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文檔簡介
1、基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)第一節(jié)基因診斷的概念及常用技術(shù)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)2第一節(jié)基因診斷的概念及常用技術(shù)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)2基因診斷利用分子生物學(xué)技術(shù),從DNA/RNA水平檢測基因的存在,分析基因的結(jié)構(gòu)變異和表達(dá)狀態(tài),從而對疾病作出診斷。一、基本概念基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)3基因診斷利用分子生物學(xué)技術(shù),從DNA/RNA水平檢測基因二、基因診斷常用方法核酸分子雜交PCRDNA序列測定 DNA芯片技術(shù)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)4二、基因診斷常用方法核酸分子雜交基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)4(一)核酸雜交基本原理-核酸變性和復(fù)性理論 即雙鏈的核酸分子在某些理化因素作用下雙鏈解開,而在條件恢復(fù)后又可
2、依堿基配對規(guī)律形成雙鏈結(jié)構(gòu)。因此應(yīng)用已知堿基序列的單鏈核苷酸片段作為探針,就可檢測樣本中是否存在與其互補的同源核苷酸序列?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)5(一)核酸雜交基本原理-核酸變性和復(fù)性理論基probeprobe基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)6probeprobe基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)6核酸雜交的關(guān)鍵要素probe DNAtarget DNAsignal detection基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)7核酸雜交的關(guān)鍵要素probe DNA基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)7核酸雜交方法分類按作用環(huán)境大致分為固相雜交和液相雜交兩種類型。固相雜交是將參加反應(yīng)的一條核酸鏈先固定在固體支持物上,一條反應(yīng)核酸游離在溶液中。液相雜交所參加反應(yīng)
3、的兩條核酸鏈都游離在溶液中?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)8核酸雜交方法分類按作用環(huán)境大致分為固相雜交和液相雜交兩種類型固相雜交分類Southern 印記雜交Northern 印記雜交斑點雜交原位雜交基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)9固相雜交分類Southern 印記雜交基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)9Southern blot是最經(jīng)典的基因分析方法,不但能檢出特異的DNA片段,而且能進(jìn)行定量和測定分子量,可用于基因的酶切圖譜分析、基因突變分析等。基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)10Southern blot基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)10Northern雜交用于RNA的檢測,能對組織細(xì)胞中總RNA或mRNA進(jìn)行定性和定量分析?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識
4、培訓(xùn)11Northern雜交用于RNA的檢測,能對組織細(xì)胞中總RNA斑點雜交(Dot blot) 可用基因組中特定基因及其表達(dá)的定性及定量分析,方法簡單、快速靈敏、樣品用量少;其缺點是不能鑒定所測基因的分子量,特異性不高,有一定比例的假陽性。基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)12斑點雜交(Dot blot) 可用基因組中特定基因及其表達(dá)原位雜交(Colony in situ hybridization) 可查明染色體中特定基因的位置,用于染色體疾病的診斷;原位雜交的結(jié)果是顯示有關(guān)核酸序列的空間位置情況,因此可檢出含核酸序列的具體細(xì)胞,細(xì)胞的具體定位,數(shù)目和類型,可檢出基因和基因產(chǎn)物的亞細(xì)胞定位。基因診療醫(yī)學(xué)
