




版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)
文檔簡(jiǎn)介
1、第第8講講 植物植物QTL作圖的基本原理(作圖的基本原理(1)一、單標(biāo)記分析一、單標(biāo)記分析Single marker analysis二、區(qū)間作圖二、區(qū)間作圖Interval mapping三、復(fù)合區(qū)間作圖三、復(fù)合區(qū)間作圖Composite interval mapping四、基于混合線性模型的復(fù)合區(qū)間作圖四、基于混合線性模型的復(fù)合區(qū)間作圖 Composite interval mapping based on mixed model v經(jīng)典的數(shù)量遺傳分析方法只能分析控制數(shù)量性狀表現(xiàn)的眾多經(jīng)典的數(shù)量遺傳分析方法只能分析控制數(shù)量性狀表現(xiàn)的眾多基因的總和遺傳效應(yīng),無法鑒別基因的數(shù)目、單個(gè)基因在基基
2、因的總和遺傳效應(yīng),無法鑒別基因的數(shù)目、單個(gè)基因在基因組的位置和遺傳效應(yīng)因組的位置和遺傳效應(yīng)v隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)的發(fā)展和分子標(biāo)記技術(shù)的成熟,已經(jīng)可隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)的發(fā)展和分子標(biāo)記技術(shù)的成熟,已經(jīng)可以構(gòu)建各種作物的分子標(biāo)記連鎖圖譜以構(gòu)建各種作物的分子標(biāo)記連鎖圖譜v基于作物的分子標(biāo)記連鎖圖譜,采用近年來發(fā)展的數(shù)量性狀基于作物的分子標(biāo)記連鎖圖譜,采用近年來發(fā)展的數(shù)量性狀基因位點(diǎn)(基因位點(diǎn)(QTL)的定位分析方法,可以估算)的定位分析方法,可以估算QTL的數(shù)目、的數(shù)目、位置和遺傳效應(yīng)位置和遺傳效應(yīng)QTLQTL定位的基本原理定位的基本原理比較染色體區(qū)段與性狀表現(xiàn)型是否呈一致性變化比較染色體區(qū)段與性狀表現(xiàn)
3、型是否呈一致性變化MMMmmmMMMmmm檢測(cè)各個(gè)位點(diǎn)標(biāo)記基因型間數(shù)量性狀表型值的差異顯著性檢測(cè)各個(gè)位點(diǎn)標(biāo)記基因型間數(shù)量性狀表型值的差異顯著性 按分析分子標(biāo)記方法的不同,可以將按分析分子標(biāo)記方法的不同,可以將QTL定位的方法定位的方法劃分為三大類劃分為三大類一、單標(biāo)記分析一、單標(biāo)記分析Single marker analysis二、區(qū)間作圖二、區(qū)間作圖Interval mapping三、復(fù)合區(qū)間作圖三、復(fù)合區(qū)間作圖Composite interval 一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖QTL連鎖作圖是建立在不同標(biāo)記基因型間性狀差異基礎(chǔ)上的連鎖作圖是建立在不同標(biāo)記基因型間性狀差異基礎(chǔ)上的Sax
4、(1923)最早報(bào)道了菜豆粒重最早報(bào)道了菜豆粒重QTL連鎖作圖的結(jié)果連鎖作圖的結(jié)果 紫色、大粒紫色、大粒 x 白色、小粒白色、小粒 F1 F2(PPWW) (ppww)在在F2中發(fā)現(xiàn),中發(fā)現(xiàn),307,283,264PPPppp為此認(rèn)為,控制粒重的基因?yàn)榇苏J(rèn)為,控制粒重的基因W-w與控制籽粒顏與控制籽粒顏色的基因色的基因P-p是連鎖的是連鎖的這是首次報(bào)道用形態(tài)標(biāo)記進(jìn)行的這是首次報(bào)道用形態(tài)標(biāo)記進(jìn)行的QTL定位定位 單標(biāo)記分析法就是通過假設(shè)測(cè)驗(yàn)、方差分析、回歸分析單標(biāo)記分析法就是通過假設(shè)測(cè)驗(yàn)、方差分析、回歸分析或似然比檢驗(yàn),或似然比檢驗(yàn),比較單個(gè)標(biāo)記基因型(比較單個(gè)標(biāo)記基因型(MM、Mm和和mm)數(shù)
5、量性狀均值的差異)數(shù)量性狀均值的差異一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖如存在顯著差異,則說明控制該數(shù)量性狀的如存在顯著差異,則說明控制該數(shù)量性狀的QTL與標(biāo)記連鎖與標(biāo)記連鎖1. T測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)010110: :0Hvs H=0101010211(2)()nntt nns/M MM m和10和假定假定回交群體回交群體中某一標(biāo)記位點(diǎn)的兩個(gè)基因型為中某一標(biāo)記位點(diǎn)的兩個(gè)基因型為 兩類基因型內(nèi)個(gè)體性狀的平均數(shù)分別為兩類基因型內(nèi)個(gè)體性狀的平均數(shù)分別為 則其差異顯著性測(cè)驗(yàn)可通過則其差異顯著性測(cè)驗(yàn)可通過 t - 測(cè)驗(yàn):測(cè)驗(yàn):222110010(1)(1)2nsnssnn其中一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖標(biāo)記標(biāo)
