39basescope檢測(cè)基因后轉(zhuǎn)錄本分布

1、使用BaseScope雙重RNACourtney Anderson, Xingyong Wu, Chao-,BingqingZhang,ChristopherBunker,JamesWang,RubyHsu,Xiao-Jun自CRISPR/Cas9 系統(tǒng)被發(fā)明動(dòng)物模型中的在體編輯是通過質(zhì)粒特異性的背景信號(hào)。但是，BaseScope設(shè)計(jì)和信號(hào)放大系統(tǒng)通過使用1ZZ探針使得單分子RNA檢測(cè)成為可能，它可以在完整固定組織中差異檢測(cè)單核苷酸編輯和突變2。目前已有多項(xiàng)研究使用了RNAscopeBaseScopeISH檢測(cè)來確認(rèn)CRISPR/Cas9或載體運(yùn)送CRISPR/Cas9分子機(jī)器實(shí)現(xiàn)的。ISH起

2、， 編輯技術(shù)發(fā)生了革強(qiáng)大的工具，是對(duì)NGS和qPCR對(duì)CRISPR命性的變化，它既成為了強(qiáng)有力的研究工具，也成為了有望治療人類遺傳疾病的方交（ISH） 檢測(cè)是目前唯一可在完整固定組織中量化細(xì)胞特異的CRISPR編輯的轉(zhuǎn)錄本的方法，包括單堿基變異等。本檢測(cè)在評(píng)估小鼠肝臟內(nèi)的在體的編輯的表征的有力補(bǔ)充。雖然胞的百分比。BaseScopeISH 檢測(cè)可以提供縱BaseScope檢測(cè)類似于RNAscopeISH技術(shù)1。兩者均使用成對(duì)寡核苷酸（“ZZ”）進(jìn)行單分子RNA對(duì)靶的敲除或敲減46。Han等人4使用RNAscope檢測(cè)確定多guide RNA中使Frrs1l失活的有效性，而Zallar等人5用該

3、方法表征了大鼠腦中Ghsr的正常表達(dá)模式，并確認(rèn)了經(jīng)CRISPR/Cas9編輯后大鼠腦中Ghsr的缺失。Piecka等人6使用CRISPR/Cas9敲除了組內(nèi)的環(huán)狀RNA Cdr1as的表達(dá)缺失，BaseScope性上的應(yīng)用。BaseScope測(cè)可以應(yīng)用于編輯中的以靈凲剤偫惦惁野生型/編輯缺測(cè)量目標(biāo)組織中細(xì)胞特異 的Cas9mRNA表達(dá)和guide通過雙鏈RNA ISH探針和編輯特異性探針識(shí)別特Guide組點(diǎn)使用BaseScope雙重RNACourtney Anderson, Xingyong Wu, Chao-,BingqingZhang,ChristopherBunker,JamesWan

4、g,RubyHsu,Xiao-Jun自CRISPR/Cas9 系統(tǒng)被發(fā)明動(dòng)物模型中的在體編輯是通過質(zhì)粒特異性的背景信號(hào)。但是，BaseScope設(shè)計(jì)和信號(hào)放大系統(tǒng)通過使用1ZZ探針使得單分子RNA檢測(cè)成為可能，它可以在完整固定組織中差異檢測(cè)單核苷酸編輯和突變2。目前已有多項(xiàng)研究使用了RNAscopeBaseScopeISH檢測(cè)來確認(rèn)CRISPR/Cas9或載體運(yùn)送CRISPR/Cas9分子機(jī)器實(shí)現(xiàn)的。ISH起， 編輯技術(shù)發(fā)生了革強(qiáng)大的工具，是對(duì)NGS和qPCR對(duì)CRISPR命性的變化，它既成為了強(qiáng)有力的研究工具，也成為了有望治療人類遺傳疾病的方交（ISH） 檢測(cè)是目前唯一可在完整固定組織中量化

5、細(xì)胞特異的CRISPR編輯的轉(zhuǎn)錄本的方法，包括單堿基變異等。本檢測(cè)在評(píng)估小鼠肝臟內(nèi)的在體的編輯的表征的有力補(bǔ)充。雖然胞的百分比。BaseScopeISH 檢測(cè)可以提供縱BaseScope檢測(cè)類似于RNAscopeISH技術(shù)1。兩者均使用成對(duì)寡核苷酸（“ZZ”）進(jìn)行單分子RNA對(duì)靶的敲除或敲減46。Han等人4使用RNAscope檢測(cè)確定多guide RNA中使Frrs1l失活的有效性，而Zallar等人5用該方法表征了大鼠腦中Ghsr的正常表達(dá)模式，并確認(rèn)了經(jīng)CRISPR/Cas9編輯后大鼠腦中Ghsr的缺失。Piecka等人6使用CRISPR/Cas9敲除了組內(nèi)的環(huán)狀RNA Cdr1as的表

