NCBI如何查找序列

下面以人的IL6（白細胞介素6）為例講述一下具體的操作步驟1.打開Mapviewer頁面，網址為：/mapview/index.html在search的下拉菜單里選擇物種，for后面填寫你的目的基因。操作完畢如圖所示：2.點擊“GO”出現(xiàn)如下頁面:.在步驟二圖示的右下角有一個QuickFilter,下面是讓你選擇的幾個復選框，在Gene前面的小方框里打勾，然后點擊Filter.出現(xiàn)下圖：說明一下：1、染色體的紅色區(qū)域即為你的目的基因所處位置。2、下面參考序列給出了三個，是不同的部門做出來的，經我驗證，序列有微小的差異，但總體來說基本相同。盡管你分別點擊后，序列代碼、序列代碼等有所差異，但堿基基本一致，不影響大家研究分析序列?，F(xiàn)在普遍采用的是最上面的那個序列，這一條是世界范圍的生物科學家用計算機合成的一個序列。我也推薦大家使用這個序列。.點擊上述三條序列第一條序列（即reference）對應的〃Genesseq〃，出現(xiàn)新的頁面，頁面下方為：SummonnfMap零：MapLGrksOnSequence Tabi4vlawRegionDisplayed:UR29T700-22,741*00bpDowiatoadViEW&上或enceEiMkuTotalGenesOnChrom助加亡1452UIMImafeedlGtnesLabeled1TotalGentsERegioiL1.點擊上圖出現(xiàn)的“Download/ViewSequence/Evidence”，即下載查看序列等功能，結果如圖所示:Hmza土<3皿口;》匕i."Qudd. 2>torefcriEVu（jnchrduo5<mxle-￡oord±EUites>zChroniosome丁 Sordid.-piu*yfiTML；k日BdjUMby.-CKt?.Z3T4173B adjustb**口幡 LChangeRggibnySil/aJxj-當姓qudaME |FASTAyThisclironiosonic-rcg.ioi3correspondst-othecovitdgregioni（s）:C'cvUEGg. sxsLn &rop>srrAudIS322521S1222*4471 *Di^Uv.前f上電D4火 是Ml士-Ik&iL先對上面這張圖做點簡要的說明，在SequenceFormat（序列輸出格式）后面是一個下拉式選擇菜單，默認的為FASTA格式，還有一個是GenBank格式。我推薦大家選擇GenBnak格式，因為這個格式提供了很多該基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。.在SequenceFormat后選擇GenBank,然后點擊下面的口1$口12丫，目的基因的相關信息和序列就出現(xiàn)在眼前了。點擊后如圖所示（網頁較大，只抓取一小部分以作示范）在上述打開的網頁中，你可以看到基因長度，基因序列，以及這個基因是如何被報道出來的等各種信息。你會看到：mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..8394)這代表了從基因的3598位開始就是轉錄區(qū)了，即我們常說的mRNA片斷，由于內含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了幾段。CDSjoin(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..7970)CDS代表編碼序列，即蛋白編碼區(qū)是從3660開始的(ATG)，由于剪接作用所以CDS區(qū)也是不連續(xù)的。說到這里，可能很多朋友都已經明白了promoter即啟動子區(qū)域在哪里了。但我還是再嘮叨幾句：轉錄起始位點前面是基因的調控區(qū)，啟動子區(qū)沒有明顯的位置定義，大家也只是猜測它的大體位置，如果你要研究promoter區(qū)的話，建議你選擇轉錄起始位點前的2000個堿基進行研究，一般默認的是這樣。當然你如果覺得長度太長不好研究的話，也可以只研究-1000到0這一千個堿基，因為一般情況下，啟動子區(qū)的變異都在這個區(qū)域內。這樣大家就可以找到自己的目的基因序列和啟動子了，這種方法可能使用的人不是很多，但我個人比較喜歡，因為它最大的優(yōu)點是可以找到啟動子區(qū)域和其他調控區(qū)域。希望大家可以發(fā)帖交流，讓我們把NCBI用的更好！1?進入NCBI主頁：http:〃/在search后面選擇Gene,在for后面填寫需要查找的基因的名字。如圖所示:出現(xiàn)了很多基因序列，在每個序列的右邊還有“OrdercDNAclone”的鏈接，這些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是別名(OtherAliases)與你的目的基因一致，根據(jù)每個序列的介紹認真選擇你的目的基因。上圖中我需要的IL6是標號為2的序列。查找cDNA序列點擊OrdercDNAclone,出現(xiàn)目的頁面如圖所示:2.1.2點擊CloneSequence后面的鏈接即可得到2.1.2點擊CloneSequence后面的鏈接即可得到cDNA序列。