多肽合成儀手冊

1、SYMPHONY1. 系統(tǒng)簡介與說明11 簡介Symphony主窗口如下所示，其中包含了系統(tǒng)中所有菜單欄和圖標(biāo)工具欄，其相應(yīng)的功能包括：編寫肽序列、編輯程序、合成操作、執(zhí)行一個單步操作、計算氨基酸的重量和溶劑的體積等。窗口的底部是系統(tǒng)狀態(tài)欄，顯示當(dāng)前N2、真空及空氣的狀態(tài)和計算機(jī)時間，同時，當(dāng)一個廢液桶充滿后，會顯示警告信息。操作者正在進(jìn)行的很多相關(guān)操作狀態(tài)都會在狀態(tài)欄中顯示。 使用Symphony窗口可使編程、編寫肽序列、給反應(yīng)器加壓、選擇某個肽序列等操作變得相當(dāng)簡單，只需鼠標(biāo)點擊，就可以執(zhí)行。在此過程中，操作將按照默認(rèn)參數(shù)進(jìn)行。溶劑和試劑的名稱分別顯示在RV操作窗口和瓶準(zhǔn)備操作窗口及報告中

2、。默認(rèn)條件下，系統(tǒng)使用的是肽化學(xué)中標(biāo)準(zhǔn)的溶劑名稱和氨基酸名稱，這些名稱均來自于瓶準(zhǔn)備操作窗口中顯示的Good Laboratory Practice（GLP）文件，操作者可以創(chuàng)建和使用自定義的GLP文件。除此之外，本窗口中還有許多功能可供操作者使用，如：操作者可以在計算窗口中計算合成所需溶劑和試劑的量，可以創(chuàng)建一個新的自定義GLP文件，并且可以指定其為所有溶劑和試劑的GLP文件。計算窗口所用到的溶劑和試劑（AA）數(shù)據(jù)文件既可以由操作者自定義，也可以使用系統(tǒng)默認(rèn)值。不同窗口中有許多相同的功能部分，在共性幫助文檔中有對應(yīng)的解釋。12 系統(tǒng)概述121 共性在不同的窗口中有許多相同的功能部分，其中之一

3、就是文件對話框，另外一個就是文件File Open（文件打開）按鈕。操作者可以點擊窗口右上方的“X”圖標(biāo)來關(guān)閉窗口，同樣的功能也可以點擊Close（關(guān)閉）按鈕來實現(xiàn)。操作者可以通過點擊窗口右上方的最小化和最大化圖標(biāo)來實現(xiàn)窗口的最小化和最大化。所有窗口中都有cursor和input focus。編輯控制框或編輯框可供操作者輸入信息，當(dāng)某個編輯控制框或編輯框被選中時，操作者可以在其中選擇或輸入信息，光標(biāo)閃動的地方就是操作者可以輸入信息的位置。通常情況下，光標(biāo)是一條閃爍的線條，當(dāng)然，操作者也可以自定義光標(biāo)形狀。如果操作者希望改變輸入，只需簡單的按動Tab鍵，如果希望反向移動，同時按shift和Tab

4、鍵即可。操作者可以在編輯框中輸入信息，可以在下拉式選擇列表框中輸入或選擇某一信息，一般情況下，下拉式選擇列表框的背景是白色的，如果其背景是灰色的則說明此框只是用于顯示信息，而不能輸入信息。122 文件對話框 本系統(tǒng)中有兩種文件對話框，一種是如下所示的Open（打開）文件對話框，另一個是Save（保存）或Save as（另存為）文件對話框。兩種文件對話框功能相似，都允許操作者在文件目錄中操作文件。當(dāng)操作者初次打開文件對話框時，顯示的文件位置是操作者目前希望打開或希望保存的某種類型文件的默認(rèn)位置，對話框中顯示的文件是按Files of Type框中的文件類型過濾的，F(xiàn)iles of Type框決定

5、了操作者可以打開或保存的文件類型。操作者可以通過在文件目錄中選擇一個文件名或輸入一個文件名來作為保存當(dāng)前數(shù)據(jù)的文件。123 文件打開按鈕 如果操作者點擊File Open（文件打開）按鈕，則打開一個對話框供操作者選擇相應(yīng)的文件，F(xiàn)ile Open（文件打開）按鈕位于顯示所選擇文件名字的編輯框的右側(cè)，如下圖中鼠標(biāo)所點的位置。124 保存窗口當(dāng)操作者打開一個新文件，或關(guān)閉一個已經(jīng)改動過的文件時，就會彈出一個保存窗口以提示操作者，有3種操作可供操作者選擇，Yes、NO或Cancel。選擇Yes則保存文件，并且關(guān)閉窗口；選擇NO則不保存文件，并且關(guān)閉窗口；選擇Cancel則取消當(dāng)前的操作，不關(guān)閉窗口，

6、回到之前的編輯狀態(tài)。125 工具提示（Tool Tips）工具提示功能是和編輯框相關(guān)聯(lián)的，尤其是和顯示文件名字的編輯框相關(guān)聯(lián)的，因為文件名有可能很長，在編輯框中并不能全部顯示，在這種情況中下，全部的文件名就可以在工具提示中顯示出來。要顯示如下圖所示的工具提示，只需簡單的移動鼠標(biāo)到對應(yīng)的編輯框上，并且停留幾秒，就會在編輯框下方出現(xiàn)一個顯示文件全名的小窗口。126 全局?jǐn)?shù)據(jù)訪問如下圖所示的全局?jǐn)?shù)據(jù)訪問編輯框提示操作者輸入數(shù)據(jù)，操作者輸入數(shù)據(jù)后，點擊OK按鈕確認(rèn)數(shù)據(jù)修改，或者點擊Cancel按鈕放棄對數(shù)據(jù)的修改，然后返回到上級窗口。127 主菜單欄如下所示的主菜單欄包括：Peptide Editor

