化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖

1、化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖第1頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二1.利用2D優(yōu)化畫環(huán)形的氨基酸例111.由模板窗口(Template Windows) 選擇氨基酸(Amino Acids) 。2.在氨基酸系列中，選擇酪氨酸(Tyrosine)，點(diǎn)擊工作區(qū)復(fù)制結(jié)構(gòu)。3.由化學(xué)基團(tuán)表(Table of Radicals) 中選擇丙氨酸(Alanine) 和色氨酸(Tryptophan) ，點(diǎn)擊指定的原子，連接上相應(yīng)的功能團(tuán)。注意：在固定基團(tuán)前，可通過按TAB鍵翻轉(zhuǎn)原子團(tuán)。第2頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二4.如下圖所示從NH2拖動鼠標(biāo)至OH功能團(tuán)。5.點(diǎn)擊清理鍵 ，并

2、 或把羥基雙鍵旋轉(zhuǎn)為垂直，得到所需結(jié)構(gòu)。 第3頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二2.利用3D 優(yōu)化例12 創(chuàng)建雙2，2，2環(huán)己烷結(jié)構(gòu)1.從選擇菜單 Options/Preferences ,在Structure標(biāo)簽下，去掉 Add Hydrogens前面的對號, 點(diǎn)擊 OK。2.由化學(xué)基團(tuán)表 中選取環(huán)己烷結(jié)構(gòu)(Cyclohexane) ，點(diǎn)擊工作區(qū)，得到環(huán)己烷結(jié)構(gòu)。4.點(diǎn)擊正常畫圖工具(Draw Normal) ，通過拖動畫出如下的碳?xì)錁颍?. 點(diǎn)擊3D優(yōu)化鍵(3D-optimize) ，得到優(yōu)化后的3D模型。注意：如果工作區(qū)中有多個結(jié)構(gòu)，先利用選擇工具選取將進(jìn)行3D優(yōu)化的

3、結(jié)構(gòu)(可以利用選擇/移動、選擇/移動/調(diào)整、3D旋轉(zhuǎn)工具、套索工具）第4頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二6. 如果Options/Preferences/Structure/ Switch to 3D Rotation mode 被選中, 3D優(yōu)化后將自動轉(zhuǎn)為3D 旋轉(zhuǎn)狀態(tài)。如果Switch to 3D Rotation mode 沒有被選中,點(diǎn)擊3D旋轉(zhuǎn)鍵 后,將游標(biāo)放置在結(jié)構(gòu)式的任何原子或者化學(xué)鍵上,拖動鼠標(biāo)旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)直到得到所需結(jié)構(gòu)。注意: 1.從Options / Preferences, 在Structure標(biāo)簽下，可以選擇背景鍵斷開或者連接,如果在Bonds I

4、ntersections中的 Enable被選中, 則背景鍵斷開,否則,背景鍵連接。 2.改變交叉鍵的位置：選擇要改變的鍵，Tools /Bring Bond to Front或Send Bond to Back . 也可以通過激活Change Position 鍵后,單擊即將改變位置的化學(xué)鍵,同時按住SHIFT 鍵將后面的鍵移到前面來。第5頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二例13.創(chuàng)建三將軍結(jié)構(gòu)1. 按照上例先畫出2.由原子基團(tuán)表中選擇苯環(huán),將光標(biāo)放在a、 b和c鍵上分別點(diǎn)擊，連接上苯環(huán)。得到如下結(jié)構(gòu) ： 3.如果工作區(qū)中有多個結(jié)構(gòu)，先選擇進(jìn)行3D優(yōu)化的結(jié)構(gòu)，點(diǎn)擊3D優(yōu)化

