道爾頓1kb單鏈DNA(鈉鹽)=3.3 X 105道爾頓1kb單鏈RNA(鈉鹽)=3.4 X 105道爾頓(4) 蛋白摩爾換算:100pmol分子量100, 000蛋白質(zhì)=10進100pmol分子量50, 000蛋白質(zhì)=5速100pmol分子量10, 000蛋白質(zhì)=1速氨基酸的平均分子量=
32、126.7道爾頓(5) 蛋白質(zhì)/DNA換算:1kb DNA=333個氨基酸編碼容量=3.7 X 104MW蛋白質(zhì)10, OOOMWf白質(zhì)=270bp DNA30, OOOMWf白質(zhì)=810bp DNA50, OOOMWf白質(zhì)=1.35kb100, OOOMWf白質(zhì)=2.7kb DNA4 常用蛋白質(zhì)分子量標(biāo)準(zhǔn)參照物(1)咼分子量標(biāo)準(zhǔn)參照(2)中分子量標(biāo)準(zhǔn)參照(3)低分子量標(biāo)準(zhǔn)參照肌球蛋白分子量磷酸化酶B97, 400碳酸酐酶31, 00肌球蛋白212, 000牛血清白蛋白66, 200大豆睫蛋白酶21, 5003-半乳糖甘酶B116, 000谷氨酶脫氫酶55, 000抑制劑磷酸化酶B97, 40
33、0卵白蛋白42, 700馬心肌球蛋白16, 900牛血清白蛋白66, 200醛縮酶40, 000溶菌酶14, 400過氧化氫酶'57, 000碳酸酐酶31, 000肌球蛋白(F1)8, 100醛縮酶40, 000大豆睫蛋白酶21, 500肌球蛋白(F2)6, 200抑制劑肌球蛋白(F3)2, 500溶菌酶14, 4005 常用DNA分子量標(biāo)準(zhǔn)參照物入 DNA/Hind川入 DNA/EcoR入 /Hind 川 +EcoFQpBR322/Haen2313021226212275871239416742151484051046557580449735048943615643426845880
34、2322484335304346420273530202726757564190423451125158421321137519218974184118311247564125續(xù)上表pBR322/Hinf IOx 174/Hinf IOx 174/Hae 川Ox 174/T ap I16317261401353291451771311810781175506553100872404396500826033273444176631023129841348281141221311422718722024940234541542002419433751511182072二、常用緩沖液1分子克隆常用緩
35、沖液2 磷酸緩沖液(1) 25C下O.1mol/L磷酸鉀緩沖液的配制1mol/L KH 2PQ(ml)pH1mol/L K 2HPO(ml)5.88.591.56.013.286.86.219.280.86.427.872.26.638.161.96.849.750.37.061.538.57.271.728.37.480.219.87.686.613.47.890.89.28.094.06.2(2) 25C下O.1mol/L磷酸鈉緩沖液的配制pH1mol/L Na 2HPO(ml)1mol/L NaH 2PQ(ml)5.87.992.16.012.088.06.217.882.26.425.