5、知識培訓(xùn)13原位雜交(Colony in situ hybridiza(二)利用PCR及結(jié)合其他技術(shù)進(jìn)行基因診斷直接采用PCR進(jìn)行基因診斷采用PCR產(chǎn)物的限制性片段長度多態(tài)性分析(PCR-RFLPs)進(jìn)行基因診斷采用PCR結(jié)合等位基因特異性寡核苷酸探針(ASO)斑點雜交進(jìn)行基因診斷 *通過PCR產(chǎn)物的反相點雜交(RBD)進(jìn)行基因診斷采用PCR產(chǎn)物的單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析進(jìn)行基因診斷采用PCR技術(shù)對靶核酸進(jìn)行定量分析基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)14(二)利用PCR及結(jié)合其他技術(shù)進(jìn)行基因診斷直接采用PCR進(jìn)行寡核苷酸雜交分析SNP和等位基因特異寡核苷酸雜交 (ASO)#基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)15寡核
6、苷酸雜交分析SNP和等位基因特異寡核苷酸雜交 (ASO)(三) DNA序列測定 DNA序列測定是進(jìn)行基因突變檢測的最直接、最準(zhǔn)確的方法,可以確定突變的部位,突變的性質(zhì)。基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)16(三) DNA序列測定 DNA序列測定是進(jìn)行基因突變檢(四 ) DNA芯片技術(shù) 應(yīng)用DNA芯片,可以檢測基因的結(jié)構(gòu)及其突變多態(tài)性,對基因表達(dá)的情況進(jìn)行分析?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)17(四 ) DNA芯片技術(shù) 應(yīng)用DNA芯片,可以檢測基因的二 基因診斷的特點高特異性高靈敏度獲得穩(wěn)定的結(jié)果早期快速適用性強(qiáng),應(yīng)用范圍廣基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)18二 基因診斷的特點高特異性基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)18第二節(jié) 遺傳病的基因診
7、斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)19第二節(jié) 遺傳病的基因診斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)19一、概述 人類的遺傳病達(dá)數(shù)千種地中海貧血在意大利等國家發(fā)病率達(dá)10鐮狀細(xì)胞貧血在美國黑人中發(fā)病率達(dá)14我國常見的遺傳性疾病有地中海貧血、異常血紅蛋白病和血友病。有效治療難;通過基因診斷進(jìn)行攜帶者篩查,產(chǎn)前早期診斷,降低發(fā)病率?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)20一、概述 人類的遺傳病達(dá)數(shù)千種基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)20二、鐮狀細(xì)胞貧血血紅蛋白?。ó惓Qt蛋白?。┘t細(xì)胞呈鐮刀狀,壽命短,引起溶血性貧血?;颊叨嘣诔赡暌郧八劳龌蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)21二、鐮狀細(xì)胞貧血基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)21Mst酶切位點(CCTNAGG)53正?;?3突變基
8、因1.15kb1.35kb(一)鐮狀紅細(xì)胞貧血分子機(jī)制5 67-Pro GluGlu-CCT GAG GAG-5 67-Pro AlaGlu-CCT GTG GAG-基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)22Mst酶切位點(CCTNAGG)53正?;?3(二)鐮狀細(xì)胞貧血的基因診斷方法限制性內(nèi)切酶/Southern blot采集制備血液DNA內(nèi)切酶Mst消化電泳轉(zhuǎn)膜32P標(biāo)記的珠蛋白cDNA雜交放射自顯影基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)23(二)鐮狀細(xì)胞貧血的基因診斷方法限制性內(nèi)切酶/Souther+0.2kb1.15kb1.35kb正常人突變攜帶著患者鐮狀紅細(xì)胞貧血患者基因組的限制性酶切分析基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)24+0
9、.2kb1.15kb1.35kb正常人突變攜帶著患者鐮PCR/限制性內(nèi)切酶設(shè)計引物PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行限制性內(nèi)切酶酶切電泳EB染色直接觀察例:引物1:5-GGG CTG GGC ATA AAA GTCA-3引物2:5-AAT AGA CCA ATA GGC AGAG-3擴(kuò)增產(chǎn)物294bp鐮狀細(xì)胞貧血的基因診斷方法基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)25PCR/限制性內(nèi)切酶鐮狀細(xì)胞貧血的基因診斷方法基因診療醫(yī)學(xué)知引物1CCT GAG GAGCCT GTG GAG引物1引物2引物2294bp103bp191bpMst酶切位點(CCTNAGG)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)26引物1CCT GAG GAGCCT GTG GAG