5、鍵進(jìn)行優(yōu)化，并進(jìn)行3D旋轉(zhuǎn)。4.使用改變位置鍵 改變雙鍵的位置，即可得到所需結(jié)構(gòu)。第6頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二例14 畫如下結(jié)構(gòu)1.由基團(tuán)表中選擇環(huán)丁烷，在工作區(qū)點(diǎn)擊兩次，生成上下兩個正方形。2.選擇正常畫圖模式，通過從一個原子到另一個原子拖動鼠標(biāo)，連接環(huán)丁烷分子的角。3.選中上述結(jié)構(gòu)，點(diǎn)擊3D優(yōu)化鍵，得到所要的3D模型。4.進(jìn)行3D旋轉(zhuǎn)，將鼠標(biāo)放置在任意原子或鍵上，在工作區(qū)拖動鼠標(biāo)旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)，得到所需要的結(jié)構(gòu)。（注意交叉鍵為不斷開，要創(chuàng)建新的一頁繪制該結(jié)構(gòu)，因例12、13均為斷開）第7頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二3.畫化學(xué)反應(yīng)式例151.

6、從原子團(tuán)表中選擇苯環(huán),按鍵盤上的TAB鍵,將懸在光標(biāo)上的苯環(huán)翻轉(zhuǎn),然后在空白區(qū)點(diǎn)擊,得到苯環(huán),然后在苯環(huán)上的相應(yīng)的位置點(diǎn)擊,得到以下結(jié)構(gòu): 2.再繪制一個苯環(huán)，點(diǎn)擊右鍵去掉陰影，點(diǎn)擊常規(guī)畫圖工具,然后在苯環(huán)的雙鍵上點(diǎn)擊,得到三鍵.第8頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二3.按照上面所講的畫出三將軍結(jié)構(gòu)如下:4.從結(jié)構(gòu)工具欄中,選擇 鍵 ,在前面兩個結(jié)構(gòu)之間點(diǎn)擊,得到加號。5.點(diǎn)擊反應(yīng)箭頭鍵 , 在反應(yīng)物和生成物之間點(diǎn)擊并拖動鼠標(biāo),得到箭頭。注意:1. 點(diǎn)擊 鍵右下腳的三角,可以得到一系列的不同形狀的箭頭。一些箭頭被視為圖形模式的物體,所以不能正確地輸出至其他文件。2.如果要移

7、動加號或者箭頭,可以點(diǎn)擊選擇/移動鍵 Select/Move , 然后將光標(biāo)指在要移動的物體上,拖動鼠標(biāo)。第9頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二五、高級畫法：模型講解如何利用模型進(jìn)行畫圖。主要內(nèi)容:三種模型來源;如何利用 功能畫含有多個相同功能團(tuán)的結(jié)構(gòu);如何自創(chuàng)模型; 第10頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二 1.ACD/ChemSketch 的3種結(jié)構(gòu)模型來源1.化學(xué)基團(tuán)表(Table of Radicals)2.模型窗口(Template Window)3.快速模型工具(Instant Template tool)將模型連接到結(jié)構(gòu)上的三種方法： a.

8、連接鍵： 將鼠標(biāo)的指針指向特定的化學(xué)鍵，使結(jié)構(gòu)的化學(xué)鍵和模型在光標(biāo)上的影子結(jié)合，再點(diǎn)擊鼠標(biāo)。 b. 連接原子：將光標(biāo)指向結(jié)構(gòu)中相應(yīng)的原子，產(chǎn)生連接鍵后，點(diǎn)擊鼠標(biāo)。 c. 螺旋線連接：將鼠標(biāo)指向要連接的原子，按下SHIFT鍵，點(diǎn)擊鼠標(biāo)。注意：可以通過點(diǎn)擊TAB鍵使懸在光標(biāo)上的模型影子翻轉(zhuǎn)。第11頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二例161.由原子團(tuán)表中選擇環(huán)戊烷(cyclopentane) ，點(diǎn)擊空白工作區(qū),得到環(huán)結(jié)構(gòu).2.按下SHIFT鍵，點(diǎn)擊指定的原子，以螺旋方式連接第二個環(huán)戊烷。3.由化學(xué)基團(tuán)表中選擇苯(Benzene) ，首先點(diǎn)擊指定的鍵連接苯環(huán)，并改變雙鍵的位置，再點(diǎn)