點擊后如圖所示（只抓取其中一部分）SeardhMug汨6討你查找mRNA、蛋白序列回到步驟1點擊“Go”之后出現(xiàn)的頁面，點擊目的基因的名字，出現(xiàn)以下頁面（只抓取相關部分）：頁面的下半部分，即可以獲取mRNA抓取相關部分）：頁面的下半部分，即可以獲取mRNA和蛋白序列的部分:找到“NCBIReferenceSequences(RefSeq)”，它分為幾個板塊，第一個“mRNAandProtein”區(qū)可以讓我們找到連續(xù)的編碼mRNA序列和蛋白序列。在mRNAandProtein下面有兩個序列代碼(中間劃有一個箭頭)，這代表了mRNA序列和蛋白序列。分別點擊就可以得到相應的序列頁面。點擊后如圖所示，mRNA序列：NCBIReferenceSequences(RefSeq)的第二個板塊是Referenceassembly，它下面顯示的是Genomic，點擊Genomic下面Referenceassembly對應的Genbank或FASTA即可出現(xiàn)編碼的DNA序列(注意：只是編碼序列，其中包括內含子，但一般沒有5‘非編碼區(qū))。一步就不做貼圖演示了吧，這樣我們就可以找到基因的cDNA序列、連續(xù)的編碼mRNA序列、蛋白序列以及含有內含子的編碼DNA序列了。相信這些操作對很多戰(zhàn)友還是有用的。友情提示:在NCBI里打開的每一個頁面都會給我們提供大量的信息，大家不妨好好看看，可能會有令我們驚喜的收獲！STS，序列標簽位點(SequenceTaggedSite)：一段短的DNA序列(200—500個堿基對)，這種序列在染色體上只出現(xiàn)一次，其位置和堿基順序都是已知的。在PCR反應中可以檢測處STS來，STS適宜于作為人類基因組的一種地標，據(jù)此可以判定DNA的方向和特定序列的相對位置。以上內容基本是STS的定義，我主張活學活用，下面就介紹一下我個人用STS數(shù)據(jù)庫查找引物的一點經驗。還是使用人的IL6基因為例，.打開NCBI主頁，在Search后面的下拉菜單選擇UniSTS,在FOR后面填寫目的基因。操作完畢如圖所示

3n刎冷SwmnAIT2-4P'lfFFO?囂門餐如iEftfrsiitems1OenoniKiH0lG<jr^JJGBbi/FDE-'Mlapp^dIQDMIMdUFbjEm仁晶3n刎冷SwmnAIT2-4P'lfFFO?囂門餐如iEftfrsiitems1OenoniKiH0lG<jr^JJGBbi/FDE-'Mlapp^dIQDMIMdUFbjEm仁晶3Foondbve-PCELm口西TG門口電口3/&JFIiiJE》NEjihre-zUnlSTSHelp□ijewIds5uD?lMSuliMilmapMapVl^erUHiCiHdiIb^JPIa%|&■!￡語上J點Jfmitfx-apicm戶皿，24a山h:Mxr:口占式科Fmiiroffiodye二這是你會發(fā)現(xiàn)NCBI又提供了很多序列，下面我們還是要初步篩選我們需要的序列。.根據(jù)物種、目的引物所在染色體的位置等選擇相應序列(可能不只一個)點擊。下面以點擊第一個進入的畫面為例。你會發(fā)現(xiàn)這個頁面直接就給出了引物序列，PCR之后的片段長度也是給了的(247bp)。下面還有很多相關的信息…….點擊GeneBankAccession后面的代碼，進入下一個頁面。A：寧打3匕33注*TCAE3iT^SSAITTMCiTTCGfiGTT3工5olXXE■且引7rCEFZCllldPzesoa&c"： 0decreescrcr□eniL.Li；rai:XQD： GEarAamealin^^ 6Q-dearteflCforPoLr1zfitian.: degressCfarPCRCycles1Th-prn^aL：?y_1ft=L?=-rjirir：1-'Ln&tTtErat-occileTeafiplacfet 30-1003Priser: each 13E駕m： a- 3guWTaqPDlvTaeras-:C?C5 ur.z?ta.-□.!1CIE41V&l； 5UlD.DQ2rDD2.DOTOTl'JZe(21niiE.'j-ce(*)minjte(stmin-Jteyi日uffr：1Mg-L2;KCL：Tris-nCl；GLi2.55Q比10黨C+3THIS51521-13 1ECCTFCratedIIILOGiLeMT曰RI3HZCimi：2Zn-e"?5口?二]值網工napP由工二wttadeveicreaty ttt:temEanErezor3sXDD031ForadairiQD^linlDrmaziznatcur:tLehhgrichrouoscrietTnappiDSczajetztHaeelit七七：//wv『方力口工i.:BiH.必中/EiIRfCTB』CKfcT『 UaomseGeDgnici￡J11!5i4S：-64(1^911[MUIE^B212fi93^].前后引物都呈現(xiàn)在眼前了，還有反應體系和反應條件！其中PrimerA是前引物序列，PrimerB則是后引物序列，并且給出了他們在DNA序列中的位置。有興趣的朋友可以在序列中找一下，是可以找到的，不過要注意，PCR是雙鏈擴增，在序列中可以直接找到的是PrimerA的原序列和PrimerB的互補序列。在步驟二里面我只點開了一個序列，繼續(xù)打開其他的可能還會有對自己有用的引物，不過這要你自己慢慢發(fā)掘了。