10、引+103bp191bp294bp正常人突變攜帶著患者鐮狀紅細(xì)胞貧血患者PCR產(chǎn)物的限制性酶切分析基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)27+103bp191bp294bp正常人突變攜帶著患者鐮狀紅RT-PCR/序列分析采集制備血液RNART-PCR產(chǎn)物測序推測氨基酸序列進(jìn)行診斷鐮狀細(xì)胞貧血的基因診斷方法基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)28RT-PCR/序列分析鐮狀細(xì)胞貧血的基因診斷方法基因診療醫(yī)學(xué)二、地中海貧血(Thalassaemia,簡寫thal或T)珠蛋白基因突變導(dǎo)致該多肽鏈的合成大為減少()或完全缺失(0)珠蛋白合成速率降低,導(dǎo)致鏈和鏈合成的不平衡多余的珠蛋白鏈沉積在紅細(xì)胞膜上改變了膜的通透性和硬度導(dǎo)致溶血性貧血
11、。高危人群地中海人、中東人、印度人、中國人;中國人群中又一廣東、廣西、四川、貴州等省發(fā)病率最高。缺乏有效治療措施?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)29二、地中海貧血(Thalassaemia,簡寫t(一) 地貧病的分子基礎(chǔ)珠蛋白基因全長2053bp,含2個內(nèi)含子(IVSI和IVS-II),3個外顯子。目前發(fā)現(xiàn)突變有百余種,中國人群發(fā)現(xiàn)約20種;一般對特定種族來說,90%的地貧基因僅由46種突變組成。基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)30(一) 地貧病的分子基礎(chǔ)珠蛋白基因全長2053bp,含2(二) 地中海貧血的基因診斷PCR/ASO斑點雜交法合成2對PCR引物(擴(kuò)增區(qū)段700bp和580bp,分別包含14種和1種可能突
12、變)合成等位特異寡核苷酸(ASO)探針(46對,分別標(biāo)記)制備DNA樣品PCR擴(kuò)增斑點印跡雜交RFLP分析法基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)31(二) 地中海貧血的基因診斷PCR/ASO斑點雜交法基因診三地中海貧血的基因診斷ac左側(cè)缺失4.2kb右側(cè)缺失3.7kbbbba2112N端1C端正?;蛐蛄蠵CR擴(kuò)增法定性分析左側(cè)缺失型基因序列右側(cè)缺失型基因序列ac擴(kuò)增0.4kbab無擴(kuò)增片段ab擴(kuò)增1.2kb基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)32三地中海貧血的基因診斷a左側(cè)缺失4.2kb右側(cè)缺失3.7k+0.4kb1.2kb正常人右側(cè)缺失患者地中海貧血患者基因組的PCR分析左側(cè)缺失患者基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)33+0.4kb1
13、.2kb正常人右側(cè)缺地中海貧血患者基因組的P四、杜氏肌營養(yǎng)不良癥(DMD) 1. DMD是常見的性連鎖隱性遺傳病, 2. 主要特征是進(jìn)行性肌萎縮和腸肌假性肥大,XP21.2121.3區(qū)抗肌萎縮蛋白基因突變形式不同。DMD多在5歲發(fā)病,10歲左右癱瘓,在20歲左右由于心力和呼吸衰竭而死亡,其發(fā)病率為活產(chǎn)男嬰的1/3500。 基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)34四、杜氏肌營養(yǎng)不良癥(DMD) 1. DMD是常見(一)DMD分子基礎(chǔ): 抗肌萎縮蛋白基因長約2900kb,含79個外顯子??辜∥s蛋白基因突變分為基因缺失型和非基因缺失型。(1)DNA片段缺失(60%的病例導(dǎo)致閱讀框移碼移碼實變致DMD,整碼缺失BM
14、D)。缺失的2個熱點區(qū)該基因5端處4555外顯子范圍內(nèi)。(2)非基因缺失型部分重復(fù)(病例的5%)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)35(一)DMD分子基礎(chǔ):基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)35(1)基因組探針法 用XP21區(qū)分離得到的不同探針如(P20)來進(jìn)行相應(yīng)內(nèi)切酶酶譜分析、檢出率取決于探針數(shù)和酶切位點數(shù)目。(2)cDNA探針法抗肌萎縮蛋白基因系列cDNA探針分析患者基因缺失、外顯子拼接改變和基因內(nèi)部分重復(fù)。(3)多重PCR法如有人設(shè)計多對引物進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增該基因的9個易發(fā)缺失“熱點區(qū)”DNA片段,可檢出80%有基因缺失的DMD患者。(4)多態(tài)性分析法基因內(nèi)及其旁側(cè)探針進(jìn)行RFLP連鎖分析。(5)RTPCR擴(kuò)增