7、（肽編輯）、Program Editor（程序編輯）、RV Operation（RV操作）、SetUp（設(shè)置）、Tools（工具）、Calculation（計算）、File（文件）、Window（窗口）和Help（幫助）。當(dāng)點擊選擇了某一個菜單欄后，就會擴(kuò)展出更多的子菜單供操作者選擇。如果點擊某一個菜單后并沒有擴(kuò)展子菜單出現(xiàn)，那么就會出現(xiàn)一個命令按鈕或動作按鈕。對很多菜單而言，可以執(zhí)行的操作是相似的，例如：很多動作按鈕都通過New按鈕或Open按鈕來創(chuàng)建一個新的文件或打開一個已存在的文件，供操作者編輯。當(dāng)選擇了Open，都會顯示打開文件對話框。當(dāng)一個文件處于打開狀態(tài)，可以選擇Save或者Sav

8、e as操作，用當(dāng)前的文件名保存修改內(nèi)容或另外輸入一個新的文件名保存修改內(nèi)容，可以選擇Print來打印文件內(nèi)容。文件通常保存在默認(rèn)目錄下，當(dāng)然，操作者可以把文件保存到任何文件目錄下，也可以打開任何一個文件目錄下的文件。菜單欄中的一些功能同樣可以在圖標(biāo)工具欄中實現(xiàn)。128 圖標(biāo)工具欄主菜單欄下的第二行就是圖標(biāo)工具欄，設(shè)立圖標(biāo)工具欄的目的就是為了方便操作者執(zhí)行某些菜單功能。如下所示的工具欄從左到右分別是：創(chuàng)建一個新的肽文件、打開一個已有的肽文件、創(chuàng)建一個新的合成/裂解（Cleavage）程序、打開一個已有的合成/裂解（Cleavage）程序、打開反應(yīng)器操作（Open the Reaction Ve

9、ssel Operations）窗口、打開合成進(jìn)程（Synthesis Progress）窗口、打開溶劑/試劑瓶灌注和加壓（Open the Solvent/Reagent bottles prime and pressure）窗口、保存當(dāng)前窗口文件、另存當(dāng)前窗口文件、打印當(dāng)前窗口文件、打開數(shù)據(jù)計算窗口、啟動系統(tǒng)計算器、正常退出和緊急停止。如果需要了解某個工具的具體功能，只需移動鼠標(biāo)到相應(yīng)的圖標(biāo)工具上，并且停留幾秒即可。當(dāng)操作者編輯某個文件時，特推薦以下便利的操作：首先點擊Save圖標(biāo)，保存所有的改動信息，然后，如果關(guān)閉窗口，就不會出現(xiàn)一系列對話框提示操作者是否要保存文件、如何保存文件等。2合

10、成儀計算機(jī)操作軟件21 肽序列編輯（Peptide Sequence Editor）窗口操作者可以通過幾種方式進(jìn)入到肽序列編輯窗口，既可以通過點擊主菜單欄中的Peptide Editor菜單進(jìn)入，又可以通過點擊圖標(biāo)工具欄中創(chuàng)建一個新的肽/序列文件工具或者打開一個已有的肽文件/序列工具進(jìn)入。肽序列編輯允許操作者定義序列，定義序列中某一殘基對應(yīng)的合成程序，也就是肽文件。肽文件和序列文件的擴(kuò)展名分別為“.pep”和“.seq”。操作者能夠保存的文件個數(shù)取決于計算機(jī)上硬盤的存儲量。肽文件和序列文件中保存的氨基酸殘基個數(shù)不能超過200個。本窗口中各種工具和按鈕如下圖所示。211 序列（Sequence）

11、在序列編輯窗口中可輸入和顯示肽序列。從N端到C端用窗口右半部分單個字母代表氨基酸殘基，輸入一個殘基時，同時會對應(yīng)一個默認(rèn)程序，該程序顯示在Synthesis Program Selection下默認(rèn)框（Default Label）中，操作者也可以改變某個殘基或一組殘基的程序，將一個或幾個殘基加亮選中，然后點擊Set按鈕即可。212 當(dāng)前程序（Current Program）與某一指定殘基相對應(yīng)的程序顯示在當(dāng)前程序框位于的右側(cè)，。213 當(dāng)前位置（Current Postion）當(dāng)前位置右側(cè)顯示的是光標(biāo)在序列編輯框中從左邊開始的位置。214 長度（Length）肽長度位于Length右側(cè)，顯示在

12、序列編輯框中序列的長度。215 分子量（Molecular Weight）分子量位于Molecular Weight右側(cè)，用于顯示C端為羧基或氨基化合物的分子量，這取決于Termination框中的選擇。程序使用試劑（AA）數(shù)據(jù)文件中的數(shù)據(jù)來計算分子量。216 設(shè)置（Set）Set（設(shè)置）按鈕位于序列編輯框的下方，操作者直接用鼠標(biāo)點擊此按鈕就可以進(jìn)行設(shè)置操作，或者點擊鼠標(biāo)右健，在彈出菜單中選擇Set項也可以進(jìn)行設(shè)置操作。在設(shè)置操作中，操作者可以改變所選擇氨基酸殘基（處于加亮顯示狀態(tài)）的相應(yīng)合成程序，對應(yīng)的合成程序顯示在Synthesis Program Selection（合成程序選擇）框中。

13、217 剪切（Cut）、拷貝（Copy）和粘貼（Paste）Cut（剪切）按鈕、Copy（拷貝）按鈕和Paste（粘貼）按鈕位于序列編輯框的下方，可以對序列編輯框中的文本進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的Windows操作，也就是說操作者可以在同一個序列編輯框，或者從其他的序列編輯框，乃至任何支持剪切、拷貝和粘貼操作的應(yīng)用程序中對文本進(jìn)行相應(yīng)的剪切、拷貝和粘貼操作。218 合成程序選擇（Synthesis Program Selection）合成程序選擇框位于Synthesis Program Selection標(biāo)簽下方，操作者可以在其中定義一個默認(rèn)的合成程序，也可以通過點擊位于Default Program標(biāo)簽右側(cè)

14、的文件打開按鈕，改變與某個殘基相對應(yīng)的默認(rèn)合成程序，這個改變后的新合成程序就成為在其后輸入的任何殘基的默認(rèn)合成程序，在改變之前輸入的殘基仍然保持與他們相對應(yīng)的舊的合成程序。操作者可以通過Set（設(shè)置）程序來達(dá)到同樣的目的。219 試劑（AA）數(shù)據(jù)（Reagent(AA) Data）當(dāng)前所使的試劑（AA）試劑顯示在Reagent(AA) Date標(biāo)簽下方，該試劑（AA）文件給定了其下方按鈕的名稱，以及相應(yīng)的用于創(chuàng)建序列的快捷鍵，操作者可以直接鍵入字母來創(chuàng)建序列，但每一次鍵入時，都會提示操作者是否希望通過直接敲字母鍵來創(chuàng)建序列。操作者還可以用鼠標(biāo)點擊文件打開按鈕選擇、加載自定義的試劑（AA）數(shù)據(jù)文

