化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖()

1、化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖()第1頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二一、ACD/ChemSketch基礎(chǔ)1.啟動(dòng)ACD/ChemSketch2.設(shè)定可兼容的文件類型3. ChemSketch的工作界面第2頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二1.啟動(dòng)ACD/ChemSketch兩種啟動(dòng)方法：（1）從桌面雙擊圖標(biāo)啟動(dòng) （2）從開始菜單啟動(dòng)：開始/所有程序 /ACDlabs FreeWare 5.0/ChemSketch注：（1）免費(fèi)版本彈出一個(gè)對(duì)話框ACD/Labs Products，點(diǎn)擊OK或直接關(guān)閉。 （2）ACD/ChemSketch包括兩個(gè)軟件，3D Viewer（

2、3D視圖）和 ChemSketch， 在3D Viewer中可以看到繪制好的分子式的空間結(jié)構(gòu)。第3頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二2.設(shè)定可兼容的文件類型(1) 在第一次使用此軟件時(shí), 設(shè)定可兼容的文件類型(File Associations)對(duì)話框?qū)⒊霈F(xiàn).(2)這些可兼容的形式包括CS ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) , 可能還有其他格式的文件, 這些文件都可以在ChemSketch 中打開. 具體做法是在想要添加的選項(xiàng)前的方框內(nèi)點(diǎn)上對(duì)號(hào), 然后點(diǎn)擊YES鍵即可。(3)如果不知道

3、或者不確切地知道 ChemSketch將打開的文件的擴(kuò)展名, 不要選任何選項(xiàng), 然后點(diǎn)擊NO鍵。(4)然后今日訣竅(Tip of the Day)窗口將跳出, 可以在閱讀結(jié)束后關(guān)閉 。第4頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二3. ChemSketch的工作界面結(jié)構(gòu)模式的工作界面（默認(rèn)）畫圖模式的工作界面第5頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二結(jié)構(gòu)模式的工作界面標(biāo)題欄(Title bar)菜單欄(Menu bar) 通用工具條(General toolbar)-在菜單鍵的下面, 包括那些在結(jié)構(gòu)和畫圖模式中都會(huì)用到的通用鍵, 如:保存文件, 打開文件, 取消/重

4、做操作, 拷貝和粘貼, 擴(kuò)大與縮小, 以及插入不同的模塊。第6頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二ChemBasic 功能鍵(ChemBasic toolbar) -在一般功能鍵的下面, 它們是可選功能, 包括附件和其他 ChemBasics 的功能（免費(fèi)版無此項(xiàng)）。結(jié)構(gòu)模式功能欄(Structure toolbar)只有結(jié)構(gòu)模式有這些功能鍵, 包括畫化學(xué)結(jié)構(gòu)和相關(guān)功能. 原子功能鍵(Atoms toolbar)包括原子名稱和改變原子性能的鍵(電荷, 電子層等).參考功能鍵 (Reference toolbar) 可以從此處進(jìn)入ACD字典.工作區(qū)域(Workspace) 結(jié)構(gòu)

5、式將在這里顯示.調(diào)色板(Color Palette)用來將原子和化學(xué)鍵等涂上顏色(只要在相應(yīng)的顏色上點(diǎn)擊既可).狀態(tài)欄(Status bar)-顯示對(duì)當(dāng)時(shí)狀態(tài)有用的信息: 打開的SK2文件名, SK2文件的頁碼, 化學(xué)結(jié)構(gòu)的分子式, 以及化學(xué)結(jié)構(gòu)的一些性質(zhì)。第7頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二標(biāo)題欄(Title bar) 菜單欄(Menu bar) 通用工具條(General toolbar)同結(jié)構(gòu)模式。 編輯工具條(Editing toolbar) 位于通用工具條的下面, 只適用于畫圖模式,包括編輯動(dòng)畫物體的功能鍵. 畫圖工具條(Drawing toolbar)包括畫各