36、574.56.635.264.86.846.353.77.057.742.37.268.431.67.477.422.67.684.515.57.889.610.48.093.26.8探:用蒸餾水將混合的兩種1mol/L貯存液稀釋至1000ml,根據(jù)Henderson-Hasselbalch方程計算其pH值:pH=pK +1g(質(zhì)子受體/質(zhì)子供體)在此,pK' =6.86(25 C)。3. 電泳緩沖液測序凝膠加樣緩沖液98泌離子甲酰胺10mol/L EDTA(pH8.0)0.025%二甲苯青FF0.025%溴酚藍甲酰胺:許多批號的試劑級甲酰胺,其純度符合使用要求,無須再進行處理。不過,
37、一旦略呈黃色,則應(yīng)用在磁力攪拌器上將甲酰胺與 Dowex XG8混合床樹脂共同攪拌1小時進行去離子處理,并用Whatman 1號濾紙過濾2次,去離子甲酰胺分裝成小份,充氮存于-70C。常用的電泳緩沖液緩沖液使用液濃貯存液(每升)Tris-乙酸(TAE1 x: 0.04mol/L Tris- 乙酸50 x: 242g Tris 堿0.001mol/L EDTA57.1ml冰乙酸100ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)Tris-磷酸(TPE1 x :0.09mol/L Tris-磷酸10x :10g Tris 堿0.002mol/L EDTA15.5ml85%磷酸(1.679g/ml
38、)40ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)Tris-硼酸(TBE a0.5 x 0.045mol/L Tris -硼酸5x: 54g Tris 堿0.001mol/L EDTA27.5硼酸20ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)堿性緩沖液b1 x :50mmol/L NaOH1 x :5ml 10mol/L NaOH1mmol/L EDTA2ml 0.5mmol/L EDTA(pH8.0)Tris-甘氨酸c1 X :25mmol/L Tris5X :15.1g Tris250mmol/L甘氨酸94g苷氨酸(電泳級)(pH8.3)0.1% SDS50ml 10% SDS(電泳
39、級)說明: TBE溶液長時間存放后會形成沉淀物,為避免這一問題,可在室溫下用玻璃瓶保存 5X溶液,出現(xiàn)沉淀后則予以廢棄。以片都以1X TBE作為使用液(即1: 5稀釋濃貯液)進行瓊脂糖凝膠電泳。但0.5 X的使用液已具備足夠的緩沖容量。目前幾乎所有的瓊脂糖膠電泳都以1 : 10稀釋的貯存液作為使用液。進行聚丙烯酰胺凝膠垂直槽的緩沖液槽較小,故通過緩沖液的電流量通常較大,需要使用1X TBE以提供足夠的緩沖容量。 堿性電泳緩沖液應(yīng)現(xiàn)用現(xiàn)配。 Tris -甘氨酸緩沖液用SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳。2X SDS凝膠加樣緩沖液:100mmol/L Tris HCI(6.8)200mmol/L 二硫蘇糖醇
40、(DTT)4%SD(電泳級)0.2%溴酚藍20%甘 油不含DTT的2X SDS凝膠加樣緩沖液可保存于室溫,應(yīng)在臨用前取1mol/L貯存液現(xiàn)加于上述緩沖液中。4. 凝膠加樣緩沖液緩沖液類型6x緩沖液貯存溫度I0.25%溴酚藍4C0.25%二甲苯青FF40% ( W/V)蔗糖水溶液n0.25溴酚藍室溫0.25%二甲苯青FF15嘛蔗糖(Ficoll400)0.25%溴酚藍出0.25%二甲苯青FF4C30%甘油水溶液IV0.25%溴酚藍4C40%(W/V)蔗糖水溶液堿性加樣緩沖液:300mmol/L NaOH6mmol/L EDTAV18嘛蔗糖(Ficoll400)4C0.15%溴甲酚綠0.25%二甲
41、苯青FF使用以上凝膠加樣緩沖液的目的有三:增大樣品密度;以確保DNA勻勻進入樣品孔內(nèi);使樣品呈現(xiàn)顏色,從而使加樣操作更為便利,含有在電塊中能以可預(yù)知速率向陽極泳動的染料。溴酚藍在瓊脂糖中移動的速率約為二甲苯青FF的2.2倍,而與瓊脂糖濃度無關(guān)。 以0.5 X TBF作電泳液時,溴酚藍在瓊脂糖中的泳動速率約與長300bp的雙鏈線狀DNA相同,而二甲苯青FF的泳動則與長4kb的雙鏈線狀DNA相同。在瓊脂糖濃度為 0.5%1.4%的范圍內(nèi),這些對應(yīng)關(guān)系受凝膠濃 度變化的影響并不顯著。選用哪一種加樣染料純屬個人喜惡。但是,對于堿性凝膠應(yīng)當(dāng)使用溴甲酚綠作為示蹤染料,因為在堿性pH條件下其顯色較溴酚更藍為
42、鮮明。5.各種pH值的Tris緩沖液的配制各種pH值的Tris緩沖液的配制所需pH值(25C)0.1mol/L HCl 的體積7. 145 . 77. 244 . 77. 343 . 47. 442 . 07. 540 . 37. 638 . 57. 736. 67. 834. 57. 932. 08. 029. 28.126.28.222.98.319.98.417.28.514.78.612.48.710.38.88.58.97.0ml)的某一特定pH值的0.05mol/L Tris緩沖液的配制:將 50ml 0.1mol/L Tris堿溶液與上表所示相應(yīng)體積(單位:0.1ml/L HCl
43、混合,加水將體積調(diào)至 100ml(2)溫度對 50mmol/L Tris HCl液pH值的影響4C25 C37 C8. 17. 57 . 28. 27. 67 . 38. 37. 77 . 48. 47 . 87 . 58. 57 . 97 . 68. 68 . 07 . 78. 78 . 17 . 88. 88 . 27 . 98. 98. 38. 09. 08. 48. 19. 18. 58. 29. 28. 68. 39. 38. 78. 49. 48. 88. 5(6)常用緩沖液的pKa值緩沖液分子量pKa值緩沖范圍Tris a12.18.087.1 /-7.9hepeS283.37.