15、件。2110 C端選擇（Termination）C末端標(biāo)簽下是一個選擇框，用于指定C末端是酸還是酰胺，要注意該選擇框的顯示，選擇酸（Acid）就表明合成是從C端的第二個氨基酸開始的，而第一個氨基酸殘基已事先連接在樹脂上。選擇Amide（氨基）表明合成是從C端的第一個氨基酸合成開始的。2111 文件說明（File Descritption）操作者可以在文件說明編輯框中對文件進(jìn)行注釋和描述。2112 命令按鈕21121 編輯程序（Edit Prog）操作者點擊Edit Prog（編輯程序）按鈕可以打開如下所示的合成和裂解程序編輯窗口，用于編輯與光標(biāo)所指殘基相對應(yīng)的程序。操作者如果希望改變程序，則可

16、以使用此功能。21122 瀏覽程序（View Prog）操作者點擊View Prog（瀏覽程序）按鈕可以打開如下所示的瀏覽合成和裂解程序窗口，其中顯示與光標(biāo)所在位置殘基相對應(yīng)的合成程序內(nèi)容。本窗口只能瀏覽程序內(nèi)容，而不能對其進(jìn)行修改。操作者可通過點擊窗口右上方的“X”圖標(biāo)來關(guān)閉窗口。21123 關(guān)閉（Close）操作者點擊Close按鈕則關(guān)閉當(dāng)前窗口，回到主菜單窗口。如果對肽/序列的內(nèi)容進(jìn)行了修改，在關(guān)閉窗口前，會彈出一個窗口提示操作者是否要保存修改內(nèi)容,如果選擇“Yes”,則會彈出另一個窗口繼續(xù)提問操作者，是保存為肽文件？還是保存為序列文件？如果選擇“Cancel”,則回到編輯窗口；如果點擊

17、OK按鈕則出現(xiàn)保存文件對話框，引導(dǎo)操作者保存文件。在本軟件中，肽文件和序列文件是不同的，肽文件中包含氨基酸序列以及想相應(yīng)的合成程序兩種信息，而序列文件只包含氨基酸序列信息，只有肽文件可以指定反應(yīng)器進(jìn)行合成。21124 保存（Save）和另存為（Save As）從菜單欄和圖標(biāo)工具欄中都可以執(zhí)行保存（Save）和另存為（Save As）操作，用原文件名或新輸入的文件名保存文件。21125 打?。≒rint）從菜單欄和圖標(biāo)工具欄中都可以執(zhí)行打印（Print）操作，打印文件內(nèi)容。22 合成和裂解程序編輯（Synthesis and Cleavage Program Editor）窗口操作者可以通過幾種

18、方法進(jìn)入到合成和裂解程序編輯窗口，既可以通過主菜單欄中的Program Editor進(jìn)入，也可以通過圖標(biāo)工具欄中創(chuàng)建或打開來創(chuàng)建一個新的合成程序或打開一個已有的合成程序。操作者可以在合成和裂解程序編輯中創(chuàng)建和保存自定義的合成和裂解程序。裂解程序和合成程序的保存和加載操作是分別進(jìn)行的，目的是防止在合成過程中使用一個裂解程序，或者在裂解過程中使用一個合成程序。合成程序和裂解程序的文件擴(kuò)展名分別為“.prg”和“.clv”。操作者保存的合成程序和裂解程序個數(shù)取決于計算機(jī)上硬盤的存儲容量。合成/裂解程序中最多可以包含39個操作步驟（不包括同一操作的多次重復(fù)）。在合成和裂解程序編輯窗口中，每一操作步驟有

19、6個可編輯的區(qū)域。221 溶劑/操作（Solvent/Operation）如下圖所示的Solvent/Operation可以指定在程序某一步驟中要用到的溶液或要執(zhí)行的操作。可用的選擇如下：Solv1 主要溶劑，如：DMF。Solv2 脫保護(hù)試劑，在DMF加入20%哌啶（v:v）Solv3 活化劑，例如：0.4NMM/DMF。強(qiáng)調(diào)的是在編程時，只有在反應(yīng)試劑（氨基酸）步驟后才執(zhí)行活化步驟。Solv4 N端封閉試劑，例如：醋酸酐。Solv5 第二種主要溶劑，如：二氯甲烷。Solv6 裂解劑，使用TFA裂解混合液。Reagent（AA）- 一種氨基酸（在肽文件中指定的氨基酸）。Dry 這個操作用于在

20、cleavage之前從樹脂中去除溶劑。這個選擇按照Mix Time中指定的時間周期，間歇性地開啟通過反應(yīng)器頂部的氮氣通道（nitrogen path）。None 這個操作并不向反應(yīng)器輸送任何溶劑，但是可以按照Mix Time中指定的時間（如果有數(shù)值的話）長短，混合當(dāng)前反應(yīng)器中的溶液，然后從反應(yīng)器向廢液桶排放廢液（如果Drain處于ON狀態(tài)）。222 體積（Volume）Volume代表在操作步驟中用到指定溶液的體積，為1.25ml的倍數(shù)。223 混合時間（Mix Time）Mix Time代表混合溶液的持續(xù)時間或執(zhí)行操作的時間。224 排放（Drain）Drain可以轉(zhuǎn)換兩種不同的狀態(tài)，ON和

21、OFF，分別代表在本操作步驟完成后，下一個操作步驟開始前，反應(yīng)器中的溶液是排放，還是不排放。225 重復(fù)（Rep）Rep代表重復(fù)操作步驟的次數(shù)（最大值為9）。226 注釋（Comment）Comment用于對操作步驟進(jìn)行注釋，例如：本步驟的目的等。227 溶劑數(shù)據(jù)文件（Solvent Data File）Solvent Data File用于顯示當(dāng)前正在使用的溶劑/活化劑數(shù)據(jù)文件，其名稱就是在前述Solvent/Operation中所列出的溶劑/活化劑的名稱。文件打開按鈕允許操作者改變正在使用的溶劑/活化劑數(shù)據(jù)文件，以及在Solvent/Operation中列出的其他相應(yīng)信息。228 文件說明