6、達(dá)缺失，BaseScope性上的應(yīng)用。BaseScope測(cè)可以應(yīng)用于編輯中的以靈凲剤偫惦惁野生型/編輯缺測(cè)量目標(biāo)組織中細(xì)胞特異 的Cas9mRNA表達(dá)和guide通過雙鏈RNA ISH探針和編輯特異性探針識(shí)別特Guide組點(diǎn)突條件敲用野生型（WT）雙重探針鑒別CRISPR/Cas9替換矯圖1.通過BaseScope檢測(cè)CRISPR編輯和可視化的應(yīng)用。CRISPR導(dǎo)的突變是單等位或雙等編輯在目標(biāo)組織內(nèi)有異質(zhì)性。BaseScope位。和CRISPR編輯的mRNA以及組織中的Cas9 mRNA和guide RNAZZ49A野生B野生49 Guide編輯CD編輯C 連同ZZ5NA呌拍俷叇點(diǎn)突廌組倛ZZ

7、ZZZZZ kupffer圖2.CRISPR介導(dǎo)的核苷酸缺失和BaseScope探針設(shè)計(jì)。（A）使用CRISPR-Cas9X 中敲除49已編輯 。（B）eX）和發(fā)生編輯的肝臟（、D）中均檢測(cè)到野生型序列（綠色），而編輯的序列（紅色）僅在發(fā)生編輯的肝臟（、D）中被檢測(cè)到。野生型和編輯后的序列均可在肝細(xì)胞中被 編輯的肝臟和經(jīng)過編輯的肝臟（CRISPR/Cas9）的FFPEABBaseScope闡述BaseScope到野生型信號(hào)，而在CRISPR/Cas9編輯的信號(hào)均被檢測(cè)到（圖3）。在絕大多數(shù)肝細(xì)胞中都檢測(cè)到了單一的野生型或發(fā)生編輯的信號(hào)以及同時(shí)出現(xiàn)的這兩個(gè)信號(hào)，ZZ49A野生B野生49 Guid

8、e編輯CD編輯C 連同ZZ5NA呌拍俷叇點(diǎn)突廌組倛ZZZZZZZ kupffer圖2.CRISPR介導(dǎo)的核苷酸缺失和BaseScope探針設(shè)計(jì)。（A）使用CRISPR-Cas9X 中敲除49已編輯 。（B）eX）和發(fā)生編輯的肝臟（、D）中均檢測(cè)到野生型序列（綠色），而編輯的序列（紅色）僅在發(fā)生編輯的肝臟（、D）中被檢測(cè)到。野生型和編輯后的序列均可在肝細(xì)胞中被 編輯的肝臟和經(jīng)過編輯的肝臟（CRISPR/Cas9）的FFPEABBaseScope闡述BaseScope到野生型信號(hào)，而在CRISPR/Cas9編輯的信號(hào)均被檢測(cè)到（圖3）。在絕大多數(shù)肝細(xì)胞中都檢測(cè)到了單一的野生型或發(fā)生編輯的信號(hào)以及同

9、時(shí)出現(xiàn)的這兩個(gè)信號(hào)，而在Kuffer細(xì)胞中沒有任何一種信號(hào)被檢測(cè)到（圖3）。門靜脈小鼠肝臟組織中經(jīng)CRISPR/Cas9在用BaseScope和編輯的轉(zhuǎn)錄本。CRISPR/Cas9細(xì)胞亦同（圖4）。綜合來看，這些結(jié)果顯示CRISPR/Cas9細(xì)胞是純合野生型、雜合野生型 /編輯型和純合編輯型組成的異（LNP）運(yùn)送至肝臟，并且靶向和敲除野生型49個(gè)核苷酸（nts）序列，產(chǎn)生新的序列連接（發(fā)生編輯）（1 基敲除后重新連接好的序列（圖2B）。CRISPR/Cas9或空載體被運(yùn)送到小鼠體內(nèi)，靶向肝臟。BaseScope雙重檢測(cè)是在APpib/BdapB / 組編輯已經(jīng)被CRISPR/Cas9CRISP

10、R/Cas9闡述了中介紹的BaseScope檢測(cè)在區(qū)分小鼠肝臟中CRISP/Cas9系統(tǒng)靶向的特定細(xì)胞的能力。野生型和編輯后的轉(zhuǎn)錄本主要在肝細(xì)胞中被檢測(cè)到，而在Kupfferes.JMolDiagn.APpib/BdapB / 組編輯已經(jīng)被CRISPR/Cas9CRISPR/Cas9闡述了中介紹的BaseScope檢測(cè)在區(qū)分小鼠肝臟中CRISP/Cas9系統(tǒng)靶向的特定細(xì)胞的能力。野生型和編輯后的轉(zhuǎn)錄本主要在肝細(xì)胞中被檢測(cè)到，而在Kupfferes.JMolDiagn.2012;2.BakerAMetal.RobustRNA-basedinsitumu iondetectiondelineatescolorectalcancersubclonalevolution.NatComm.2017;andSpliceVariantswithCellularResolution.MolNeurobiol.2017;Epubaheadofpr e1likeprotein(FRRS1L)asso teswithdyneinvesiclesandregulat