sgroup應(yīng)用分析USPEX的結(jié)構(gòu)

1、應(yīng)用 sgroup 分析USPEX 的結(jié)構(gòu)當(dāng)使用USPEX 進(jìn)行了大量的結(jié)構(gòu)，如果不能很好的分析結(jié)果將會是一個非常浪費資源的，所以希望大家能好好分析結(jié)果，爭取通過簡單的計算得到的信息。下面是如何應(yīng)用 sgroup 分析結(jié)果。使用的是 fortran 編寫的程序，其中有一部分是wen2k 里直接拿的一個模塊，當(dāng)然后期里了。首先我對如何操作進(jìn)行介紹：已經(jīng)形成了自己的一套方法，并且已經(jīng)加到 uspex1 首先當(dāng)然是對程序進(jìn)行編譯，方法很簡單，只需在sgroup 目錄下 make2需要的是兩個文件，gathOSCAR 和 enlpies_nospace.dat；前一個是保存結(jié)構(gòu)的，后一個是保存能量的。

2、3 當(dāng)有了以上兩個文件，的程序就可以運行了,首先 ./grade.sh。4 屏幕上顯示：please input the type numbers of atom 此時你需要輸入你所做的體現(xiàn)的元素種類。MgB2 那就是兩種。5 接下來屏幕上顯示的是：the biggest value of enlpy is-71.15310ev-82.16650evthe smallest value of en這是你所做的體現(xiàn)的最高和最低能量。lpy is6 接下來屏幕顯示：plesae input the TOL of up to the smallest value (ev)這是需要你輸入能量差，比如我

3、輸入 0.5 那就意味著在能量是-82.1665+0.5 這個區(qū)間的所有結(jié)構(gòu)將會被用來分析空間群信息，其他的能力更高的將會被丟棄。這個能力差值可以根據(jù)自己體現(xiàn)選，我建議輸入 2.0 應(yīng)該是比較安全的。7 屏幕顯示：number of files174這意味著在上述能量區(qū)間內(nèi)有 174 個結(jié)構(gòu)。8 屏幕顯示 please inpuement symbol of atoms這是需要你輸入元素名稱：如果是 MgB2 那就是 Mg 和 B，注意這里的順序應(yīng)該是正確的。屏幕上顯示 please numbers of the structure files?這時你需要輸入 7 所示的文件數(shù)，在這個例子里就

4、是 174.接下來你可能需要等一會，因為程序開始運行了，需要一定的時間。11 所得到的結(jié)果都在/preci_result 目錄下，在這個目錄里有 0.0050.010.050.10.2幾個文件夾，存放著不同精度找到的結(jié)構(gòu)。一般我認(rèn)為 0.01 給出的結(jié)果和 MS 的結(jié)果差不多，或者說更科學(xué)在這些文件夾里含有這些文件如 sgroupset_1sgroupset_12sgroupset_2sgroupset_3 sgroupset_4sgroupset_5。Sgroupset_數(shù)字，這個數(shù)字就是空間群號。打開文件，會有很多信息在里面下面我通過一個例子進(jìn)行介紹：% This is the struc

5、ture file %The spacegroup is:5B2Enlpy is: -82.1394Structure number is:90The information of the i-th structure is following8.214154.088106.68667 48.97980 72.01510 59.930401.08.213600002.044700002.002000002direct0.134550000.634550000.306670000.806690000.463590000.963560000.040443000.302710000.54049000

6、0.802730000.228080000.300640000.800650000.728180000.466770000.232940000.732860000.966770000.970700000.470720000.037177000.537160000.004954003.537200003.7085000040.095711000.140550005.19140000160.322100000.322200000.419880000.420100000.226010000.226060000.484850000.492250000.484800000.492110000.62504

7、0000.689040000.689000000.625010000.161010000.155000000.154980000.160860000.956550000.956540000.021215000.021310000.163420000.163420000.377710000.377720000.949160000.949120000.858010000.859520000.858030000.859540000.476680000.137190000.137180000.476620000.469420000.467220000.467290000.469410000.18980

8、0000.189760000.850280000.85022000從這個文件可以知道 The spacegroup is:590B2： 空間群是 5 號名稱是 B2：它的焓是-82.1394，并且它在Enlpy is: -82.1394Structure number is:gathOSCAR 里是第 90 個結(jié)構(gòu)。你可以通過這個命令從 gathOSCAR 里得到它grep EA90 gathOSCAR下面的部分就是結(jié)構(gòu)信息，這個結(jié)構(gòu)是導(dǎo)入對稱性以后的結(jié)構(gòu)14 當(dāng)你想把結(jié)構(gòu)按照能力排序你就可以應(yīng)用這個命令grep Enlpy sgroupset_5這樣就可以得到這個空間群的所有焓，En En En EnEnlpy is: -82.1648lpy is: -82.1647lpy is: -82.1646lpy is: -82.1623lpy is: -82.1565Structure number is: Structure number is: Structure number is: Structure number