Single Nucleotide Polymorphisms( SNP )

1、Single Nucleotide Polymorphisms( SNP )SNP 概述ASNP 檢測技術(shù)BSNP 的應(yīng)用CContents目目錄錄 SNP 概述概述SNP，single nucleotide polymorphism，即單核苷酸多態(tài)性。是指基因組DNA序列中由于單個核苷酸（A、T、C和G）的突變而引起的多態(tài)性。SNP廣泛存在于人類基因組，其中發(fā)生頻率約為1%或更高。包括單個堿基的轉(zhuǎn)換、顛換、插入和缺失等，但通常所說的SNP并不包括后兩種情況。 （轉(zhuǎn)換是指 C-T，在其互補(bǔ)鏈上則為G-A； 顛換是指C-A，G-T，C-G，A-T）染色體DNA同一位置上的每個堿基類型叫做一個等位

2、位點。等 位位點：位于染色體上某一區(qū)域的一組相關(guān)聯(lián)的SNP等位位點被稱作單倍型（haplotype），相鄰SNP的等位位點傾向于以一個整體遺傳給后代。單倍型：單倍型是染色體上共同遺傳的SNP組合根據(jù)SNP在基因組的分布位置可分為基因編碼區(qū)SNP（cSNP），基因調(diào)控區(qū)SNP（pSNP），基因間隨機(jī)非編碼區(qū)SNP（rSNP）。從對生物的遺傳性狀的影響上來看，cSNP又可分為2種：同義cSNP（synonymous cSNP）：即SNP所導(dǎo)致的編碼序列的改變并不影響其所翻譯的蛋白質(zhì)的氨基酸序列，突變堿基與未突變堿基的含義相同；非同義cSNP（non-synonymous cSNP）：指堿基序列的改

3、變可使以其為藍(lán)本翻譯的蛋白質(zhì)序列發(fā)生改變，從而影響了蛋白質(zhì)的功能。這種改變常是導(dǎo)致生物性狀改變的直接原因。cSNP中約有一半為非同義cSNP。SNP 檢測技術(shù)檢測技術(shù)一類以凝膠電泳為基礎(chǔ)的傳統(tǒng)經(jīng)典的檢測方法，如： 限制性酶切片段長度多態(tài)性法（PCR- RFLP）；PCR-單鏈構(gòu)象多態(tài)性法（PCR-SSCP）；毛細(xì)管電泳；變性高效液相色譜（DHPLC）等。目前國際上最常見的仍是通過DNA測序法獲得新的SNP。基因分型（genotyping）是指利用數(shù)據(jù)庫已有的SNP進(jìn)行特定人群的序列和發(fā)生頻率的研究，主要包括：m基因芯片技術(shù)；基因芯片技術(shù)；mTaqman技術(shù)；技術(shù)；m分子導(dǎo)標(biāo)分子導(dǎo)標(biāo)（molec

4、ular beacon）技術(shù)；技術(shù)；m焦磷酸測序法焦磷酸測序法（pyrosequencing）等。等。基因芯片技術(shù)基因芯片技術(shù)原理:m通過優(yōu)化芯片雜交程序，使探針只與完全互補(bǔ)的序列雜交而不與含有單個錯配剪輯的序列雜交。m將具有特定堿基序列的探針固定在特殊的載體上，待測基因樣品經(jīng)PCR擴(kuò)增及熒光化學(xué)標(biāo)記后與固定的探針進(jìn)行雜交，最后根據(jù)熒光的強(qiáng)度和種類測出待測序列的堿基類別。 特點：m優(yōu)點：高通量，一次可對多個SNP進(jìn)行規(guī)模性篩選，被檢起始材料少，操作步驟簡單。m缺點：芯片設(shè)計成本高，由于DNA樣品的復(fù)雜性，有些SNP不能被檢測。Taqman 技術(shù)、分子導(dǎo)標(biāo)技術(shù)技術(shù)、分子導(dǎo)標(biāo)技術(shù)（書（書P68）焦磷酸測序法焦磷酸測序法m焦磷酸測序技術(shù)是由4種酶催化同一反應(yīng)體系中的酶級聯(lián)反應(yīng)。m原理：引物與模板DNA退火后，在DNA聚合酶聚合酶(DNA polymerase)、ATP 硫酸硫酸化酶化酶(ATP sulfurytase)、熒光素酶熒光素酶(1uciferase)和雙磷酸酶雙磷酸酶(Apyrase) 4種酶的協(xié)同作用下，將引物上每一個dNTP的聚合與一次熒光信號的釋放偶聯(lián)起來，通過檢測熒光的釋放和強(qiáng)度，達(dá)到實時測定DNA序列的目的。m焦磷酸測序技術(shù)的反應(yīng)體系由反應(yīng)底物、待測單鏈、測序引物和4種酶構(gòu)成。反應(yīng)底物為5-磷酰硫酸(adenosine- 5-phosphosulf