9、擊指定的原子，連接苯環(huán)。 第12頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二4.在左側(cè)原子工具表中選定氧鍵 (注意：此時常用畫圖工具自動激活)，點(diǎn)擊指定的原子，用氧取代。 5.選擇連續(xù)畫圖工具，雙擊指定的原子，連接OH集團(tuán)。6.點(diǎn)擊指定的單鍵，使之變?yōu)殡p鍵。第13頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二2.快速模型工具(Instant Template tool)快速模型工具可以更快地畫出圖象，也可以認(rèn)為它是“粘貼“命令。 例17第14頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二1.從化學(xué)基團(tuán)表中選擇苯環(huán)，在工作區(qū)的上中部點(diǎn)擊鼠標(biāo)，畫出苯結(jié)構(gòu)。2.從化學(xué)基團(tuán)表

10、中選擇乙炔(Ethynyl) ，點(diǎn)擊箭頭所指的原子，將其連接在苯環(huán)上。 3.選擇快速模型工具，點(diǎn)擊CH，創(chuàng)建一個快速模型。4.點(diǎn)擊箭頭所指原子，接上模型。5.再次選擇快速模型工具，將整個圖象創(chuàng)建成模型。 第15頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二6.像圖示的那樣，點(diǎn)擊指定原子，連接成如圖所示的模型。完成后，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵將模型影子隱藏。7.選擇常用畫圖工具，拖動指定的原子，完成環(huán)。 第16頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二3.如何自創(chuàng)模型要將一個ChemSketch文件保存為模型文件，可將其保存在模型文件夾中。操作步驟：1.將當(dāng)前文件保存為SK2形式，或在C

11、hemSketch中打開SK2文件。2.由模型菜單中選擇保存用戶模型命令，即Templates/save user template，在保存用戶模型對話框中鍵入模型的名字，如“ALKALOIDS”，并注意文件保存的路徑，如“C：ACD50Templatesalkaloids.sk2”，再點(diǎn)擊OK。注意：a.文件可鍵入任意名字，可以鍵入詳細(xì)一些的名字，最好能從名字知道是什么模型。b.可以從任何文件創(chuàng)建模型文件，即使它是關(guān)閉的也可以。打開模型管理器對話框(Templates/ Template organizer)，點(diǎn)擊新創(chuàng)建（New）鍵，找到您需要的文件，為其指定名字即可。c.一旦文件被保存為用

12、戶模型，它的名字被自動加到模型管理器中和模型窗口的模型清單中，使用時可以直接從模型窗口調(diào)出來。要將其刪除可以從模型管理器中點(diǎn)Remove。第17頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二六.畫圖模式畫化學(xué)反映能量圖;畫各種類型的軌道;畫真空蒸餾裝置;第18頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二常用工具介紹：直線工具（Line）弧線工具（Arc）曲線工具（Curve）多線工具 （Polyline） 箭頭鍵（Draw Arrow） 矩形工具（Rectangle）圓角矩形工具（Rounded Rectangle）橢圓工具(Ellipse) 多角(Polygon)模式 文字

13、工具(Text) 括號工具（Bracket）注釋框 （Callout） 第19頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二選擇/移動/調(diào)整( Select/Move/Resize) 編輯交點(diǎn)（Edit Nodes） 選擇/移動/旋轉(zhuǎn)工具(Select/Move/Rotate) 編輯文字(Edit Text ) 轉(zhuǎn)換到背面(Send to Back) 轉(zhuǎn)換到前面（Bring to front）群按鈕(Group) 左右翻轉(zhuǎn)鍵(Flip Left to Right) 上下翻轉(zhuǎn)(Flip Top to Bottom)鍵 旋轉(zhuǎn)90 (Rotate 90) 水平中心對齊 (Center Hor

