靶向上調ID4基因表達藥物的生物信息學預測、分析和驗證

1、靶向上調ID4基因表達藥物的生物信息學預測、分析和驗證盧學春 楊波 朱宏麗等 1生物信息學在全球迅猛發(fā)展基因基因組學蛋白質蛋白質組學表觀遺傳學表觀基因組學 疾病狀態(tài)的2如何利用數(shù)據(jù)庫為我們服務？生物信息學！3表觀遺傳學的貢獻抗癌基因的丟失與腫瘤的發(fā)生密切相關ID4基因的表達缺失而非突變與白血病和淋巴瘤的發(fā)生密切相關4ID4丟失對白血病治療前景的啟示重新表達！轉染-基因治療藥物誘導5哪些藥物能夠誘導ID4基因的表達？生物信息學可以預測！實驗室證實6ID4基因的啟動子分析7ID4基因啟動子活性分析8 ID4基因5側翼區(qū)順式作用元件的預測結果 調控區(qū)順式元件位置正向調控c-Myb-903, -621

2、, -441, -374, -149,-136, -606 NRSp1-901N, -872NR, -867, -559, -369, -283, -187, -118, -91, -58, +14, +17, +45, +47, +48, +78, +81, +91, +94, +1004, +1006, +1007, +1011 +124, +130, +132, +133, +134, +173, +191, +193, +194, +231, +233, +235, +236, +259, +260abaA-794NR, -498, -424, -419, -350, -157, -4

3、C/EBPalpha-705, -369, -572, -253, -108GR-355NR, -148, -106Zeste-291, -249, -80, -32, +34, +53, +61CRE/half-301，-267ERE-244，-214，-181，-155，-129，-68，-28負向調控GCF+44, +133, +160, +177WT1 -KTS+46, +102, +105, +131, +124HiNF-C+105, +131, +46EGR2+107, +127, +133, +194CACC-binding factor-873, -871 NR, -2839I

4、D4基因表達譜的生物信息學預測10雌激素對ID4基因表達的影響 a. C57BL/6小鼠卵巢切除后的胸腺用17-雌二醇（E2）或E2的類似物三羥基異黃酮處理. b. 卵巢切除14天后，小鼠皮下注射黃體酮，在不同時間點切除子宮檢測11對ID4基因表達具有抑制作用的因素a.肺組織取自100氧損傷的野生型Nrf2敲除小鼠. b.用100uM ZVAD處理REtsAF-Bcl-2細胞，并在39.5條件下培養(yǎng)使caspases失活. REtsAF-Bcl-2細胞帶有溫度敏感的LT抗原突變體，能夠在33而非39.5條件下抑制p53基因的活性. c.脊髓組織， 200ng的二羥維生素D3對多發(fā)脊髓硬化B10

5、PL小鼠基因表達的影響. d. 比較對Sindbis病毒具有抗性和敏感性293細胞的基因表達12對ID4基因表達具有促進作用的因素 a.3日齡小鼠用ATRA處理.在第4天給一半小鼠以地塞米松（DEX）. b. 額葉皮質的基因表達，取自過表達人類乙酰膽堿酯酶（AchE）的雌性小鼠和雌性FVB/N小鼠. C. 巨噬細胞和臍靜脈內皮細胞用100nM白三烯處理1小時后的基因表達. d. 來自骨髓的巨噬細胞PIAS1用500U/ml的IFN-或10ng/ml IFN-處理2h或4h. 13有關ID4基因表達調控的文獻No.paperAuthorExperiment materialsID4 expres

6、sion1Nat-GenetYu L, 2005miceMethylation(-)2Oncogene Umetani N, 2005breast cancer tissuesMethylation(-)3OncogeneChan AS，2003breast cancer cell linesMethylation(-)4Anal-BiochemSemov A，2002WI-38 fibroblastE-box binding factor and c-Myc-binding protein(-)5EndocrinologyChaudhary J，2001Sertoli cell lineFS

7、H and cAMP(+)*6Exp-Cell-ResAndres BPJ, 1999mouse forebrain astrocytescAMP(-)*7J-Biol-ChemPagliuca A, 1998DNA sequenceE-box (+)GA (-)*不同研究結果間存在矛盾. (-)抑制表達; (+)促進表達 14二丁酰環(huán)磷腺苷鈣對MOLT4白血病細胞系表達ID4基因的影響 DL2000為DNA分子量標準；M4為不做任何處理的MOLT4細胞系，M4-DC濃度為0.1mmol/L的二丁酰環(huán)磷腺苷鈣處理48h。ID4基因的PCR產物長度為364bp。內參hHPRT的產物長度為231bp。 15結 論生物信息學可用于篩選靶向調控功