6、種物體和文字的功能鍵. 工作區(qū)域(Workspace)- 在中間的區(qū)域, 圖畫與文字將在這里顯示.調(diào)色板(Color Palette) 用來將物體等涂上顏色,(只要在相應(yīng)的顏色上點(diǎn)擊即可).狀態(tài)欄(Status bar) -顯示對(duì)當(dāng)時(shí)狀態(tài)有用的信息: 打開的SK2文件名和 SK2文件的頁碼等. 畫圖模式的工作界面第8頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二二、畫簡單的結(jié)構(gòu)常用工具介紹:常用畫圖工具連續(xù)畫圖工具畫鏈工具在立體結(jié)構(gòu)中, 遠(yuǎn)離你的鍵在立體結(jié)構(gòu)中,指向你的鍵配位鍵非定義鍵翻轉(zhuǎn)工具編輯原子標(biāo)簽工具改變位置(Change Position) 第9頁，共27頁，2022年，5月

7、20日，0點(diǎn)0分，星期二1使用常用畫圖工具例1 畫出結(jié)構(gòu)當(dāng)程序開始時(shí)，常用畫圖工具 是默認(rèn)的。在這種模式下，可以很容易地畫直鏈和分支結(jié)構(gòu)，并用元素周期表中的原子取代所畫的原子。在結(jié)構(gòu)模式(Structure Model) 下,從原子工具條選擇碳原子（默認(rèn)） 。單擊空白處，畫出CH4。單擊CH4以增加一個(gè)CH3集團(tuán)，并以標(biāo)準(zhǔn)鍵長連接。再雙擊同一個(gè)碳原子，畫出 。單擊Set Bond Vertically ,套住左側(cè)的水平鍵， 將從上一步得到的結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)至 。單擊結(jié)構(gòu)工具欄中常用畫圖工具 。單擊最右邊的碳原子，畫出 。第10頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二例2 （雙鍵和三鍵）畫

8、出例1的結(jié)構(gòu) ，在最后一個(gè)碳原子上單擊增加碳鏈長度，畫出 ，在單鍵上點(diǎn)擊得到雙鍵 在雙鍵上單擊得到三鍵。然后，點(diǎn)2D優(yōu)化 即可 。若重新在三鍵上單擊又得到單鍵第11頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二注：（1）刪除原子如果增加了過多的原子, 可以逐一去除原子，點(diǎn)擊Delete 鍵.使用Delete 鍵也可以將整個(gè)分子清除，先在空白處單擊選中整個(gè)分子（或用套索工具選中），然后在分子上單擊。點(diǎn)右鍵可取消刪除狀態(tài)。（2）恢復(fù)鍵(Undo)另外一個(gè)重要的功能是如何恢復(fù)以前的界面設(shè)置:單擊Undo鍵 。這會(huì)將ChemSketch的界面恢復(fù)到以前的設(shè)置（ 點(diǎn)擊 Undo鍵將會(huì)激活重做(R

9、edo)鍵）Undo鍵可以連續(xù)點(diǎn)擊50次.當(dāng)畫比較復(fù)雜的結(jié)構(gòu)或者物體時(shí), 要養(yǎng)成及時(shí)保存文件的習(xí)慣file/save.第12頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二例 3 （改變原子）先畫出單擊原子工具條下的元素周期表( Periodic Table)鍵 ,打開元素周期表( Periodic Table of Elements) 單擊元素周期表中的氟( Fluorine )鍵 , 注意現(xiàn)在氟 (Fluorine)鍵出現(xiàn)在原子工具條中. 單擊最左邊的碳(Carbon), 用氟原子替代碳原子 第13頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二2使用連續(xù)畫圖工具 例4 （由一

10、個(gè)選定原子“衍生”多個(gè)相同原子） 先畫出在結(jié)構(gòu)工具欄中，點(diǎn)擊連續(xù)畫圖鍵 。或者單擊鼠標(biāo)右鍵，選擇連續(xù)畫圖模式。在原子工具欄(Atoms)中選擇F原子。點(diǎn)擊最右邊的碳原子，雙擊以“衍生”出一個(gè)F原子。在同一碳原子上雙擊，以“衍生”第二個(gè)F原子 注：當(dāng)連續(xù)畫圖工具(Draw continuous Tool) 被激活后，只有在原子工具條中被選定的原子才能用于畫化學(xué)鍵。點(diǎn)擊工具條中的原子鍵，可使其成為被選中的原子。這種連續(xù)畫圖工具模式在由一個(gè)選定原子“衍生”多個(gè)相同原子時(shí)，非常方便。第14頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二拖動(dòng)鼠標(biāo)畫圖在正常畫圖(Draw Normal)和連續(xù)畫圖(

