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FIST-Epi3:FIST-Epi3: 的 FUDANEPIGENETICS Parabiosisexperiment共生試驗血液中有調(diào)控肌肉再生能力的因ConboyI.M.,2005,神經(jīng)系統(tǒng)再生和認(rèn)知的衰老是可控VilledaS.A.2011,染色質(zhì)=DNA蛋白質(zhì)化學(xué)修飾+ FUDANEPIGENETICS NucleosomeandWholeCell PurifiedOligonucleosomeH2A/H2B
FUDANEPIGENETICS 組蛋白修飾可發(fā)生在多個賴氨酸和精氨酸位點組蛋白修飾酶~100識別因子(Reader)300多
組蛋 學(xué)對DNAMAAcetylationMAAcetylationMMethylationPUbMono-Gβ-N-acetylglucosaminationBBiotinylationRADP MPM
PMP
MA B
MA
A
A 8組蛋白修 名AminoacidsandK-K9-LysineR-MeMethylation(1=mono、2=di、Ac-
MP-M
MPM
PMP
MA B
MA
A
A FUDANEPIGENETICS 染色質(zhì)功能域的多樣表觀遺傳不涉及到DNA序列變化的可遺傳變異在基胚胎發(fā)育 形…生生命的選擇很多時候不是簡單的Yesor精細(xì)調(diào)→多樣 FUDANEPIGENETICS 組蛋白修飾 表達調(diào) FUDANEPIGENETICS I.I. FUDANEPIGENETICS HistoneCode2000HistoneHAT(GCN5、CBP)andTranscriptionHistoneHeterochromatinandHistoneDNA FUDANEPIGENETICS Whatdothese FUDANEPIGENETICS FUDANEPIGENETICS FUDANEPIGENETICS 組蛋 假H3K4me3--標(biāo)記在活 H3K9AcH3K14AcH3K9me3 FUDANEPIGENETICS 關(guān)于HistoneCode問題一:Histonemodification真的可以預(yù)測染色質(zhì)活 DevelopmentalCell,Volume21,Issue6,993- FUDANEPIGENETICS MatthewG.Guenther,StuartS.Levine,LaurieA.Boyer,RudolfJaenisch,RichardA.Young
AChromatinLandmarkandTranscriptionInitiationatMostPromotersinHumanCellVolume130,Issue1200777- FUDANEPIGENETICS 關(guān)于HistoneCode問題二:Histonecode可以自 嗎 FUDANEPIGENETICS TwopossiblewaystoinherithistoneHistonemarker FUDANEPIGENETICS FUDANEPIGENETICS FUDANEPIGENETICS II.II.組蛋白修飾 表達調(diào) FUDANEPIGENETICS 大部分賴氨酸位點均可以被?;;c轉(zhuǎn)錄激活正相AAAAAAAAAAAAAAAALysine催化位功H4(K5,H3(K14,K18)H4(K5,K8)H2A(K5)H2B(K12,5H3(K9,K14,H4(K5,K8,K12,K16)H3H4(K5,K8,ORCH4Metabolism,H3(K9,K14,K18)andmanyother FUDANEPIGENETICS Material:Macronuclei(EnrichedforHistoneacetylation)Assay:Enzyme+Histone+[3H]-Acteyl-coA=SignalAssaydoneinGelBrownellJE1995BrownellJE1996 FUDANEPIGENETICS MolecularCharacterizationofBrownellJE1996 FUDANEPIGENETICS GCN5是SAGA復(fù)合體的酶活組分,并與activatorGCN5在酵母內(nèi)?;?啟動其活性可促進nucleosomep300Sterner2000 FUDANEPIGENETICS Trapoxin微生物來源的天然化合物 WB:anti-HeLacellwholecellextractA:untreatedB:Treatedwith FUDANEPIGENETICS StuartTauntonJ,2000, FUDANEPIGENETICS StruhlK1998 FUDANEPIGENETICS Non-histoneKunliang
K.GuanandY.TrendinBiochemicalSciences FUDANEPIGENETICS H3K4、H3K9、H3K27、H3K36、H3K79和甲基化有單、雙 化三種水M
MMLysine FUDANEPIGENETICS FUDANEPIGENETICS 甲基化位分布特功甲基化EZH1-異染色質(zhì)、沙 FUDANEPIGENETICS III.III.Suv39H1-2–Trithorax(MLL) bLSD1 FUDANEPIGENETICS Position-effectUsefultoolsinstudying--w[m4](speakwhite-mottled---AninversionplaceswhitegeneclosetoGunter FUDANEPIGENETICS H3K9H3K9Su(var)3-9and FUDANEPIGENETICS Su(var)3-9suppresses FUDANEPIGENETICS Su(var)3-9encodesaH3K9H3K9me3lossin FUDANEPIGENETICS Su(var)3-9andSu(var)2- FUDANEPIGENETICS EnzymesandreadersoftenworkThomas FUDANEPIGENETICS H3K27H3K27andH3K4PcG(EZH2)andTrxG FUDANEPIGENETICS bandTrithoraxbgroup(PcG)PcGPcGTrithoraxgroup(TrxG) FUDANEPIGENETICS PcGandTrxGcontrolHoxFlyHox FUDANEPIGENETICS suppressestranscriptionbyH3K27me3andH2AK119ub識別H3K27me3催化H3K27me3
催化H2AK119 FUDANEPIGENETICS activatestranscriptionbyH3K4me3andH3K27demethylation FUDANEPIGENETICS H3K4H3K4LSD1(KDM1) FUDANEPIGENETICS Itallstartedfrom E1Aproteinisan FUDANEPIGENETICS E1AC-termbindingprotein1(CtBP1) YujiangShiNature FUDANEPIGENETICS WecallitLSD1(LysineSpecificDemethylase1)NPAOcatalyzesH3K4me2NoYujiangShiCellLSD1wasla yfoundasthehomologofflySu(var)3-3andisrequiredforproperH3K9me2/3heterochromatinboundaryinfly. FUDANEPIGENETICS LSD1aloneisnot---APHDfingerinLSD1 33- 33-427-437486-532586-
FacilitatesdemethylationonhypoacetylatedLysine4Histone?? FUDANEPIGENETICS Again,enzymeneedsaF.Lan2007,Corest MethylCorest FUDANEPIGENETICS FUDANEPIGENETICS EpigeneticsandEZH2,NSD2,MLL2,SETD2,UTX,SNF5,NeuronalKDM5C,PHF8,PHF21A/BHC80,MeCP2,AnnaPor a&ManelEs NatureBiotechnology2010 FUDANEPIGENETICS EZH2Y641mutationinAAgainoffunctionDLBCLcellEZH2inhibitorreactivatestumorsuppressorgenep16Ink4ANovartisShanghaiQiW,PNAS FUDANEPIGENETICS edtherapybyEZH2Proliferation
ColonyformationEZH2mutatedHyperSensitiveto
EZH2WTNormalInsensitiveto FUDANEPIGENETICS KDM6A/UTX(H3K27me3demethylase)inactivationmutationsincancerKDM5C/SMCXH3K4me3去甲基化酶對神經(jīng)
型酶Control dSMCXIwaseS.,LanF.2007 TomRando,2013StanfordU.肌干細(xì)胞的活化伴隨著H3K27me3QSCASCH3K4me3和H3K27me3與衰老狀態(tài)的相關(guān)GlobalandlocusspecificIHC、IF、ChIPandChIP- FUDANEPIGENETICS DetecthistonemodificationatglobalIHC
IF
WB FUDANEPIGENETICS Detectlocu
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