22、（File Description）File Description用于對文件進(jìn)行簡單說明。229 命令按鈕2291 插入（Insert）操作者可以點擊Insert按鈕在光標(biāo)所在行之上插入一空行，或者在編輯框中插入一空行。也可將光標(biāo)移到某一步驟號所在行上，然后點擊鼠標(biāo)右健，彈出一個子菜單，其中有Insert、Delete等選項，選擇Insert項執(zhí)行插入操作。2292 刪除（Delete）操作者可以點擊Delete按鈕刪除光標(biāo)所在行的內(nèi)容，或者刪除編輯框中的信息。也可以將光標(biāo)移到某一步驟號所在行上，然后點擊鼠標(biāo)右健，彈出一個子菜單，在其中有Insert、Delete等選項，選擇Delete項執(zhí)

23、行刪除操作。2293 瀏覽（View）點擊View按鈕則打開如下所示的合成/裂解程序瀏覽窗口，顯示程序?qū)?yīng)的各個步驟，在本窗口中不能修改任何內(nèi)容。2294 清除（Clear）點擊Clear按鈕則清除窗口中的內(nèi)容，恢復(fù)為創(chuàng)建一個新程序操作的第一步時的初始狀態(tài)。2295 關(guān)閉（Close）操作者點擊Close按鈕則關(guān)閉當(dāng)前窗口，回到主菜單窗口。如果操作者對程序進(jìn)行了修改，在關(guān)閉窗口前，會彈出一個窗口提示操作者是否要保存修改內(nèi)容,如果選擇“Yes”,則會彈出另一個窗口繼續(xù)提問操作者，是保存為合成程序文件？還是保存為裂解程序文件？如果選擇“Cancel”,則回到編輯窗口；如果點擊OK按鈕則出現(xiàn)保存文件

24、對話框，引導(dǎo)操作者保存文件。2296 保存和另存為（Save and Save As）從菜單欄和圖標(biāo)工具欄中都可以執(zhí)行保存（Save）和另存為（Save As）操作，用原文件名或新輸入的文件名分別保存文件。具體窗口顯示如下圖所示。2297 打?。≒rint）操作者從菜單欄和圖標(biāo)工具欄中都可以執(zhí)行打印文件操作。23 反應(yīng)器操作（Reaction vessel operation）如下所示的窗口中有兩個選項自動操作和手動操作，當(dāng)合成程序開始后，顯示此窗口。操作者可以通過主菜單欄中的RV操作菜單，或者點擊圖標(biāo)工具欄中的“打開反應(yīng)器操作”工具來顯示反應(yīng)器操作窗口，或者使其在多個窗口的最前面顯示。231

25、 自動操作（Automated Operation）在如下所示的選項中，可以將Peptide/Sequence Editor（肽/序列編輯）窗口中創(chuàng)建的肽文件指定給反應(yīng)器（RVs）進(jìn)行合成操作。因為12個RVs完全獨立運行，所以可以隨時將一個肽文件指定給任何一個未使用的反應(yīng)器。在RV Operation（反應(yīng)器操作）窗口中，還可以將裂解程序依次指定給多肽反應(yīng)器。在本窗口中，操作者可以使用Set Start按鈕、Stop按鈕和Pause按鈕，對合成操作在任意進(jìn)度進(jìn)行停止和暫停。所有合成過程中的當(dāng)前狀態(tài)在窗口中連續(xù)顯示，合成操作的進(jìn)展情況均記錄在合成報告文件中。為了讓系統(tǒng)能夠正確的將使用的試劑瓶和

26、用單個字母表示的試劑對應(yīng)起來，在肽文件中鍵入的單個縮寫字母必須在當(dāng)前有效的GLP（Good Laboratory Practice）文件中進(jìn)行定義。如果在當(dāng)前有效的GLP文件找不到某一個字母，在加載肽文件時，系統(tǒng)將警示操作者。在此情況下，肽合成操作仍然可以開始進(jìn)行，當(dāng)合成進(jìn)行到含有那個找不到字母的殘基時，系統(tǒng)會自動暫停合成過程，彈出一個提示，指出操作暫停的原因。232 加載和運行肽（Loading and Running a Peptide）為了啟動一個肽合成操作，操作者必須首先加載一個肽文件。為此，可以用鼠標(biāo)點擊某個希望的RV所在行的文件按鈕，文件打開按鈕位于Peptide所在列相對應(yīng)編輯框

27、的右側(cè)。當(dāng)操作者選擇了一個肽文件，則所選的文件名在編輯框中顯示，并且在編輯框中顯示的只是文件名本身，包括文件路徑信息的全部文件名在工具提示中顯示。要啟動合成操作，只需點擊位于本窗口同一行最左側(cè)的Start按鈕。與合成操作相關(guān)的各種信息分別在與RV同處一行的其他編輯控制框中顯示。注意：當(dāng)加載一個新的肽文件時，與以前舊的肽文件相關(guān)的諸如Start、Stop和Pause等所有信息都會丟失，特別指出的是即使一個裂解程序仍然顯示，也不能執(zhí)行。所有相關(guān)信息必須重新設(shè)置、重新指定。233 開始（Start）按鈕每一個RV都有一個對應(yīng)的Start按鈕，操作者點擊此按鈕就會啟動對應(yīng)RV中的合成過程。當(dāng)合成開始后

28、，此按鈕變?yōu)镻ause按鈕，因為在合成過程中，系統(tǒng)允許操作者暫停合成處理。當(dāng)合成暫停后，此按鈕顯示為Resume，操作者點擊此按鈕可以繼續(xù)進(jìn)行合成。裂解程序啟動后，此按鈕顯示為Rinse，操作者點擊此按鈕就可執(zhí)行對應(yīng)的沖洗（Rinse）操作。注意：如果操作者想更改或者取消暫停，在運行一個新的操作之前，必須使用Clear按鈕將其清除。234 顯示區(qū)（Display Fields）本窗口的顯示區(qū)從左到右的順序，第一個是RVs（1-12），第二個是Peptide，顯示的是指定給每一個RV的肽文件名，其余顯示的是合成狀態(tài)信息。Length表示肽中氨基酸殘基的個數(shù)，AA#表示正在偶聯(lián)（being cou