44、477.2 /-8.2mpoS209.37.156.6 /-7.8PIPESd304.36.766.2 /-7.3MES195.26.095.4 /-6.8a:三羥甲基氨基甲烷;b:N-2-羥乙基哌嗪-N'-2-乙磷酸;c:3-( N-嗎啉代)丙磺酸;d :N,N'-雙(2-乙磺酸)哌嗪;e: 2-( N-嗎啉代)乙磺酸。7.溫度對常用緩沖液 pH的影響緩沖體系pKa(20C) pKa/10CMes6.15-0.110Ada6.60-0.110PiPes6.80-0.085Aces6.90-0.200Bes7.15-0.160Mops7.20-0.013Tes7.50-0.20
45、0Hepes7.55-0.014Tric ine8.15-0.210Tris8.30-0.310Bici ne8.35-0.180Glycylglyc ine8.40-0.280三、常用酶的配制1溶菌酶用水配制成50mg/ml的溶菌酶溶液,分裝成小份并保存于-20C。每一小份一經(jīng)使用后便予丟棄。2 蛋白水解酶類貯存液貯存溫度反應(yīng)濃度反應(yīng)緩沖液溫度預(yù)處理0.01mol/LTris(pH7.8)鏈霉蛋 白酶a20mg/ml-20C(溶于水)1mg/ml0.01mol/L EDTA37 C自消化b0.5% SDS0.01mol/LTris(pH7.8)蛋白酶20mg/ml-20C(溶于水)50g/m
46、l0.005mol/L EDTA3756 C無須預(yù)處理0.5% SDSa:鏈霉蛋白酶是從鏈球菌(Streptomyces griseus)中分離到的一種絲氨酸酶和酸性蛋白酶的混合物。b:自消化可消除 DNA酶和RNA酶的污染,經(jīng)自消化的鏈酶蛋白酶的配制方法如下:把該酶的粉末溶解于10mmol./LTris HCI(pH7.5)、10mmol/L NaCl中,配成20mg/ml濃度,于37C溫育1h。經(jīng)消化的鏈霉蛋白酶分裝成小份放在密 封試管中,保存-20C。c:蛋白酶K是一種枯草蛋白酶類的高活性蛋白酶,從林伯氏白色念球菌(Tritirachium album Limber )中純化得到。該酶有
47、兩個Ca2+吉合位點,它們離酶的活性中心有一定距離,與催化機理并無直接關(guān)系。 然而,如果從該酶中除去 Ca2+,由于出現(xiàn)遠程的結(jié)構(gòu)變化,催化活性將喪失80%左右,但其剩余活性通常已足以降解在一般情況下污染酸制品的蛋白質(zhì)。所以,蛋白酶K消化過程中通常加入 EDTA(以抑制依賴于 Mg2啲核酸酶的作用)。但是,如果要消化對蛋白酶K具有較強耐性的蛋白,如角蛋白一類,則可能需要使用含有1mmol/L Ca2+而不含EDTA勺緩沖液。在消化完畢后、純化核酸前要加入EGT(pH8.0)至終濃度為 2mmol/L,以鰲合Ca2+。3無 DNAB的 RNAB將胰 RNAB( RNA酶 A)溶于 10mmol/
48、L Tris HCI(pH7.5)、 15mmol/L NaCI 中,配成 10mg/ml 的濃度,于 100C加熱 15mi n,緩慢冷卻至室溫,分裝成小份保存于-20C。四、常用抗生素溶液抗生素貯存液a工作濃度濃度保存條件嚴緊型質(zhì)粒松弛型質(zhì)粒氨芐青霉素50mg/ml(溶于水)-20C20 y g/ml60 y g/ml羧芐青霉素50mg/ml(溶于水)-20C20 y g/ml60 y g/ml氯霉素34mg/ml(溶于乙醇)-20C25 y g/ml170 y g/ml卡那霉素10mg/ml(溶于水)-20C10 y g/ml50 y g/ml鏈霉素10mg/ml(溶于水)-20C10
