SNP、單倍型與連鎖不平衡分析課件

1、SNP、單倍型與連鎖不平衡分析SNP、單倍型與連鎖不平衡分析SNP指染色體DNA序列中的某個(gè)位點(diǎn)由于單核苷酸的變化而引起的多態(tài)性，在群體中的頻率1%SNP指染色體DNA序列中的某個(gè)位點(diǎn)由于單核苷酸的變化而引起SNP的基本類(lèi)型轉(zhuǎn)換與顛換轉(zhuǎn)換：顛換=2：1SNP的基本類(lèi)型轉(zhuǎn)換與顛換SNPs分析：基于實(shí)驗(yàn)的方法SNPs分析：基于實(shí)驗(yàn)的方法利用數(shù)據(jù)庫(kù)中的大量序列信息，采用生物信息學(xué)軟件NCBI dbSNP /snp/Ensembl /index.htmlSNPs分析：基于實(shí)驗(yàn)的方法利用數(shù)據(jù)庫(kù)中的大量序列信息，采用生物信息學(xué)軟件SNPs分析：?jiǎn)伪缎蛦伪缎蜆?biāo)簽SNP標(biāo)簽SNP單倍型推斷Phase（貝葉斯算

2、法）：根據(jù)自然人群中的理論值預(yù)測(cè)單倍型的類(lèi)型/software.html#fastphase Haploview（最大似然算法），采用Expectation-Maximization(EM)算法進(jìn)行樣本單體型頻率的最大似然估計(jì)單倍型推斷Phase（貝葉斯算法）：根據(jù)自然人群中的理論值預(yù)連鎖不平衡連鎖不平衡連鎖不平衡連鎖不平衡LD的定義式：D=fAB- fA*fBLD的定義式：D=fAB- fA*fBLD產(chǎn)生的原因LD是由突變或重組形成的。在染色體某一SNP附近有新的突變產(chǎn)生時(shí)，則LD出現(xiàn)重組的發(fā)生：兩位點(diǎn)間LD程度低。理論上，LD強(qiáng)度與2個(gè)SNP間的距離有關(guān)距離越?。喊l(fā)生重組機(jī)會(huì)越小 LD強(qiáng)距

3、離越大：發(fā)生重組機(jī)會(huì)越大 LD 弱實(shí)際上，也有距離很近不存在LD，而距離相當(dāng)遠(yuǎn)（超過(guò)100kb）存在LDLD產(chǎn)生的原因LD是由突變或重組形成的。在染色體某一SNP附LD的度量LD的度量一般不直接使用LD定義式，而對(duì)D進(jìn)行歸一化后，用LD系數(shù)D和r2進(jìn)行檢驗(yàn)取值范圍：0（無(wú)LD）1(完全LD)LD的度量LD的度量一般不直接使用LD定義式，而對(duì)D進(jìn)行歸一D的意義D的意義D值的95%可信區(qū)間（95%CI）D值的95%可信區(qū)間（95%CI）R2的意義R2的意義D=0,r2=0D=0,r2=0D=1,r2=1D=1,r2=1D=1,r2=0.33D=1,r2=0.33影響LD的因素影響LD的因素影響LD的因素影響LD的因素LD分析Haploview A Compilation of Some Available Software for Linkage Disequilibrium Analysis.uk/software/LD-software.shtmlLD分析Haploview Haplotyp