29、pled）的氨基酸，Program表示指定給正在偶聯(lián)的氨基酸合成程序，Step表示正在進(jìn)行中的程序步驟，Reagent表示正在使用的溶劑/試劑名稱。多數(shù)程序步驟都包含fill（填充）、mix（混合）以及drain（排放）等子步驟。Action表示正在進(jìn)行中的子步驟，以及出現(xiàn)任何錯誤提示，Mix Time表示在混合子步驟中剩余的時間，Rep表示正在進(jìn)行之中編程步驟的重復(fù)次數(shù)。Action表示合成操作的狀態(tài)，如；fill（填充）、mix（混合）、drain（排放）、Complete（完成）或者錯誤信息等。 235 裂解（Cleavage）操作者點擊選項最右側(cè)的按鈕，則彈出如下所示的Set Clea

30、ve Time/Date（設(shè)置裂解時間/日期）對話框。在指定了裂解程序之后，裂解程序名就出現(xiàn)在位于Cleavage字段下方的編輯框中。需要注意的是，當(dāng)裂解程序執(zhí)行之后，在Cleavage字段右側(cè)的圓圈圖標(biāo)顏色變?yōu)榧t色，提醒操作者通往收集管（collection tube）的管路目前不可用。如果在合成過程結(jié)束后需要進(jìn)行裂解操作，那么就應(yīng)該在設(shè)置完合成程序之后，繼續(xù)設(shè)置裂解程序。 Run和CLV下方的圓圈圖標(biāo)是一個用顏色來表示合成狀態(tài)的指示器，灰色代表非激活狀態(tài)，綠色代表運行狀態(tài)，黃色代表處理過程暫停狀態(tài)，紅色代表停止?fàn)顟B(tài)。在Run字段下方的紅色圓圈也代表RV目前沒有使用，處于空閑狀態(tài)。 236

31、命令按鈕 2361 設(shè)置（Set）操作者點擊Set（設(shè)置）按鈕可以打開如下所示的自動操作編輯框窗口，用于設(shè)置多個RVs。 2362 全部啟動（Start All）操作者點擊Start All（全部啟動）按鈕就可以啟動所有的RVs，而不用依次點擊每一個Run（運行）按鈕。當(dāng)所有RVs處于運行狀態(tài)時，其對應(yīng)的按鈕名稱變?yōu)镻ause All（全部暫停），如果點擊Pause All按鈕，則暫停所有正在運行的RVs。 2363 啟動/停止（Start/Stop）點擊Start/Stop（啟動/停止）按鈕則顯示如下所示的Set Start、Stop和Pause窗口。操作者可以在此窗口中對肽合成操作中任意操

32、作步驟執(zhí)行啟動、停止和暫停操作。 2364 清除（Clear）點擊Clear（清除）按鈕則顯示如下所示的Clear Reaction Vessels Setting（清除反應(yīng)器設(shè)置）窗口，操作者可以在此窗口中選擇并清除任意一個RVs，或者全部RVs的合成數(shù)據(jù)。為了防止誤操作而意外清除正在運行的RVs的數(shù)據(jù)，在清除RVs數(shù)據(jù)操作之前，必須首先暫停這個RVs。 2365 瀏覽報告（View Report）點擊View Report（瀏覽報告）按鈕則顯示如下所示的打開報告文件對話框，初始目錄是Pro，窗口中顯示存有合成報告文件的每一個RVs的子目錄。在RVs文件目錄中查找文件，選擇希望打開的文件，點

33、擊Open按鈕，則會在文字處理程序中打開這份文件的一份拷貝。操作者所瀏覽的內(nèi)容只是進(jìn)展報告的一份拷貝，當(dāng)關(guān)閉文字處理程序后，這份拷貝就會被刪除。 2366 關(guān)閉（Close）操作者點擊Close按鈕則關(guān)閉當(dāng)前窗口，回到主菜單窗口。24 手動操作（Manual Operation）在手動操作選項中，無論反應(yīng)器是處于沒有使用狀態(tài)，還是處于暫停操作狀態(tài)，操作者都可以對任何一個反應(yīng)器中的合成進(jìn)行單步編程控制。如果一個指定RV的合成操作被暫停，那么操作者可以對這個RV進(jìn)行手動操作，這些操作都記錄在這個RV合成報告中。本窗口中出現(xiàn)的各種工具和按鈕詳見如下窗口。 241 加載和運行操作程序（Loading

34、and Running an Operation）加載和運行操作程序涉及到從下拉式列表框Operation/Solven中和Reagent（AA）中選擇需要的參數(shù)，輸入混合時間、選擇是否排放、輸入重復(fù)操作次數(shù)、輸入體積數(shù)值、點擊Start按鈕。所有這些都做完之后，操作將會進(jìn)行，直至完成。操作者可以重復(fù)進(jìn)行操作，或者定義新的參數(shù)，開始新的操作。 242 開始（Start）按鈕每一個RV都有一個對應(yīng)的Start按鈕，操作者點擊此按鈕就會啟動對應(yīng)RV中的手動操作步驟。當(dāng)操作開始后，此按鈕變?yōu)镻ause按鈕，操作者可以暫停操作。當(dāng)操作暫停后，此按鈕顯示為Resume，操作者點擊此按鈕就可以繼續(xù)執(zhí)行。此

35、按鈕上會顯示各種操作，操作者點擊此按鈕就可執(zhí)行對應(yīng)的操作。注意：如果操作者為了更改或者啟動一個新操作而暫停了合成，那么在指定一個新的操作之前，必須使用Clear按鈕消除相關(guān)信息。 243 顯示區(qū)（Display Fields）本窗口的顯示按從左到右的順序，第一個是RVs（1-12），第二個是Operation/Solvent，表示在程序的指定步驟中用到的溶液或者操作。這個列表框中實際顯示的內(nèi)容取決于當(dāng)前使用的GLP文件（Active Good Laboratory Practive File）。可選擇如下：Solv1 主要溶劑，如：DMF。Solv2 脫保護(hù)溶液，在DMF加入20%哌啶。Sol