49、y g/ml50 y g/ml四環(huán)素b5mg/ml(溶于乙醇)-20C10 y g/ml50 y g/mla:以水為溶劑的抗生素貯存液通過0.22 ym濾器過濾除菌。以乙醇為溶劑的抗生素溶液無須除菌處理。所有抗生素溶液均應(yīng)放于不透光的容器保存。b:鎂離子是四環(huán)素的拮抗劑,四環(huán)素抗性菌的篩選應(yīng)使用不含鎂鹽的培養(yǎng)基(如LB培養(yǎng)基)。五、常用貯存液的配制1. 30%烯酰胺溶液【配制方法】將29g丙烯酰胺和1g N,N'-亞甲雙丙烯酰胺溶于總體積為60ml的水中。加熱至37C溶解之,補加水至終體積為100ml。用Nalgene濾器(0.45 ym孔徑)過濾除菌,查證該溶液的pH值應(yīng)不大于7.0
50、,置棕色瓶中保存于室溫?!咀⒁狻勘0肪哂泻軓姷纳窠?jīng)毒性并可以通過皮膚吸收,其作用具累積性。稱量丙烯酰胺和亞甲雙丙烯酰胺時應(yīng)戴手套和面具??烧J為聚丙烯酰胺無毒,但也應(yīng)謹慎操作,因為它還可能會含有少量未聚合材料。一些價格較低的丙烯酰胺和雙丙烯酰胺通常含有一些金屬離子,在丙烯酰胺貯存液中加入大約0.2體積的單床混合樹脂(MB-1 Mallinckrodt ),攪拌過夜,然后用 Whatman 1號濾紙過濾以純化之。在貯存期間,丙烯酰胺和雙丙烯酰胺會緩慢轉(zhuǎn)化成丙烯酰和雙丙烯酸。2. 40%丙烯酰胺【配制方法】把380g丙烯酰胺(DNA測序級)和20g N, N -亞甲雙丙烯酰胺溶于總體積為600m
51、l的蒸餾水中。繼續(xù)按上述配制30%丙烯酰胺溶液的方法處理,但加熱溶解后應(yīng)以蒸餾水補足至終體積為1L?!咀⒁狻恳娚鲜雠渲?0%烯酰胺的說明,40%f烯酰胺溶液用于 DNA序列測定。3. 放線菌素D溶液【配制方法】把20mg放線菌素D溶解于4ml 100%醇中,1: 10稀釋貯存液,用100%醇作空白對照讀取 OD440值。放線菌素D(分 子量為1255)純品在水溶液中的摩爾消化系數(shù)為 21,900,故而1mg/ml的放線菌素D溶液在440nm處的吸光值為0.182 , 放線菌素D的貯存液應(yīng)放在包有箔片的試管中,保存于 -20C?!咀⒁狻糠啪€菌素 D 是致畸劑和致癌劑,配制該溶液時必須戴手套并在通
52、風(fēng)櫥內(nèi)操作,而不能在開放在實驗桌面上進行,謹防 吸入藥粉或讓其接觸到眼睛或皮膚。藥廠提供的作治療用途的放線菌素D制品常含有糖或鹽等添加劑。只要通過測量貯存液在440nm波長處的光吸收確定放線菌素D的濃度,這類制品便可用于抑制自身引導(dǎo)作用。4. 0.1mol/L腺苷三磷酸(ATP)溶液【配制方法】在0.8ml水中溶解60mg ATP,用0.1mol/L NaOH調(diào)至pH值至7.0,用蒸餾水定容 1ml,分裝成小份保存于-70C5. 10mol/L 乙酸酰溶液【配制方法】把770g乙酸酰溶解于800ml水中,加水定容至1L后過濾除菌。6. 10%過硫酸銨溶液【配制方法】把1g過硫酸銨溶解于終量為10ml的水溶液中,該溶
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