15、該基因外顯子(全長2.4MB、外顯子起來全長c14kb、用多對引物)可檢出:外顯子拼接異常。聯(lián)用測序:可定位基因缺失的起始和終止?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)36(1)基因組探針法 基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)361、苯丙酮尿癥是一種常見的隱性遺傳性氨基酸代謝病。2、主要特征:(1)苯丙氨酸 酪氨酸多巴兒茶酚胺 苯丙酮酸 酪胺 黑色素 (2)患兒出生后須及早得到低phe飲食治療,否則發(fā)生不可逆大腦損害和嚴(yán)重智力發(fā)育障礙。 苯丙氨酸羥化酶(肝)五、苯丙酮尿癥(PKU)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)371、苯丙酮尿癥是一種常見的隱性遺傳性氨基酸代謝病。苯丙氨酸羥(一 ) PKU分子基礎(chǔ)(1)迄今約3/4的導(dǎo)致中國人PKU的
16、突變基因已被查清 ,它們分屬11種PAH基因點突變。體外研究表明,這些突變導(dǎo)致PAH活力或喪失。(2)PAH第11外顯子的第399密碼GTA(val)GTT(val)中性突變:不改變?nèi)魏蜗拗泼缸R別位點,故又稱“序列多態(tài)性”。這一“序列多態(tài)性”在PKU患者和正常人中存在著連鎖不平衡性, 故可作為一種“遺傳標(biāo)記”應(yīng)用于產(chǎn)前診斷?;蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)38(一 ) PKU分子基礎(chǔ)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)38PCR/ASO探針法和PCR-RFLP連鎖分析法。PCR/SSCP直接測序法若待診斷的PKU家系的基因突變類型尚屬“未知”或無RFLP信息。(二)PKU的DNA診斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)39(二)PKU的
17、DNA診斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)39先合成ASO如:正常探針:TCCATTAACAGTAAGAATTT突變探針: TCCATTAACAATAAGAATTT利用PCR/ASO探針法診斷苯丙酮尿癥基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)40先合成ASO利用PCR/ASO探針法診斷苯丙酮尿癥基因診療醫(yī)利用PCR/ASO探針法診斷苯丙酮尿癥 健康男性 男性攜帶者男性患者 健康女性 女性攜帶者女性患者正常探針突變探針基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)41利用PCR/ASO探針法診斷苯丙酮尿癥 第三節(jié) 腫瘤的基因診斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)42第三節(jié) 腫瘤的基因診斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)421通過檢測腫瘤染色體易位及融合基因診斷腫瘤慢粒:(染色體
18、易位)費城染色體PCR檢測融合基因2檢測腫瘤相關(guān)基因癌基因(ras)、抑癌基因( p53)、腫瘤轉(zhuǎn)移基因3檢測腫瘤相關(guān)病毒基因HBV HCV肝癌EB鼻咽癌4檢測腫瘤標(biāo)志物基因或mRNA 肝癌甲胎蛋白(AFP)結(jié)腸癌癌胚抗原(CEA)腫瘤基因診斷的策略基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)431通過檢測腫瘤染色體易位及融合基因診斷腫瘤腫瘤基因診斷的策腫瘤標(biāo)記物基因的檢測著絲粒 染色體 22 bcr genec- abl gene 染色體 9 bcr-mRNA bcr-abl mRNA 染色體 9, 22 bcr-abl 融合蛋白(具PTK活性) 慢性骨髓白血病 引物A 引物 B基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)44腫瘤標(biāo)記物基
19、因的檢測著絲粒 染色體 22 bcr gene2癌基因和抑癌基因的檢測ras癌基因的檢測ras基因中最常見的點突變是第12,13或61密碼子突變檢測方法:PCR/ASOPCR-SSCP基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)452癌基因和抑癌基因的檢測ras癌基因的檢測基因診療醫(yī)學(xué)知 p53的檢測p53基因突變主要為點突變,熱點區(qū)域位于密碼子130290,以175、273、284最多見檢測方法:PCRSSCPPCR測序PCRRFLP基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)46 p53的檢測基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)46 其它基因的 檢測PCR結(jié)合其它技術(shù)基因芯片基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)47 其它基因的 檢測基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)474、腫瘤標(biāo)志