36、v3 活化劑溶液，例如：0.4 NMM/DMF。Solv4 N端封閉溶液，例如：醋酸酐。Solv5 第二主要溶劑，如：二氯甲烷。Solv6 裂解液，使用TFA裂解混合液。Reagent（AA） 一種氨基酸（在肽文件中指定的氨基酸）。Dry 在cleavage之前從樹脂中去除溶劑。這個選擇按照Mix Time中指定的時間周期，間歇性地開啟通過反應(yīng)器頂部的氮氣通道（nitrogen path）。None 按照Mix Time中指定的時間（如果有數(shù)值的話），混合反應(yīng)器中的溶液，但是并不增加溶劑，然后從反應(yīng)器向廢液桶排放廢液（如果Drain處于ON狀態(tài)）。Collect 將反應(yīng)器中的溶液排向相應(yīng)的裂解

37、液（cleavage compartment）收集管（collection tube）。收集管必須安放到位，軟件才能接受這個命令。Collect Clean 為了防止污染，在進(jìn)行完裂解收集（cleavage collection）操作后，可以使用此命令，用Solv 5對管路和收集管進(jìn)行沖洗操作。本操作要求收集管必須安放到位，并且每一次裂解收集（cleavage collection）操作后，都要執(zhí)行。在執(zhí)行本操作之前，將出現(xiàn)一個警告窗口，防止由于誤操作而將Solv 5中的溶劑排向已完成了收集操作的收集管。Rv Clean 當(dāng)反應(yīng)器中的裂解操作完成后，需使用Rv Clean操作。首先，重新安放一

38、個特殊帶沖洗管（rinse tube）的適當(dāng)反應(yīng)器，在位于窗口下半部分的RV #12列表框中選擇Rv Clean操作，并按回車鍵確認(rèn)，儀器就會自動對Rv底部到Rv管路頂部，溶液所涉及到的所有地方用3種溶液進(jìn)行沖洗操作。不用指定混合時間、循環(huán)次數(shù)或體積等參數(shù)。本次操作包括：兩次用脫保護(hù)溶液沖洗和兩次用Solv 5沖洗，將會徹底清潔整個RV管路。 244 Reagent（AA）（試劑）在Operation/Solvent框中選擇了Reagent后，就激活了位于Reagent（AA）下方的下拉式編輯框。在這個下拉式編輯框中有20種選擇項供操作者選擇，20種選擇對應(yīng)著20個AA瓶。在當(dāng)前的GLP文件中

39、對與這個選擇相對應(yīng)的字母和縮寫進(jìn)行了定義。 245 混合時間（Mix Time）Mix Time代表溶液混合持續(xù)時間或執(zhí)行操作的時間。 246 排放（Drain）Drain可有兩種不同的狀態(tài)，ON和OFF，分別代表在本操作步驟完成后，下一個操作步驟開始之前，反應(yīng)器中的溶液是排放掉，還是保留。 247 重復(fù)（Rep）Rep表示操作步驟的重復(fù)次數(shù)（最大值為9）。 248 體積（Volume）Volume表示在操作步驟中用到的指定溶液的體積，為1.25ml的倍數(shù)，最大倍數(shù)為9。這個倍數(shù)必須選擇適當(dāng)，它與合成規(guī)模（scale）和溶液濃度（concentration）是相關(guān)的。 249 命令按鈕2491

40、 設(shè)置（Set）操作者點擊Set按鈕則打開如下所示的手工操作編輯窗口（Manual Operations Global Edit），可以對Rvs1到全部Rvs指定組合設(shè)置參數(shù)。 2492 全部暫停（Pause All）操作者點擊Pause All按鈕則會暫停加亮的反應(yīng)器操作，此按鈕在點擊之后變?yōu)镽esume按鈕，同時，在Run下方圓圈圖標(biāo)變?yōu)辄S顏色。在Action中顯示在暫停之前正在執(zhí)行的步驟號。注意：如果操作者想更改或者啟動一個新操作而暫停了合成，那么在指定一個新操作前，必須使用Clear按鈕消除相關(guān)信息。 2493 清除（Clear）操作者點擊Clear按鈕則打開清除反應(yīng)器設(shè)置（Clear

41、 Reaction Vessels Settings）窗口，以清除所選擇的RVs。 2494 關(guān)閉（Close）操作者點擊Close按鈕則關(guān)閉當(dāng)前窗口，回到主窗口。 25 清除反應(yīng)器設(shè)置（Clear Reaction Vessels Settings）本功能位于反應(yīng)器操作窗口，無論是在自動操作窗口選項中，還是手動操作窗口選項中，都有此功能。點擊Clear按鈕將把所選擇的非激活狀態(tài)下的RV所在行的所有參數(shù)信息清除掉。為了防止由于誤操作而清除激活狀態(tài)下RV的信息，在清除之前，必須將該RV變?yōu)闀和顟B(tài)。點擊Clear按鈕后，將打開一個如下所示的清除反應(yīng)器設(shè)置的窗口，可以選擇清除某一指定的反應(yīng)器設(shè)置，

42、或者選擇清除所有反應(yīng)器設(shè)置。本窗口的底部是Select All按鈕、Clear按鈕和Close按鈕。 251 命令按鈕2511 全選（Select All）全選功能，選擇所有暫停狀態(tài)下的反應(yīng)器后，可全部清除其設(shè)置。 2512 清除（Clear）清除所選擇反應(yīng)器所在行的所有設(shè)置。 2513 關(guān)閉（Close）操作者點擊Close按鈕則關(guān)閉當(dāng)前窗口，回到反應(yīng)器操作（Reaction Vessel Operation）窗口。 26 設(shè)置裂解時間和日期（Set Cleave Time and Date）點擊自動操作窗口中Cleave旁邊的命令按鈕，則打開本窗口。在如下所示的設(shè)置裂解時間和日期窗口中，操

43、作者可以在合成操作完成之后直接裂解，也可以在指定的日期和時間內(nèi)裂解，也可以立即進(jìn)行裂解。相對應(yīng)的反應(yīng)器號碼在本窗口的標(biāo)題欄中顯示。 261 選擇裂解程序（Select Cleavage Program）選擇一個要執(zhí)行的裂解程序，只需用鼠標(biāo)點擊文件打開圖標(biāo)，選擇希望打開的程序文件。選擇后，將激活運行裂解程序的三個選擇按鈕，分別是：Cleage at end of synthesis（合成結(jié)束后進(jìn)行裂解）、Cleave by Time and Date（在指定日期和時間進(jìn)行裂解）和Cleave Now（立即進(jìn)行裂解），從中選擇一個，點擊OK按鈕確認(rèn)。 262 合成結(jié)束后進(jìn)行裂解（Cleage at