11、Draw Continuous)兩種模式下，可以從一個(gè)原子拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一個(gè)原子，畫出單鍵。如果從一個(gè)空白處開始(或結(jié)束)拖動(dòng)，將在開始處(或結(jié)束處)生成一個(gè)新的原子。在下面結(jié)構(gòu)中，點(diǎn)擊一端的碳原子，拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一端的碳原子。 使用“清潔” (Clean)命令（2D 優(yōu)化）點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中“清潔” 命令 ，將使結(jié)構(gòu)中所有的鍵長與角度平均化。 注意：Clean命令不僅使鍵長和角度平均化，令結(jié)構(gòu)看上去更好看，且使該結(jié)構(gòu)更符合化學(xué)意義。第15頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二3.使用立體鍵、配位鍵和非定義化學(xué)鍵工具在立體結(jié)構(gòu)中, 遠(yuǎn)離你的鍵在立體結(jié)構(gòu)中, 指向你的鍵配位鍵非定義鍵單

12、擊化學(xué)鍵圖標(biāo),在所畫的化學(xué)結(jié)構(gòu)中點(diǎn)擊某一化學(xué)鍵可以將其變?yōu)橐陨细鞣N化學(xué)鍵.對(duì)于立體鍵和配位鍵，重復(fù)點(diǎn)擊將改變它們的方向。第16頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二4編輯原子標(biāo)簽例5編輯原子標(biāo)簽工具允許用簡短的縮寫代替最終端的原子。在原子工具欄中，點(diǎn)擊原子標(biāo)簽工具鍵 ，然后將鼠標(biāo)移動(dòng)到結(jié)構(gòu)中最右端的F原子上。在打開的編輯標(biāo)簽(Edit Label)對(duì)話框中，鍵入(CH2)3Ph，再點(diǎn)擊插入鍵(Insert )，畫出如下結(jié)構(gòu)。 展開結(jié)構(gòu)Tools/Expand Shorthand Formulae或編輯對(duì)話框中點(diǎn)Expand。第17頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，

13、星期二5使用畫鏈工具 使用畫鏈工具 ，通過點(diǎn)擊和拖動(dòng)鼠標(biāo)，可以很容易地畫出長短鍵。點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中畫鏈工具鍵 ，將鼠標(biāo)移動(dòng)到鍵頭所指的原子上。按下鼠標(biāo)鍵，向左拖動(dòng)。當(dāng)鼠標(biāo)離開結(jié)構(gòu)時(shí)，自動(dòng)生成碳鏈。注意鼠標(biāo)箭頭旁的碳原子數(shù)(C#)隨著碳原子（8個(gè)）的增減而變化。在原子工具欄中選擇 原子，點(diǎn)擊連續(xù)畫圖工具 ，雙擊最左邊的碳原子，衍生出F原子。點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中清潔工具鍵 ，得到如下結(jié)構(gòu)： 例6第18頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二6.翻轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)例7.繪制咖啡因結(jié)構(gòu)并進(jìn)行翻轉(zhuǎn)練習(xí)將選定化學(xué)鍵翻轉(zhuǎn)為水平鍵 將選定化學(xué)鍵翻轉(zhuǎn)為垂直鍵 圍繞所點(diǎn)擊的化學(xué)鍵翻轉(zhuǎn)選擇整個(gè)分子(或者部分分子),

14、則將整個(gè)分子或者選中的部分分子(或者如果沒有選中任何結(jié)構(gòu), 所有的畫出的結(jié)構(gòu))從上翻轉(zhuǎn)至下. 選擇整個(gè)分子(或者部分分子)則將整個(gè)分子或者選中的部分分子(或者如果沒有選中任何結(jié)構(gòu), 所有的畫出的結(jié)構(gòu))從左翻轉(zhuǎn)至右. 第19頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二7.選擇、旋轉(zhuǎn)和3D旋轉(zhuǎn)選擇原子、化學(xué)鍵和圖象，兩種方法套索選擇 (Lasso Selector)矩形選擇 (Rectangle Selector)旋轉(zhuǎn)、刪除等狀態(tài)下，在一個(gè)結(jié)構(gòu)的旁邊點(diǎn)擊也可以選中該結(jié)構(gòu)一旦選擇了圖象，有三種移動(dòng)方式：移動(dòng) (Move)：也可以使用其拉動(dòng)原子以改變位置旋轉(zhuǎn)/調(diào)整 (Rotate/re-si