6、記 MiMi Mimi t pD5 41 54.2 111.8 62 47.3 63.7 3.75 0.0001H14 42 55.2 104.1 61 46.5 56.1 4.99 0.000001例如例如221 112 22 s snn1. T測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖F2群體群體 標(biāo)記基因型標(biāo)記基因型 平均數(shù)平均數(shù) 樣本方差樣本方差 s22 s12 s02樣本容量樣本容量 n2 n1 n0 / / /iiiiiiMMMmmm2101. T測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖2020120211222220020(2)()(1)(1)2nntt nnsnsnssnn;
7、F2群體群體 測(cè)驗(yàn)加性效應(yīng)測(cè)驗(yàn)加性效應(yīng)1. T測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖1. T測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖2101201202-1,32111442222221100210()/2( -1)()(1)(1)(1)3knnnnnntkFsnsnsnssnnnF2群體群體 測(cè)驗(yàn)顯性效應(yīng)測(cè)驗(yàn)顯性效應(yīng) 標(biāo)記標(biāo)記 MiMi Mimi mimi n2 2 s22 n1 1 s12 n0 0 s02 t 1 t2D5 43 5.2 2.44 86 4.3 2.93 42 3.1 2.76 6.10 0.38 H14 42 5.0 3.2 92 4.1 3.2 37 3.6 2
8、.68 3.71 -0.051. T測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖F2群體群體 例如例如 1. T測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)1,2,jjjybxejn即檢測(cè)表型值是否隨標(biāo)記基因型的不同而異即檢測(cè)表型值是否隨標(biāo)記基因型的不同而異010 :0Hvs H:統(tǒng)計(jì)上統(tǒng)計(jì)上,t 測(cè)驗(yàn)等同于對(duì)簡(jiǎn)單回歸模型的假設(shè)測(cè)驗(yàn)測(cè)驗(yàn)等同于對(duì)簡(jiǎn)單回歸模型的假設(shè)測(cè)驗(yàn)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖標(biāo)記基因型標(biāo)記基因型(x)(x)xxx性狀測(cè)量值性狀測(cè)量值(y)(y)xxx基因型基因型 頻率頻率 (1-r)/2 r/2 r/2 (1-r)/2效應(yīng)值效應(yīng)值 adadMQMQMQMqMQmQMQmqMQMQMQmq假定假定一個(gè)一個(gè)Q(
9、QTL)與一個(gè))與一個(gè)M(marker)連鎖,對(duì)回交)連鎖,對(duì)回交 后代后代B1,有,有:2. 單標(biāo)記分析的遺傳基礎(chǔ)單標(biāo)記分析的遺傳基礎(chǔ)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖(1- )()() - ()(1- )() (1-2 ) ( - )MMMmrardrardra d(1- )() )(adrard() (1- )()adrard標(biāo)記標(biāo)記 QQ Qq 平均效應(yīng)值平均效應(yīng)值MM 條件概率條件概率 1-r r 平均效應(yīng)值平均效應(yīng)值Mm條件概率條件概率 r 1-r 平均效應(yīng)值平均效應(yīng)值按兩向整理:按兩向整理:于是:于是:2. 單標(biāo)記分析的遺傳基礎(chǔ)單標(biāo)記分析的遺傳基礎(chǔ)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作