44、 end of synthesis）選擇Cleage at end of synthesis意味著在裂解操作之前，必須先運行合成操作，或者完成合成操作。裂解操作的步驟寫入與現(xiàn)在的合成操作中RV所對應(yīng)的報告文件中。263 在指定日期和時間進(jìn)行裂解（Cleave by Time and Date）選擇了Cleave by Time and Date后，Time編輯框和Date編輯框變?yōu)榭删庉嫚顟B(tài)。輸入的日期和時間格式分別為：MM-DD-YY和HH:MM:SS，時間采用24小時制。裂解操作將在指定的日期和時間進(jìn)行。合成程序和裂解程序可不必對應(yīng)。 264 立即進(jìn)行裂解（Cleave Now）選擇Cle

45、ave Now，點擊OK按鈕確認(rèn)后，本窗口關(guān)閉，回到自動操作窗口，開始裂解操作。此選擇并不要求合成程序和裂解程序相對應(yīng)。用這種方法執(zhí)行裂解操作將產(chǎn)生一個新的、單獨的報告文件。 265 命令按鈕 2651 確認(rèn)（OK）點擊OK按鈕，接受選擇。 2652 取消（Cancel）點擊Cancel按鈕，取消所作的修改，關(guān)閉本窗口，回到RV操作窗口。27 設(shè)置開始、停止和暫停（Set Start,Stop and Pause）如下所示的窗口允許操作者改變正常程序的開始、停止，或者在合成程序中設(shè)置暫停，以便進(jìn)行手工處理。開始、停止和暫停分別在Start選項、Stop選項和Pause選項中設(shè)置。其中顯示的殘基

46、名稱、溶劑、試劑均取自當(dāng)前的GLP文件。Start選項、Stop選項和Pause選項中顯示的開始、停止和暫停位置都是按照從左到右的次序確定的。在Start選項和Stop選項中，對應(yīng)每一個操作步驟，只允許設(shè)置一個開始和一個停止，允許在設(shè)置的開始和停止之間重復(fù)進(jìn)行操作。而在Pause選項中可以根據(jù)需要設(shè)置多個暫停。 設(shè)置開始和停止的功能一般用于多個片段長肽的合成。對于由一個文件表示的整個肽，操作者可以選擇某一片段的C端第一個氨基酸（c-term）和片段最后一個氨基酸進(jìn)行偶聯(lián) 。注意：如果對停止進(jìn)行了編程，那么系統(tǒng)會認(rèn)為合成過程將要完成，在RV操作窗口中的操作指示（Action Indicator）

47、欄將顯示“Complete”，也就是說，合成操作不能繼續(xù)進(jìn)行。為了要繼續(xù)進(jìn)行合成過程，唯一的辦法是在自動操作窗口中加載一個新的合成文件，對新的合成程序的開始進(jìn)行編程，使其位于原來的肽合成操作中下一步驟或者下一次循環(huán)的開始上。設(shè)置開始的功能在突然斷電的情況下也非常有用。合成報告文件記錄最后一個步驟或者最后一次循環(huán)的執(zhí)行過程，根據(jù)報告文件中的信息，操作者就能夠?qū)π碌暮铣沙绦虻拈_始進(jìn)行編程，使其位于原來的肽合成操作中下一步步驟或者下一次循環(huán)的開始上，從而達(dá)到完成整個合成操作的目的。 271 選擇反應(yīng)器（Select RV）在選擇RV的下拉式列表框中選擇了某一個RV后，合成過程和序列也就顯示出來。操作

48、者選擇想要設(shè)置開始、停止和暫停的殘基，再選擇程序步驟和重復(fù)次數(shù)，然后點擊Apply按鈕。選擇過程中，只允許設(shè)置一個開始和一個停止，但可以設(shè)置多個暫停。272 序列顯示（Sequence Display）序列顯示一次可以顯示16個殘基，如果序列長度超過16個殘基，可以通過滾動條將其他部分顯示出來。要選擇一個開始、停止和暫停，只需用鼠標(biāo)選擇，并點擊就可以了，所點擊殘基的名稱就會在Amino Acid旁邊的編輯框中顯示，在程序下方的下拉式列表框填寫的是程序步驟或某一步驟中循環(huán)次數(shù)，允許操作者從中選擇，并設(shè)置開始、停止和暫停。273 氨基酸（Amino Acid）Amino Acid旁邊的編輯框中顯示

49、的是當(dāng)前操作者所選擇的氨基酸。274 合成程序（Synthesis Program）這個編輯框顯示的是與當(dāng)前操作者所選擇進(jìn)度相對應(yīng)的程序。275 針對某一步驟設(shè)置開始、停止和暫停（Set Start,Stop and Pause Before Step）允許操作者選擇與當(dāng)前進(jìn)度相對應(yīng)的程序步驟，結(jié)果在合成程序編輯框顯示，并選擇某一執(zhí)行步驟中的開始、停止和暫停。276 針對循環(huán)操作設(shè)置開始、停止和暫停（Set Start,Stop and Pause Before Rep）允許操作者選擇某一步驟中的循環(huán)操作，并選擇循環(huán)操作的開始、停止和暫停。277 暫停選項（Pause Tab）因為允許操作者選

50、擇多個暫停點，在如下所示的暫停選項中參數(shù)比開始選項和停止選項要多一些。在每一個操作步驟和每一次循環(huán)操作中的每一個殘基都可以編程控制暫停。在指定的操作步驟或指定的循環(huán)操作完成之后，暫停處理。在殘基中的暫停在位于程序步驟和循環(huán)次數(shù)編輯框右側(cè)的列表框中顯示。如果希望在殘基中增加一個暫停點，只需簡單的選擇一個程序步驟和循環(huán)次數(shù)，然后點擊位于這個列表框上方的Add按鈕即可。如果想刪除一個暫停點，只需簡單的選擇一個程序步驟和循環(huán)次數(shù)，加亮，然后點擊位于這個列表框上方的Delete按鈕即可。需要注意的是：雖然暫停點已經(jīng)增加到列表框中的某一步驟，但并沒有指定給合成程序，直到點擊Apply按鈕。對于暫停點的刪除