15、ze)3D旋轉(zhuǎn) (3D Rotate)或進(jìn)行其他操作：刪除 (Delete)3D 優(yōu)化 (3D Optimization)2D 優(yōu)化 ，或清理(2D Optimization，Clean)第20頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二清理屏幕 可以通過以下操作來清理屏幕：在文件菜單中選擇“新文件”(New)，創(chuàng)建一個(gè)新的文件。在左上方選擇創(chuàng)建新頁按鈕(New Page) ，創(chuàng)建新的一頁。在編輯菜單中選擇“全選”按鈕(Select All)，使用鍵盤上的“刪除”命令(Delete)。在工具欄中(General toolbar)點(diǎn)擊刪除(Delete)按鈕，點(diǎn)擊空白處，再點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)的任

16、意部分，將其全部刪除。注意：在結(jié)構(gòu)模式(Structure model)中，這種方式只能刪除化學(xué)結(jié)構(gòu)。要?jiǎng)h除圖象，請(qǐng)轉(zhuǎn)換到畫圖模式(Draw Model)。第21頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二三、畫復(fù)雜的結(jié)構(gòu)1、如何用化學(xué)基團(tuán)表畫化學(xué)基團(tuán)2、如何迅速地畫環(huán)結(jié)構(gòu)3、如何畫原子的電荷、陽離子和陰離子4、如何改變不同原子的性能第22頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二1、如何用化學(xué)基團(tuán)表畫化學(xué)基團(tuán)化學(xué)基團(tuán)表(Table of Radicals) 中包括預(yù)先畫好的氨基酸及其保護(hù)基的結(jié)構(gòu)，還有核甘酸及其他常用結(jié)構(gòu)。 當(dāng)基團(tuán)表中新的化學(xué)基團(tuán)被選中a、在鼠標(biāo)處出現(xiàn)該

17、基團(tuán)的陰影，可以單擊鼠標(biāo)畫出基團(tuán)結(jié)構(gòu)，要去除陰影，點(diǎn)鼠標(biāo)右鍵即可。b、在參考工具欄中將自動(dòng)添加該結(jié)構(gòu)。可通過雙擊該鍵再選擇YES，刪除該結(jié)構(gòu)（會(huì)刪除所有結(jié)構(gòu)） 第23頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二2、如何迅速地畫環(huán)結(jié)構(gòu)例81. 從化學(xué)基團(tuán)表 中選擇環(huán)戊烷，并在工作區(qū)點(diǎn)擊繪制五元環(huán)。2.從化學(xué)基團(tuán)表中選擇環(huán)己烷，將鼠標(biāo)移動(dòng)到環(huán)戊烷,再點(diǎn)擊繪制如下結(jié)構(gòu)：3.重復(fù)以上步驟，創(chuàng)建如下結(jié)構(gòu)：4.點(diǎn)擊垂直鍵 ，使結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)為：5.化學(xué)基團(tuán)表中點(diǎn)擊COOH按鈕，選擇羧基，點(diǎn)擊箭頭所指的原子，以衍生出羧基：第24頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二3、如何畫原子的電荷、

18、陽離子和陰離子點(diǎn)擊原子工具欄中的 鍵的右下角的三角形擴(kuò)展得到以下各項(xiàng):Increment (+) Charge 正電荷Decrement (-) Charge負(fù)電荷Radical自由基;Positive Radical Ion正離子基;Negative Radical Ion負(fù)離子基.例9注意: 當(dāng)陽離子或者陰離子加到非金屬結(jié)構(gòu)中時(shí),氫原子將根據(jù)化學(xué)鍵的需要自動(dòng)加上或者刪除。第25頁，共27頁，2022年，5月20日，0點(diǎn)0分，星期二4、如何改變不同原子的性能如果要顯示ChemSketch 結(jié)構(gòu)中原子的化合價(jià)或同位素質(zhì)量，或者改變原子的大小，此時(shí)需要對(duì)原子性質(zhì)進(jìn)行編輯。1.點(diǎn)擊選擇/移動(dòng)按鈕(Select/Move)。2.雙擊需要改變性質(zhì)的原子或化學(xué)鍵。這時(shí)出現(xiàn)性質(zhì)對(duì)話框。3.在原子Atom標(biāo)簽下,可以設(shè)定原子的各種性能C-原子符