14、izontally) 垂直中心對齊 (Center Vertically) 左對齊（Align Left）右對齊（Align Right）底部對齊（Align Bottom）頂部對齊（Align Top）第20頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二1.畫化學(xué)反映能量圖三步：畫出一條曲線修改曲線畫X軸Y軸第21頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二a.畫出一條曲線1.在繪圖模式下 ，選擇多線工具 ，從曲線起點(diǎn)向右拖拽鼠標(biāo)畫出控制線。2.拖拽到合適長度釋放鼠標(biāo)。3.向上移動鼠標(biāo)畫出曲線的第一部分（不要點(diǎn)擊鼠標(biāo)）。4.直接拖拽鼠標(biāo)向右水平延長控制線。通過改變控制線的長

15、度可以改變曲線的形狀。5.拖拽到合適長度釋放鼠標(biāo)。6.向下移動鼠標(biāo)畫出下一部分。第22頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二7.重復(fù)以上步驟畫出第二個峰。8.點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵結(jié)束畫曲線。注意: 當(dāng)應(yīng)用多線工具鍵時(polyline tool), 點(diǎn)擊將產(chǎn)生一個點(diǎn)或者一個尖銳角度,但是拖動鼠標(biāo)將產(chǎn)生曲線.第23頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二b.修改曲線第一次畫的曲線，曲線的形狀一般不令人滿意,可對其進(jìn)行修改：1.選定選擇/移動鍵( Select/Move) ,然后點(diǎn)擊要修改的曲線。2.點(diǎn)擊 Edit Nodes鍵 ,將顯示曲線上所有能夠被修改的點(diǎn)3.點(diǎn)擊第四個

16、點(diǎn),則那個點(diǎn)顯示被選中,并且顯示相應(yīng)的控制線.4.移動控制線（長度和方向）和點(diǎn)對曲線的形狀進(jìn)行修改。5.選擇并修改曲線上其他的點(diǎn),直到曲線形狀令人滿意為止。第24頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二c.畫X軸和Y軸選定畫多線工具 Polyline 。選擇畫箭頭鍵Draw Arrow 。從箭頭種類(Arrow Type) 的下拉菜單中選擇雙向箭頭 。1.點(diǎn)擊Y軸的終點(diǎn)。2.豎直向下移動鼠標(biāo),畫出Y軸。3.點(diǎn)擊得到原點(diǎn)。4.水平向右拖動鼠標(biāo)得到X軸。5.在X軸終點(diǎn)點(diǎn)擊鼠標(biāo)。6.右擊鼠標(biāo)完成整個畫X 和Y軸工作。7.利用 Text 和 旋轉(zhuǎn)90 (Rotate 90) 工具鍵入文字

17、。第25頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二2.畫各種類型的軌道畫p軌道畫d軌道畫pi軌道第26頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二a.畫p軌道選定多角(Polygon)模式 。1.由起點(diǎn)向右拖拽鼠標(biāo)，以畫出軌道的控制線。2.釋放鼠標(biāo)。3.向下移動鼠標(biāo)，畫出軌道的上半部分。4.點(diǎn)擊得到軌道。點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵結(jié)束畫軌道。5. 切換到選擇/移動/調(diào)整大小(Select/Move/Re-size) 工具。將光標(biāo)放在選定的軌道上，按下CTRL鍵，向下拖動鼠標(biāo)復(fù)制軌道的下半部分。第27頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二6.選擇上下翻轉(zhuǎn)(Flip Top