10、圖 01/2MMMmr 1(12)()mMMMmikkkkrad0:0.5 : 0.5ikAikHrvs Hr如果如果有多個(gè)有多個(gè)QTL同標(biāo)記連鎖且忽略上位性,則上式為:同標(biāo)記連鎖且忽略上位性,則上式為:這表明這表明,所測(cè)驗(yàn)的也許是多個(gè),所測(cè)驗(yàn)的也許是多個(gè)QTL的效應(yīng)和重組率復(fù)合的參數(shù)的效應(yīng)和重組率復(fù)合的參數(shù)其假設(shè)為:其假設(shè)為:2. 單標(biāo)記分析的遺傳基礎(chǔ)單標(biāo)記分析的遺傳基礎(chǔ)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖 0 1/2MMMmikat least oneof r MQMQMQMqMQmQMQmq2(,)N 2(,)N 2(,)N 2( ,)N 假定假定基因型基因型 頻率頻率 (1-r)/2 r
11、/2 r/2 (1-r)/2y的分布的分布 3. 擬然法分析擬然法分析一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖2(,)N 2( ,)N 22(1- )(,)( ,)r NrN 2(,)N 2( ,)N 22(,)(1- )( ,)rNr N 按兩向整理按兩向整理:標(biāo)記標(biāo)記 QQ Qq y 的混合分布的混合分布 nMM 條件概率條件概率 1-r r n1 y 的分布的分布 Mm條件概率條件概率 r 1-r n2 y 的分布的分布3. 擬然法分析擬然法分析一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖1121221, , )(1) ()()()(1) ()MMMmnjjjnjjjyyLrrryyrr ( 可得到似然
12、函數(shù)可得到似然函數(shù) (出現(xiàn)一組特定數(shù)據(jù)的概率)出現(xiàn)一組特定數(shù)據(jù)的概率) 21( )exp(/2)(0,1)2zzN其中其中3. 擬然法分析擬然法分析一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖2200012(,1/2)2ln ( , , )LrLRLr 假設(shè)假設(shè):H0:r=1/2 H1: r1/2進(jìn)行進(jìn)行似然比似然比檢驗(yàn):檢驗(yàn):10.21723,tan :1/2LODLRaccepce Hr 一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖3. 擬然法分析擬然法分析用最大似然法估算擬然函數(shù)中的未知參數(shù)(用最大似然法估算擬然函數(shù)中的未知參數(shù)(詳見后述詳見后述),進(jìn)而可作擬然比檢驗(yàn)),進(jìn)而可作擬然比檢驗(yàn)一、單標(biāo)記一、單標(biāo)記QTL作圖作圖3. 擬然法分析擬然法分析 確定不同標(biāo)記基因型內(nèi)數(shù)量性狀的概率分布確定不同標(biāo)記基因型內(nèi)數(shù)量性狀的概率分布 構(gòu)建擬然函數(shù)構(gòu)建擬然函數(shù) 進(jìn)行擬然比檢驗(yàn)進(jìn)行擬然比檢驗(yàn) 擬然法分析詳情后述擬然法分析詳情后述 最大擬然估計(jì)最大擬然估計(jì)1. 不能識(shí)別標(biāo)記是同一個(gè)還是多個(gè)不能識(shí)別標(biāo)記是同一個(gè)還是多個(gè)QTL連鎖;連鎖;2. 不能估計(jì)可能存在的不能估計(jì)可能
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
- 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 人人文庫網(wǎng)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
- 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 汽車和食品合作協(xié)議書
- 無紙化商戶簽約協(xié)議書
- 課程置換協(xié)議書
- 聯(lián)通授權(quán)協(xié)議書
- 自駕免責(zé)協(xié)議書
- 藥廠授權(quán)協(xié)議書
- 平臺(tái)店鋪代運(yùn)營協(xié)議書
- 藥品三方協(xié)議書
- 豪車合成協(xié)議書
- 舊房屋頂翻合同協(xié)議書
- 病假醫(yī)療期申請(qǐng)單(新修訂)
- 鉆孔樁鉆孔記錄表(旋挖鉆)
- 660MW機(jī)組金屬監(jiān)督項(xiàng)目
- JBK-698CX淬火機(jī)數(shù)控系統(tǒng)
- ZJUTTOP100理工類學(xué)術(shù)期刊目錄(2018年版)
- 心理學(xué)在船舶安全管理中的應(yīng)用
- JJF(鄂) 90-2021 電子輥道秤校準(zhǔn)規(guī)范(高清版)
- 超星爾雅學(xué)習(xí)通《今天的日本》章節(jié)測(cè)試含答案
- 餐飲量化分級(jí)
- 三一重工SCC2000履帶吊履帶式起重機(jī)技術(shù)參數(shù)
- [精品]GA38-2004《銀行營業(yè)場(chǎng)所風(fēng)險(xiǎn)等級(jí)和防護(hù)級(jí)別的規(guī)定》
評(píng)論
0/150
提交評(píng)論