20、物檢測或mRNA診斷腫瘤標(biāo)志物是由腫瘤組織細(xì)胞產(chǎn)生的、與腫瘤形成和發(fā)展相關(guān)的物質(zhì),包括腫瘤抗原、激素、酶、同工酶等。基因標(biāo)志和基因表型標(biāo)志(胚胎性抗原)檢測方法:PCRASOPCR測序PCRRFLPPCRSSCP基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)484、腫瘤標(biāo)志物檢測或mRNA診斷腫瘤標(biāo)志物基因診療醫(yī)學(xué)知識培第四節(jié) 感染性疾病的基因診斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)49第四節(jié) 感染性疾病的基因診斷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)49一、感染性疾病基因診斷的策略針對病原體特異的核酸序列設(shè)計探針進(jìn)行雜交應(yīng)用PCR技術(shù)擴(kuò)增病原體基因保守序列核酸雜交技術(shù)與PCR技術(shù)聯(lián)合應(yīng)用基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)50一、感染性疾病基因診斷的策略針對病原體特
21、異的核酸序列設(shè)計探特點簡便、特異、快捷能檢測出潛在的病原體可對病原體進(jìn)行分類、分型鑒定不能得知病原體進(jìn)入體內(nèi)后機(jī)體的反應(yīng)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)51特點簡便、特異、快捷基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)51二、基因診斷的感染性疾?。ㄒ唬⒉《咎攸c:分離培養(yǎng)周期長,操作繁雜,制約因素多電鏡觀察直觀快速,但昂貴免疫學(xué)診斷簡便快速,但存在問題:不易檢出潛伏期的病毒有些病毒亞型多,抗原變異性大整合進(jìn)入人基因組的病毒基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)52二、基因診斷的感染性疾?。ㄒ唬⒉《净蛟\療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)52病毒核酸分析技術(shù)HBV包含4個開放閱讀框,S、C、P、XPCRPCR/限制性內(nèi)切酶譜分析PCR/點雜交,PCR/Southe
22、rn blot基因芯片目的基因引物序列擴(kuò)增片段C5ACTGTTCAAGCCTCCAAGCT3425 bp5AGTGCGAATCCACACTC3基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)53病毒核酸分析技術(shù)HBV包含4個開放閱讀框,S、C、P、X目 調(diào)節(jié)和啟動轉(zhuǎn)錄 LTR gag pol env tat,rev LTR 長末端重復(fù)序列調(diào)節(jié)蛋白基因正常的病毒基因產(chǎn)生病毒核心蛋白產(chǎn)生逆轉(zhuǎn)錄酶和整合酶 產(chǎn)生病毒 外膜蛋白附加基因*HIV病毒基因組結(jié)構(gòu)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)54 調(diào)節(jié)和 LTR gag pol env 基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)培訓(xùn)課件SARSRTPCR 多重PCR 熒光定量PCR基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)56SARSRT
23、PCR基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)56(二)、細(xì)菌細(xì)菌性痢疾志賀菌,侵襲性大腸桿菌,大質(zhì)粒;PCR結(jié)核病PCR 基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)57(二)、細(xì)菌基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)57(三)、寄生蟲 重復(fù)序列探針法、寡核苷酸探針法、基因組探針法、PCR基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)58(三)、寄生蟲基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)58第五節(jié) 基因診斷策略基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)59第五節(jié) 基因診斷策略基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)59(一)檢測致病基因突變基因變異致病的類型:內(nèi)源基因的變異基因結(jié)構(gòu)的突變點突變、插入、缺失、重排、異位基因表達(dá)異常mRNA剪接異常外源基因的插入基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)60(一)檢測致病基因突變基因變異致病的類型:基因診療醫(yī)學(xué)知識培點突變的診斷診斷已知的點突變 (PCR) 一對探針突變堿基置探針中央控制雜交條件結(jié)果分析:反向雜交技術(shù)基因診療醫(yī)學(xué)知識培訓(xùn)61點突變的診斷診斷已知的點突變 (PCR)基因診療醫(yī)學(xué)知識培診
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