18、 to Bottom)鍵 ，將復(fù)制的軌道翻轉(zhuǎn),然后移動軌道將兩個軌道如下圖所示安放在一起。7. 選定軌道的下半部分,在調(diào)色盤中點(diǎn)擊灰色鍵，將軌道顏色改為灰色。 注意:選定兩個軌道，選擇水平中心按鈕(Center Horizontally) ，可快速確定軌道的中心。8.選定軌道的兩個部分，點(diǎn)擊群按鈕(Group) ，將兩個軌道變成一個整體,就可以像處理一個軌道一樣處理它們.第28頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二b.畫d 軌道選擇多角工具(Polygon) 。1.由起點(diǎn)水平向右拖拽鼠標(biāo)畫出軌道的控制線。2.釋放鼠標(biāo)。3.向下移動鼠標(biāo)畫出軌道（不要點(diǎn)擊鼠標(biāo)）。4.直接向右水平拖

19、拽鼠標(biāo)畫出控制線，為了使軌道的兩部分完全相同，您必須使左右控制線長度相同?？梢允褂镁庉孅c(diǎn) 來調(diào)整。5.釋放鼠標(biāo)。第29頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二6.點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵完成畫軌道，并選定選擇/移動/調(diào)整大小工具(Select/Move/Re-size) 。選定軌道，按下CTRL 鍵對軌道進(jìn)行復(fù)制。7.選擇旋轉(zhuǎn)90度按鈕(Rotate 90) ，將復(fù)制的軌道進(jìn)行旋轉(zhuǎn)。8.當(dāng)復(fù)制的軌道被選中后, 在調(diào)色板(Color Palette)中選擇灰色按鈕(gray)，將軌道顏色改為灰色。9.選定軌道的兩個部分，點(diǎn)擊群按鈕(Group) ，將以上軌道組合成一個物體。第30頁，共39頁，

20、2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二c.畫pi軌道1.選擇橢圓工具(Ellipse) 在工作區(qū)劃出一個橢圓。2.由對象菜單(Objects)中選擇轉(zhuǎn)換為多線命令(Convert to Polyline)。3.選擇編輯點(diǎn)工具(Edit Nodes) 。4.將最低點(diǎn)向上拖。第31頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二5.點(diǎn)擊鼠標(biāo)右健選定選擇/移動/調(diào)整(Select/Move/Re-size) 工具 ，點(diǎn)擊剛才的圖形選中它，按下CTRL鍵將其復(fù)制。6.選擇上下翻轉(zhuǎn)鍵(Flip Top to Bottom) 將下面的圖形翻轉(zhuǎn)。7.在調(diào)色板(Color Palette)中選擇灰色按

21、鈕(Gray)，將軌道顏色改變。8. 選定軌道的兩個部分，點(diǎn)擊群按鈕(Group) ，將以上軌道將成為一個物體。注意：在模板窗口中的Orbitals中有一些已經(jīng)繪制好的模板，可以直接調(diào)用，也可以將自己繪制的軌道保存在模板中。第32頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二3、畫真空蒸餾裝置第33頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二1.在畫圖模式下，由模型窗口中的模型列表中選定實(shí)驗(yàn)室用品(Lab Kit)。點(diǎn)擊選定圓底燒瓶，再點(diǎn)擊工作區(qū)得到圓底燒瓶。2.打開模型窗口，選定帶連接器的格氏蒸餾管，將其連接到燒瓶。3.由模型窗口中選定溫度計(jì)(thermometer)，如圖

22、連接。4.在模型窗口中選定冷凝管(distillation column)，點(diǎn)擊工作區(qū)得到冷凝管。5. 選定 ，選中冷凝管,點(diǎn)擊 。拖動冷凝管,將其逆時針旋轉(zhuǎn)73度,游標(biāo)將顯示旋轉(zhuǎn)的角度。第34頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二6.移動冷凝管使其接近裝置。7.由模型窗口中選擇真空接液器(adapter)并連接到裝置。8.連接接收瓶(receiving flask)結(jié)束工作。第35頁，共39頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二文字注釋 1.選擇 (Text) ,并在溫度計(jì)的左邊點(diǎn)擊,然后在出現(xiàn)的文字方框中打出Thermometer Sign out from instru