這種尋找引物的方法有點投機取巧的味道，實用程度不是很高，但如果這里面恰好有你想P的片段的話，恭喜你，這些引物都是很成熟的引物，可以直接拿過來使用了。如果這兩種方法都不能找到你需要的引物的話，那就自己設計吧，建議使用Primer5和Oligo。（微信回復：Primer或Oligo，下載對應軟件提到序列比對，絕大多數(shù)戰(zhàn)友都會想到BLAST，但BLAST的使用確實又是一個很大的難題，因為他的功能比較強悍，里面涉及到的知識比較多，而且比對結束后輸出的結果參數(shù)（指標）又很多。如果把BLAST的使用詳細的都講出來，我想我發(fā)帖發(fā)到明天也發(fā)不完，更何況我自己也不是完全懂得BLAST的使用。所以我在這里也就“畫龍點睛”一一以比對核酸序列為例來給大家介紹一下BLAST的使用，也算是BLAST的入門課程吧。請看帖的戰(zhàn)友好好體會，如果你用心看，在看帖完畢之后BLAST的基本使用（包括其他序列的比對）應該沒有問題了。1.打開BLAST頁面，/BLAST/打開后如圖所示:BLAST gHiMTifl HMHtIR*4A HfllpWM*,SLA5T帥imeHEASnHnr*iwgInnaalumiliarlr^bewp^n忸加I啊k:?lGfiqi?nc?i面一舊…；士一萬 sfcCLtlow14JM#15REMASTd”審1BLASTAswrnDiedGenomosCh&oav4%眸!cagonarcS■岫.b.m.1[5<]件此k.LAST由崎隨四峪丹°■:久他月訴卜.山的^^ritnapJptfirtMflMierobiK°■:久他月訴卜.山的^^ritnapJptfirtMflMierobiKD以耶m馴g?口hbiiUG 口 Mjausd吞Rjl S Dnfiibpan.BaSM：BLASTChQDStaBLASTprograml&run.?,.j..I,Sui^tiimiekici-rHledxjbj-s^-:iEinganueki'Eid。？1HV立由0nlRrtfbLatin摩均的l*L出初和的mu。ri中艱Mfest「后商出白皿等prtaiP-lia。術.班中^& 己praiitfri喝ifhbimp罔心Hphubi^lbliisbiSejfznpiDieindaLaoaas-LinqauoiiaJdle-dlructeatid*EfrWJtri^fdr;n.an^型艮fniudlEat*^"pb.qc：d?<ig.pra忸isn土人加6?q*』，rrsrjwi+l*i#d<mirllf-rJ^lr-曲■）?■jwistrAnrcIwtnd nnaru對上面這個頁面進行一下必要的介紹：BLAST的這個頁面主體部分（左面）包括了三部分：BLASTAssembledGenomes、BasicBLAST.SpecializedBLAST。相信大家可以看懂這三個短語的意思，我就不多說了；我要說的是，可以認為這是三種序列比對的方法，或者說是BLAST的三條途徑。第一部分BLASTAssembledGenomes就是讓你選擇你要比對的物種，點擊相應物種之后即可進入比對頁面。第二部分BasicBLAST包含了5個常用的BLAST,每一個都附有簡短的介紹。第三部分SpecializedBLAST是一些特殊目的的BLAST,如IgBLAST、SNP等等，這個時候你就需要在SpecializedBLAST部分做出適當?shù)倪x擇了?？傊?，這是一個導航頁面，它的目的是讓你根據(jù)自己的比對目的選擇相應的BLAST途徑。下面以最基本的核酸序列比對來談一下BLAST的使用，期間我也會含沙射影的說一下其他序列比對的方法。.點擊BasicBLAST部分的nucleotideblast鏈接到一個新的頁面。打開后如圖所示：口UWFlOTPOruplejidJi±TlftfeI機式…」tntarsdraoWwIriia刖piMiDg_**T^e-srwiChoosesearcnS^<5Hurnjn-ganorve■,*IranscnfiOmpljhgangme口UWFlOTPOruplejidJi±TlftfeI機式…」tntarsdraoWwIriia刖piMiDg_**T^e-srwiChoosesearcnS^<5Hurnjn-ganorve■,*IranscnfiOmpljhgangme+■tansquplOplhers(riee;|rH'jminomnamic向門口IB卻nptEmirejQiucKyOtAiundFrrtaranfnfrq?邙ifliylnumrl-m?由PiogramGelecbanOptinirzBfor& ^Fi|udT'i2c3i「Wored^smiiarEe^uenc^s|d百snligusjin押HasllC-Siniflv4^t,EnriigrGCHVUPnCQ^^KaTrn)□利.ElA3TAigarihrnBLAST甘??口事加崎Tg叫彳川岫事閱「I；61mLi'jnsJiii^u&ng”電》加內唱（01川川12『「刎憎野山$”川^料理時皿.時C軍3rf?*UUm4fl*Wwitdew?亙目例時中Jj賓川I+同，介紹一下上述頁面:EnterQuerySequence部分是讓我們輸入序列的，你可以直接把序列粘貼進去，也可以上傳序列，還可以選擇你要比對的序列的范圍（留空就代表要比對你要輸入的整個序列）。JobTitle部分還可以為本次工作命一個名字。ChooseSearchSet部分是