NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫應(yīng)用簡介

1、NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫應(yīng)用簡介應(yīng)用簡介溫州醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院檢驗科溫州醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院檢驗科陶志華陶志華NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫/ 美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）于1988年11月4日建立國家生物技術(shù)信息中心國家生物技術(shù)信息中心（National Center of Biotechnology Information,簡稱NCBI）。 GenBank數(shù)據(jù)庫(Nucleotide) (1988) 三維蛋白結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB） 在線人類孟德爾遺傳(OMIM）數(shù)據(jù)庫 生物門類（Toxonomy）數(shù)據(jù)庫

2、等Entrez 數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)(1991)BLAST相似性檢索系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫：檢索系統(tǒng):NCBI數(shù)據(jù)庫內(nèi)容簡介一. Nucleotide(GenBank) 該數(shù)據(jù)庫由國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫成員美國國立衛(wèi)生研究院GenBank、日本DNA數(shù)據(jù)庫(DDBJ)和英國Hinxton Hall的歐洲分子生物學(xué)實驗室數(shù)據(jù)庫(EMBL）三部分?jǐn)?shù)據(jù)組成。 Nucleotide 包含： 所有已知的核苷酸核苷酸及蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列 與之相關(guān)的生物學(xué)信息 參考文獻二 . Genome 即基因組數(shù)據(jù)庫，提供了多種基因組、完全染色體、臨近序列圖譜以及一體化基因物理圖譜。三. Structures 即結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫或稱分子模型數(shù)據(jù)庫

3、（MMDB），包含來自X線晶體學(xué)和三維結(jié)構(gòu)的實驗數(shù)據(jù)。MMDB的數(shù)據(jù)從PDB（Protein Data Bank）獲得。 四. Taxonomy 即生物學(xué)門類數(shù)據(jù)庫，可以按生物學(xué)門類進行檢索或瀏覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。五. PopSet 包含研究一個人群、一個種系發(fā)生或描述人群變化的一組組聯(lián)合序列。PopSet既包含核酸序列數(shù)據(jù)又包含蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)。 六. OMIM 孟德爾遺傳學(xué)(OMIM)數(shù)據(jù)庫是人類人類基因和基因疾病基因和基因疾病的目錄數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包括原文信息、圖片和參考信息，同時還可以鏈接到Entrez系統(tǒng)MEDLINE數(shù)據(jù)庫中相關(guān)文獻和序列信息。NCBI數(shù)據(jù)庫檢索1.

4、ENTREZ高級檢索系統(tǒng)： 在檢索框中輸入檢索詞，檢索詞間默認(rèn)邏輯關(guān)系為AND 還可用來檢索核酸與蛋白質(zhì)序列、MEDLINE相關(guān)文獻或?qū)＠≒ubMed）、 基因組及MMDB分子結(jié)構(gòu)模型庫信息。 顯示格式 ：Summary Report格式GenBank Report格式FASTA Report格式.2. BLAST相似性檢索系統(tǒng) BLAST（Basic Local Alignment Search Tool） 是用于序列相似性檢索的一個重要數(shù)據(jù)庫，是區(qū)分基因和基因特征的工具。該軟件能在15秒內(nèi)完成整個DNA數(shù)據(jù)庫的序列檢索。 在NCBI主頁的左工具條中，點擊BLAST圖標(biāo)，即進入BLAST主頁 可通過可通過WWWWWW途徑或途徑或E-mailE-mail途徑查詢途徑查詢。3.向向GenBank遞交數(shù)據(jù)遞交數(shù)據(jù)GenBank數(shù)據(jù)的一個主要來源是通過數(shù)據(jù)的一個主要來源是通過作者直接遞交；目前許多期刊也希望刊作者直接遞交；目前許多期刊也希望刊登的登的文章中的文章中的DNA或氨基酸序列能在發(fā)或氨基酸序列能在發(fā)表前輸入數(shù)據(jù)庫。表前輸入數(shù)據(jù)庫。NCBI為此設(shè)計了方便、快捷的數(shù)為此設(shè)計了方便、快捷的數(shù)據(jù)遞交軟據(jù)遞交軟件：件：BankIt:直接通過直接通過WWW進行簡便、快進行簡便、快捷的遞交。捷的遞交