51、操作也一樣，必須點擊Apply按鈕才能生效。 編程控制合成程序中某一特定進(jìn)度的暫停將會使合成進(jìn)程在這個進(jìn)度時臨時暫停。暫停一般都是由于工作需要而設(shè)置的，例如：為了測試樹脂上的產(chǎn)物是否反應(yīng)完全，或者為了將樹脂分成較小的部分以備合成肽庫之用等。當(dāng)執(zhí)行暫停操作后，在自動操作窗口中的操作指示顯示為Pause，同時旁邊的圓圈圖標(biāo)變?yōu)辄S顏色。當(dāng)操作者準(zhǔn)備好繼續(xù)進(jìn)行合成時，只需點擊Resume按鈕，合成進(jìn)程將在原程序中的下一個步驟，或下一次循環(huán)開始。RV字段顯示指定的操作正在進(jìn)行，旁邊的圓圈圖標(biāo)變?yōu)榫G顏色。如果在暫停操作時，希望再次偶聯(lián)氨基酸，或脫保護(hù)等，可以點擊手動操作選項，在手動操作選項中進(jìn)行相應(yīng)的手動

52、操作。當(dāng)手動操作完成后，點擊自動操作選項，回到自動操作狀態(tài)，選擇RV，使之加亮，點擊Resume按鈕，繼續(xù)進(jìn)行原來的合成進(jìn)程。 278 命令按鈕2781 應(yīng)用（Apply）點擊Apply按鈕，保存操作者所做的修改，并立即將所做的修改應(yīng)用到操作中。也可以采用另外一種方法，當(dāng)關(guān)閉Set Start、Stop and Pause窗口時，會提示操作者是否保存修改，選擇Yes則保存修改內(nèi)容。2782 關(guān)閉（Close）點擊Close按鈕，關(guān)閉本窗口，回到RV操作窗口。 28 自動操作編輯（Automated Operation Global Edit）如下所示的Automated Operation G

53、lobal Edit窗口的目的是簡化在自動操作選項中肽文件和裂解程序的參數(shù)輸入，允許操作者選擇并打開一個肽文件和裂解程序文件，將打開文件內(nèi)容作為一個RV或全部RV的設(shè)置參數(shù)。操作者使用文件打開按鈕來加載肽文件，使用位于Cleavage標(biāo)簽旁邊的圖標(biāo)按鈕來加載裂解程序。 281 命令按鈕2811 清除（Clear）點擊Clear按鈕，將清除所指定行上打開文件的內(nèi)容。2812 全選/全不選（Select All/ Deselect All）點擊Select All按鈕，將一次性的選擇全部12個RVs，點擊Deselect All按鈕，將一次性的取消對全部12個RVs的選擇。2813 應(yīng)用（Appl

54、y）點擊Apply按鈕，將肽文件或者裂解程序文件的內(nèi)容應(yīng)用到在自動操作選項中所指定的RVs。2814 關(guān)閉（Close）點擊Close按鈕，關(guān)閉本窗口，回到RV操作窗口。 29 手動操作編輯（Manual Operation Global Edit）如下所示的Manual Operation Global Edit窗口的目的是簡化在手動操作選項中操作名稱、試劑、混合時間、排放、循環(huán)次數(shù)以及體積等參數(shù)的輸入，允許操作者選擇某些參數(shù)，或者選擇所有參數(shù)作為一個RV或全部RV的設(shè)置參數(shù)。 291 命令按鈕2911 清除（Clear）點擊Clear按鈕，將清除任何修改內(nèi)容，恢復(fù)原來的名稱以及在Opera

55、tion/Solvent、Drain、Rep和Volume的原內(nèi)容。2912 全選/全不選（Select All/ Deselect All）點擊Select All按鈕，將一次性的選擇全部12個RVs，點擊Deselect All按鈕，將一次性的取消對全部12個RVs的選擇。2913 應(yīng)用（Apply）點擊Apply按鈕，將與所指定RVs對應(yīng)的操作、試劑以及其他參數(shù)值應(yīng)用到在手動操作選項中。2914 關(guān)閉（Close）點擊Close按鈕，關(guān)閉本窗口，回到RV操作窗口。 210 合成進(jìn)程（Synthesis Progress）可以通過兩種方式進(jìn)入到如下所示的Synthesis Progress

56、窗口，它是RV Operation窗口之下的一個可選窗口，既可以通過點擊主菜單欄中的Show Progrss菜單進(jìn)入，又可以通過點擊圖標(biāo)工具欄中的打開合成進(jìn)程（Synthesis Progress）工具進(jìn)入。如下所示的本窗口顯示每一個反應(yīng)器以及與之對應(yīng)的當(dāng)前肽文件。由于肽正在合成，所以序列背景顏色從紫羅蘭色到黃色，按從右往左的順序，右邊的代表已經(jīng)完成的氨基酸合成程序。正在進(jìn)行合成的氨基酸，其背景顏色是綠色的。 2101 命令按鈕點擊Close按鈕，關(guān)閉本窗口，回到RV操作窗口。 211 清除沖洗狀態(tài)（Clear Rinse State）如下所示的Clear Rinse State窗口，是通過點

57、擊主菜單欄中的RV Operation菜單中的Clear Rinse（清除沖洗）命令進(jìn)入的。沖洗狀態(tài)表明在裂解操作執(zhí)行之后，對收集管路是否進(jìn)行清洗操作。如果需要進(jìn)行沖洗操作，則系統(tǒng)會在自動操作選項中的Start按鈕上，將Start變?yōu)镽inse。如果與某一個RVs對應(yīng)的按鈕上顯示了Rinse，則說明這個RVs需要沖洗。操作者也可以設(shè)置Start按鈕，那么在此按鈕上就顯示Start，允許操作者執(zhí)行其他的操作，而不必是沖洗操作。為此，操作者需要進(jìn)入本窗口，指定某一個RVs，點擊Clear按鈕，清除沖洗設(shè)置，則所指定的RVs對應(yīng)Start按鈕上顯示的Rinse將重新變?yōu)镾tart。2111 命令按鈕